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        中國(guó)漢族人群白癜風(fēng)6q27區(qū)域易感基因精細(xì)定位研究

        2017-08-07 10:16:31李增剛鄭曉東周伏圣唐先發(fā)
        關(guān)鍵詞:白癜風(fēng)連鎖分型

        高 敏 李增剛 鄭曉東 周伏圣 唐先發(fā)

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        ·論著·

        中國(guó)漢族人群白癜風(fēng)6q27區(qū)域易感基因精細(xì)定位研究

        高 敏 李增剛 鄭曉東 周伏圣 唐先發(fā)

        目的: 對(duì)中國(guó)漢族人群白癜風(fēng)6q27易感區(qū)域進(jìn)行精細(xì)定位研究,以期發(fā)現(xiàn)白癜風(fēng)易感基因。方法: 收集2942例白癜風(fēng)患者和2850名正常對(duì)照標(biāo)本,對(duì)6q27易感區(qū)域內(nèi)的24個(gè)標(biāo)簽SNP位點(diǎn)進(jìn)行基因分型。采用Plink 1.07和SPSS19.0軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,同時(shí)進(jìn)行條件回歸分析和連鎖不平衡分析。結(jié)果: (1)SNP位點(diǎn)rs2236313、rs9457258、rs720325、rs968334、rs3093025、rs55802221、rs1012656、rs6930998和rs1331299的等位基因頻率在病例組和對(duì)照組之間具有顯著差異,但是通過(guò)條件回歸分析結(jié)果提示沒(méi)有新的獨(dú)立信號(hào)存在;(2)連鎖不平衡分析結(jié)果顯示rs2236313、rs9457258、rs720325、rs968334和rs30930255位點(diǎn)間具有中度連鎖關(guān)系(D'>0.7,r2>0.4)。結(jié)論: 本文證實(shí)既往報(bào)道的SNP是標(biāo)簽SNP,根據(jù)基因型填補(bǔ)以后的注釋結(jié)果認(rèn)為白癜風(fēng)6q27區(qū)域的關(guān)聯(lián)基因?yàn)镽NASET2基因。

        白癜風(fēng); 易感基因; 精細(xì)定位

        白癜風(fēng)(Vitiligo)是一種常見(jiàn)的色素脫失性疾病。本病多為后天發(fā)生,臨床主要表現(xiàn)為受累部位出現(xiàn)境界清晰、大小不等、形態(tài)各異的色素脫失斑。除皮膚外,毛發(fā)以及黏膜部位均可累及[1]。本病極度影響美觀,給患者身心帶來(lái)嚴(yán)重負(fù)擔(dān)。目前為止,關(guān)于白癜風(fēng)的發(fā)病機(jī)制有黑素細(xì)胞自毀學(xué)說(shuō)、神經(jīng)學(xué)說(shuō)、自身免疫學(xué)說(shuō)和遺傳學(xué)說(shuō)等,但是具體發(fā)病原因并不明確。近年來(lái),根據(jù)國(guó)內(nèi)外學(xué)者的研究,多認(rèn)為白癜風(fēng)是一種復(fù)雜疾病,遺傳和環(huán)境因素共同作用導(dǎo)致白癜風(fēng)的發(fā)生和發(fā)展[2]。

        目前隨著大通量基因分型技術(shù)、分子生物學(xué)技術(shù)和生物信息學(xué)技術(shù)的飛速發(fā)展,許多學(xué)者對(duì)白癜風(fēng)發(fā)病的遺傳學(xué)因素進(jìn)行了深入研究[3,4]。2010年,本課題組利用全基因組關(guān)聯(lián)分析的方法在中國(guó)漢族人群中發(fā)現(xiàn)了一個(gè)新的白癜風(fēng)易感位點(diǎn),即在染色體6q27存在一個(gè)約200 kb的區(qū)域與白癜風(fēng)易感性顯著相關(guān)[5]。該研究結(jié)果得到國(guó)內(nèi)外學(xué)者的認(rèn)可,因此對(duì)6q27區(qū)域進(jìn)行精細(xì)定位研究,進(jìn)一步縮小易感區(qū)域,對(duì)發(fā)現(xiàn)白癜風(fēng)易感基因以及在分子遺傳學(xué)水平上闡明白癜風(fēng)的發(fā)病機(jī)制具有重要意義。本研究在前期研究的基礎(chǔ)上,對(duì)該區(qū)域內(nèi)利用基因型填補(bǔ)(imputation)的方法和質(zhì)量控制處理后,篩選出24個(gè)標(biāo)簽SNP位點(diǎn)進(jìn)行進(jìn)一步基因分型、連鎖不平衡分析和條件回歸分析,以期對(duì)白癜風(fēng)易感區(qū)域進(jìn)一步定位,為尋找其易感基因奠定基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 研究對(duì)象 本研究收集2942例白癜風(fēng)樣本,其中男1629例和女1313例;平均年齡為(28.38±14.60)歲。所有患者均經(jīng)伍德燈檢測(cè),根據(jù)白癜風(fēng)的診斷標(biāo)準(zhǔn)由至少兩位皮膚科副主任醫(yī)師或以上專家確診。正常對(duì)照樣本為2850名(其中男1572名和女1278名;平均年齡為33.97±13.70歲),均來(lái)自皮膚科門(mén)診就診的非白癜風(fēng)患者,其一、二、三級(jí)親屬也都要求不能患有白癜風(fēng),且不能伴有其他自身免疫性疾病或是其他系統(tǒng)性疾病。專門(mén)的調(diào)查員對(duì)患者和對(duì)照進(jìn)行問(wèn)卷調(diào)查,收集相關(guān)信息。本研究獲得安徽醫(yī)科大學(xué)倫理委員會(huì)批準(zhǔn)并符合赫爾辛基宣言原則。在患者和對(duì)照人員知情同意的情況下采集外周靜脈血3~4 mL,放置于5 mL的EDTANa2抗凝管中,-80℃冰箱儲(chǔ)存。

        1.2 研究方法

        1.2.1 基因組DNA的提取和標(biāo)準(zhǔn)化 用Flexi Gene DNA提取試劑盒按照產(chǎn)品操作說(shuō)明書(shū)提取樣本基因組DNA,經(jīng)檢測(cè)其濃度后,標(biāo)準(zhǔn)化至15~20 ng/μL,并放置于-20℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.2.2 SNP位點(diǎn)篩選 根據(jù)前期GWAS研究結(jié)果,做基因型推算(imputation)處理,結(jié)果得到98975個(gè)SNPs;其次進(jìn)行質(zhì)量控制,以infor≥90%為選取條件,剩余15427個(gè)SNPs;對(duì)于該區(qū)域內(nèi)所有位點(diǎn)利用HaploReg2數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行基因和功能注釋,再將這些位點(diǎn)在Blood eQTL數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行相關(guān)基因注釋,期望發(fā)現(xiàn)功能性變異位點(diǎn),結(jié)合P<10-5,最終挑選了24個(gè)SNP位點(diǎn)進(jìn)一步研究。

        1.2.3 基因分型 采用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增DNA,Sequenom Massarray iPLEX系統(tǒng)(Sequenom, San Diego, CA)對(duì)篩選出的SNP位點(diǎn)進(jìn)行基因型分型。

        1.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法 利用PLINK 1.07和SPSS 16.0軟件進(jìn)行Hardy-Weinberg(HWE)平衡、最小等位基因頻率(MAF)、優(yōu)勢(shì)比(Odds ratio,OR)、95%可信區(qū)間(Confidence intervals,CI)和P值分析,各組間比較采用χ2檢驗(yàn),P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 基因分型 24個(gè)SNPs點(diǎn)中,rs76862907、rs77577614、rs78870722、rs75278634分型不符合Hardy-Weinberg 平衡(P-hwe<0.05)且P>0.05,故未做進(jìn)一步分析,剩余20個(gè)SNPs均符合Hardy-Weinberg 平衡(P-hwe>0.05),但SNP rs117222308得率(call rate)為0.042,故也未做進(jìn)一步分析。SNP點(diǎn)rs2236313、rs9457258、rs720325、rs968334、rs3093025、rs55802221、rs1012656、rs6930998、rs1331299的等位基因頻率在病例組和對(duì)照組之間存在統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,見(jiàn)表1。

        表1 24個(gè)SNPs位點(diǎn)等位基因頻率的病例與對(duì)照比較

        2.2 條件回歸分析結(jié)果 條件回歸分析結(jié)果(見(jiàn)表2):控制SNP rs2236313后,只有rs720325、rs968334、rs9457258和rs3093025的P<0.05。但是分別控制rs720325、rs968334、rs9457258和rs3093025后,rs2236313的均P>0.05,故提示沒(méi)有獨(dú)立信號(hào)存在。

        2.3 連鎖不平衡分析結(jié)果 在HapMap(CHB+JPT)數(shù)據(jù)庫(kù)中查詢5個(gè)陽(yáng)性SNPs的r-square值。數(shù)據(jù)結(jié)果提示5個(gè)SNPs(rs2236313、rs9457258、rs720325、rs968334、rs3093025)間有中度連鎖關(guān)系,所有的D'>0.7,r2> 0.4(圖1)。

        圖1 5個(gè)陽(yáng)性SNPs的LD Block示意圖

        3 討論

        白癜風(fēng)是一種常見(jiàn)的皮膚色素脫失性疾病,多由后天獲得而來(lái),其發(fā)病無(wú)明顯性別差異。白癜風(fēng)的發(fā)病并不明確,但是其分子發(fā)病機(jī)制的研究是目前研究熱點(diǎn)。國(guó)內(nèi)外學(xué)者利用全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)的方法對(duì)白癜風(fēng)的易感基因進(jìn)行了研究。本課題組前期利用GWAS的方法將白癜風(fēng)易感基因定位在6q27區(qū)域的一個(gè)約200 kb的范圍內(nèi)[3], 但是并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)白癜風(fēng)的真正易感基因。為了進(jìn)一步在中國(guó)漢族人群內(nèi)將白癜風(fēng)的易感位點(diǎn)6q27區(qū)域進(jìn)行精細(xì)定位,本課題組通過(guò)基因型填補(bǔ)、連鎖不平衡分析和條件回歸分析等方法在2942例的白癜風(fēng)患者和2850名健康對(duì)照者進(jìn)行了深入研究。結(jié)果發(fā)現(xiàn),在24個(gè)標(biāo)簽SNPs點(diǎn)中,9個(gè) SNPs位點(diǎn)的等位基因頻率在病例組和對(duì)照組具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,但條件回歸分析并未發(fā)現(xiàn)新的獨(dú)立信號(hào)存在。連鎖不平衡分析發(fā)現(xiàn)rs2236313、rs9457258、rs720325、rs968334和rs3093025這5個(gè)陽(yáng)性SNPs具有中度連鎖關(guān)系。本研究證實(shí)前期GWAS研究中發(fā)現(xiàn)的6q27區(qū)域內(nèi)的rs2236313位點(diǎn)是中國(guó)漢族人群白癜風(fēng)的常見(jiàn)變異的標(biāo)簽SNP,結(jié)合Blood eQTL數(shù)據(jù)庫(kù)分析提示與6q27區(qū)域的關(guān)聯(lián)基因?yàn)镽NA SET2基因。

        RNA SET2基因系II類腫瘤抑制基因,其編碼分泌型糖蛋白R(shí)NA SET2,隸屬于核糖核酸酶Rh/T2/S家族,具有催化活性功能[4]。研究發(fā)現(xiàn),RNA SET2參與腫瘤的形成,比如卵巢癌、黑素瘤,而且發(fā)現(xiàn)RNA SET2的表達(dá)量降低[5,6]。另外,也有研究發(fā)現(xiàn)RNA SET2能夠增強(qiáng)細(xì)胞氧化應(yīng)激反應(yīng)的敏感性,加速細(xì)胞凋亡[7],從而可能參與白癜風(fēng)的發(fā)病,因?yàn)檠趸瘧?yīng)激反應(yīng)是白癜風(fēng)的發(fā)病機(jī)制之一。

        2010年,有學(xué)者在6q27區(qū)域內(nèi)也發(fā)現(xiàn)了17個(gè)白癜風(fēng)易感的SNPs位點(diǎn),包括位于CCR6基因上游的rs6902119位點(diǎn)[8]。由于本課題組前期GWAS芯片數(shù)據(jù)不完全覆蓋歐洲人所報(bào)道的位點(diǎn),故本研究通過(guò)基因型填補(bǔ)的方法發(fā)現(xiàn)了該位點(diǎn)與中國(guó)漢族人白癜風(fēng)無(wú)明顯相關(guān)性,這說(shuō)明本研究發(fā)現(xiàn)的標(biāo)簽SNP與歐洲人群相比具有較大的遺傳異質(zhì)性,這也為今后不同種族的白癜風(fēng)發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)、基因診斷以及藥物開(kāi)發(fā)奠定了一定的基礎(chǔ)。

        2013年有研究提示SNP rs2301436與小柳原田病(Vogt-Koyanagi-Harada,VKH)具有相關(guān)性,而白癜風(fēng)也是VKH的一個(gè)臨床特征[9]。本研究通過(guò)條件回歸分析發(fā)現(xiàn)rs2301436與本研究所報(bào)道SNP rs2236313來(lái)自同一關(guān)聯(lián)信號(hào),這強(qiáng)烈提示6q27區(qū)域內(nèi)也可能存在與白癜風(fēng)、VKH以及自身免疫均相關(guān)的易感基因。

        在白癜風(fēng)的發(fā)病中,遺傳及免疫機(jī)制在其發(fā)病中發(fā)揮重要作用[10],其中,國(guó)內(nèi)學(xué)者有研究發(fā)現(xiàn)中國(guó)尋常型白癜風(fēng)與HLA-DRB1*070X、HLA-DRB1*1201和HLA-DQB1*0201具有明顯相關(guān)性[11,12]。本研究是在前期GWAS研究的基礎(chǔ)上對(duì)6q27區(qū)域進(jìn)行精細(xì)定位研究,該區(qū)域與HLA所在的6q21區(qū)域尚有一定距離。雖然本研究沒(méi)有發(fā)現(xiàn)新的獨(dú)立信號(hào)存在,但是通過(guò)基因型填補(bǔ)及統(tǒng)計(jì)學(xué)分析再次證實(shí)了6q27區(qū)域內(nèi)的rs2236313位點(diǎn)是中國(guó)漢族人群白癜風(fēng)的常見(jiàn)變異的標(biāo)簽SNP,根據(jù)基因型注釋以后的結(jié)果提示在中國(guó)漢族人群白癜風(fēng)患者中與6q27區(qū)域的關(guān)聯(lián)基因?yàn)镽NA SET2基因。接下來(lái)將會(huì)進(jìn)一步對(duì)該基因進(jìn)行變異的檢測(cè)和功能學(xué)研究,以期發(fā)現(xiàn)真正的易感基因,為進(jìn)一步從分子遺傳學(xué)水平詳細(xì)闡明白癜風(fēng)的發(fā)病機(jī)制,同時(shí)在為進(jìn)行基因診斷、遺傳咨詢以及風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)方面打下了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。

        [1] Taieb A, Picardo M. Clinical practice. Vitiligo[J]. N Engl J Med,2009,360(2):160-169.

        [2] 張學(xué)軍.皮膚性病學(xué)[M].8版.北京:人民衛(wèi)生出版社,2013.185-187.

        [3] Birlea SA, Gowan K, Fain PR, et al. Genome-Wide association study of generalized vitiligo in an isolated european founder population identifies SMOC2, in close proximity to IDDM8[J]. J Invest Dermatol,2009,130(3): 798-803.

        [4] Campomenosi P, Salis S, Lindqvist C, et al. Characterization of RNA SET2, the first human member of the Rh/T2/S family of glycoproteins[J]. Arch Biochem Biophys,2006,449(1-2):17-26.

        [5] Acquati F, Morelli C, Cinquetti R, et al. Cloning and characterization of a senescence inducing and class II tumor suppressor gene in ovarian carcinoma at chromosome region 6q27[J]. Oncogene,2001,20(8):980-988.

        [6] Monti L, Rodolfo M, Lo Russo G, et al. RNA SET2 as a tumor antagonizing gene in a melanoma cancer model[J]. Oncol Res,2008,17(2):69-74.

        [7] Thompson DM, Parker R. The RNA se Rny1p cleaves tRNAs and promotes cell death during oxidative stress in Saccharomyces cerevisiae[J]. J Cell Biol,2009,185(1):43-50.

        [8] Jin Y, Birlea SA, Fain PR, et al. Variant of TYR and autoimmunity susceptibility loci in generalized vitiligo[J]. N Engl J Med,2010,362(18):1686-1697.

        [9] Yi X, Du L, Hou S, et al. FGFR1OP tagSNP but not CCR6 polymorphisms are associated with Vogt-Koyanagi-Harada syndrome in Chinese Han[J]. PloS One,2013,8(7):e69358.

        [10] 楊珂,張學(xué)軍.白癜風(fēng)免疫發(fā)病機(jī)制研究進(jìn)展[J].中國(guó)麻風(fēng)皮膚病雜志,2012,28(3):188-191.

        [11] 王珺,孫曉杰,趙玉銘,等.白癜風(fēng)125例臨床分析及與HLA-DQR1相關(guān)性研究[J].中國(guó)麻風(fēng)皮膚病雜志,2009,25(12):888-889.

        [12] 瞿鑌,徐愛(ài)娥,趙玉銘,等.白癜風(fēng)243例臨床分析及與HLA-DQB1相關(guān)性研究[J].中華皮膚科雜志,2003,36(12):693-695.

        (收稿:2016-12-27 修回:2017-02-17)

        The fine mapping study for vitiligo susceptibility gene of 6q27 region in Chinese Han population

        GAOMin,LIZenggang,ZHENGXiaodong,ZHOUFusheng,TANGXianfa.

        DepartmentofDermatology,FirstAffiliatedHospitalofAnhuiMedicalUniversity,Hefei230022,China

        Correspondingauthor:GAOMin,E-mail:ahhngm@163.com

        Objective:To perform the fine mapping study for vitiligo susceptibility region 6q27 in order to identify the susceptibility gene in Chinese Han population. Methods: Total 24 tag SNPs were genotyped in 2942 patients with vitiligo and 2850 healthy controls. The PLINK 1.07 and SPSS19.0 software were used for statistical analysis, linkage disequilibrium and regression analysis. Results: (1) There were significant differences in the allele frequencies of rs2236313, rs9457258, rs720325, rs968334, rs3093025, rs55802221, rs1012656, rs6930998 and rs1331299 between the cases and controls. The regression analysis revealed that there was no independent signals in these SNPs. (2) The linkage disequilibrium analysis showed there was moderate linkage among rs2236313, rs9457258, rs720325, rs968334 and rs3093025 (D'>0.7,r2>0.4). Conclusion: This study identified the previous report, in which SNP rs2236313 is the tag SNP in the vitiligo patients of Chinese Han and the RNASET2 gene is an associated gene in 6q27 region.

        vitiligo; susceptibility gene; fine mapping

        國(guó)家自然科學(xué)基金資助(編號(hào):81072460)

        安徽醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院皮膚科,安徽合肥,230022

        高敏,E-mail:ahhngm@163.com

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