1996年，申云飛進(jìn)入山西康寶生物制品股份有限公司工作，主要從事醫(yī)藥中間體及原料藥物的合成、精細(xì)化工產(chǎn)品的合成、醫(yī)藥制劑的開發(fā)及制備、中藥提取等領(lǐng)域的研究工作及新藥注冊(cè)報(bào)批工作?；貞泟?cè)霃S的時(shí)候，申云飛說(shuō)：“剛進(jìn)來(lái)就是個(gè)流水線工人啊，后來(lái)領(lǐng)導(dǎo)看我比較努力，讓我當(dāng)了組長(zhǎng)、新產(chǎn)品開發(fā)中心副主任、技術(shù)中心副主任、固體制劑車間主任、紀(jì)檢委書記、總工程師，這一路好像都離不開兩個(gè)字——‘努力’。其實(shí)每個(gè)崗位都很重要，不能因?yàn)樽约簫徫惠p就忽視它，只要一個(gè)環(huán)節(jié)出了問(wèn)題，藥品的質(zhì)量就無(wú)從保障。”

在康寶藥業(yè)的這些年，申云飛主要負(fù)責(zé)產(chǎn)品開發(fā)創(chuàng)新、降低生產(chǎn)成本等工作，引進(jìn)了產(chǎn)學(xué)研項(xiàng)目米氮平、非洛地平、硫酸氨基葡萄糖鉀、硫普羅寧等原料藥的合成工藝及技術(shù)、片劑生產(chǎn)工藝，提高了產(chǎn)品收益，建立了各品種的國(guó)家藥品標(biāo)準(zhǔn)，實(shí)現(xiàn)了規(guī)模化生產(chǎn)。硫酸氨基葡萄糖鉀、米氮平分別被列入了國(guó)家火炬計(jì)劃，“固體制劑擴(kuò)能改造建設(shè)項(xiàng)目”列入2012年國(guó)家發(fā)改委產(chǎn)業(yè)振興和技術(shù)改造項(xiàng)目，得到國(guó)家651萬(wàn)元專項(xiàng)資金的支持。

作為主要研發(fā)人員，申云飛還參與開發(fā)了臨床急救緊缺的血液制品新產(chǎn)品人凝血酶原復(fù)合物、人纖維蛋白原、人凝血因子Ⅷ。其中，人凝血酶原復(fù)合物臨床上已廣泛應(yīng)用于治療乙型血友病和因肝疾患引起的凝血功能異常以及由維生素K缺乏而繼發(fā)的Ⅱ、Ⅶ、Ⅸ、Ⅹ因子低下所致的出血。人纖維蛋白原是凝血因子I，臨床上主要用于搶救和治療各類纖維蛋白原減少導(dǎo)致的出血，如肝病性出血、彌散性血管內(nèi)凝血、產(chǎn)科出血、外傷及外科手術(shù)的出血等，對(duì)治療血友病的合并癥也有一定療效，2012年7月獲得臨床批文，正在進(jìn)入臨床試驗(yàn)。人凝血因子VIII現(xiàn)已完成臨床前研究工作，樣品經(jīng)中國(guó)藥品檢定所檢驗(yàn)合格，現(xiàn)已向國(guó)家藥監(jiān)局申報(bào)臨床審批。隨著以上品種的研發(fā)和投放市場(chǎng)，將可為公司新增產(chǎn)值3億元?！捌髽I(yè)整體搬遷血液制品質(zhì)量升級(jí)建設(shè)項(xiàng)目”列入國(guó)家2011年國(guó)家發(fā)改委戰(zhàn)略性新興產(chǎn)業(yè)和產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整專項(xiàng)，得到國(guó)家982萬(wàn)元財(cái)政資金的支持。