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        “蛋白質(zhì)”相關(guān)計(jì)算的教學(xué)思路

        2016-08-20 09:28:30唐謹(jǐn)丁
        生物學(xué)教學(xué) 2016年7期
        關(guān)鍵詞:學(xué)生

        唐謹(jǐn)丁

        (廣西貴港市高級(jí)中學(xué) 537000)

        人教版高中生物學(xué)教材中“生命活動(dòng)的主要承擔(dān)著——蛋白質(zhì)”這節(jié)內(nèi)容的重點(diǎn)在氨基酸結(jié)構(gòu)通式的推斷,其涉及生物與化學(xué)結(jié)合的相關(guān)知識(shí),而有關(guān)蛋白質(zhì)的相關(guān)計(jì)算是本節(jié)的一個(gè)難點(diǎn)。本文圍繞教學(xué)中學(xué)生存在諸多疑問的幾個(gè)問題,提供教學(xué)設(shè)計(jì)思路如下。

        1 化學(xué)知識(shí)解釋氨基酸通式的由來

        為什么氨基酸的通式寫成如圖1,這些化學(xué)鍵有什么意義?盡管學(xué)生在高一階段就涉及高中生物學(xué)課程,但他們還未學(xué)過有機(jī)化學(xué),對(duì)于氨基酸通式的書寫不甚了解。為此,可將初中學(xué)過化學(xué)知識(shí)與氨基酸通式結(jié)合起來,引導(dǎo)學(xué)生回憶有關(guān)通式中各種原子最外層電子數(shù)的排列情況(圖2),其最外層電子要達(dá)到多少才能滿足穩(wěn)定結(jié)構(gòu)。

        圖1 氨基酸的通式

        圖2 有關(guān)各原子的最外層電子數(shù)排列情況

        在明確除氫原子最外層需2個(gè)電子就能達(dá)到穩(wěn)定結(jié)構(gòu)外,其他原子,如碳原子,氧原子和氮原子,最外層滿8個(gè)電子才能達(dá)到穩(wěn)定結(jié)構(gòu),由于這些原子本身最外層達(dá)不到8個(gè),在與其他原子結(jié)合的過程中,會(huì)通過共用電子對(duì)的形式來達(dá)成最外層滿8個(gè)的穩(wěn)定結(jié)構(gòu)。共用電子對(duì)之間的化學(xué)鍵就是共價(jià)鍵。因此碳原子最外層本身有4個(gè)電子,還需得到4個(gè)電子才能達(dá)到飽和,形成4個(gè)共價(jià)鍵。以此類推,氮原子可形成3個(gè)共價(jià)鍵連接其他原子,氧原子2個(gè),氫原子可形成1個(gè)共價(jià)鍵。

        由此,讓學(xué)生不僅理解氨基酸通式的結(jié)構(gòu),還能正確書寫,為即將學(xué)習(xí)的脫水縮合過程,肽鍵的形成與正確書寫,做了鋪墊。

        2 數(shù)學(xué)模型建構(gòu)與圖文分析策略解決有關(guān)蛋白質(zhì)的計(jì)算

        2.1 有關(guān)肽鏈中的肽鍵數(shù)、水分子數(shù)與氨基酸個(gè)數(shù)的關(guān)系推導(dǎo) 如圖3所示,氨基酸與肽鍵通過脫水縮合作用,兩個(gè)氨基酸形成二肽;在此基礎(chǔ)上,再加一個(gè)氨基酸脫水縮合接著形成三肽;依次類推,最后得到多肽;多肽經(jīng)過盤旋折疊最終形成蛋白質(zhì)。其中有些蛋白質(zhì)由一條多肽鏈構(gòu)成;有些蛋白質(zhì)由幾條多肽鏈盤旋折疊形成。通過教師引導(dǎo),并讓學(xué)生分析肽鏈結(jié)構(gòu),在表格中填寫氨基酸數(shù)和肽鏈數(shù),肽鍵數(shù)與脫去的水分子的個(gè)數(shù),推斷出它們之間的關(guān)系。推斷出氨基酸、肽鏈數(shù),肽鍵數(shù)與脫去的水分子數(shù)之間的關(guān)系為:肽鍵數(shù)=脫去的水分子數(shù)=氨基酸數(shù)-肽鏈數(shù)。

        表1 氨基酸、肽鍵、肽鏈與水分子數(shù)的關(guān)系

        圖3 氨基酸數(shù)與肽鏈數(shù),肽鍵數(shù)與水分子數(shù)之間的關(guān)系

        2.2 蛋白質(zhì)相對(duì)分子質(zhì)量的計(jì)算 結(jié)合教材內(nèi)容,引導(dǎo)學(xué)生分析游離的氨基酸,在進(jìn)行脫水縮合形成肽鏈的過程中,少了哪些物質(zhì)?如果在已知游離氨基酸的平均相對(duì)分子質(zhì)量和氨基酸個(gè)數(shù)的情況下,如何計(jì)算出新形成多肽鏈的相對(duì)分子質(zhì)量?

        學(xué)生通過之前的學(xué)習(xí),已經(jīng)知道脫水縮合過程,水分子被脫掉了,因此少了水分子的質(zhì)量。那么在已知氨基酸的相關(guān)信息下,按照數(shù)學(xué)邏輯思維的推導(dǎo),新形成肽鏈的相對(duì)分子質(zhì)量等于游離氨基酸的平均分子質(zhì)量乘以形成肽鏈所需的氨基酸數(shù)目減去脫掉的水分子數(shù)乘以水分子質(zhì)量。即蛋白質(zhì)的相對(duì)分子質(zhì)量=(氨基酸數(shù)×氨基酸的平均分子量)-(失去的水分子數(shù)×水的分子量)。

        2.3 有關(guān)蛋白質(zhì)中各原子數(shù)的的計(jì)算 引導(dǎo)學(xué)生觀察圖4這條多肽鏈的特點(diǎn),讓學(xué)生思考:肽鏈中哪些地方含有氧原子?如何計(jì)算出整條多肽鏈的氧原子數(shù)?

        圖4 脫水縮合形成的多肽鏈

        學(xué)生通過觀察并分析,最終得出肽鍵上存在一個(gè)氧原子,一條多肽鏈的末端存在兩個(gè)氧原子,還有R基上也可能存在氧原子。因此,可以推斷出整條多肽鏈的氧原子數(shù)為:氧原子數(shù)=肽鍵數(shù)+肽鏈數(shù)×2+R基上的氧原子。

        按照此思路引導(dǎo)學(xué)生繼續(xù)分析多肽鏈中的氮原子數(shù),學(xué)生通過觀察最終總結(jié)出:氮原子數(shù)=肽鍵數(shù)+肽鏈數(shù)×1+R基上的氮原子

        2.4 有關(guān)肽鏈中游離氨基和游離羧基的計(jì)算 繼續(xù)讓學(xué)生觀察圖4并思考,如何計(jì)算出這條多肽鏈中所有游離氨基(—NH2)和游離羧基(—COOH)的個(gè)數(shù)?

        學(xué)生通過觀察和分析圖4發(fā)現(xiàn),氨基酸脫水縮合形成多肽鏈之后,每個(gè)氨基酸之間已由肽鍵相連,除末端之外,有可能存在游離氨基(—NH2)和游離羧基(—COOH)的地方只有側(cè)鏈基團(tuán)R基,其他地方再無游離的氨基和羧基。由此推斷出:氨基(羧基)數(shù)目=肽鏈數(shù)+R基氨基(羧基)數(shù)。

        2.5 關(guān)于“至少含有多少個(gè)游離氨基和羧基”的計(jì)算 在此基礎(chǔ)上,繼續(xù)引導(dǎo)學(xué)生分析圖4,在一條多肽鏈上,能確定下來的至少含有多少個(gè)游離氨基(—NH2)和游離羧基(—COOH)?如果是兩條肽鏈呢?3條或者多條呢?

        學(xué)生在觀察肽鏈結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上,分析得出R基團(tuán)上不能確定是否有游離氨基和游離羧基的情況下,只有多肽鏈末端存在這些基團(tuán)。因此推斷,1條多肽鏈中,能確定下來的至少含有1個(gè)游離的氨基和1個(gè)游離的羧基在其末端,兩條多肽鏈中至少有2個(gè),3條多肽鏈有3個(gè)。以此類推,得出:至少含有的氨基酸數(shù)=肽鏈數(shù);至少含有的羧基數(shù)=肽鏈數(shù)。

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