改革開(kāi)放后，國(guó)家在計(jì)劃生育領(lǐng)域與國(guó)際組織開(kāi)展合作，在北京籌建計(jì)劃生育科學(xué)研究所（國(guó)家衛(wèi)生計(jì)生委科學(xué)技術(shù)研究所的前身）。任務(wù)當(dāng)前，1978年10月肖碧蓮調(diào)職北京，這一年她56歲。從與聯(lián)合國(guó)人口活動(dòng)基金、世界衛(wèi)生組織人類(lèi)生殖研究特別規(guī)劃署談判，到事無(wú)巨細(xì)創(chuàng)建計(jì)劃生育科學(xué)研究所，到該所被確定為世衛(wèi)組織人類(lèi)生殖研究合作中心，再到生殖健康學(xué)科的大發(fā)展，她傾注了大量智慧和心血，在北京繼續(xù)奮斗了30年。

在此期間，肖碧蓮從緊要處著手，率先在國(guó)內(nèi)建立了放射免疫測(cè)定技術(shù)的標(biāo)準(zhǔn)化方法和質(zhì)量控制指標(biāo)。她所領(lǐng)導(dǎo)的生殖內(nèi)分泌研究室因此被世衛(wèi)組織人類(lèi)生殖研究特別規(guī)劃署確定為中國(guó)的放免質(zhì)量控制中心。在此基礎(chǔ)上，對(duì)女性生殖生理基線(xiàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行了測(cè)定和分析。此類(lèi)研究屬于奠基性的工作，很多研究者并不愿意做，而肖碧蓮團(tuán)隊(duì)知難而進(jìn)，建立了中國(guó)婦女5種生殖激素的生理常數(shù)，總結(jié)出激素變化的規(guī)律和高峰平均值。這項(xiàng)研究填補(bǔ)了國(guó)內(nèi)空白，為避孕藥具研發(fā)及相關(guān)疾病診療提供了科學(xué)的基礎(chǔ)。此外，肖碧蓮團(tuán)隊(duì)開(kāi)展了一系列針對(duì)避孕藥具的作用機(jī)理與遠(yuǎn)期安全性、卵巢功能及其調(diào)控的研究，多次獲得科研獎(jiǎng)項(xiàng)。從生殖健康大學(xué)科的角度，她還開(kāi)展了輔助生殖實(shí)踐，在中國(guó)首例試管嬰兒誕生之后不到兩年也獲成功。

20世紀(jì)90年代中期，肖碧蓮將緊急避孕的概念引進(jìn)國(guó)內(nèi)，并組建了“米非司酮降低非意愿妊娠和人工流產(chǎn)的合作研究與開(kāi)發(fā)”臨床研究組，歷時(shí)5年完成4項(xiàng)研究課題。其研究成果有效地降低了我國(guó)的人工流產(chǎn)率，促進(jìn)了女性的生殖健康保護(hù)。同時(shí)，她聯(lián)合國(guó)際專(zhuān)家對(duì)課題研究人員進(jìn)行臨床研究規(guī)范化培訓(xùn)，確?？蒲泄ぷ髡嬲呱弦?guī)范化軌道。1994年，肖碧蓮被聘任為中國(guó)工程院醫(yī)藥與衛(wèi)生工程學(xué)部首批院士之一，1995年獲第二屆中華人口獎(jiǎng)之科技獎(jiǎng)。她主持的“米非司酮用于緊急避孕、黃體期避孕及催經(jīng)的研究”榮獲2003年度中華醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)、2004年度國(guó)家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)。

肖碧蓮在科研所連任三屆學(xué)術(shù)委員會(huì)主任，1989年被任命為所長(zhǎng)，盡管已經(jīng)超齡，但她在白手起家建所10周年之際擔(dān)任所長(zhǎng)實(shí)屬實(shí)至名歸。作為管理者，肖碧蓮非常信任和鼓勵(lì)年輕人，在為他們提供更好教育和研究資源方面不遺余力。