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        基于高通量測序的橡膠林土壤真菌多樣性及群落組成分析

        2018-09-10 07:22:44周玉杰李建華張廣宇王寧譚文麗王永鵬王春燕王華鋒
        南方農(nóng)業(yè)學(xué)報 2018年9期
        關(guān)鍵詞:橡膠林高通量測序多樣性

        周玉杰 李建華 張廣宇 王寧  譚文麗 王永鵬 王春燕 王華鋒

        摘要:【目的】分析不同林齡橡膠林中土壤真菌的多樣性及群落組成,為橡膠林土壤生態(tài)系統(tǒng)的健康發(fā)展和可持續(xù)利用提供參考依據(jù)?!痉椒ā坎捎酶咄繙y序技術(shù)測定海南大豐農(nóng)場不同林齡(5、10、13、18、25和30年生)橡膠林中土壤真菌的ITS序列,觀測真菌多樣性和群落組成隨種植年限的變化情況,并分析其與土壤環(huán)境因子的關(guān)系?!窘Y(jié)果】從6個林齡橡膠林的18份土壤樣本中獲得563658條ITS序列,在97%序列相似性基礎(chǔ)上可劃分為10943個可操作分類單元(OTU)。真菌群落的豐富度指數(shù)(Ace和Chao1)以25年生橡膠林最低,而多樣性指數(shù)(Shannon-wienner和Simpson)在不同林齡橡膠林間差異不明顯。Ascomycota(子囊菌門)、Zygomycota(接合菌門)和Basidiomycota(擔(dān)子菌門)是海南大豐農(nóng)場橡膠林土壤真菌的主要優(yōu)勢類群;不同林齡橡膠林間的真菌群落組成差異主要體現(xiàn)在Zygomycota、Basidiomycota、Glomeromycota(球囊菌門)和Rozellomycota類群相對豐度的不同。冗余分析(RDA)結(jié)果表明,橡膠林的土壤真菌多樣性與土壤養(yǎng)分含量(尤其是鉀元素含量)密切相關(guān)。【結(jié)論】高通量測序技術(shù)測定的不同林齡橡膠林間土壤真菌群落多樣性無明顯差異,而真菌群落豐度以25年生橡膠林最低,5、10、13、18和30年生橡膠林間差異不明顯;真菌群落組成的優(yōu)勢類群為子囊菌門、接合菌門和擔(dān)子菌門;土壤養(yǎng)分含量(尤其是鉀元素含量)是影響橡膠林土壤真菌多樣性的重要因素。

        關(guān)鍵詞: 橡膠林;高通量測序;土壤真菌;多樣性

        中圖分類號: S794.1 文獻(xiàn)標(biāo)志碼:A 文章編號:2095-1191(2018)09-1729-07

        0 引言

        【研究意義】我國從19世紀(jì)50年代開始大規(guī)模引種橡膠樹(Hevea brasiliensis),目前已形成以海南、云南和廣東為主的三大天然橡膠優(yōu)勢種植區(qū)域,其中海南省橡膠樹種植面積占全省植被總面積的25%(王紀(jì)坤等,2012)。橡膠林是典型的人工林生態(tài)系統(tǒng),長期大規(guī)模的替代自然植被,且伴隨著干擾、施肥和土地清理等人類活動,對土壤真菌產(chǎn)生了負(fù)面影響(Zhang and Zhang,2003;楊帆,2016;Kerfahi et al.,2016)。近年來,迅速發(fā)展的高通量測序技術(shù)具有更高的分辨率,為更準(zhǔn)確地揭示橡膠林土壤真菌多樣性及群落組成的變化提供了條件。因此,采用高通量測序技術(shù)測定橡膠林土壤真菌的多樣性及群落組成,對橡膠林土壤生態(tài)系統(tǒng)的可持續(xù)利用具有重要意義?!厩叭搜芯窟M(jìn)展】高秀兵和李增平(2010)的研究結(jié)果表明,海南橡膠種植園土壤的叢枝菌根真菌分屬于5個屬31個種,其中球囊霉屬(Glomus)是最高屬類群。Osemwegie(2010)、Zhang等(2013)研究發(fā)現(xiàn),橡膠林的土壤真菌多樣性低于周圍天然林。李君等(2016)研究發(fā)現(xiàn),橡膠林土壤真菌類群的數(shù)量低于細(xì)菌和放線菌。Lin等(2012)研究認(rèn)為,真菌群落可作為土壤質(zhì)量的一個指標(biāo)衡量橡膠林管理措施對土壤的影響程度,而以往對橡膠林土壤微生物的研究主要集中于土壤細(xì)菌群落(楊帆,2016;Kerfahi et al.,2016;Lan et al.,2017),采用的技術(shù)分辨率較低,如宋風(fēng)雅等(2014)采用PCR/T-RFLP技術(shù)可分析橡膠林不同土壤深度的真菌區(qū)系,但無法獲得真菌的具體分類信息?!颈狙芯壳腥朦c】目前,采用高通量測序技術(shù)測定不同林齡橡膠林中土壤真菌多樣性及群落組成的研究鮮見報道?!緮M解決的關(guān)鍵問題】采用高通量測序技術(shù)測定海南省瓊中縣大豐農(nóng)場不同林齡橡膠林土壤中的真菌群落及組成的多樣性,并分析不同土壤環(huán)境因子對其的影響,以期為橡膠林土壤生態(tài)系統(tǒng)的健康發(fā)展和可持續(xù)利用提供理論依據(jù)。

        1 材料與方法

        1. 1 研究區(qū)概況

        研究區(qū)位于海南省瓊中縣大豐農(nóng)場(東經(jīng)19°14′~19°16′、北緯109°44′~109°45′、海拔175~207 m)。該區(qū)域為熱帶海洋季風(fēng)氣候,年均溫度22.8 ℃,最冷月平均氣溫16~18 ℃,年均相對濕度85%,年均降水量2278 mm。選取6個不同林齡(5、10、13、18、25和30年生)常規(guī)栽培的橡膠林林地為試驗樣地,每個樣地面積1.0 ha。橡膠樹栽培品系為PR107,株行距3.0 m×7.0 m。各樣地的立地條件、栽培管理措施和割膠制度基本一致。土壤類型為磚紅壤。

        1. 2 土壤樣品采集

        2016年5月在單個樣地內(nèi)選取15個采樣點,采集0~20 cm土層土壤,將每5個點采集的土樣混合,每個林齡橡膠林取3份混合土樣,共18個土壤樣本。剔除植物根系和石塊后每份混合土樣分為兩份,一份帶回實驗室經(jīng)風(fēng)干后研磨,過2 mm尼龍篩,混勻,用于土壤理化性質(zhì)分析;另一份置于-80 ℃冰箱保存,用于DNA提取。

        1. 3 土壤性質(zhì)測定

        根據(jù)中國林業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)LY/T 1210 1275—1999《森林土壤分析方法》(國家林業(yè)局,1999),土壤pH采用pH酸度計測定,有機(jī)質(zhì)(SOM)含量采用重鉻酸鉀氧化容量法測定,全氮(TN)含量采用半微量凱氏法測定,全磷(TP)含量采用鉬銻抗分光光度法測定,全鉀(TK)含量采用原子吸收分光光度法測定,堿解氮(AN)含量采用堿解擴(kuò)散法測定,有效磷(AP)含量以NH4F-HCl溶液提取后采用紫外可見分光光度計測定,速效鉀(AK)含量采用1.0 mol/L乙酸銨浸提后以火焰光度計測定。

        1. 4 高通量測序

        土壤樣品送至美吉生物醫(yī)藥科技(上海)有限公司進(jìn)行DNA提取和高通量測序。參照Schloss等(2009)的方法對獲得的原始序列進(jìn)行質(zhì)量控制和過濾,得到優(yōu)化序列。在97%序列相似性基礎(chǔ)上將優(yōu)化序列劃分為可操作分類單元(OTU)。在OTU水平上計算覆蓋度指數(shù)(Coverage)、豐富度指數(shù)(Chao1和Ace)和多樣性指數(shù)(Shannon-wienner和Simpson)。對比UNITE (Release 7.0 http://unite.ut.ee/index.php)數(shù)據(jù)庫,使用BLAST對97%相似水平的OTU代表序列進(jìn)行注釋,并在門和綱分類水平上統(tǒng)計群落組成。

        1. 5 統(tǒng)計分析

        試驗數(shù)據(jù)采用DPS 7.05進(jìn)行方差分析;采用Canoco 4.5進(jìn)行真菌群落多樣性指數(shù)與土壤性質(zhì)各因子的冗余分析(RDA);在門分類水平上計算各真菌類群的OTU與土壤性質(zhì)各因子的Pearson相關(guān)系數(shù),并基于Bray-Curtis距離進(jìn)行聚類分析。

        2 結(jié)果與分析

        2. 1 不同林齡橡膠林的土壤性質(zhì)

        由表1可知,5和10年生橡膠林的土壤pH較高,二者間差異不顯著(P>0.05,下同),但極顯著高于其他林齡橡膠林(P<0.01,下同),18年生橡膠林的土壤pH極顯著高于13、25和30年生橡膠林,13、18和30年生橡膠林的土壤pH極顯著高于25年生橡膠林。不同林齡橡膠林樣地土壤pH均小于5.00,呈酸性,且以5和10年生橡膠林樣地土壤的酸性相對較弱。

        土壤有機(jī)質(zhì)和全氮含量以5、25和30年生橡膠林較高,10、13和18年生橡膠林較低;全鉀含量以30年生橡膠林最高,10和13年生橡膠林較低,5、18和25年生橡膠林間差異不顯著;各林齡橡膠林間的土壤全磷含量差異不顯著;堿解氮含量以10年生橡膠林最低,且極顯著低于其他林齡橡膠林;有效磷含量以25年生橡膠林最高,10年生橡膠林最低,5、13、18和30年生橡膠林間差異不顯著;速效鉀含量以25和30年生橡膠林較高,其次為5年生橡膠林,13和18年生橡膠林間差異不顯著。說明不同林齡橡膠林的土壤養(yǎng)分存在明顯差異,其中以10和13年生橡膠林的土壤養(yǎng)分含量相對較低。

        2. 2 不同林齡橡膠林土壤真菌群落豐度及多樣性

        由表2可知,從6個林齡橡膠林18份土壤樣品中共獲得563658條高質(zhì)量的ITS序列,在97%序列相似性基礎(chǔ)上可劃分為10943個OTUs。各林齡橡膠林土壤真菌的Coverage指數(shù)介于0.9914~0.9940,說明測序數(shù)據(jù)量合理,測序數(shù)據(jù)基本涵蓋了橡膠林土壤中所有的真菌類群,能體現(xiàn)橡膠林真實土壤環(huán)境中真菌的特征。Coverage 指數(shù)以13年生橡膠林最高,顯著高于18和30年生橡膠林,5、10、18和25年生橡膠林間的Coverage 指數(shù)差異不顯著,但均明顯高于30年生橡膠林。Ace指數(shù)介于601~824,Chao1指數(shù)介于598~815,Shannon-wienner指數(shù)介于3.77~4.40,Simpson指數(shù)介于0.035~0.098。其中,Ace指數(shù)和Chao1指數(shù)均以25年生橡膠林最低,且極顯著低于30年生橡膠林;5、10、13、18和30年生橡膠林間的Ace指數(shù)和Chao1指數(shù)差異不顯著;不同林齡橡膠林土壤真菌群落的Shannon-wienner和Simpson指數(shù)差異不顯著。綜上所述,以25年生橡膠林的土壤真菌豐度最低,而5、10、13、18和30年生橡膠林間的土壤真菌豐度差異不明顯;橡膠林土壤真菌的多樣性在不同林齡間無明顯差異。

        2. 3 不同林齡橡膠林的土壤真菌群落組成

        2. 3. 1 橡膠林土壤真菌群落的基本組成 由圖1可看出,海南大豐農(nóng)場橡膠林的土壤真菌群落66.15%隸屬于6個門,分別為Ascomycota(子囊菌門)、Zygomycota(接合菌門)、Basidiomycota(擔(dān)子菌門)、Rozellomycota、Glomeromycota(球囊菌門)和Chytridiomycota(壺門菌門)。其中Ascomycota的相對豐度為44.01%,Zygomycota和Basidiomycota作為土壤真菌群落組成的主要類群,相對豐度分別為12.51%和9.23%,占整個真菌群落的65.75%。

        從圖2可看出,在綱分類水平上,海南大豐農(nóng)場橡膠林土壤真菌群落隸屬于25個綱,分別為Ascomycota unclassified(子囊菌門未分類綱)、Sordariomycetes(糞殼菌綱)、Zygomycota incertae sedis(接合菌門未命名綱)、Agaricomycetes(傘菌綱)、Tremellomycetes(銀耳綱)、Dothideomycetes(座囊菌綱)、Eurotiomycetes(散囊菌綱)、Ascomycota incertae sedis(子囊菌門未命名綱)、Leotiomycetes(錘舌菌綱)、Archaeorhizomycetes(古菌根菌綱)、Basidiomycota unclassified(擔(dān)子菌門未分類綱)、Rozellomycota unidentified、Glomeromycetes(球囊菌綱)、Pezizomycetes(盤菌綱)、Chytridiomycetes(壺菌綱)、Orbiliomycetes(圓盤菌綱)、Saccharomycetes(酵母菌綱)、Wallemiomycetes(節(jié)擔(dān)菌綱)、Microbotryomycetes(微球黑粉菌綱)、Basidiomycota incertae sedis(擔(dān)子菌門未命名綱)、Atractiellomycetes、Chytridiomycota unclassified(壺菌門未分類綱)、Exobasidiomycetes(外擔(dān)菌綱)、Ustilaginomycetes(黑粉菌綱)和Geoglossomycetes。其中前8個綱的相對豐度均大于2.00%,分別隸屬于Ascomycota、Zygomycota和Basidiomycota 3個真菌門。

        2. 3. 2 不同林齡橡膠林土壤真菌群落組成的變化

        由表3可知,在門分類水平上,5~30年生橡膠林間Ascomycota和Chytridiomycota的相對豐度無顯著差異;13年生橡膠林Zygomycota的相對豐度顯著高于5和25年生橡膠林,其他橡膠林間的相對豐度差異不顯著;10年生橡膠林Basidiomycota的相對豐度最高,顯著高于5和18年生橡膠林,而5、13、18、25和30年生橡膠林間的相對豐度差異不顯著;Glomeromycota的相對豐度以5年生橡膠林最高,極顯著高于10~30年生橡膠林,18年生橡膠林未發(fā)現(xiàn)Glomeromycota,10、13、25和30年生橡膠林間的相對豐度差異不顯著;25年生橡膠林Rozellomycota的相對豐度極顯著高于其他林齡橡膠樹,13和18年生橡膠林未發(fā)現(xiàn)Rozellomycota??梢?,在門分類水平上,不同林齡橡膠林的土壤真菌群落組成差異主要體現(xiàn)在Zygomycota、Basidiomycota、Glomeromycota和Rozellomycota 4個門類群相對豐度的不同。

        2. 4 不同林齡橡膠林土壤真菌群落與土壤性質(zhì)的相關(guān)性

        RDA分析結(jié)果(圖3)表明,橡膠林土壤真菌群落的Ace指數(shù)、Chao1指數(shù)和Shannon-wienner指數(shù)與全鉀、有機(jī)質(zhì)、全氮、速效鉀及有效磷含量呈正相關(guān)(其中與全鉀含量呈極顯著正相關(guān),與速效鉀含量呈顯著正相關(guān)),而與pH和全磷含量呈負(fù)相關(guān);Simpson指數(shù)與全鉀、有機(jī)質(zhì)、全氮、速效鉀和有效磷含量呈負(fù)相關(guān),與pH和全磷含量呈正相關(guān)。說明橡膠林土壤真菌偏好酸性土壤,且其豐度和多樣性與土壤養(yǎng)分含量密切相關(guān),尤其與鉀元素含量相關(guān)更密切。

        在門分類水平上,Zygomycota與速效鉀、全磷和有機(jī)質(zhì)含量呈顯著負(fù)相關(guān);Basidiomycota與堿解氮、全鉀、全氮和有機(jī)質(zhì)含量呈顯著負(fù)相關(guān);Ascomycota與速效鉀含量呈顯著負(fù)相關(guān),與pH呈顯著正相關(guān);Rozellomycota與速效鉀和全磷含量呈顯著正相關(guān)。說明橡膠林土壤中不同真菌類群與營養(yǎng)元素含量的相互關(guān)系存在差異。

        從圖4可看出,根據(jù)各真菌門OTU與土壤性質(zhì)各因子的關(guān)系,可將橡膠林土壤真菌群落分為四大類,其中,Zygomycota和Basidiomycota歸為一類,Ascomycota和Chytridiomycota歸為一類,Glomeromycota單獨為一類,F(xiàn)ungi unclassified和Rozellomycota歸為一類。說明橡膠林土壤中不同真菌類群與土壤環(huán)境因子的相互關(guān)系既有相似性又存在差異。

        3 討論

        本研究采用高通量測序技術(shù)詳細(xì)分析了橡膠林土壤真菌多樣性及其群落組成,結(jié)果表明,橡膠林土壤真菌群落在門分類水平上的優(yōu)勢類群為子囊菌門,其次為接合菌門和擔(dān)子菌門,與Frey等(2004)、Curlevski等(2010)、Wu等(2013)的研究結(jié)果相似。Frey等(2004)研究認(rèn)為,子囊菌門和接合菌門真菌多數(shù)為腐生菌,對分解植物殘體和降解土壤有機(jī)質(zhì)具有重要作用,而擔(dān)子菌分解木質(zhì)纖維素的能力較強(qiáng)。Curlevski等(2010)研究發(fā)現(xiàn),澳大利亞亞熱帶森林土壤中的子囊菌門真菌群落多于擔(dān)子菌門和接合菌門。Wu等(2013)研究認(rèn)為,中國亞熱帶森林土壤的真菌群落主要是擔(dān)子菌門、子囊菌門和接合菌門。子囊菌門、接合菌門和擔(dān)子菌門是橡膠林土壤真菌群落中的主要菌群,可能與橡膠林林下存在大量凋落物需要分解有關(guān)。董愛榮等(2004)、李海濤等(2010)研究認(rèn)為,凋落物是土壤微生物攝取營養(yǎng)和能量的來源,凋落物的豐富程度和品質(zhì)高低直接決定微生物的數(shù)量及群落結(jié)構(gòu);真菌是生態(tài)系統(tǒng)中重要的分解者,對難以分解的纖維素和木質(zhì)素,主要依賴于真菌的作用。

        已有研究認(rèn)為,在森林生態(tài)系統(tǒng)中,土壤真菌多樣性和群落組成受多種因素影響,如土壤環(huán)境(Dickie et al.,2002)、植物多樣性(Sun et al.,2016)和林齡(Zhu et al.,2010),而多數(shù)橡膠林土壤質(zhì)量較差,其土壤真菌多樣性低于周圍的天然林(Osemwegie,2010;Zhang et al.,2013),不同林齡橡膠林土壤性質(zhì)和養(yǎng)分含量的變化可能會影響土壤微生物群落的多樣性及其組成(Herrmann et al.,2016)。本研究的RDA分析結(jié)果表明,橡膠林土壤真菌群落的豐度和多樣性與有機(jī)質(zhì)、全氮、全鉀、速效鉀和堿解氮含量呈正相關(guān),說明土壤養(yǎng)分是影響橡膠林土壤真菌的重要因素,與Guo等(2013)、Lan等(2017)的研究結(jié)果相似。此外,橡膠林土壤真菌群落的豐度和多樣性與鉀元素含量密切正相關(guān),可能與真菌對鉀具有活化作用有關(guān),外生菌根真菌可不同程度地活化土壤鉀(張亮等,2014)。常強(qiáng)強(qiáng)等(2017)的研究結(jié)果也表明,青檀根際土壤真菌多數(shù)OTU與速效鉀含量呈正相關(guān)。

        4 結(jié)論

        高通量測序技術(shù)能全面反映海南大豐農(nóng)場橡膠林土壤中的真菌群落狀況。不同林齡橡膠林間土壤真菌群落的多樣性無明顯差異;而真菌群落豐度以25年生橡膠林最低,5、10、13、18和30年生橡膠林間差異不明顯。真菌群落組成的優(yōu)勢類群為子囊菌門、接合菌門和擔(dān)子菌門。土壤養(yǎng)分含量(尤其是鉀元素含量)是影響橡膠林土壤真菌多樣性的重要因素。

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        (責(zé)任編輯 思利華)

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