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        三種甘蔗葉片蛋白質分離純化方法比較及雙向電泳體系優(yōu)化

        2017-03-27 04:55:29周桂鄒成林丘立杭劉小霞毛江江楊麗濤李楊瑞
        中國糖料 2017年2期
        關鍵詞:雙向電泳膠條樣量

        周桂,鄒成林,丘立杭,,劉小霞,毛江江,楊麗濤,李楊瑞,*

        (1.廣西民族大學海洋與生物技術學院/廣西微生物與植物資源利用重點實驗室/廣西高校化學與生物轉化過程重點實驗室,南寧530008;2.廣西作物遺傳改良生物技術重點開放實驗室/廣西農業(yè)科學院/廣西甘蔗遺傳改良重點實驗室/農業(yè)部廣西甘蔗生物技術與遺傳改良重點實驗室/中國農業(yè)科學院甘蔗研究中心,南寧530007;3.廣西大學農學院/亞熱帶農業(yè)生物資源保護與利用國家重點實驗室,廣西南寧530004)

        三種甘蔗葉片蛋白質分離純化方法比較及雙向電泳體系優(yōu)化

        周桂1,鄒成林2,丘立杭2,3,劉小霞1,毛江江1,楊麗濤3,李楊瑞2,3*

        (1.廣西民族大學海洋與生物技術學院/廣西微生物與植物資源利用重點實驗室/廣西高?;瘜W與生物轉化過程重點實驗室,南寧530008;2.廣西作物遺傳改良生物技術重點開放實驗室/廣西農業(yè)科學院/廣西甘蔗遺傳改良重點實驗室/農業(yè)部廣西甘蔗生物技術與遺傳改良重點實驗室/中國農業(yè)科學院甘蔗研究中心,南寧530007;3.廣西大學農學院/亞熱帶農業(yè)生物資源保護與利用國家重點實驗室,廣西南寧530004)

        為了優(yōu)化適用于甘蔗葉片蛋白質的分離純化方法與雙向凝膠電泳體系,比較了3種蛋白質分離純化方法對甘蔗葉片蛋白質的SDS-PAGE電泳圖譜、蛋白質提取率以及雙向凝膠電泳的影響,同時優(yōu)化了雙向電泳條件。結果顯示,SDS提取法的SDS-PAGE電泳圖譜中條帶較少,蛋白質沉淀雜質多,效果差;三氯乙酸/丙酮沉淀法蛋白質沉淀得率高,但沉淀復溶性差,蛋白質溶液濃度低,難于滿足雙向電泳大膠的高上樣量要求;酚抽提法蛋白質沉淀得率雖低,但沉淀純度高、復溶性好,蛋白質溶液濃度高,是適合雙向電泳分離純化甘蔗葉片蛋白質的理想方法。酚抽提法蛋白質雙向凝膠電泳合適的膠條pH范圍為4~7,17 cm大膠合適的上樣量為800 μg,平均可分離出954個蛋白點。

        甘蔗葉片;蛋白質純化;SDS-PAGE;雙向凝膠電泳;條件優(yōu)化

        蛋白質組學(proteomics)是后基因組時代系統(tǒng)研究生物功能基因的有效手段[1-2],而雙向凝膠電泳(twodimensional protein electrophoresis,2-DE)是蛋白質組學研究中最基本的實驗技術[3-4]。該技術自1975年由O’Farrell[5]首次建立以來,目前已成為從復雜系統(tǒng)中分離檢測蛋白的有效手段,其主要包括蛋白質的提取純化、等電聚焦(isoelectrofocusing,IEF)、SDS-PAGE、凝膠染色、圖像分析等步驟。其中蛋白質的提取尤為重要,尤其植物組織中富含的色素、酚等次生代謝產物會對蛋白質的提取與電泳分離產生嚴重干擾[6-8]。適于雙向電泳分離的植物組織蛋白質提取方法主要有十二烷基硫酸鈉(SDS)提取法、三氯乙酸(trichlomacetic acid,TCA)/丙酮沉淀法和酚抽提法等[9-11],但不同的材料以及不同的研究目標需要采取不同的蛋白質提取與分離策略。因此,不同材料或特殊目標需要針對不同來源的樣品進行蛋白質提取與雙向凝膠電泳條件的優(yōu)化。

        甘蔗是廣西的特色與優(yōu)勢作物,甘蔗產業(yè)是廣西的支柱產業(yè),目前有關甘蔗蛋白質組學研究報道還較少,因此本實驗采用3種不同方法提取蛋白質,并進行SDS-PAGE電泳與雙向電泳分析,優(yōu)化甘蔗葉片蛋白質雙向凝膠電泳技術體系,為進一步開展甘蔗葉片蛋白質組學研究奠定基礎。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        甘蔗(Saccharum officinarum L.)品種新臺糖22號,溫室育苗至5~6片葉時采取+1葉于-80℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        IPG膠條(IPG Strip)、IPG buffer為Bio-Rad公司產品;3-[(3-膽酰胺丙基)-二乙胺]-丙磺酸(CHAPS)、二硫蘇糖醇(dithiothreitol,DTT)、β-巰基乙醇購自Sigma公司;苯甲基磺酰氟(PMSF)、碘乙酰胺、N,N,N′,N′-四甲基二乙胺(TEMED)、過硫酸銨(Ammonium persulfate,AP)、硫脲、三羥甲基氨基甲烷(Tris)、乙二胺四乙酸二鈉(EDTA-Na2)、十二烷基硫酸鈉(SDS)、尿素、聚乙烯吡咯烷酮(PVPP)等均購自AMRESCO公司;考馬斯亮藍G250、甘氨酸、40%丙烯酰胺單體、Tris-飽和酚(pH 7.5)、甘油、低熔點瓊脂糖等試劑均購自上海生工生物技術服務有限公司。

        雙向電泳系統(tǒng)為:等電聚焦儀Protean IEF Cell,電泳儀PowerPac Universal Power Supply(Bio-Rad)、電泳槽Mini PROTEAN Tetra Cell(Bio-Rad)、Protein II(Bio-Rad);凝膠掃描儀GS-800 Calibrated Densitometer(BIO-RAD),圖像分析軟件為Quantity One和PDQuest(Bio-Rad);離心機為5810R(德國Eppendorf)和Mikro 200R(德國HETTICH)。

        1.2 總蛋白的提取與分離純化

        SDS提取法:準確稱取2 g甘蔗葉片,迅速用液氮研磨成粉狀,將粉狀樣品轉入50 mL預冷離心管中,加入10 mL預冷提取液(0.25 mol/L Tirs-HCl pH 7.5,50 mmol/L EDTA-Na2,2%SDS,2%PVPP,2%DTT),渦旋、振蕩處理5 min,12000 r/min,4℃離心20 min后取上清,上清中加入1/4體積50%TCA/丙酮溶液,4℃沉淀2 h以上,12000 r/min,4℃離心20 min后棄上清,沉淀用4倍體積的冷丙酮洗滌3次,冷凍干燥后于-80℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        三氯乙酸(TCA)/丙酮沉淀法:準確稱取2 g甘蔗葉片液氮速凍,迅速用液氮研磨成粉狀,加入0.2 g PVPP,分次加入-20℃預冷的10%TCA/丙酮溶液15 mL冰浴研磨勻漿10 min后轉移至50 mL離心管,-20℃靜置過夜,4℃,12000 r/min離心20 min取沉淀,沉淀用冷丙酮(含0.07%β-巰基乙醇)洗滌1~2次,沉淀冷凍,凍干燥后于-80℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        酚抽提法參照文獻[12]采用Tris-飽和酚萃取蛋白質,然后用乙酸銨的甲醇溶液沉淀酚層中的蛋白質。

        1.3 蛋白質溶解與定量

        將蛋白質干粉加入2.5 mL蛋白溶解液(7 mol/L尿素,2 mol/L硫脲,2%CHAPS,1%IPG buffer,40 mmol/ L DTT,5 mmol/L EDTA-Na2,1 mmol/L PMSF)復溶振蕩讓其充分分散,于30℃水浴超聲溶解1 h,然后12000 r/min,20 min離心取上清,采用Bradford法[13]進行定量測定。

        1.4 電泳

        1.4.1 SDS-PAGE電泳SDS-PAGE電泳采用4%的濃縮膠,12%分離膠,凝膠厚度為1 mm,電極緩沖液為Tris-甘氨酸(pH=8.3)系統(tǒng)。樣品溶液按一定比例與上樣緩沖液(15%甘油,2%SDS,62.5 mmol/L Tris-HCl pH6.8,5%β-巰基乙醇,0.001%溴酚蘭)混合,振蕩混勻,95℃加熱5 min使蛋白質變性,離心10 min后取上清上樣,上樣量20 μg,恒流模式(20 mA/gel)電泳,電泳完畢采用考馬斯亮藍染色法進行染色。待充分染色觀察到明顯的條帶條紋時可終止染色。脫色液用20%甲醇和10%乙酸進行脫色,在此過程中不斷更換脫色液,把膠面的底色全部脫掉,至條帶條紋清晰明朗而止。

        1.4.2 雙向電泳將蛋白質溶解液與上樣水化緩沖液(8 mol/L尿素、2%CHAPS、2%IPG buffer、40 mmol/L DTT和0.001%溴酚藍)混合,調節(jié)上樣體積為125 μL(7 cm小膠)和300 μL(17 cm大膠),混勻后將上樣液加入到等電聚焦盤,然后將IPG膠條膠面向下放入槽內,加適量覆蓋油覆蓋膠條表面后進行等電聚焦(IEF)電泳,聚焦溫度為18℃,每根膠條限流50 μA。聚焦結束后,分別用含2%DTT和2.5%的碘乙酰胺的膠條平衡緩沖液(6 mol/L尿素,2%SDS,0.375 mmol/L Tris-HCl pH8.8,20%甘油)平衡膠條各15 min后將膠條轉移到12%的SDS-PAGE凝膠上方,進行第二向SDS-PAGE恒流模式(20 mA/gel)電泳,電泳完畢采用考馬斯亮藍染色法進行染色。

        1.5 凝膠圖像處理與分析

        脫色后的凝膠用臺式凝膠掃描儀GS-800 Calibrated Densitometer(BIO-RAD)進行數(shù)字化處理。掃描圖像與凝膠大小比例為1∶1。應用Quantity Qne軟件對SDS-PAGE電泳圖譜進行處理與分析,用PDQuest 8.0分析軟件分析處理雙向電泳圖譜。

        2 結果與分析

        2.1 不同蛋白質提取方法的比較

        3種方法提取的蛋白質SDS-PAGE電泳圖譜如圖1所示,Quantity Qne軟件分析可知,SDS提取液提取法、TCA/丙酮沉淀法以及酚抽提法可分離出的蛋白質條帶分別為18條、28條、與29條。SDS提取液提取法直接提取法電泳圖譜中條帶較少且比較模糊,說明樣品中影響電泳的鹽離子濃度較高或蛋白質有所降解。

        而TCA/丙酮沉淀法以及酚抽提法的SDS-PAGE電泳效果較好,所得蛋白質條帶數(shù)目相近,條帶分布也相似,TCA/丙酮沉淀法在分離分子量為18.4~25.0 kμ范圍內的蛋白質效果稍好于酚抽提法,但各方法所獲得的蛋白質沉淀質量、沉淀溶解性與提取率之間差別較大。

        圖1 不同蛋白質提取方法的甘蔗葉蛋白質12%分離膠SDS-PAGE電泳圖譜Fig.1 The protein profiles produced by 12%separating gels of SDS-PAGE,extracted from sugarcane leaves with different methods

        表1 不同蛋白質提取方法對甘蔗葉蛋白質提取效果比較Table 1 Comparison of sugarcane leaf protein extraction results with different methods

        如表1所示,SDS提取法蛋白質沉淀顏色深,狀態(tài)粘稠,雜質多,給后續(xù)的沉淀洗滌與純化帶來困難;TCA/丙酮沉淀法蛋白質沉淀為黃白色粉狀、沉淀得率顯著高于SDS提取法與酚抽提法(P<0.05),但含有許多不溶解性雜質;而酚抽提法沉淀得率與SDS提取法無顯著差異(P>0.05),但蛋白質沉淀為白色粉狀,雜質少,有利于后續(xù)的復溶。

        采用同量的溶解液溶解蛋白質沉淀,酚抽提法獲得的蛋白質溶液濃度顯著高于SDS提取法與TCA/丙酮沉淀法(P<0.05),濃度達到(5.13±0.24)μg/μL,可以滿足雙向電泳上樣量要求;TCA/丙酮沉淀法獲得的蛋白質溶液濃度最低,濃度為酚抽提法的56.7%,說明采用TCA/丙酮沉淀法獲得的蛋白質沉淀得率雖然高,但沉淀雜質多、復溶性差。

        從蛋白質SDS-PAGE電泳圖譜、蛋白質沉淀質量、狀態(tài)、復溶性以及蛋白質提取率綜合分析,酚抽提法是較理想的方法。

        2.2 不同蛋白質提取方法的雙向電泳圖譜比較

        圖2為TCA/丙酮法與酚抽提法提取的蛋白質采用7 cm膠條,上樣量為200 μg條件下的雙向電泳圖譜,圖譜經過PDQuest 8.0分析軟件分析,TCA/丙酮沉淀法與酚抽提法分別檢測出232±11與409±13個點。

        TCA/丙酮沉淀法作為一種雙向電泳蛋白質提取的常用方法,獲得的蛋白質經過洗滌除雜、復溶后獲得的雙向電泳圖譜的分離效果也基本可行,但由于蛋白質的復溶性差,造成蛋白質丟失嚴重,檢出蛋白點只有酚抽提法的56.7%。所以酚抽提法是適合于甘蔗葉蛋白質雙向電泳分析的蛋白質提取方法。

        圖2 TCA/丙酮法與酚抽提法甘蔗葉蛋白質雙向電泳分析Fig.2 2-DE analysis of protein from sugarcane leaves extracted with TCA/acetone precipitation and phenol extraction methods a:TCA/丙酮法TCA/acetone precipitation;b:酚抽提法phenol extraction

        2.3 酚抽提法雙向電泳分離甘蔗葉蛋白質體系優(yōu)化

        IPG膠條可以在很廣的pH范圍進行IEF電泳,從pI值為3的強酸性蛋白質到pI值為10的強堿性蛋白質,有不同的pH范圍可供選擇。實驗將酚抽提法純化的蛋白質采用7 cm長,pH 3~10的膠條進行雙向電泳分離,結果如圖3所示。從圖3中可以看出,酚抽提法純化的蛋白質等電點(pI)主要集中分布在4~7的范圍,由于采用了pH 3~10的膠條,造成蛋白質斑點擁擠,分離效果差,蛋白質聚集拖尾嚴重,而采用pH 4~7窄pH范圍的膠條分離則改善了蛋白質的分離效果(圖3b)。

        IEF電泳是在超高壓下蛋白質不斷移動聚焦到其等電點處。IEF電泳參數(shù)的設置直接影響到聚焦效果。表2是針對7 cm與17 cm膠條優(yōu)化設置的等電聚焦電泳參數(shù)。

        圖3 酚抽提法甘蔗葉蛋白質7 cm長不同pH范圍膠條的雙向電泳分析Fig.3 2-DE analysis of proteins from sugarcane leaves in 7 cm and pH 3-10 IPG strip by phenol extraction method

        表2 IPG膠條的等電聚焦電泳參數(shù)Table 2 Parameters of the isoelectric focusing (IEF) electrophoresis of immobile pH gradients (IPG)

        圖4 酚抽提法提取的甘蔗葉蛋白質在17 cm長,pH 4~7的膠條雙向電泳分析Fig.4 2-DE analysis of proteins from sugarcane leaves extracted with phenol extraction method in a 17 cm long IPG strip with pH 4~7

        參數(shù)設置中采用50 V低電壓進行主動水化,有利于干膠條的充分溶脹以及樣品進入膠條。一次典型的IEF電泳,需要經過一系列的升壓過程,直至達到預設電壓。經過實驗摸索,采用多步升壓除鹽,可保證樣品聚焦時能達到預設電壓,聚焦充分。

        有關載樣量,7 cm長的小膠合適的載樣量在200 μg左右,過高的載樣量引起蛋白點分離效果差,而上樣量過低,也引起可檢測的蛋白質點數(shù)減少。在7 cm長的小膠條件摸索的基礎上,采用17 cm長,窄pH范圍(pH 4~7)的大膠進行實驗,大膠的載樣量在800 μg左右合適。

        優(yōu)化條件下所獲得的雙向電泳圖譜如圖4所示。圖譜經過PDQuest 8.0分析軟件分析可檢測出的蛋白點數(shù)為954±13個。從圖譜中可以清晰地顯示酚抽提法分離甘蔗葉片蛋白質分布情況,分子量主要集中在15 kDa~100 kDa范圍。

        3 討論

        蛋白樣品的提取是進行蛋白質組學分析的先決條件,只有得到了高純度的蛋白質才能為后面的實驗打下良好的基礎。本研究比較了SDS提取法、TCA/丙酮提取法和酚抽提法3種蛋白樣品的提取方法。

        綜合比較,SDS提取液提取法直接提取法電泳圖譜中條帶較少且比較模糊,蛋白質在提取過程中可能有損失和降解。另外,蛋白質沉淀顏色深,狀態(tài)粘稠,可能含有較多的鹽、多糖、色素、酚、醌等雜質,不適合雙向電泳。TCA/丙酮沉淀法是提取植物蛋白常用的一種方法,該法可降低蛋白質樣品中的鹽離子,并能抑制蛋白酶的活性[14]。鹽是雙向電泳中最常見的一種雜質[15],樣品溶液中鹽離子濃度過高,引起等電聚焦電壓偏低,影響等電聚焦。TCA/丙酮沉淀法雖能有效地去除蛋白質樣品中的鹽離子,但對多糖、色素等雜質的去除欠佳,所以配合添加PVPP吸附劑,可減少植物色素等次生代謝物質的干擾。TCA/丙酮沉淀法獲得蛋白沉淀得率雖高,但沉淀復溶性差,導致蛋白質溶液濃度低,蛋白質丟失嚴重,難于滿足雙向電泳大膠的高上樣量要求。酚抽提法采用Tris-飽和酚將蛋白質萃取到酚相,而鹽、核酸、色素、酚和多糖等可溶性物質則進入水相,然后用乙酸銨的甲醇溶液沉淀酚層中的蛋白質,從而可以有效去除樣品中的可溶性干擾雜質[16]。所以蛋白質沉淀得率雖然低,但沉淀純度高、復溶性好,蛋白質溶液濃度高,是適合雙向電泳分離甘蔗葉片蛋白質的理想方法。

        另外,高電壓是等電聚焦成功的關鍵,由于樣品提取與溶解過程中,一些鹽離子、糖分、核酸類小分子的干擾引起等電聚焦電壓偏低[17],聚焦不充分,圖譜出現(xiàn)水平拖尾現(xiàn)象。本研究中的酚抽提法可以較好地除去干擾物質,同時配合等點聚焦參數(shù)設置較長的低壓脫鹽步驟,使得樣品等電聚焦電壓達到預設值,解決了圖譜出現(xiàn)水平拖尾的現(xiàn)象。上樣量的高低也直接影響圖譜的分辨率與分離效果。上樣量過高,等電聚焦中容易引起蛋白的聚集沉淀,鹽離子及其它雜質含量提高,影響等電聚焦,且上樣量過高可導致電泳圖譜蛋白點重疊,而上樣量過低則導致低豐度蛋白點的檢測靈敏度下降,影響軟件的分析和識別。

        本研究中通過對甘蔗蛋白樣品的提取方法比較,篩選出適合雙向電泳分離甘蔗葉片蛋白質的酚抽提法,并優(yōu)化了膠條pH范圍、上樣量、等電聚焦參數(shù)等條件。結果顯示,采用酚抽提法純化的蛋白質進行雙向電泳合適的膠條pH范圍為4~7,17 cm長大膠上樣量為800 μg,平均可分離出954個蛋白點。

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        Comparison of Three Extraction and Purification Approaches and Optimization of Two Dimensional Electrophoresis System for Proteins from Sugarcane Leaves

        ZHOU Gui1,2,ZOU Cheng-lin2,QIU Li-Hang2,3,LIU Xiao-xia1,MAO Jiang-jiang1,YANG Li-tao2,3,LI Yang-rui2,3*
        (1.School of Marine Sciences and Biotechnology,Guangxi University for Nationalities/Guangxi Key Laboratory of Utilization of Microbial and Botanical Resources/Key Laboratory of Chemical and Biological Transforming Process in Universities of Guangxi, Nanning 530008;2.Guangxi Crop Genetic Improvement and Biotechnology Laboratory/Guangxi Academy of Agricultural Sciences/ Guangxi Key Laboratory of Sugarcane Genetic Improvement/Key Laboratory of Sugarcane Biotechnology and Genetic Improvement (Guangxi),China Ministry of Agriculture/Sugarcane Research Center,Chinese Academy of Agricultural Sciences;3.College of Agriculture/State Key Laboratory for Conservation and Utilization of Subtropical Agro-Bioresources,Guangxi University,Nanning 530004)

        Proteins in sugarcane leaves were extracted and purified by using three methods i.e.SDS extraction methods,trichloroacetic acid(TCA)/acetone precipitation and phenol extraction.Their productivity and profiles were assessed by means of SDS-PAGE and two-dimensional electrophoresis.The conditions of two-dimensional electrophoresis were also optimized.The results showed that the result of SDS extraction method was poor because of less bands and impurity in protein precipitation.For TCA/acetone precipitation method,the productivity of protein precipitation was high,but it was difficult to re-resolve the precipitated protein,and the resulted concentration of proteins was too low to match the normal requirement of 2-DE analysis.The phenol extraction method was found to be the best for high purification and high protein concentration.The optimized conditions for two-dimension electrophoresis of phenol extraction method was pH 4~7 for 17 cm dry strip with 800 μg protein loading amount,which produced 954 spots in average.

        sugarcane leaves;protein purification;SDS-PAGE;two-dimensional electrophoresis

        S566.1;Q51

        A

        1007-2624(2017)02-0001-05

        10.13570/j.cnki.scc.2017.02.001

        2016-10-13

        廣西自然科學基金項目(2010GXNSFA013101,2011GXNSFF018002);廣西農科院團隊項目(桂農科2011YT01)。

        周桂(1969-),女,博士,教授,從事植物生物化學研究。E-mail:zhouguigx@hotmail.com

        李楊瑞(1957-),男,博士,教授,博士生導師,主要從事甘蔗栽培、育種和生物技術研究。E-mail:liyr@gxaas.net

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