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        Goldeneye 25A身份識(shí)別系統(tǒng)在回族人群的法醫(yī)遺傳學(xué)多態(tài)性

        2018-02-28 02:09:44胡如芳
        中國(guó)司法鑒定 2018年1期
        關(guān)鍵詞:基因座法醫(yī)學(xué)回族

        楊 俊,胡如芳

        (衡陽(yáng)市公安局 刑偵支隊(duì),湖南 衡陽(yáng)421001)

        Goldeneye 25A身份識(shí)別系統(tǒng)(基點(diǎn)認(rèn)知技術(shù)(北京)有限公司)是在Goldeneye 20A身份識(shí)別系統(tǒng)的基礎(chǔ)上,新增加了4個(gè)在中國(guó)人群中多態(tài)性豐富的歐洲核心基因座(D1S1656,D2S441,D10S1248,D19S253)以及一個(gè)用于排除因 Amelogenin(Amel)等位基因丟失造成性別誤判的Y-STR基因座DYS391[1]。該試劑盒可以一次完成23個(gè)常染色體STR基因座、一個(gè)性別基因座以及一個(gè)Y-STR基因座,兼容了歐洲及美國(guó)的數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)要求,在五色熒光檢測(cè)的基礎(chǔ)上盡量多的獲取遺傳信息。鑒于該試劑盒尚無在回族人群中進(jìn)行群體數(shù)據(jù)調(diào)查,本研究采用這一身份識(shí)別系統(tǒng)對(duì)200名回族個(gè)體的遺傳多態(tài)性進(jìn)行調(diào)查,以期為法醫(yī)學(xué)應(yīng)用及研究提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。

        表1 Goldeneye 25A身份識(shí)別系統(tǒng)中STR基因座在回族人群中的等位基因及頻率分布(n=200)

        1 材料與方法

        1.1 樣本

        本研究共采集200名回族健康自愿者的血樣,其中男性100名,女性100名。對(duì)每名志愿者均進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)告知,并簽署知情同意書。

        1.2 試劑與儀器

        Goldeneye 25A身份識(shí)別系統(tǒng)(基點(diǎn)認(rèn)知技術(shù)(北京)有限公司)、9700型擴(kuò)增儀和3130 XL型遺傳分析儀(美國(guó)Thermo Fisher Scientific公司)。

        1.3 PCR擴(kuò)增和STR分型

        采用Chelex-100法進(jìn)行血樣DNA的提取[2]。按照說明書標(biāo)準(zhǔn)體系對(duì)其中包含的23個(gè)常染色體STR基因座、DYS391基因座和 Amelogenin進(jìn)行PCR擴(kuò)增。PCR產(chǎn)物變性后在3130 XL型遺傳分析儀上進(jìn)行毛細(xì)管電泳,用GeneMapper ID v3.2.1軟件對(duì)STR基因座進(jìn)行分型。

        1.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析方法

        采用PowerMarker v3.25軟件[3]對(duì)試劑盒中涉及的23個(gè)常染色體STR基因座進(jìn)行Hardy-Weinberg(H-W)平衡檢驗(yàn)和等位基因分布頻率的計(jì)算;根據(jù)等位基因頻率,進(jìn)行法醫(yī)學(xué)參數(shù)(個(gè)體識(shí)別能力、雜合度、非父排除率和多態(tài)信息含量)計(jì)算。對(duì)其中的DYS391基因座采用直接計(jì)數(shù)法進(jìn)行等位基因頻率的調(diào)查,基因變異度和父權(quán)排除概率的計(jì)算參見文獻(xiàn)[4]。

        2 結(jié)果與討論

        本次檢測(cè)中共涉及200份樣本,其中100份男性樣本在DYS391基因座均檢測(cè)到1個(gè)等位基因,Amel檢測(cè)結(jié)果為X/Y,100份女性樣本在DYS391基因座檢測(cè)結(jié)果均為陰性,Amel檢測(cè)結(jié)果為X/X。

        經(jīng)H-W平衡檢驗(yàn),23個(gè)基因座的檢驗(yàn)p值均大于0.05,等位基因頻率分布見表1,法醫(yī)學(xué)相關(guān)參數(shù)見表2。其中,檢測(cè)到最多等位基因的基因座為Penta E,本次共檢測(cè)到19個(gè),個(gè)體識(shí)別能力達(dá)0.9848,非父排除率為0.8162,多態(tài)信息含量為0.9060。但是在CODIS基因座D3S1358上僅檢測(cè)到5種等位基因,且等位基因15和16在人群中的頻率總和達(dá)0.66。檢測(cè)結(jié)果發(fā)現(xiàn)TPOX和TH01基因座在回族人群中的多態(tài)性最差,多態(tài)信息含量分別為 0.6338和0.6411,這一檢測(cè)結(jié)果與Sinofiler檢測(cè)試劑盒中嘗試采用多態(tài)性更為豐富的D12S391和D6S1043基因座替代TPOX和TH01的初衷一致[5]。經(jīng)連鎖不平衡檢驗(yàn),Goldeneye 25A身份識(shí)別系統(tǒng)中含有的23個(gè)常染色體STR基因座之間相互獨(dú)立,采用乘積定律計(jì)算,累積個(gè)體識(shí)別概率為1-6.88×10-29,累積非父排除概率為1-7.67×10-11,可以應(yīng)用于法醫(yī)學(xué)個(gè)體識(shí)別及親權(quán)鑒定案件中。對(duì)其中含有的Y-STR基因座共檢測(cè)到6種等位基因,在回族人群中的基因變異度為0.4547,父權(quán)排除概率為0.4524,在樣本的性別判斷及父系關(guān)系上可以輔助提供一定的遺傳信息。以上數(shù)據(jù)均表明該身份鑒定系統(tǒng)在回族人群中遺傳信息豐富,可以為法醫(yī)學(xué)實(shí)際檢案及建庫(kù)應(yīng)用。

        表2 Goldeneye 25A身份識(shí)別系統(tǒng)中23個(gè)常染色體STR基因座在回族人群中的法醫(yī)學(xué)參數(shù) (n=200)

        [1]Suhua Zhang, Yingnan Bian, Huaizhou Tian, et al.Development and Validation of a new STR 25-plex Typing System[J].Forensic Science International:Genetics,2015,(17):61-69.

        [2]Walsh PS,Petzger DA,Higuchi R.Chelex-100 as Medium for Simple Extraction of DNA for PCR-based Typing from Forensic Material[J].Biotechniques, 1991,(10):506-513.

        [3]Liu K, Muse SV.(2005) PowerMarker:an Integrated Analysis Environment for Genetic Marker Analysis[J].Bioinformatics, 2005,(21):2128-2129.

        [4]Buckleton JS,Triggs CM,Walsh SJ.Forensic DNA Evidence Interpretation[M].CRC Press, Boca Raton, FL, 2005.

        [5]張茂修,韓淑毅,高洪梅,等.山東漢族人群19個(gè)STR基因座的遺傳多態(tài)性[J].法醫(yī)學(xué)雜志,2013,29 (6):440-446.

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