李偉 潘明 周興余 林世華 劉學(xué)成 付士紅 陳丹林 曹一歐 梁國(guó)棟 張佳珂

610041 成都，四川省疾病預(yù)防控制中心(李偉、潘明、周興余、林世華、劉學(xué)成、陳丹林、曹一歐、張佳珂)；102206 北京，中國(guó)疾病預(yù)防控制中心病毒病預(yù)防控制所(付士紅、梁國(guó)棟)

·論著·

四川省首株蓋塔病毒SC1210的鑒定

李偉 潘明 周興余 林世華 劉學(xué)成 付士紅 陳丹林 曹一歐 梁國(guó)棟 張佳珂

610041 成都，四川省疾病預(yù)防控制中心(李偉、潘明、周興余、林世華、劉學(xué)成、陳丹林、曹一歐、張佳珂)；102206 北京，中國(guó)疾病預(yù)防控制中心病毒病預(yù)防控制所(付士紅、梁國(guó)棟)

李偉、潘明為并列第一作者

目的 對(duì)四川省從蚊蟲(chóng)分離到的病毒SC1210進(jìn)行鑒定并分析其基因組特征。方法利用披膜病毒科甲病毒屬特異性引物進(jìn)行RT-PCR鑒定，并采用二代測(cè)序平臺(tái)Ion Torrent PGM進(jìn)行基因組全序列測(cè)定，然后利用Mega Align軟件對(duì)測(cè)定的核苷酸和推測(cè)的氨基酸序列進(jìn)行比較分析，利用Mega 6軟件繪制系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)。結(jié)果 SC1210為蓋塔病毒(Getah virus,GETV)，該株病毒基因組全長(zhǎng)11 690nt，與國(guó)內(nèi)外其他分離株的核苷酸同源性為 99.2%-99.7%，氨基酸同源性為96.5%-99.4%。衣殼蛋白全長(zhǎng)為804nt，編碼268個(gè)氨基酸，與其他株的核苷酸同源性為94.9%-99.2%，氨基酸同源性97%-99.6%。E2基因全長(zhǎng)1 266 nt，編碼422個(gè)氨基酸，與其他株的核苷酸同源性為94.6%-99.6，氨基酸同源性為97.1%-99.5%。3′ UTR全長(zhǎng)402 nt，具有GETV病毒獨(dú)特的3個(gè)完整的重復(fù)序列元件和19 nt的保守序列。結(jié)論 四川省分離到的首株GETV SC1210與云南分離株YN0540親緣關(guān)系較近，而與馬來(lái)西亞原始株MM2021親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。

蓋塔病毒(Getah virus,GETV)是披膜病毒科甲病毒屬的成員，廣泛分布于亞洲地區(qū)及澳大利亞北部的太平洋沿岸地區(qū)[1-5]，能在各種節(jié)肢動(dòng)物和脊椎動(dòng)物體內(nèi)增殖[6]。該病毒可引起家畜發(fā)病，如馬發(fā)熱、蕁麻疹和后肢水腫，并能引起豬的流產(chǎn)等，因此被確定為重要的動(dòng)物源性病原體，在馬來(lái)西亞、北澳大利亞和中國(guó)的人和鳥(niǎo)血清樣本中均有檢測(cè)到GETV病毒中和抗體[5,7,8]，提示該病毒也可能引起人類(lèi)感染，但尚未有引起人類(lèi)疾病的報(bào)道[9]。

GETV原型株MM2021是最早由美國(guó)陸軍醫(yī)學(xué)研究機(jī)構(gòu)于1955年在馬來(lái)西亞橡膠林中生存的白雪庫(kù)蚊(Culexgelidus)中分離得到[10]。我國(guó)楊火等[11]于1964年在我國(guó)首次分離到了甲病毒屬病毒M1株，但將此鑒定為GETV卻經(jīng)歷了漫長(zhǎng)的歷程，并由此拉開(kāi)了我國(guó)甲病毒屬蟲(chóng)媒病毒監(jiān)測(cè)和研究的序幕。在我國(guó)分離到第1株GETV M1株38年后，在2002-2012年，河北、云南、上海等10省市又陸續(xù)分離、鑒定了30余株GETV[12]，并進(jìn)行了相關(guān)研究分析。

四川省在全省多地蚊蟲(chóng)標(biāo)本中分離到乙腦病毒[13]，并在2008年從蚊蟲(chóng)標(biāo)本中分離到Cat Que Virus[14]，均為我國(guó)的首次分離鑒定。2012年我們?cè)诤檠趴h洪川鎮(zhèn)采集的阿蚊標(biāo)本中分離到SC1210病毒，并初步鑒定為甲病毒。為進(jìn)一步了解該病毒的分子特征，追溯該病毒的可能來(lái)源及與國(guó)內(nèi)外流行株的差異，進(jìn)一步探討其與其他甲病毒之間的關(guān)系，同時(shí)也為開(kāi)展相關(guān)研究工作提供參考依據(jù)，本研究對(duì)四川省SC1210進(jìn)行了全序列測(cè)定和分析，經(jīng)比對(duì)為四川省首株GETV，現(xiàn)將結(jié)果報(bào)道如下。

1 材料與方法

1.1 蚊蟲(chóng)采集 2012年8月初在洪雅縣洪川鎮(zhèn)多個(gè)豬圈用紫外誘蚊燈采集蚊蟲(chóng)標(biāo)本。誘蚊燈每天的采集時(shí)間段為19:00至次日7:00。捕獲蚊蟲(chóng)在冰排上剔除雄性蚊蟲(chóng)并分類(lèi)鑒定后，50-100只為一組放入2 ml凍存管，并液氮保存運(yùn)輸回實(shí)驗(yàn)室。1.2 病毒分離 將蚊蟲(chóng)標(biāo)本倒入預(yù)冷的玻璃研磨器，加入1 ml細(xì)胞維持液(含有2 ml的谷氨酰胺、0.12%的NaHCO3以及100 U/ml的雙抗)充分研磨后，將研磨液吸入1.5 ml預(yù)冷的EP管中，4℃條件下，12 000 r/min離心20 min。取上清液經(jīng)0.22 μm無(wú)菌濾芯過(guò)濾后，分別取100 μl接種到生長(zhǎng)至70%-80%的單層C6/36和BHK-21細(xì)胞進(jìn)行病毒分離，連續(xù)3代出現(xiàn)規(guī)律細(xì)胞病變判為陽(yáng)性。

1.3 分子生物學(xué)鑒定 利用QIAamp Viral RNA Mini Kit(Qiagen,Germany)試劑盒來(lái)提取病毒RNA，利用TaKaRa RT-PCR試劑盒進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄獲得cDNA，所有操作均按照試劑盒說(shuō)明進(jìn)行。應(yīng)用部分常見(jiàn)蟲(chóng)媒病毒的屬特異性引物進(jìn)行PCR檢測(cè)[4]。將PCR陽(yáng)性產(chǎn)物在ABI3500-XL測(cè)序儀上進(jìn)行一代測(cè)序，測(cè)序結(jié)果采用軟件DNAStar 7.0進(jìn)行堿基配對(duì)和校正。

1.4 基因組序列測(cè)定 基因組測(cè)序采用二代測(cè)序平臺(tái)Ion Torrent PGM 進(jìn)行。cDNA進(jìn)行定量后，用Ion Xpress Plus Fragment Library kit 進(jìn)行片段化和加接頭，并用E-gel回收350 bp長(zhǎng)的文庫(kù)(插入片段長(zhǎng)度200 bp)。文庫(kù)稀釋到合適的濃度后采用Ion PGM Template OT2 200 kit 進(jìn)行油包水PCR。含有模板的微球顆粒上樣到 Ion 318V2芯片上用Ion PGM sequencing 200 V2 kit進(jìn)行PGM測(cè)序。PGM測(cè)序所有試劑均購(gòu)自 Life technologies, Carlsbad, USA。二代測(cè)序的數(shù)據(jù)采用CLC genomics workbench 7.0.4軟件進(jìn)行分析。

1.5 數(shù)據(jù)分析 利用MegaAlign軟件對(duì)所得序列及從GenBank中收集的相關(guān)序列(表1)進(jìn)行核苷酸和氨基酸序列同源性分析以及氨基酸位點(diǎn)改變分析，并在Mega 6軟件中利用Neighbor-joining的算法進(jìn)行進(jìn)化分析。

2 結(jié)果

2.1 蚊蟲(chóng)標(biāo)本采集數(shù)量及構(gòu)成 2012年8月在四川省洪雅縣洪川鎮(zhèn)選擇了3處豬圈和人房為蚊蟲(chóng)標(biāo)本采集點(diǎn)，采集到包括三帶喙庫(kù)蚊(Culextritaeniorhynchus)、阿蚊(Armigeressubalbatus)、中華按蚊(Anophelessinensis)在內(nèi)的共計(jì)630只蚊蟲(chóng)標(biāo)本，其中，以三帶喙庫(kù)蚊(300只)和阿蚊(280只)為優(yōu)勢(shì)蚊種，各占采集蚊蟲(chóng)標(biāo)本的47.6%和44.4%。

2.2 病毒分離 將630只蚊蟲(chóng)標(biāo)本分為18批進(jìn)行研磨處理，分別接種C6/36和BHK-21細(xì)胞進(jìn)行病毒分離。在連續(xù)傳代過(guò)程中，1批標(biāo)本能夠同時(shí)引起C6/36和BHK-21細(xì)胞產(chǎn)生穩(wěn)定的細(xì)胞病變，該株病毒(SC1210)接種BHK-21細(xì)胞后，24 h即可產(chǎn)生病變，表現(xiàn)為細(xì)胞圓縮；接種C6/36細(xì)胞后24 h左右產(chǎn)生病變，主要表現(xiàn)為細(xì)胞破碎。

2.3 病毒RNA提取、逆轉(zhuǎn)錄和PCR鑒定 吸取200 μl病毒培養(yǎng)液提取病毒RNA，利用TaKaRa RT-PCR試劑盒進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄獲得cDNA，利用隨機(jī)六聚體引物逆轉(zhuǎn)錄獲取病毒cDNA，首先使用乙腦特異性引物進(jìn)行擴(kuò)增，結(jié)果為陰性。然后分別使用甲病毒、黃病毒、版納病毒和布尼亞病毒屬特異性引物擴(kuò)增，結(jié)果毒株SC1210為甲病毒屬PCR陽(yáng)性，其余全部為陰性。

表1 進(jìn)化分析中所用的病毒株

2.4 病毒序列分析和系統(tǒng)進(jìn)化分析

2.4.1 分子生物學(xué)鑒定: PCR擴(kuò)增陽(yáng)性產(chǎn)物經(jīng)測(cè)序得到432 bp的目的條帶，將所得序列與GenBank中已有的相應(yīng)序列進(jìn)行BLAST比對(duì)，結(jié)果顯示SC1210與甲病毒屬GETV同源性最近(96%-99%)，初步鑒定為GETV。

2.4.2 SC1210株病毒全序列分析:SC1210株為四川省分離到的首株GETV，故按上述所列方法對(duì)其進(jìn)行了全序列測(cè)定。GETV基因組具有典型的甲病毒屬基因組結(jié)構(gòu)，分為兩個(gè)獨(dú)立的開(kāi)放閱讀框架(ORF)，5′ 端編碼4種非結(jié)構(gòu)蛋白nsP1、nsP2、nsP3、nsP4，3′ 端編碼5種結(jié)構(gòu)蛋白C、E3、E2、6K和E1蛋白。該株病毒基因組全長(zhǎng)11 690 nt；衣殼蛋白全長(zhǎng)為804 nt，編碼268個(gè)氨基酸；E2基因全長(zhǎng)1 266 nt，編碼422個(gè)氨基酸；3′ UTR全長(zhǎng)402 nt，具有GETV獨(dú)特的3個(gè)完整的重復(fù)序列元件和19 nt的保守序列。

下載GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中的分離于國(guó)內(nèi)外不同地區(qū)不同時(shí)間的所有GETV全序列，與四川SC1210株及SAGV(Sagiyama virus)進(jìn)行同源性分析。全序列同源性分析結(jié)果顯示(表2)，SC1210與分離自日本的SAGV核苷酸同源性和氨基酸同源性皆為最低，分別為97.2%和96.5%；與2005年分離自中國(guó)云南的GETV YN0540核苷酸同源性和氨基酸同源性皆為最高，分別為99.7%和99.4%。已測(cè)全序的GETV中國(guó)分離株M1、SC1210、HB0234以及YN0540，核苷酸之間有超過(guò)97.9%的同源性，氨基酸之間有超過(guò)97.3%的同源性。

將包括SC1210在內(nèi)的分離自國(guó)內(nèi)外的共9株已測(cè)全序的GETV與馬來(lái)西亞原始株GETV MM2021進(jìn)行氨基酸差異分析，結(jié)果顯示，經(jīng)過(guò)不同時(shí)間的進(jìn)化，各個(gè)分離株的編碼結(jié)構(gòu)蛋白區(qū)域的氨基酸都發(fā)生了一定程度的改變。C基因是編碼病毒衣殼蛋白的基因，在本文研究的所有GETV中國(guó)株中，四川株SC1210除了與YN0540、HB0234共同的7個(gè)C蛋白氨基酸位點(diǎn)改變外，還在75位多了一個(gè)Q到K的改變。在E2區(qū)，基本都發(fā)生了10個(gè)以上位點(diǎn)的改變，其中SC1210、YN0540、HB0234以及韓國(guó)株、日本株、蒙古株都在第269位有一個(gè)共同的L到V的改變。此外，在E1區(qū)，國(guó)內(nèi)分離株中，只有SC1210氨基酸位點(diǎn)改變最少，只有6處。E3區(qū)只有M1株在44位有一個(gè)P到S的改變，6K區(qū)只有SAGV在44位發(fā)生一個(gè)K到Q的改變。整體來(lái)看，雖然四川株SC1210分離年代間隔較GETV原始株MM2021比M1株更長(zhǎng)，但是SC1210株所發(fā)生的結(jié)構(gòu)蛋白區(qū)段氨基酸位點(diǎn)改變卻比M1株少的多。

表2 GETV和SAGV全序列同源性分析

注：左下方為核苷酸序列同源性，右上方為氨基酸序列同源性

Note:The lower left is nucleotide sequence homology, the upper right is amino acid sequence homology

將包括GETV中國(guó)分離株SC1210、M1、HB0234、YN0540以及日本、韓國(guó)、俄羅斯、蒙古國(guó)分離株在內(nèi)的15株甲病毒屬病毒的全基因序列構(gòu)建了系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)。因?yàn)轳R來(lái)西亞原始株GETV MM2021并未有全序可查，只有編碼nsp1、E1 和3′ UTR的部分序列，故未將其列入全序列系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)的構(gòu)建。據(jù)圖1A所示，從全基因序列上來(lái)看系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系，SAGV與其他GETV分屬于同一個(gè)大分支，所有的GETV與RRV(羅斯河病毒)進(jìn)化關(guān)系是最近的。2012年分離自四川的SC1210株與2005年分離自云南的 YN0540株進(jìn)化關(guān)系比較近，其次是2002年分離自河北的HB0234株，與1964年分離自我國(guó)的M1株GETV親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。

注：▲為本研究所獲得的序列

2.4.3 SC1210株衣殼蛋白基因核苷酸與氨基酸同源性及系統(tǒng)進(jìn)化分析:衣殼蛋白基因是編碼病毒衣殼蛋白的基因，對(duì)病毒顆粒的形成和存活至關(guān)重要[15]。選擇國(guó)內(nèi)外分離的10株GETV衣殼蛋白基因序列進(jìn)行核苷酸與氨基酸序列的同源性分析，包括中國(guó)5株，韓國(guó)1株，蒙古、馬來(lái)西亞、日本、俄羅斯各1株，毒株分離年代涵蓋1955-2012年。結(jié)果顯示，SC1210病毒衣殼蛋白基因與其他9株病毒核苷酸同源性為94.9%-99.2%，其中與馬來(lái)西亞原始株MM2021的核苷酸同源性為94.9%，與韓國(guó)分離株的同源性為98.6%，與我國(guó)云南分離株的同源性最高，為99.2%。SC1210與其他9株GETV衣殼蛋白的氨基酸同源性為97%-99.6%，與MM2021同源性最低，為97%，與我國(guó)河北分離株、云南分離株、蒙古分離株以及韓國(guó)分離株均為99.6%。

為了解SC1210病毒衣殼蛋白與國(guó)內(nèi)外分離的GETV病毒的進(jìn)化關(guān)系，選擇10株GETV病毒以及另外6株甲病毒屬病毒進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析，詳見(jiàn)圖1B。結(jié)果顯示，分離年代相近的毒株，進(jìn)化關(guān)系也相近，GETV病毒C基因系統(tǒng)進(jìn)化分為兩大支，馬來(lái)西亞原始分離株與SAGV株以及俄羅斯分離株處于同一大分支，前兩者處于同一小分支，親緣關(guān)系更近。其他的7株病毒處于另外的大分支，SC1210與云南分離株YN0540處于同一分支中，親緣關(guān)系最近。

2.4.4 SC1210株E2基因核苷酸與氨基酸同源性及系統(tǒng)進(jìn)化分析: GETV E2基因具有很好的保守性，且中和位點(diǎn)位于E2基因。本研究選擇國(guó)內(nèi)外分離的15株GETV E2基因序列進(jìn)行核苷酸和氨基酸的同源性分析，結(jié)果顯示，SC1210與其他毒株的E2基因的核苷酸同源性為94.6%-99.6%，其與MM2021核苷酸同源性最低，為94.6%，與YN0540核苷酸同源性最高，為99.6%，其次為韓國(guó)分離株AY702913，為98.8%。SC1210與其他毒株E2基因的氨基酸同源性為97.1%-99.5%。其與MM2021同源性最低，為97.1%，與蒙古分離株、SH05-6、SH05-15、YN0540、YN0542分離株的氨基酸同源性最高，均為99.5%。

對(duì)15株病毒的E2基因進(jìn)行了系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分析后(圖1C)，結(jié)果顯示，E2基因進(jìn)化分為兩支，馬來(lái)西亞原始分離株MM2021處于單獨(dú)的一支，其他GETV處于另外的分支，SC1210株E2基因與云南分離株YN0540親緣關(guān)系最近。

2.4.5 SC1210株3′UTR區(qū)序列同源性分析:甲病毒3′ 末端非翻譯區(qū)(3′ UTR)是指從病毒基因組結(jié)構(gòu)基因E1區(qū)終止密碼子到Poly(A)尾的一段序列。所有甲病毒的這段序列中，都存在40 nt到60 nt的重復(fù)序列。不同的甲病毒3′ 非翻譯區(qū)中重復(fù)序列的長(zhǎng)度，堿基排列順序以及重復(fù)序列的類(lèi)型和數(shù)量等各不相同。而相同的甲病毒中則比較保守[16]。

SC1210株3′ UTR全長(zhǎng)402 nt，具有GETV病毒獨(dú)特的3個(gè)完整的重復(fù)序列元件(RSE)和19 nt的保守序列。研究發(fā)現(xiàn)，中國(guó)分離株(M1、GS10-2、HB0215-3、HB0234、SH05-6、SH05-15、SH05-16、SH05-17、YN0542)在RSE之前的45-54位都有10個(gè)核苷酸的缺失，僅SC1210株與云南分離株YN0540只有9個(gè)核苷酸的缺失，在第45位都多了一個(gè)T，具有較為特殊的結(jié)構(gòu)特征。

選擇國(guó)內(nèi)外于不同時(shí)期分離的16株GETV進(jìn)行3′ UTR區(qū)核苷酸的同源性分析，SC1210株與其他株的核苷酸同源性為79%-99.5%，與韓國(guó)分離株AY702913同源性最低，為79%，與云南分離株YN0540為99.5%。韓國(guó)分離株與其他分離株的3′ UTR區(qū)同源性最低，其核苷酸同源性為72.5%-79.6%。

3 討論

GETV是我國(guó)分離最早的甲病毒，于1964年在海南首次分離得到。此后，近40年的時(shí)間，我國(guó)都再未監(jiān)測(cè)和分離到GETV，直到38年后的2002年，河北省的再次分離和鑒定，才真正拉開(kāi)了對(duì)GETV全面認(rèn)識(shí)的序幕[17,18]。到目前為止，我國(guó)大陸有10個(gè)省市報(bào)道了30株在蚊子標(biāo)本中分離到的GETV[12]，病毒的分離地點(diǎn)跨越了我國(guó)的南北地域(從北緯19°的海南省到40°23′ 的河北省)，同時(shí)又比較集中在2002年以后，表明GETV至少在2002年后在我國(guó)廣泛分布。本研究所鑒定的SC1210病毒，為四川省首次分離到的GETV。SC1210病毒的分離提示GETV在四川省的蚊蟲(chóng)媒介中可能廣泛存在，具有潛在的感染人或牲畜的可能性，下一步應(yīng)采集本省的人和牲畜血清標(biāo)本進(jìn)行抗體篩查，了解省內(nèi)人和牲畜體內(nèi)是否存在甲病毒隱性感染，并深入探討SC1210 GETV是否對(duì)人畜具有致病意義。

對(duì)甲病毒屬的幾種病毒進(jìn)行全序列系統(tǒng)進(jìn)化分析后發(fā)現(xiàn)，日本發(fā)現(xiàn)的SAGV在馬中可引起與GETV相同的臨床癥狀，與GETV關(guān)系密切，與其他GETV在進(jìn)化關(guān)系上屬于同一分支，而其他的甲病毒屬成員則位于另外的分支，這也從另一個(gè)側(cè)面印證了有些學(xué)者的理論，認(rèn)為SAGV是GETV的一種亞型[6]。中國(guó)2002年后分離到的GETV與1964年分離到的M1株位于不同的進(jìn)化分支，進(jìn)化關(guān)系較遠(yuǎn)，提示近年來(lái)在中國(guó)流行的GETV較38年前發(fā)生了一定程度的進(jìn)化。但2000年分離的俄國(guó)、蒙古國(guó)株是個(gè)特例，并未與其分離年代相似的分離株親緣關(guān)系更近，而是與中國(guó)1964年分離株M1、1956年日本分離株SAGV親緣關(guān)系更近，也從側(cè)面表明，俄國(guó)、蒙古國(guó)GETV分離株在36年間的進(jìn)化可能是較緩慢的。

SC1210病毒的衣殼蛋白和E蛋白與馬來(lái)西亞GETV原始分離株MM2021以及中國(guó)1964年的分離株M1相比，位于GETV的不同分支中，親緣關(guān)系較遠(yuǎn)，由此可見(jiàn)，分離年代越相近則病毒進(jìn)化距離越近，這與陳維欣等[19]在山東省以及Wekesa等[20]在日本研究GETV時(shí)得出的結(jié)論一致。同時(shí)，SC1210病毒與云南分離株YN0540的衣殼蛋白和E蛋白的同源性最高，且系統(tǒng)進(jìn)化始終處于同一分支，親緣關(guān)系最近，因?yàn)樵颇吓c四川接壤，地理環(huán)境相似，所以GETV的進(jìn)化可能與地理環(huán)境有關(guān)。

所有的中國(guó)分離株在 3′ UTR中45-54位都存在10 nt的缺失，唯獨(dú)SC1210與YN0540只有9 nt的缺失。韓國(guó)分離株AY702913的3′ UTR區(qū)與其他國(guó)家的分離株相比，核苷酸和氨基酸同源性較低，存在較大的差異。除了韓國(guó)分離株分離自豬血清外，其他分離株均分離自蚊子，而且同源性較高、親緣關(guān)系最近的SC1210與YN0540都分離自阿蚊，所以，3′ UTR區(qū)的較大差異與病毒來(lái)源是否有關(guān)還需要進(jìn)一步的探討研究。

四川省地理景觀多樣，氣候溫和，適合多種媒介昆蟲(chóng)生長(zhǎng)和其體內(nèi)的病毒繁殖，四川省自2004年起，開(kāi)始了較為系統(tǒng)的蟲(chóng)媒病毒調(diào)查研究[21]，并相繼在蚊蟲(chóng)標(biāo)本中分離到乙腦病毒、Cat Que 病毒和GETV，由此可見(jiàn)，四川省存在多種蟲(chóng)媒病毒，其中Cat Que 病毒和GETV與人類(lèi)疾病之間的相互關(guān)系還需進(jìn)行深入詳盡的研究。

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First isolation and identification of Getah virus SC1210 in Sichuan

LiWei,PanMing,ZhouXingyu,LinShihua,LiuXuecheng,FuShihong,ChenDanlin,CaoYiou,LiangGuodong,ZhangJiakeSichuanCenterforDiseaseControlandPrevention,Chengdu610041,China

(LiW,PanM,ZhouXY,LinSH,LiuXC,ChenDL,CaoYO,ZhangJK);NationalInstituteforViralDiseaseControlandPrevention,ChineseCenterforDiseaseControlandPrevention,Beijing102206,China(FuSH,LiangGD)

LiWeiandPanmingarethefirstauthorswhocontributedequallytothearticle

ZhangJiake，Email:scszjk@163.com

Objective To study the genome molecular characteristics of Getah virus (SC1210) which isolated in Sichuan province in 2012. Methods Reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) was used to identify the isolate and the genome was sequenced by the second Ion Torrent PGM. Computer softwares, including Mega Align and Mega 6, were used to analyze the nucleotide and deduced amino acid sequence, and draw phylogenetic trees. Results SC1210 was identified as Getah virus. The full genome sequence was 11 690nt, the nucleotide and amino acid homology of the full sequence with other strains were 99.2%-99.7% and 96.5%-99.4%.The capsid protein of SC1210 consisting of 804 nucleotides, encoding 268 amino acids and the full-length of E2 protein, had 1 266 nucleotides, encoding 422 amino acids. The nucleotide homology of the capsid protein and the E2 protein with other strains were 94.9%-99.2% and 94.6%-99.6%, and the amino acid were 97%-99.6% and 97.1%-99.5%. The 3′ UTR of the virus included 402 nucleotides and there were three repeat sequence elements and 19 nucleotides conservation sequence. Conclusions The first GETV isolate SC1210 in Sichuan province has a closer relationship with Yunnan strain YN040 and a far genetic relationship with MM2021.

Getah virus; Capsid gene; E2 protein gene; 3′ untranslated region; Nucleotide sequence

張佳珂，Email: scszjk@163.com

10.3760/cma.j.issn.1003-9279.2017.01.001

蓋塔病毒；衣殼蛋白基因；E2蛋白基因；3′ 非翻譯區(qū)；核苷酸序列

2015-08-21)