亚洲免费av电影一区二区三区,日韩爱爱视频,51精品视频一区二区三区,91视频爱爱,日韩欧美在线播放视频,中文字幕少妇AV,亚洲电影中文字幕,久久久久亚洲av成人网址,久久综合视频网站,国产在线不卡免费播放

        ?

        煙草不同部位內(nèi)生細菌的多樣性

        2018-01-06 16:59:05林麗陳澤斌何群香徐松萍華金珠黃麗徐勝光
        江蘇農(nóng)業(yè)科學 2017年22期
        關鍵詞:內(nèi)生宿主煙草

        林麗+陳澤斌+何群香+徐松萍+華金珠+黃麗+徐勝光

        摘要: 為了揭示煙草不同器官中內(nèi)生細菌的分布規(guī)律,應用Illumina測序平臺的MiSeq高通量測序儀對煙草根、莖、葉中內(nèi)生細菌的16S rDNA-V4區(qū)擴增子進行測序,對測得數(shù)據(jù)進行生物信息學分析,評價物種α多樣性和β多樣性。經(jīng)FLASH軟件對序列進行拼接,莖、葉、根樣品分別獲得36 129、60 312、52 573條原始序列,經(jīng)Qiime軟件過濾,再剔除宿主的葉綠體和線粒體序列,最終分別得到35 190、58 938、51 268條有效序列,在97%的序列相似性水平上,這些有效序列被Uparse軟件劃分為1 447、1 141、1 220個操作分類單元(OTUs)。序列比對結(jié)果表明,在根、莖、葉中芽球菌屬(Blastococcus)、鞘氨醇單胞菌屬(Sphingomonas)為優(yōu)勢菌。類諾卡氏菌屬(Nocardioides)、鏈霉菌屬(Streptomyces)、Gemmatimonadaceae屬、Gaiella屬、壤紅桿菌屬(Solirubrobacter)、假單胞菌屬(Pseudomonas)細菌表現(xiàn)出組織專一性,主成分分析表明,根和葉中內(nèi)生細菌群落結(jié)構最為相似。煙草植株內(nèi)蘊含豐富的細菌資源,受組織結(jié)構及成分因素影響表現(xiàn)出器官差異性,即莖>根>葉。通過對煙草不同部位內(nèi)生細菌多樣性進行研究,可為煙草植物生物活性內(nèi)生菌株的發(fā)掘利用提供理論依據(jù)。

        關鍵詞: 煙草;營養(yǎng)器官;內(nèi)生細菌;組成;多樣性;分布規(guī)律;生物信息學;宿主;優(yōu)勢菌;基因工程菌

        中圖分類號: S572.01;Q939.92 文獻標志碼: A

        文章編號:1002-1302(2017)22-0274-05

        植物內(nèi)生細菌(endophytic baeteria)泛指那些在其生活中的一定階段或全部階段生活于健康植物體內(nèi)對植物器官未引起明顯病害癥狀的微生物[1]。近年來,已知在地球上接近30種的高等植物中每個物種都與多種內(nèi)生細菌共生[2]。對煙草植物中內(nèi)生細菌的報道早就出現(xiàn)了,但大多采用一代測序進行研究分析,運用二代測序進行研究分析的報道少之又少。因此,本研究采用Illumina高通量測序平臺的MiSeq測序儀對煙草不同部位內(nèi)生細菌的16S rDNA擴增子進行二代測序,相較于傳統(tǒng)的組織培養(yǎng)法以及基于一代測序的非培養(yǎng)方法,測序費用低,測序深度更大,檢測靈敏度更高,從而能更好地實現(xiàn)對煙草不同部位內(nèi)生細菌種類的準確調(diào)查,從而加深對煙草內(nèi)生細菌種群結(jié)構的了解。

        內(nèi)生細菌是一個多樣性豐富的微生物類群,生活于健康植物的各個組織和細胞間隙內(nèi),具有穩(wěn)定的生存空間,不易受環(huán)境條件的影響,可以在植物體內(nèi)獨立地分裂繁殖和傳遞,并與宿主植物協(xié)同進化[3]。內(nèi)生細菌長期生活在植物組織內(nèi),與宿主形成共生關系,生態(tài)適應性強,產(chǎn)生活性物質(zhì),并參與信息轉(zhuǎn)導作用直接作用于宿主本身,植物內(nèi)生細菌能夠促進宿主植物的生長、提高宿主植物的抗病蟲害能力、增強宿主植物抗逆性[4],提高宿主植物對環(huán)境的適應性,加強系統(tǒng)的生態(tài)平衡。研究表明,高等植物中普遍存在內(nèi)生細菌,據(jù)不完全文獻統(tǒng)計,截至2010年,在各種農(nóng)作物及經(jīng)濟作物中發(fā)現(xiàn)的內(nèi)生細菌已超過129種,分屬于54個屬,主要為假單胞菌屬(Pseudomonas)、腸桿菌屬(Enterobacter)、芽孢桿菌屬(Bacillus)、泛菌屬(Pantoea)、甲基桿菌屬(Methylobacterium)等[5]。陳澤斌等采用研磨組織稀釋分離法分離煙草植株中的內(nèi)生細菌,對不同組織器官、不同生長期的煙草內(nèi)生細菌菌群密度進行研究。結(jié)果表明,煙株的根、莖、葉中均存在大量的內(nèi)生細菌,煙草內(nèi)生細菌的分布存在品種差異、生長期差異、組織部位差異。在整個生育期中,以成熟期內(nèi)生細菌的數(shù)量最多[6]。他們還采用稀釋平板法從健康煙草的根、莖、葉組織中分離到267株內(nèi)生細菌,并利用細菌菌落表征性狀和16S rRNA序列對這些分離物進行多樣性分析。經(jīng)克隆測序分析表明,這267株分離物分別與GenBank中6類細菌中的21個已知種相似性達到98%~99%[7]。王茂勝等為揭示煙草內(nèi)生細菌多樣性,選擇K326、云85和紅花大金元3個烤煙品種進行內(nèi)生細菌的分離和16S rDNA序列分析鑒定,獲得不同品種煙草內(nèi)生細菌的多樣性特征。結(jié)果顯示,3個品種的香農(nóng)指數(shù)以K326最高,為2.02;其次是云煙85,為1.48;紅花大金元最低,為1.30[8]。這些研究進展所采用的都是一代測序技術,然而早期一代測序技術普遍存在諸如文庫構建過程復雜、測序成本較高、通量低、難以做大量的平行測序等缺點。為了克服上述缺點,筆者利用近年來發(fā)展的新二代測序技術,不僅在文庫構建等方面取得了重要突破,進一步簡化了測序操作,降低了測序成本,縮短了測序時間;而且二代測序技術的出現(xiàn)使DNA測序的通量有所提高,原來只有在大型測序中心才能完成的測序任務現(xiàn)在已經(jīng)可以在更多的實驗室展開。本研究采用近年來興起的Illumina MiSeq二代測序技術對煙草根、莖、葉內(nèi)生細菌種類組成進行分析,相較于傳統(tǒng)的純培養(yǎng)方法及以16S rDNA為基礎的非培養(yǎng)方法,能夠產(chǎn)生測序覆蓋深度更大的數(shù)據(jù)量,從而對煙草內(nèi)生細菌的種類進行全面而準確的調(diào)查,為豐富植物微生態(tài)學理論及基因工程菌的研究和應用奠定基礎。

        1 材料與方法

        1.1 試驗材料

        2016年7月27日于云南省宣威市落水鎮(zhèn)試驗田隨機選取10株成熟期健康無明顯病害煙草,煙草品種為云煙87,采集其根、莖、葉放入無菌樣品袋中,均勻混合,低溫保鮮,24 h內(nèi)進行表面消毒處理。

        1.2 表面消毒

        將烤煙根、莖、葉用滅菌水沖洗干凈,先用1%次氯酸鈉浸泡5 min,再用75%乙醇浸泡2 min,無菌水沖洗3次,用無菌濾紙吸干表面水分,表面消毒效果接近100%[9]。

        1.3 總DNA提取

        按參考文獻[10]所采用的CTAB方法提取根、莖、葉的總DNA,并用0.8%瓊脂糖凝膠電泳檢查DNA的完整度和濃度,并將剩余的樣品存于2 mL離心管中,使用無菌水稀釋樣品DNA至1 ng/μL。endprint

        猜你喜歡
        內(nèi)生宿主煙草
        煙草具有輻射性?
        病原體與自然宿主和人的生態(tài)關系
        科學(2020年3期)2020-11-26 08:18:22
        植物內(nèi)生菌在植物病害中的生物防治
        龜鱉類不可能是新冠病毒的中間宿主
        內(nèi)生微生物和其在作物管理中的潛在應用
        “黨建+”激活鄉(xiāng)村發(fā)展內(nèi)生動力
        授人以漁 激活脫貧內(nèi)生動力
        煙草依賴的診斷標準
        煙草中茄酮的富集和應用
        表現(xiàn)為扁平苔蘚樣的慢性移植物抗宿主病一例
        水蜜桃在线观看一区二区国产| 国产成人免费a在线视频| 男人j进女人j啪啪无遮挡| 一区二区国产在线观看| 亚洲区精品久久一区二区三区女同 | 国产精品成人va| 99热久久只有这里是精品| 给我看免费播放的视频在线观看| 中文字幕日韩精品一区二区三区| 欧美性猛交xxxx黑人| 无码伊人久久大杳蕉中文无码| 成人高清在线播放视频| 香港aa三级久久三级| 免费人成再在线观看网站| 亚洲人成网站www| 亚洲色图专区在线观看| 51看片免费视频在观看| 亚洲肥老熟妇四十五十路在线| 精品国产又大又黄又粗av| 中文字幕人妻少妇伦伦| 亚洲欧美综合区自拍另类| 国产成人精品免费久久久久| 日本一区二三区在线中文| 国产三级a三级三级| 中国猛少妇色xxxxx| caoporon国产超碰公开| 日韩人妻免费视频一专区 | 亚洲成人av在线蜜桃| 熟女无套内射线观56| 99热这里只有精品4| 国产黄色一级到三级视频| 精品国产一区二区三区2021| 中日av乱码一区二区三区乱码| 第九色区Aⅴ天堂| 亚洲黄色一级在线观看| 又大又粗又爽18禁免费看| 久久久亚洲欧洲日产国产成人无码| 久久综合加勒比东京热| 国产精品久久久久久| 波多野结衣aⅴ在线| 日本最新一区二区三区视频|