李開吾
(鹽城市第二人民醫(yī)院 江蘇 鹽城 224002)
世界范圍內(nèi)隨著各種因素,特別是環(huán)境因素的不斷改變,全世界的結(jié)核預(yù)防及控制工作顯得非常緊迫,在新技術(shù)、新方法不斷推陳出新的情況下:出現(xiàn)了LAMP、XPERT、以及PCR等系列的方法學(xué),DNA微陣列基因芯片法,在臨床試驗(yàn)中的應(yīng)用,得以在我科開展,現(xiàn)就我市的開展情況作如下的探討。
(1)所有試劑均為博奧公司提供的成品,同時(shí)提供了全套設(shè)備包括:擴(kuò)增儀,雜交恒溫儀,洗滌干燥儀,恒溫振蕩儀,金屬浴,快速提取儀,微量離心機(jī)。(2)自備的有4.0%NaOH、N-乙酰-L-半胱氨酸,蒸餾水,生理鹽水,移液器,吸頭,8連排管等。(3)病源標(biāo)本為我院接收的全市7縣區(qū)的痰檢樣本及羅氏培養(yǎng)菌株,計(jì)848例,其中痰樣本769例,菌株79例,年齡段在21至86歲之間,男性596例,女性252例。
博奧公司提供的結(jié)核分枝桿菌DNA微陣列法的操作流程:
(1)標(biāo)本準(zhǔn)備:按照操作規(guī)程要求,按留取的痰檢后標(biāo)本,LAMP檢測的標(biāo)本,XPERT檢測的標(biāo)本,以及羅氏培養(yǎng)后的菌株標(biāo)本,鏡檢結(jié)果在:2~5條/300HP、1+、2+到4+不等[1]。
(2)液化處理:采用0.5%N-乙酰-L-半胱氨酸的4%NaOH加等量處理液化、振蕩及36℃恒溫箱中放置不同時(shí)間,觀察液化狀況,以及后續(xù)加0.5%酚酞指示劑和4%HCL處理等過程。觀察到吸取不粘稠,吸出不成絲,吹出呈點(diǎn)滴狀備用[1]。
(3)提取核酸標(biāo)本:液化好的標(biāo)本吸取1ml放入離心管中,12000rpm/分,離心6分鐘,棄去上清液,再加入1ml生理鹽水洗滌振蕩至底物漂浮上來后,離心12000rpm/分,6分鐘,取出,吸取上清液棄去,盡量吸干凈,加入50ul的核酸提取液,菌株直接挑取一個(gè)菌落于提取管中,用移液器直接混勻吸入后移至提取管中,蓋好后振蕩10分鐘,放入金屬浴5分鐘裂解,取出離心10000rpm/分,1分鐘備用[3]。
(4)擴(kuò)增:準(zhǔn)備所需檢標(biāo)本數(shù)的3排8連排管,室溫或36℃ 溫箱中融化酶試劑PCR1.2.3,每管加酶試劑18ul,再加提取液4ul,加蓋后離心瞬間10000rpm/分,打開擴(kuò)增儀,設(shè)置程序,擴(kuò)增2小時(shí)44分,后在擴(kuò)增儀中95℃變性10分鐘,取出放入冰水混合物中5分鐘備用。
(5)雜交:準(zhǔn)備雜交盒及微陣列芯片及8連排管2排,將雜交混合液取出放入室溫回復(fù)至復(fù)融狀態(tài),每管加樣9ul,按順序加入擴(kuò)增DNA模板1+2;1+3液各4ul于相應(yīng)的8連排管中,混勻備用,點(diǎn)樣,吸取12.5uL分別為rpo B和KatG及inhA DNA模板液于芯片小孔內(nèi),然后輕輕振蕩后,加蓋閉合后放入恒溫雜交儀中雜交2小時(shí)取出[4]。
(6)洗滌:取出雜交盒,打開取出芯片置于片架上,放入準(zhǔn)備好的洗滌儀中清洗,待清洗完后,取出放入干燥儀中干燥5分鐘取出備檢。
(7)判讀結(jié)果:打開熒光判讀儀及電腦進(jìn)入程序,并輸入數(shù)據(jù)及信息,插入芯片,開始檢測,判讀熒光數(shù)值及結(jié)果判讀,確定其類型。
2017年8月26日—2018年5月31日間共檢測848例我市7縣區(qū)的結(jié)核臨床、門診標(biāo)本。①野生型:451例,占53.18%;②雙特變型人數(shù)為61例,為7.19%,單突變數(shù)59例,其中rpoB型31例占3.66%,KatG 或inhA為28例,占3,30%;③TB.DNA<1000數(shù)為125例,占14.74%;④分枝桿菌數(shù)54例,占6.37%;⑤樣本異常數(shù)(條帶不正常)79例,占9.32%;⑥復(fù)檢數(shù)19例,占2.24%;⑦復(fù)檢成功8例,占42.11%;總突變數(shù)120例,占14.15%。上述的分布情況即為結(jié)核3種基因型微陣列法的檢測情況。
通過結(jié)核分枝桿菌DNA微陣列法檢測全市此期間的848例標(biāo)本,初步得出此時(shí)間段的我市結(jié)核病人的分布情況以及耐藥基因的出現(xiàn)率;同時(shí)提供給臨床及時(shí)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù),指導(dǎo)臨床進(jìn)行合理的用藥及治療,減少對病人用藥的盲目性,更具臨床針對性,為我市的近期結(jié)核預(yù)防提供有用的流行病學(xué)資料。