黃永震, 徐天揚,李麗娟,鄭 立,王俊永,陳 宏,雷初朝*

(1.西北農(nóng)林科技大學動物科技學院, 陜西楊凌, 712100;2.貴州工程應(yīng)用技術(shù)學院畢節(jié)試驗區(qū)研究院, 貴州畢節(jié), 55170;3.河南牧業(yè)經(jīng)濟學院動物科技學院, 河南鄭州, 45004)

隨著分子生物學研究的深入，DNA測序技術(shù)取得了長足的進步，人們的對于遺傳變異的研究逐漸向分子水平發(fā)展，拷貝數(shù)變異便是其中的一種?？截悢?shù)變異(copy number variation)是由基因組發(fā)生重排而導致的異常，異常片段從50bp 到1mb不等，主要表現(xiàn)為基因組的缺失，插入，重組以及多位點的復(fù)雜變異等。拷貝數(shù)在種內(nèi)和種間的分布是通過基因的變異，突變，自然選擇，種群數(shù)量的演變歷史來構(gòu)建的。在一些對于家養(yǎng)動物，如牛，羊，豬，雞，狗等的研究中發(fā)現(xiàn)，拷貝數(shù)變異與一些性狀的表達息息相關(guān)?？截悢?shù)變異相對于單核苷酸多態(tài)性(SNP)來說，其變異的位點更少，序列更長，更容易檢測以及研究，因此在動物的遺傳育種中，有著廣闊的前景。然而，不同于單核苷酸多態(tài)性和微衛(wèi)星，拷貝數(shù)變異的群體遺傳還存在著諸多的未解之謎。

1 拷貝數(shù)變異的檢測方法

拷貝數(shù)變異的檢測方法可以粗略的分為兩種，一種是芯片技術(shù)，另一種是測序技術(shù)。其中芯片技術(shù)主要有微陣列比較基因雜交芯片(array-based comparative genomic hybridization)和單核苷酸多態(tài)性芯片(SNP Array)。aCGH是在全基因組范圍內(nèi)掃描拷貝數(shù)變異區(qū)的高分辨率分子核型技術(shù)。SNP Array 是利用芯片探針的平均信號強度和最小等位基因頻率，并結(jié)合統(tǒng)計模型進行拷貝數(shù)的推斷。然而利用SNP芯片推斷拷貝數(shù)變異的準確性并不比aCGH芯片高，而且不同算法檢測的結(jié)果差異較大。

隨著測序技術(shù)的不斷發(fā)展，直接通過重測序檢測基因組結(jié)構(gòu)變異成為了目前最為有效的檢測方法。二代測序便是近年來在拷貝數(shù)變異檢測中最為常用的方法。二代測序技術(shù)(Next-generation sequencing)又稱高通量測序技術(shù)(High-throughput sequencing), 或深度測序(deep sequencing)。作為新一代的測序技術(shù)，二代測序技術(shù)為更精確的評估拷貝數(shù)變異提供了強大的技術(shù)支持。相較于aCGH芯片和SNP芯片，二代測序技術(shù)可用于確定拷貝數(shù)變異的邊界并且能有效地檢測小片段的拷貝數(shù)變異，同時，它在基因組斷點的檢測上也有很大的優(yōu)勢?？梢灶A(yù)見的是，測序技術(shù)仍然有非常大的進步空間，隨著測序精度的不斷增加以及測序成本的不斷降低，科學家們可以以相對更低的成本對基因組進行更深入的研究。

2 拷貝數(shù)變異的驗證方法

當前主要通過一些以分子雜交和PCR為基礎(chǔ)的技術(shù)對基因組已知拷貝數(shù)變異進行驗證。這些技術(shù)包括熒光原位雜交(FISH)、高通量基因拷貝數(shù)檢測技術(shù)(CNVPLEX)、微滴數(shù)字PCR(ddPCR)和實時定量PCR(qPCR)。熒光原位雜交技術(shù)(FISH)是通過非放射性的方法，通過熒光檢測體系對所要研究的DNA分子進行定性以及定量的分析。高通量基因拷貝數(shù)檢測技術(shù)(CNVPLEX)是在多重連接探針擴增技術(shù)(MLPA)的基礎(chǔ)上改進的一個新技術(shù)，它的優(yōu)勢在于探針分布廣，結(jié)果更精準，操作更簡便，快捷，且通量高。[1]微滴數(shù)字PCR(droplet digital PCR，ddPCR)是一種基于泊松分布原理的核酸分子絕對定量技術(shù)， 在核酸分子的絕對計數(shù)和定量領(lǐng)域具有極大的應(yīng)用潛力。[2]實時定量PCR(Quantitative Real Time PCR, qPCR)是一種在DNA擴增反應(yīng)過程中，以熒光化學物質(zhì)檢測每次聚合酶鏈式反應(yīng)(PCR)循環(huán)后產(chǎn)物總量的方法，它可以在一天內(nèi)對成百上千的拷貝數(shù)變異進行檢測。由于其種種優(yōu)勢，qPCR是當前實驗室中普遍采用的驗證方法。

3 牛羊拷貝數(shù)變異研究進展

近些年來，隨著人們對于拷貝數(shù)變異研究的不斷深入，其在牛羊等家畜的基因組中所產(chǎn)生的影響逐漸被科學家們所重視。一些研究表明，拷貝數(shù)變異可以作為一種分子遺傳標記應(yīng)用于家畜的某些重要性狀的研究，從而為家畜的育種和疾病預(yù)防提供幫助。

3 .1 ?？截悢?shù)變異的研究進展

2010年Bea等[3]利用 牛SNP50 芯片對265頭奶牛進行了分析，檢測到了855個拷貝數(shù)變異。在考慮到一些重疊的區(qū)域后，他們確定了368個獨特的拷貝數(shù)變異區(qū)，涉及538個基因，并最終繪制出了牛CNVs圖譜。

2012年，Jiang等[4]通過牛SNP50芯片檢測了2047頭荷斯坦奶牛的基因組序列。最終檢測到了?；蚪M上的99個拷貝數(shù)變異區(qū)，總長為23.24Mb，其中51個CNV在138頭牛的基因組中完全或者部分重疊，它們對于一些生物學功能如信號通路的傳導，感覺知覺的反應(yīng)和細胞進程有著重要的影響。Bickhart等[5]通過aCGH，qPCR和FISH等方法對5頭黃牛和1頭瘤牛進行了全基因組檢測，他們一共檢測了1265個拷貝數(shù)變異區(qū)，發(fā)現(xiàn)一些與病菌和抗病菌相關(guān)的基因在Nelore牛中大量的復(fù)制，與脂肪運輸和新陳代謝相關(guān)的基因在肉牛中大量的復(fù)制。在這些CNVR中還發(fā)現(xiàn)了一些可能與繁殖、適應(yīng)性和生產(chǎn)性狀相關(guān)聯(lián)的基因如BPAFA2A和WC1等。

2013年，Choi等[6]在對黑安格斯牛，韓牛，荷斯坦牛的研究中發(fā)現(xiàn)與CNVS相關(guān)的某些影響刺激應(yīng)答，細胞分化和免疫系統(tǒng)進程的基因發(fā)生了重疊。2014年，他們[7]運用illumina Hiseq 2000測序平臺對三種韓國本地牛，即韓牛，Heugu牛，和韓國荷斯坦牛進行了全基因組分析，檢測出1040萬個SNPs位點 ，其中54.12%是首次發(fā)現(xiàn)。他們還檢測了1 063 267個基因組間的插入與缺失。在韓牛，濟州島Heugu牛，韓國荷斯坦牛和先前檢測的chikso牛中分別得到了53，65，82和45個可能的純合區(qū)。

PLA2G2D是先天的免疫基因，并且會對促性腺激素釋放激素和MARK信號起作用。有研究證實PLA2G2D基因的拷貝數(shù)變異與荷斯坦牛的總優(yōu)劣指數(shù)相關(guān)[8]。2014年，Zhang等[9]在24頭中國黃牛中檢測到486個拷貝數(shù)變異區(qū)(占基因組2.45%)；在2頭牦牛中檢測到161個拷貝數(shù)變異區(qū)，在3頭水?；蚪M中檢測到163個拷貝數(shù)變異區(qū)。通過qPCR，發(fā)現(xiàn) CNVR22對于PLA2G2D基因的表達有著顯著的負調(diào)控作用，并且CNVR22和CNVR310與中國地方黃牛的身體尺寸顯著相關(guān)，這一結(jié)果表明拷貝數(shù)變異對基因表達具有一定的調(diào)控作用。

Shin等[10]運用二代測序技術(shù)對10頭荷斯坦奶牛和22頭韓牛進行了分析。32頭牛的測序深度為13～20乘。通過檢測所分析個體中的6811個缺失的CNVs(平均長度為2 732 bp，占了?；蚪M的0.74%)，發(fā)現(xiàn)了10個和神經(jīng)傳遞有關(guān)的基因(NCAM2, PIK3C2G, EFNA5, RASGRF2, UNC13C, GUCY1A2, ACCN1, GRM7, DCDC2和PCDH15)，其中有5個基因在之前的研究中被發(fā)現(xiàn)與神經(jīng)信號傳遞有關(guān)，有6個基因與神經(jīng)元運動有關(guān)。另外，他們還發(fā)現(xiàn)了8個與神經(jīng)形成有關(guān)的基因(NCAM2, EFNA5, MDGA2, KLHL1, SLIT3, PRKG1, PCDH15和FAT3)。

2014年，Xu 等[11]通過牛SNP50芯片對26362頭荷斯坦牛的產(chǎn)奶性狀進行了拷貝數(shù)變異分析，結(jié)果表明，在22條常染色體上發(fā)現(xiàn)了34個拷貝數(shù)變異，且這些變異至少與一個影響產(chǎn)奶量的基因密切相關(guān)。隨后，他們又進一步的調(diào)查了CNV與鄰近的SNP的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)17個CNVs與tag SNPs重疊，40個CNVs與tag SNP臨近，從而得出了由CNV和SNP共同影響的與產(chǎn)奶量相關(guān)的基因比單獨由SNP或CNV所影響的基因變異頻率高這一結(jié)論。他們還利用SNP芯片檢測了8種牛的拷貝數(shù)變異，通過對種內(nèi)與種間地理特征的差異分析[12]，揭示了種群結(jié)構(gòu)與地理位置的強相關(guān)性。通過對歐洲黃牛，非洲黃牛和瘤牛這三個品種進行兩兩比較，他們得到了78個高度區(qū)分的獨特拷貝數(shù)變異區(qū)，其中有一些變異是由自然選擇造成的。同時，他們檢測到了10個存在拷貝數(shù)變異區(qū)重疊的基因(CDH18, GDAP1l1, HIATL1, IGLL1, ITGB8, KCNIP3, LCT, NETO1和SHISA9)。前期的研究表明，這些基因與抗寄生蟲，免疫應(yīng)答，體型，受精和產(chǎn)奶等生產(chǎn)性能相關(guān)。

2015 Gurgul等[13]通過牛SNP50芯片對859頭荷斯坦牛和301頭波蘭紅牛(Polish Red)的CNV進行了檢測。在荷斯坦牛中，共發(fā)現(xiàn)了648個拷貝數(shù)變異，長度為168.6Mb，這些拷貝數(shù)變異可以產(chǎn)生91個不重復(fù)的變異區(qū)。在波蘭紅牛中，共檢測到62個CNV，長度為22.3Mb，占牛常染色體基因組0.89%，在這些變異區(qū)中，共涉及1192個基因。Ben等[14]通過牛SNP芯片研究了與荷斯坦奶牛的拷貝數(shù)變異區(qū)相關(guān)的7個重要的經(jīng)濟性狀：乳脂肪，乳蛋白，體細胞數(shù)，空懷期天數(shù)，體型，蹄角度和乳房深度。一些拷貝數(shù)變異區(qū)被證實存在于荷斯坦奶牛的種群中，通過對其中的部分拷貝數(shù)變異區(qū)進行獨立驗證，發(fā)現(xiàn)一些相對有利的等位基因的頻率在增加。Mekki Boussaha等[15]對?；虻慕Y(jié)構(gòu)變異做了大規(guī)模的調(diào)查，共檢測到547個缺失和410個串聯(lián)重復(fù)片段，這些區(qū)域都有可能產(chǎn)生拷貝數(shù)變異。通過一種新型的高通量基因分型技術(shù)，他們檢測到了331個結(jié)構(gòu)變異，其中255個(77%)產(chǎn)生了有利的基因型，191個(75%)被證實。

2016年，Zhou等[14]比較了1 682頭內(nèi)洛爾牛(Nellore)中的拷貝數(shù)變異。該研究比較了拷貝數(shù)區(qū)段在不同性別、種群中出現(xiàn)的頻率，發(fā)現(xiàn)了9個由于基因組組裝錯誤引起的長度為0.8Mbp拷貝數(shù)區(qū)段。在內(nèi)洛爾牛的基因組中檢測到了大量存在于chr5基因上長度為54kb的缺失。在這些CNVs相關(guān)基因中，大多數(shù)與嗅覺和嗅覺受體活性，ATP結(jié)合盒和主要的組織相容性復(fù)合物相關(guān)。他們的研究表明，由于錯誤判斷和血緣差異等因素的影響，可能存在拷貝數(shù)變異區(qū)的誤判，這對于提高未來對瘤牛和黃?？截悢?shù)研究的精確性有著很大的幫助。他們還利用?；蚪M的70000個SNP探針去檢測2230頭洛內(nèi)爾牛(Nellore)的基因組中共有的拷貝數(shù)變異區(qū)[15]，并且將檢測的拷貝數(shù)變異區(qū)間于9個生長性狀進行GWAS分析，發(fā)現(xiàn)在17個拷貝數(shù)變異區(qū)中，有3個對于所有的生長性狀都非常重要，其中，KCNJ12基因?qū)ε５募∪獍l(fā)育起重要作用。

Bickhart等[16]對54頭黃牛和21頭瘤牛的的基因組進行了測序，共發(fā)現(xiàn)1 853個CNVR變異區(qū)，共87.5Mb，占?；蚪M總長度的3.1%，其中121個CNV基因區(qū)既存在品種的特異性也存在種間的微小差異，例如奶牛品種中的RICTOR基因(與老年性骨質(zhì)疏松疾病有關(guān))和肉牛品種中的PNPLA3基因(與肝硬化疾病有關(guān))。相反的是PRP(prolactin-related protein)和PAG(pregnancy-associated glycoprotein)在所有被測序的黃牛和瘤牛中都發(fā)生了復(fù)制，以上結(jié)果證明了拷貝數(shù)變異的亞功能化，新功能化和超顯性等在一些與生殖相關(guān)的基因中起到了多元化的功能和作用。

2017年，Yang等[17]通過對6個種群的牛的拷貝數(shù)檢測，研究了CYP4A11基因?qū)τ谠鲩L和基因表達的生物學效應(yīng)的影響。經(jīng)過關(guān)聯(lián)分析，發(fā)現(xiàn)CYP4A11 CNV對于增長性狀具有正向的影響，并且CYP4A11基因在體外的的過表達對于脂質(zhì)沉積有影響。此外，Sun[18]等通過全基因組重測序技術(shù)對8頭荷斯坦奶牛進行了研究，其中有4頭來自全同胞家系，另外4頭來自半同胞家系。家系中乳蛋白和乳脂肪的估計育種值都極高或者極低，測序深度為8.2到11.9乘。他們共檢測到了14,821個CNVs,包括5025個重復(fù)和9796個缺失。在拷貝數(shù)變異區(qū)中，他們共發(fā)現(xiàn)了235個功能基因。這些基因大多數(shù)與蛋白質(zhì)，脂質(zhì)的代謝，胰島素的合成，催乳素信號通路，胰島素信號通路和AMPK信號通路有關(guān)。2017年，keel等[19]對154頭純種的公牛的拷貝數(shù)變異進行了研究，這些公牛來源于美國最常見的7個肉牛品種：海福特牛，夏洛萊牛，安格斯牛，紅安格斯牛，西門塔爾牛，蓋普威牛和利木贊牛。他們測定了1 341個拷貝數(shù)變異區(qū)，占?；蚪M的6.7%，共包含2 465個編碼蛋白的基因。Letaief等[20]利用全基因組測序?qū)?個法國肉牛和奶牛品種的200頭牛進行了研究，發(fā)現(xiàn)了4 178個可能的變異，其中，有1100個缺失和重復(fù)包含了1 803個對于分子功能有顯著影響的基因。GBP2基因具有調(diào)控細胞增殖的作用。2018年，Zhang等[21]對于牛基因組中的GBP2基因的拷貝數(shù)變異做了進一步的研究，他們發(fā)現(xiàn)GBP2基因的拷貝數(shù)變異與生長性狀關(guān)系顯著。

3.2 綿羊拷貝數(shù)變異的研究進展

2013年，Liu等[22]通過綿羊SNP50芯片分析了三個不同品種綿羊的基因組，檢測到了238個拷貝數(shù)變異區(qū)(長度為60.35 Mb)，其中有219個缺失，13個插入，6個既有缺失又有插入。有75個拷貝數(shù)變異區(qū)出現(xiàn)的頻率大于3%。通過功能性研究發(fā)現(xiàn)，在拷貝數(shù)變異區(qū)內(nèi)的基因大多數(shù)都與環(huán)境應(yīng)答有關(guān)。2016年，Jenkins等[23]首次利用三種方法(SNP,aCGH,全基因組測序)對綿羊基因組的拷貝數(shù)變異進行了綜合性的檢測，他們檢測到了3488個拷貝數(shù)變異區(qū)，約占綿羊基因組常染色體的2.7%。

中國綿羊根據(jù)尾巴的形態(tài)可分為三種類型，肥尾羊，肥臀羊和瘦尾羊。2016年，Zhu等[24]通過綿羊的高密度600kSNP微陣列檢測了三種中國本地羊(肥尾寒羊，阿爾泰羊和藏羊)的全基因組拷貝數(shù)變異，檢測到了490個拷貝數(shù)變異區(qū)，其中10個拷貝數(shù)變異區(qū)被隨機的選擇出來，8個被證明有效。7個與脂肪沉積相關(guān)的基因(PPRAR, RXRA, KLF11, ADD1, PDGFA, FASN, PPP1CA和PEX6)在肥尾寒羊的拷貝數(shù)變異區(qū)中被發(fā)現(xiàn)。5個與脂肪沉積有關(guān)的基因(PEX6,RXRA,FASN,PPP1CA和PDGFA)在阿爾泰羊的拷貝數(shù)變異區(qū)中被發(fā)現(xiàn)。在藏羊中，RXRA基因被發(fā)現(xiàn)與脂肪沉積有關(guān)，ALKBH5和NARFL基因被發(fā)現(xiàn)與適應(yīng)高海拔地區(qū)的環(huán)境相關(guān)。被檢測的拷貝數(shù)變異區(qū)中有3160個基因，通過多水平生物信息學分析，發(fā)現(xiàn)它們可能參與了脂肪的沉積，GTP酶的調(diào)節(jié)以及多肽受體的合成。這是第一張對于這三種類型的中國本地羊的高分辨率CNV圖譜，為研究隱藏在羊基因組結(jié)構(gòu)變化中的經(jīng)濟效益提供了有價值的信息。

2017年，Yang等[25]人以分散在中國各地的綿羊作為主體，通過SNP微陣列檢測到了619個CNVR，約占綿羊基因組的6.9%。通過進一步的研究，他們在一些重疊的拷貝數(shù)變異區(qū)發(fā)現(xiàn)了一些影響胎兒肌肉生長，前列腺素形成以及骨色的基因。Ma等[26]利用SNP微陣列對48頭中國灘羊進行了研究，測定出1 296個拷貝數(shù)變異區(qū)，占綿羊基因組的4.7%。這些拷貝數(shù)變異區(qū)中包含了大量與脂肪代謝和GTP酶活性相關(guān)的基因。

3.3 山羊拷貝數(shù)變異的研究進展

2010年，為了研究NR3C2基因的拷貝對于具體的適應(yīng)惡劣干燥的環(huán)境的性狀的影響，F(xiàn)ontanesi等[27]檢測了161個拷貝數(shù)變異，其中多數(shù)來自薩能奶山羊，少數(shù)來自三個當?shù)氐纳窖蚱贩N。該研究發(fā)現(xiàn)了127個拷貝數(shù)變異區(qū)，其中包括86個缺失和41個插入，大小從24kb到1.07Mb不等，且這些變異區(qū)也存在于?；蚪M中。這表明，有一些常染色體區(qū)有可能包含著在不同物種間重復(fù)出現(xiàn)的拷貝數(shù)變異區(qū)。同時他們發(fā)現(xiàn)山羊的拷貝數(shù)變異區(qū)可以導致特殊的環(huán)境適應(yīng)性功能，這對于理解變異和選擇進程有著重要的作用。2011年，他們[28]通過aCGH芯片研究了意大利山羊的拷貝數(shù)變異。檢測了到127個拷貝數(shù)變異區(qū)，大小為11.47 Mb。通過對羊和?；蚪M拷貝數(shù)變異區(qū)的比較分析，發(fā)現(xiàn)有些染色體區(qū)域包含一些種間特異的拷貝數(shù)變異區(qū)，同時在山羊中過表達的一些與環(huán)境適應(yīng)相關(guān)的基因在其他的哺乳動物中也被發(fā)現(xiàn)。

Dong等[29]通過對比野山羊(Capra aegagrus)和家山羊的基因組，在家養(yǎng)山羊中檢測到13個與皮毛顏色有關(guān)的發(fā)生了拷貝數(shù)變異的基因，其中AISP基因的拷貝數(shù)重復(fù)是導致了家養(yǎng)山羊的被毛顏色變淺的主要原因。鹽皮質(zhì)激素受體可以參與水鹽平衡的調(diào)節(jié)，這對于血壓和鉀穩(wěn)態(tài)有著重要的作用。研究發(fā)現(xiàn)NR3C2基因可以編碼鹽皮質(zhì)激素受體。在人類中，這個基因的突變會導致常染色體顯性假性甲狀旁腺功能衰退癥。該基因還與早期的高血壓有關(guān)，但其過表達可以減少前腦的焦慮行為。

南非的波爾山羊有白色斑點的表形，其色素僅僅聚集頭上。2016年，為了探究波爾山羊種內(nèi)的毛色表型的變異，F(xiàn)iona等[30]通過全基因組關(guān)聯(lián)分析，在17號常染色體上找到了導致白色斑點表形的位點，并通過全基因組測序檢測出長度為1Mb的拷貝數(shù)變異區(qū)域，該區(qū)域含有內(nèi)皮素1受體(Endothelin A receptor, EDNRA)等5個基因。通過對358頭波爾山羊的序列進行分析，發(fā)現(xiàn)EDNRA基因的c.385位置發(fā)生了一個A 到 G的錯義突變，而且，這個突變所在的區(qū)域伴隨著1～3個拷貝數(shù)重復(fù)的變化。這項研究證明山羊的白色斑點與該區(qū)域的SNP和CNV重復(fù)次數(shù)有著一定的關(guān)系(棕色是野生型，沒有發(fā)生CNV和SNP的變化)。他們提出了一個假設(shè)：EDNRA的一個突變引起的異位超表達，清除了EDN3對 EDNRB信號和正常的黑素細胞的發(fā)展的需要，引起波爾山羊由于身體的皮膚缺乏素黑素細胞，導致白色波爾山羊表型的出現(xiàn)。

4 應(yīng)用與展望

隨著現(xiàn)代分子生物學技術(shù)的不斷發(fā)展，分子育種近年來成為了研究者們研究的熱點。要尋找全基因組范圍內(nèi)的遺傳變異，分子遺傳標記便顯得格外的重要。近些年來，SNP已成為了最被人們所重視的分子遺傳標記?？茖W家們對于家畜基因組的SNP位點進行了大量的研究，并發(fā)現(xiàn)了許多的位點，這些位點中有一些已經(jīng)被用于家畜育種的研究中。但是，SNP其本身的局限性限制了其作為分子遺傳標記的進一步發(fā)展。由于SNP是單一位點的變異，對于基因表達調(diào)控的影響并不是十分的顯著，科學家們所檢測到的數(shù)量眾多的SNPs中，也只有很少的一些屬于關(guān)鍵的基因變異，這便成為了 SNP作為分子遺傳標記的瓶頸。

在這期間，主要表現(xiàn)為基因組大片段的缺失，插入，重組以及多位點的復(fù)雜變異的拷貝數(shù)變異逐漸走入了研究者們的視野。因其相對于SNP變異片段長度更長 (50bp 到數(shù)Mb不等)，對于基因的調(diào)控和表達所造成的影響更為顯著，故可以作為新一代的分子遺傳標記應(yīng)用于家養(yǎng)動物的育種工作中。許多科學家的研究都表明了拷貝數(shù)變異可以引起家養(yǎng)動物性狀的改變以及疾病的調(diào)控，對拷貝數(shù)變異的研究可以為深入研究基因變異與表型性狀的關(guān)系打下基礎(chǔ)，并揭示數(shù)量性狀如產(chǎn)奶量，乳脂肪，乳蛋白等與基因和分子機制的關(guān)系。利用與重要經(jīng)濟性狀相關(guān)的功能基因的拷貝數(shù)變異，通過構(gòu)建統(tǒng)計模型，把拷貝數(shù)變異整合到基因組的選擇中，可估計遺傳進展，同時可以得到基因組結(jié)構(gòu)變異所隱藏的經(jīng)濟性狀的改變，從而為畜禽的育種提供有用的基因標記資源。雖然目前對于拷貝數(shù)變異的檢測與研究仍處于起步階段，但隨著測序技術(shù)的不斷進步，以及拷貝數(shù)自身所具有的優(yōu)勢，CNV可以作為一種新的分子遺傳標記應(yīng)用于家畜的重要經(jīng)濟性狀，動物的遺傳育種以及疾病致病機理的研究。我們有理由相信，在未來拷貝數(shù)變異可以被更廣泛的應(yīng)用于畜禽遺傳育種工作中。