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        小麥小花細(xì)胞核蛋白質(zhì)雙向電泳體系的優(yōu)化

        2018-07-02 08:40:34宋歸華張迎新侯澤豪孫坤坤方正武馬東方張改生王書平
        麥類作物學(xué)報 2018年6期
        關(guān)鍵詞:樣量細(xì)胞核組學(xué)

        宋歸華,張迎新,2,侯澤豪,孫坤坤,方正武,馬東方,張改生,王書平

        (1.長江大學(xué)農(nóng)學(xué)院/湖北省澇漬災(zāi)害與濕地農(nóng)業(yè)重點實驗室,湖北荊州 434025;2. 中國科學(xué)院遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所, 北京 100101;3. 西北農(nóng)林科技大學(xué)農(nóng)學(xué)院/小麥育種教育部工程研究中心,陜西楊凌 712100)

        在真核細(xì)胞當(dāng)中,細(xì)胞核是一個重要的亞細(xì)胞器,更是遺傳信息的主要儲存場所,包含著絕大多數(shù)DNA,是細(xì)胞遺傳與代謝的活動中心[1]。而細(xì)胞核蛋白質(zhì)在基因表達(dá)調(diào)控、信號傳導(dǎo)、染色質(zhì)重塑、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)等方面具有決定性的作用[2]。全細(xì)胞蛋白質(zhì)中約10%~20%的蛋白質(zhì)位于細(xì)胞核當(dāng)中,在復(fù)雜的代謝網(wǎng)絡(luò)和生理過程中扮演著重要的角色,暗示著細(xì)胞核具有的功能多樣性與這些蛋白質(zhì)密切相關(guān)[3-4]。此外,高等植物中,除韌皮部成熟的篩管等極少數(shù)細(xì)胞外,其他細(xì)胞都具有細(xì)胞核[5]。因此,研究細(xì)胞核的蛋白質(zhì)組成及其動態(tài)變化,對于深入解析植物生長發(fā)育與逆境脅迫應(yīng)答過程中基因表達(dá)調(diào)控的分子機制具有至關(guān)重要的意義。

        蛋白質(zhì)組學(xué)對于廣泛分析蛋白質(zhì)表達(dá)、轉(zhuǎn)錄后翻譯以及蛋白質(zhì)之間的相互作用具有主導(dǎo)性作用。但由于高等真核細(xì)胞的復(fù)雜性,對其全細(xì)胞蛋白質(zhì)組進(jìn)行分析,受到諸多因素的限制,例如蛋白質(zhì)豐度、大小、疏水性及其他電泳特性等。而將全細(xì)胞蛋白質(zhì)組依據(jù)細(xì)胞的大分子結(jié)構(gòu)(包括亞細(xì)胞隔室、亞細(xì)胞器、大分子結(jié)構(gòu)、多蛋白復(fù)合物等)分解成一系列亞細(xì)胞蛋白質(zhì)組[6],這不僅降低了全細(xì)胞分析的復(fù)雜性,而且為我們提供了蛋白質(zhì)定位及通路劃分方面的重要信息[7],目前已經(jīng)在小麥線粒體[8-9]、葉綠體[10]、質(zhì)膜[11]等亞細(xì)胞器中得到了廣泛的應(yīng)用。近年來,隨著植物蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)平臺的日趨成熟、各類植物基因組測序工作的不斷完成以及細(xì)胞核蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的逐漸完善,極大地促進(jìn)了細(xì)胞核蛋白質(zhì)組學(xué)在植物中的應(yīng)用。目前,有關(guān)植物細(xì)胞核蛋白質(zhì)組學(xué)的研究主要集中在雙子葉植物的擬南芥(Arabidopsisthaliana)[12-14]、蘋果(Maluspumila)[15]、鷹嘴豆(Cicerarietinum)[16-18]、大豆(Glycinemax)[19]、番茄(Solanumlycopersicum)[20]以及單子葉植物的水稻(Oryzasativa)[2, 21-23]、洋蔥(Alliumcepa)[24]、維柯薩(Xerophytaviscosa)[25-27]、玉米(Zeamays)[28]等,而在其他植物上,尤其是小麥細(xì)胞核蛋白質(zhì)組學(xué)方面的研究鮮見報道。眾所周知,針對于亞細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué),如何獲得高純度、完整性好的細(xì)胞核是進(jìn)行其蛋白質(zhì)組學(xué)研究的前提之一。迄今為止,已經(jīng)報道并建立了擬南芥[12-13]、水稻[2, 21-22]、維柯薩[25-27]等細(xì)胞核蛋白質(zhì)雙向電泳體系,涉及懸浮細(xì)胞[13, 21-22]、葉片[12, 15, 25-27]、幼苗[2, 16-18]、根尖分生組織[2]等不同的組織器官。由于植物間細(xì)胞核在細(xì)胞大小、蛋白質(zhì)含量、次生代謝物、亞細(xì)胞組分相關(guān)聯(lián)程度等方面存在顯著的差異,因此探索不同植物細(xì)胞核及其蛋白質(zhì)的最佳提取方法,建立和優(yōu)化蛋白質(zhì)2-DE技術(shù)對提高特異組織細(xì)胞核的分辨率仍是亟待解決的問題[9]。

        本研究以小麥三核期小花為材料,對細(xì)胞核蛋白質(zhì)組學(xué)中細(xì)胞核的分離與純化、蛋白質(zhì)提取方法、SDS-PAGE膠濃度、上樣量等方面進(jìn)行了優(yōu)化,探索出一套適合于小麥小花細(xì)胞核分離及純度鑒定的方法,建立了分辨率高和重復(fù)性好的細(xì)胞核蛋白質(zhì)2-DE的分析體系,以期對今后開展小麥細(xì)胞核蛋白質(zhì)組學(xué)研究提供理論和技術(shù)支撐,也為其他同科、屬植物的細(xì)胞核2-DE蛋白質(zhì)研究提供參考。

        1 材料和方法

        1.1 供試材料與處理

        供試材料為正常發(fā)育小麥品種西農(nóng)1376,在散粉前,通過株型、穗型結(jié)合鏡檢來判斷花藥小孢子發(fā)育時期,4 ℃剝?nèi)∪似谛』?去芒和穎片)。

        1.2 細(xì)胞核的分離與純化

        稱取小麥小花(去芒和穎片)60 g,于含有0.3% PVP的液氮中快速研磨成粉末。將研磨好的粉末置于600 mL預(yù)冷的蔗糖緩沖液(0.5 mol·L-1蔗糖, 80 mmol·L-1KCl, 10 mmol·L-1EDTA, 1 mmol·L-1亞精胺, 1 mmol·L-1精胺, 10 mmol·L-1Tris-HCl, pH 9.5)中,冰浴20 min;輕柔混勻后加入0.15% β-Me和0.5% Triton X-100,4 ℃下裂解20 min,每隔2 min輕柔攪拌一次,每次20 s。均勻后,用2層紗布和1層Miracloth過濾,濾液于4 ℃下1 800 r·min-1離心20 min。棄上清,沉淀用軟毛筆懸浮于150 mL蔗糖緩沖液中;2層Mirocloth過濾,4 ℃、57 r·min-1離心2 min。取上清,4 ℃、1 800 r·min-1離心15 min;沉淀經(jīng)懸浮后,4 ℃、1 800 r·min-1離心10 min。棄上清,最后得到的沉淀即為細(xì)胞核。

        1.3 細(xì)胞核蛋白質(zhì)的制備、定量及SDS-PAGE檢測

        依據(jù)陳 征等[9]和宋齊魯?shù)萚11]的方法,略有改動,提取蛋白質(zhì)樣品。在細(xì)胞核樣品中加入預(yù)冷的TCA-丙酮溶液(10% TCA,0.07% β-ME,1 mmol·L-1PMSF),在-20 ℃下過夜沉淀蛋白質(zhì)。4 ℃下25 000 r·min-1離心30 min,棄上清,沉淀用預(yù)冷的丙酮溶液(0.07% β-ME, 1 mmol·L-1PMSF)洗滌,-20 ℃下靜置1 h后,4 ℃下25 000 r·min-1離心30 min,重復(fù)離心、洗滌至沉淀物為純白色。加入預(yù)冷的80%丙酮,重懸沉淀,-20 ℃下靜置1 h;4 ℃下25 000 r·min-1離心30 min,沉淀冷凍成干粉。

        將細(xì)胞核蛋白質(zhì)干粉溶解于裂解緩沖液[9 mol·L-1尿素,4% CHAPS,65 mmol·L-1DTT,0.5% IPG(pH 4~7)緩沖液,0.001%溴酚藍(lán)]中,分別于液氮與32 ℃水浴中交替凍融3次,22 ℃下25 000 r·min-1離心15 min,上清液為蛋白質(zhì)樣品,Bradford法[29]測定樣品液蛋白質(zhì)含量。

        1.4 細(xì)胞核純度檢測

        分別在細(xì)胞器和蛋白質(zhì)水平上對分離到的細(xì)胞核進(jìn)行純度檢測。細(xì)胞核的顯微觀察采用DAPI熒光染色法[30]。分離過程中各個組分葉綠素含量的測定參考Dean和Miskiewicz的方法[31]進(jìn)行,包括勻漿液、首次沉淀、最終的上清液及細(xì)胞核沉淀。在1 mL懸浮樣品中分別加入8 mL丙酮和1 mL ddH2O,室溫下避光萃取過夜,1 000 r·min-1離心5 min,立即在652 nm波長下測定吸光值。

        細(xì)胞核蛋白質(zhì)經(jīng)12%的PAGE-SDS電泳分離后進(jìn)行PVDF轉(zhuǎn)膜,以TBST(含5% BSA)溶液封閉后,依次經(jīng)一抗(Anti-histone core antibody;Abcam公司,ab7832)和二抗(Abcam公司)孵育后,最后用堿性磷酸酶底物顯色試劑盒顯色。

        1.5 固相pH梯度雙向電泳

        參照宋齊魯?shù)萚11]的方法進(jìn)行。取適量蛋白質(zhì)樣品與水化液共350 μL充分混勻后,加入聚焦槽內(nèi)。將17 cm(pH 4~7) IPG膠條膠面朝下置于樣品溶液上,被動吸收1 h后,加3 mL礦物油覆蓋膠條,置于IPG-phor等電聚焦儀進(jìn)行等電聚焦,設(shè)置極限電流為50 μA。等電聚焦結(jié)束后,依次用含2% DTT和2.5%碘乙酰胺的平衡緩沖液(6.0 mol·L-1尿素,2%SDS,0.375 mol·L-1Tris-HCl pH 8.8,20%甘油)分別平衡15 min。然后將IPG膠條轉(zhuǎn)移到SDS-PAGE凝膠上,用低熔點瓊脂糖封膠液密封排除氣泡,電流20 mA。其中,上樣量參考陳 征等[9]和王書平等[10]的方法進(jìn)行,分別為200 μg、230 μg和250 μg;膠濃度設(shè)定為11%、12%和13%[11]。待溴酚藍(lán)前沿距玻璃板下緣0.5 cm時停止電泳,凝膠染色按改良后的硝酸銀染方法操作,見表1。

        表1 蛋白質(zhì)硝酸銀染步驟Table 1 Sliver staining protocol for proteins

        1.6 凝膠圖像分析

        銀染后的2-DE凝膠用光密度掃描儀UMAX PowerLook 2100XL掃描。在PDQuest 2DE 8.0.1分析軟件的輔助下,對圖像進(jìn)行背景扣除、強度校正、標(biāo)準(zhǔn)化、斑點檢測、獲取斑點位置坐標(biāo)等分析。

        1.7 統(tǒng)計分析

        利用Microsoft Excel 2010進(jìn)行數(shù)據(jù)整理和表格繪制,采用OriginPro 2017軟件進(jìn)行統(tǒng)計分析及繪圖。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 小麥小花細(xì)胞核的分離純度

        利用高滲蔗糖緩沖液分離出了小麥小花細(xì)胞核,并通過反復(fù)的差速離心技術(shù)去除了其他細(xì)胞器的污染,富集到了高濃度的細(xì)胞核。通過對葉綠素含量的測定和比較,葉綠素在其他分離組分中含量較高,為99.8%,而在富集純化后的細(xì)胞核中僅為1.8%(圖1A)。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),細(xì)胞核經(jīng)DAPI染色后,呈現(xiàn)出較為均勻、清晰的細(xì)胞輪廓,細(xì)胞核完整性較高。經(jīng)統(tǒng)計分析,完整細(xì)胞核的分離效率達(dá)到95%以上(圖1B)。為了進(jìn)一步對細(xì)胞核蛋白質(zhì)的富集情況進(jìn)行分析,采用梯度SDS-PAGE進(jìn)行蛋白質(zhì)的分離(圖1C)及用細(xì)胞核組蛋白特異性抗體進(jìn)行蛋白質(zhì)免疫印跡檢測(圖1D)。結(jié)果表明,所制備的細(xì)胞核蛋白質(zhì)條帶分布均勻、清晰,組蛋白H1、H3、H2B顯示全面完整。綜合以上結(jié)果,分離獲得的細(xì)胞核污染少,純度較高,所制備的細(xì)胞核蛋白質(zhì)組次生代謝物質(zhì)含量較低,且較為完整。

        A:不同分離純化階段葉綠素含量測定;1:粗提液;2:沉淀;3:上清液;4:細(xì)胞核;B:細(xì)胞核DAPI染色;C:細(xì)胞核蛋白質(zhì)SDS-PAGE(12%);M:Marker;N:細(xì)胞核蛋白質(zhì);D:組蛋白免疫印跡分析。

        A:Determination of chlorophyll content at different stages of purification; 1:Crude homogenate; 2:Pellet; 3:Supernatant; 4:Nuclear fraction; B:The purified nuclear fraction was stained with DAPI; C:SDS-PAGE(12%) Silver-stained image of extracted nuclear proteins;M:Marker; N:Nuclear fraction;D:Western blot analysis of extracted nuclear proteins with anti-histone core.

        圖1細(xì)胞核的分離提取及純度鑒定

        Fig.1Isolationandpuritydeterminationofthenuclearfraction

        2.2 不同SDS-PAGE凝膠濃度對2-DE圖譜的影響

        SDS-PAGE凝膠濃度決定了細(xì)胞核蛋白質(zhì)組的分離效果,并有效確保高、低分子量蛋白質(zhì)點在2-DE圖譜上的均勻分布。從圖2來看,當(dāng)凝膠濃度為11%時,高分子量蛋白質(zhì)點(>26 kD)得到了相對較好的分離,但低分子量蛋白質(zhì)點(<20 kD)由于超出了凝膠的分離范圍,部分蛋白質(zhì)點未能在圖譜上檢測到,此時檢測到細(xì)胞核蛋白質(zhì)組數(shù)量為241個(圖2A)。改用13%的凝膠后,蛋白質(zhì)點在圖譜上的分布情況恰恰相反,表現(xiàn)為高分子量蛋白質(zhì)點高度凝聚,部分蛋白質(zhì)點不能有效識別,進(jìn)而降低了分辨率(圖2C),共檢測到223個蛋白質(zhì)點。而經(jīng)12%凝膠進(jìn)行分離后,整個細(xì)胞核蛋白質(zhì)組得到了較好的分離效果(圖2B),蛋白質(zhì)點分布均勻且清晰圓潤,共檢測獲得264個蛋白質(zhì)點。這表明采用凝膠濃度為12%更能對細(xì)胞核蛋白質(zhì)組進(jìn)行有效地分離。

        A:11% SDS-PAGE;B:12% SDS-PAGE;C:13% SDS-PAGE. 圖2 不同SDS-PAGE凝膠濃度的2-DE圖譜比較分析Fig.2 Comparison of 2-DE maps of different SDS-PAGE gel concentration

        2.3 不同上樣量對2-DE圖譜的影響

        蛋白質(zhì)的上樣量大小直接決定了2-DE圖譜上蛋白質(zhì)點的數(shù)量。結(jié)果表明,上樣量為200 μg時,2-DE圖譜上低豐度蛋白質(zhì)較弱或無顯示,蛋白點數(shù)量較少,共檢測到212個蛋白質(zhì)點(圖3A)。隨著上樣量的增加,蛋白點的數(shù)量呈上升趨勢。當(dāng)上樣量增至250 μg時,高豐度蛋白質(zhì)明顯聚集,堿性端出現(xiàn)過飽和重疊現(xiàn)象,2-DE圖譜上縱橫條紋明顯,背景加深,點與點之間難以分離,不利于后期檢測和分析,此時,共檢測到241個蛋白質(zhì)點(圖3C)。上樣量為230 μg時,低豐度蛋白質(zhì)點增加,無橫條紋干擾,圖譜清晰,蛋白質(zhì)點獨立清晰,共檢測到264個蛋白質(zhì)點(圖3B)。

        2.4 小麥小花細(xì)胞核蛋白質(zhì)組在2-DE圖譜上的分布特征

        等電點分析結(jié)果表明,在pI 4.0~4.5區(qū)域內(nèi)表達(dá)蛋白質(zhì)點最少,為16±1個,pI 6.0~6.5區(qū)域內(nèi)表達(dá)蛋白質(zhì)點最多,為71±5個,其他等電點區(qū)域表達(dá)蛋白質(zhì)點分別為43±4個(pI 4.5~5.0)、50±3個(pI 5.0~5.5)、55±4個(pI 5.5~6.0)、29±2個(pI 6.5-7.0)(圖4A)。在分子量方面,14.4 kD以下區(qū)域內(nèi)表達(dá)的蛋白質(zhì)點最少,為3±1個,45.0~66.2 kD區(qū)域內(nèi)表達(dá)的蛋白質(zhì)點最多,為85±4個,其他分子量區(qū)域內(nèi)表達(dá)的蛋白質(zhì)點分別為20±2個(14.4~20.0 kD)、16±2個(20.0~26.0 kD)、10±1個(26.0~33.0 kD)、42±3個(33.0~45.0 kD)、38±2個(66.2~94.0 kD)、50±3個(>94.0 kD)(圖4B)。

        A:上樣量為200 μg的2-DE圖譜;B:上樣量為230 μg的2-DE圖譜;C:上樣量為250 μg的2-DE圖譜。

        A:2-DE maps obtained with loading proteins samples of 200 μg; B:2-DE maps obtained with loading proteins samples of 230 μg;C:2-DE maps obtained with loading proteins samples of 250 μg.

        圖3不同上樣量的2-DE圖譜比較

        Fig.3Comparisonof2-DEmapsofdifferentloadingquantity

        A:蛋白質(zhì)的等電點分布特征;B:蛋白質(zhì)的分子量分布特征。

        A:Distribution of protein spots according to isoelectric point(pI);B:Distribution of protein spots according to and molecular weight(MW).

        圖4細(xì)胞核蛋白質(zhì)點的分布特征

        Fig.4Distributionofnuclearproteinsspots

        3 討 論

        植物與動物和微生物相比,具有細(xì)胞壁、葉綠體、次生代謝物多等特點,因此植物的細(xì)胞核提取也就相對較為困難。亞細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)的上游研究技術(shù)是亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)的提取和純化即細(xì)胞的分級分離,一般葉綠體沉降系數(shù)為3×105 s,密度為1.21 g·cm-3;線粒體沉降系數(shù)為1~1.7×104s,密度為1.18~1.19 g/cm3;而細(xì)胞核沉降系數(shù)為7×106s左右,密度為1.3 g·cm-3[10]。因此,各細(xì)胞組分依據(jù)浮力密度的不同可逐級有效分離。目前的植物細(xì)胞核蛋白質(zhì)組學(xué)研究主要是從植物葉片、幼苗或懸浮培養(yǎng)細(xì)胞中提取細(xì)胞核,再利用勻漿機破碎或細(xì)胞壁水解酶除去細(xì)胞壁,然后通過改變細(xì)胞內(nèi)外滲透壓破碎原生質(zhì)體,并利用不同的離心方式以富集細(xì)胞核[1]。本研究中,通過在小麥小花研磨過程中加入0.3% PVP,不僅有效去除了多糖多酚等次生代謝物的污染,同時也減少了細(xì)胞核蛋白質(zhì)的修飾。而在蔗糖溶液中加入適當(dāng)濃度的Triton X-100(0.5%),能夠在短時間內(nèi)裂解細(xì)胞膜,避免了對核膜的損傷。在細(xì)胞核分離過程中,本研究采用的差速離心法簡單快捷,已經(jīng)在其他作物上得到了應(yīng)用[2,16-20, 24, 28]。就小麥三核期小花而言,其含有更多的多糖、淀粉粒及部分未破裂的花粉粒等物質(zhì)。依據(jù)這一特性,本研究在離心過程中適當(dāng)?shù)倪M(jìn)行了優(yōu)化,在增加過濾次數(shù)(2次)的同時也相應(yīng)增加了離心洗滌次數(shù),通過不同的離心速率最大程度地去除了質(zhì)膜、葉綠體、線粒體、細(xì)胞質(zhì)等的污染。

        亞細(xì)胞純度鑒定是確保后續(xù)研究順利實施的前提。本研究分別采用三種方法來進(jìn)行細(xì)胞核純度檢測,首先測定細(xì)胞核制備液中葉綠素含量,以確定葉綠體在細(xì)胞核中的污染程度;其次通過對獲取的細(xì)胞核進(jìn)行DAPI染色,經(jīng)顯微鏡觀察以直觀的判斷亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)的形態(tài)學(xué)特征,觀察是否有其他組分的存在及研究對象的完整性;最后制備細(xì)胞核蛋白質(zhì),以組蛋白為細(xì)胞核標(biāo)記蛋白質(zhì),通過免疫印跡技術(shù)來檢測細(xì)胞核蛋白質(zhì)的純度。經(jīng)比較分析,本研究所提取的細(xì)胞核純度較高,所制備的細(xì)胞核蛋白質(zhì)組次生代謝物質(zhì)含量較少,較完整。這為雙向電泳的順利開展奠定了材料基礎(chǔ)。

        植物細(xì)胞核是儲藏遺傳信息的主要場所,其蛋白質(zhì)組的動態(tài)變化直接影響基因的表達(dá)調(diào)控,進(jìn)而調(diào)節(jié)植物生長發(fā)育與環(huán)境應(yīng)答過程[4-5]。因此,建立和健全細(xì)胞核蛋白質(zhì)組學(xué)研究的方法和體系將為解析植物發(fā)育與逆境應(yīng)答的分子機制提供重要信息。而為了獲得更多的蛋白質(zhì)信息,要求在進(jìn)行植物蛋白質(zhì)樣品制備時,盡量提高樣品蛋白質(zhì)的溶解性并減少蛋白質(zhì)的損失和降解,盡可能保留較多的蛋白質(zhì)種類。樣品質(zhì)量的好壞直接決定雙向電泳的分辨率、重復(fù)性和蛋白質(zhì)質(zhì)譜的結(jié)果[9]。在前期的研究過程中,已經(jīng)采用TCA-丙酮法對小麥小花葉綠體、線粒體以及葉片質(zhì)膜的蛋白質(zhì)進(jìn)行提取,構(gòu)建并優(yōu)化了相應(yīng)的蛋白質(zhì)雙向電泳體系。本研究在這些研究結(jié)果的基礎(chǔ)上,繼續(xù)采用成熟的TCA-丙酮法來制備細(xì)胞核蛋白質(zhì),同時結(jié)合細(xì)胞核中核酸含量高、疏水性核膜蛋白質(zhì)難以溶解等特點,對該制備方法進(jìn)行了進(jìn)一步優(yōu)化。利用超聲波對細(xì)胞核裂解液進(jìn)行間隔冰浴破碎,使大量核酸分子形成小片段,降低蛋白質(zhì)樣品的粘度,有助于細(xì)胞核蛋白質(zhì)的溶解。離心時加大轉(zhuǎn)速,有效去除蛋白樣品中的鹽分,減少2-DE圖譜中橫豎條紋干擾的現(xiàn)象。此外,聚焦過程中,通過在聚焦槽陽極端架設(shè)鹽橋,不僅可以避免因鹽離子過高造成的燒膠條現(xiàn)象,同時還可以減少2-DE圖譜上的橫條紋。

        凝膠濃度和上樣量直接影響雙向電泳的分辨率和重復(fù)性[9,11]。因此,在蛋白質(zhì)組學(xué)研究中,針對目標(biāo)蛋白質(zhì)的不同,應(yīng)對分離膠的濃度進(jìn)行適當(dāng)調(diào)整。本研究中11% SDS-PAGE的凝膠孔隙較大,凝膠阻力小,蛋白質(zhì)運動速度較快,2-DE圖譜上部產(chǎn)生空白;13% SDS-PAGE的凝膠孔隙相對較小,凝膠阻力變大,高分子量的蛋白質(zhì)在中上部凝聚,不利于蛋白質(zhì)有效的分離;12% SDS-PAGE凝膠濃度對小麥細(xì)胞核蛋白質(zhì)的分離效果最佳,條帶清晰,無拖尾、條紋等現(xiàn)象發(fā)生。上樣量的大小是直接影響2-DE圖譜質(zhì)量和可靠性的重要因素之一,過低的上樣量不利于低豐度蛋白質(zhì)點的檢測,過高時則高豐度蛋白質(zhì)點易于掩蓋其他蛋白質(zhì)點,且橫條紋和拖尾較嚴(yán)重。本研究通過對不同上樣量的比較分析,確定在230 μg時,能獲得很好的2-DE圖譜效果,2-DE膠背景干凈,大大地提高了細(xì)胞核蛋白質(zhì)的分離效率和分辨率。

        參考文獻(xiàn):

        [1] ERHARDT M,ADAMSKA I,FRANCO O L.Plant nuclear proteomics-inside the cell maestro [J].FEBSJournal,2010,277(16):3295.

        [2] CHOUDHARY MK,BASU D,DATTA A,etal.Dehydration-responsive nuclear proteome of rice(OryzasativaL.) illustrates protein network,novel regulators of cellular adaptation,and evolutionary perspective [J].Molecular&CellularProteomics,2009,8(7):1579.

        [3] KUMAR A,AGARWAL S,HEYMAN J A,etal.Subcellular localization of the yeast proteome [J].Genes&Development,2002,16(6):707.

        [4] NARULA K,DATTA A,CHAKRABORTY N,etal.Comparative analyses of nuclear proteome:extending its function [J].FrontiersinPlantScience,2013,4:100.

        [5] 王思寧,趙 琪,戴紹軍.植物細(xì)胞核蛋白質(zhì)組學(xué)研究進(jìn)展[J].現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技,2013(5):225.

        WANG S N,ZHAO Q,DAI S J.Research advances on plant cell nucleus proteomics [J].ModernAgriculturalScience&Technology,2013(5):225.

        [6] JUNG E,HELLER M,SANCHEZ J C,etal.Proteomics meets cell biology:The establishment of subcellular proteomes [J].Electrophoresis,2000,21(16):3369.

        [7] WOJCIK C,DEMARTINO G N.Intracellular localization of proteasomes [J].InternationalJournalofBiochemistry&CellBiology,2003,35(5):579.

        [8] WANG S P,ZHANG G S,ZHANG Y X,etal.Comparative studies of mitochondrial proteomics reveal an intimate protein network of male sterility in wheat(TriticumaestivumL.) [J].JournalofExperimentalBotany,2015,66(20):6191.

        [9] 陳 征,王書平,張改生,等.小麥小花高純度線粒體的分離及其蛋白質(zhì)雙向電泳體系建立[J].中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報,2013,29(10):983.

        CHEN Z,WANG S P,ZHANG G S,etal.Isolation of high purity mitochondria from wheat floret for two-dimensional electrophoresis [J].ChineseJournalofBiochemistry&MolecularBiology,2013,29(10):983.

        [10] 王書平,張改生,葉景秀,等.殺雄劑SQ-1誘導(dǎo)小麥生理型雄性不育小花完整葉綠體差異蛋白質(zhì)的鑒定[J].中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報,2010,26(9):854.

        WANG S P,ZHANG G S,YE G X,etal.Differential proteomics analysis of floret intact chloroplasts proteins in wheat physiological male sterile line induced by CHA-SQ-1 [J].ChineseJournalofBiochemistry&MolecularBiology,2010,26(9):854.

        [11] 宋齊魯,王書平,張改生,等.小麥旗葉高純度質(zhì)膜的提取及蛋白質(zhì)組學(xué)雙向電泳體系的建立[J].中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報,2013,29(7):690.

        SONG Q L,WANG S P,ZHANG G S,etal.Preparation of plasma membrane with purity from wheat flag leaves for 2-DE proteomics [J].ChineseJournalofBiochemistry&MolecularBiology,2013,29(7):690.

        [12] BAE M S,CHO E J,CHOI E Y,etal.Analysis of the Arabidopsis nuclear proteome and its response to cold stress [J].PlantJournal,2003,36(5):652.

        [13] CALIKOWSKI T T,MEULIA T,MEIER I.A proteomic study of theArabidopsisnuclear matrix [J].JournalofCellularBiochemistry,2003,90(2):361.

        [14] JONES A M,MACLEAN D,STUDHOLME D J,etal.Phosphoproteomic analysis of nuclei-enriched fractions fromArabidopsisthaliana[J].JournalofProteomics,2009,72(3):439.

        [15] SIKORSKAITE-GUDZIUNIENE S,HAIMI P,GELVONAUSKIENE D,etal.Nuclear proteome analysis of apple cultivar 'Antonovka' accessions in response to apple scab(Venturiainaequalis) [J].EuropeanJournalofPlantPathology,2017,148(4):771.

        [16] PANDEY A,CHOUDHARY M K,BHUSHAN D,etal.The nuclear proteome of chickpea(CicerarietinumL.) reveals predicted and unexpected proteins [J].JournalofProteomeResearch,2006,5(12):3301.

        [17] PANDEY A,CHAKRABORTY S,DATTA A,etal.Proteomics approach to identify dehydration responsive nuclear proteins from chickpea(CicerarietinumL.) [J].Molecular&CellularProteomics,2008,7(1):88.

        [18] SUBBA P,KUMAR R,GAYALI S,etal.Characterisation of the nuclear proteome of a dehydration-sensitive cultivar of chickpea and comparative proteomic analysis with a tolerant cultivar [J].Proteomics,2013,13(12-13):1973.

        [19] COOPER B,CAMPBELL K B,FENG J,etal.Nuclear proteomic changes linked to soybean rust resistance [J].MolecularBiosystems,2011,7(3):773.

        [20] HOWDEN A J M,STAM R,MARTINEZ HEREDIA V,etal.Quantitative analysis of the tomato nuclear proteome duringPhytophthoracapsiciinfection unveils regulators of immunity [J].NewPhytologist,2017,215(1):309.

        [21] KHAN M M,KOMATSU S.Rice proteomics:recent developments and analysis of nuclear proteins [J].Phytochemistry,2004,65(12):1671.

        [22] MUJAHID H,TAN F,ZHANG J,etal.Nuclear proteome response to cell wall removal in rice(Oryzasativa) [J].ProteomeScience,2013,11(1):26.

        [23] AKI T,YANAGISAWA S.Application of rice nuclear proteome analysis to the identification of evolutionarily conserved and glucose-responsive nuclear proteins [J].JournalofProteomeResearch,2009,8(8):3912.

        [24] GONZLEZ-CAMACHO F,MEDINA F J.Identification of specific plant nucleolar phosphoproteins in a functional proteomic analysis [J].Proteomics,2004,4(2):407.

        [25] ABDALLA K O,THOMSON J A,RAFUDEEN M S.Protocols for nuclei isolation and nuclear protein extraction from the resurrection plantXerophytaviscosafor proteomic studies [J].AnalyticalBiochemistry,2009,384(2):365.

        [26] ABDALLA K O,BAKER B,RAFUDEEN M S,etal.Proteomic analysis of nuclear proteins during dehydration of the resurrection plantXerophytaviscosa[J].PlantGrowthRegulation,2010,62(3):279.

        [27] ABDALLA K O,RAFUDEEN M S.Analysis of the nuclear proteome of the resurrection plantXerophytauiscosain response to dehydration stress using iTRAQ with 2DLC and tandem mass spectrometry [J].JournalofProteomics,2012,75(8):2361.

        [28] FERREIRA B S,BRANCO A T,DE OLIVEIRA M A,etal.Methodological improvements on extraction of nuclear proteins and its preliminary analysis during the maize(ZeamaysL.) endosperm development [J].Protein&PeptideLetters,2006,13(10):981.

        [29] ZUO S S,LUNDAHL P.A micro-bradford membrane protein assay [J].AnalyticalBiochemistry,2000,284(1):162.

        [30] WANG S P,ZHANG G S,SONG Q L,etal.Abnormal development of tapetum and microspores induced by chemical hybridization agent SQ-1 in wheat [J].PLoSOne,2015,10(3):e0119557.

        [31] DEAN R L,MISKIEWICZ E.Rates of electron transport in the thylakoid membranes of isolated,illuminated chloroplasts are enhanced in the presence of ammonium chloride [J].Biochemistry&MolecularBiologyEducation,2010,31(6):410.

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