肖碧蓮于1923年出生于上海的一個(gè)商人家庭。1942年，成績(jī)優(yōu)異、發(fā)展全面的肖碧蓮被上海圣約翰大學(xué)錄取。在經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的醫(yī)學(xué)預(yù)科培養(yǎng)、醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)與專業(yè)研習(xí)、臨床實(shí)習(xí)之后，肖碧蓮1949年7月獲頒醫(yī)學(xué)博士。畢業(yè)之后，她入職宏仁醫(yī)院，成為一名年輕的婦產(chǎn)科醫(yī)生。之所以選擇婦科，與她實(shí)習(xí)期間目睹女性衛(wèi)生保健條件差、常常得不到及時(shí)醫(yī)治、沒有選擇而反復(fù)妊娠所帶來(lái)的痛苦有關(guān)，這成為她一生從事生殖健康研究的原動(dòng)力。1952年，肖碧蓮參加了中蘇友好協(xié)會(huì)，在“全面系統(tǒng)地學(xué)習(xí)蘇聯(lián)先進(jìn)經(jīng)驗(yàn)”的熱潮中，她決定去蘇聯(lián)進(jìn)一步深造。1956年11月，她成為莫斯科第一醫(yī)學(xué)院婦產(chǎn)科教研組的一名研究生，并于1959年12月獲得莫斯科第一醫(yī)學(xué)院副博士學(xué)位。

歸國(guó)后，肖碧蓮入職上海第二醫(yī)學(xué)院附屬仁濟(jì)醫(yī)院婦產(chǎn)科。繁忙的臨床和教學(xué)工作之余，她在國(guó)內(nèi)率先建立了生殖激素的化學(xué)測(cè)定方法。1964年3月，肖碧蓮正式加入口服避孕藥研發(fā)項(xiàng)目。此后，仁濟(jì)醫(yī)院成立了國(guó)內(nèi)首個(gè)計(jì)劃生育實(shí)驗(yàn)室（后改名為研究室），肖碧蓮擔(dān)任副主任和秘書。她帶領(lǐng)研究室進(jìn)行避孕藥臨床效果和副反應(yīng)的觀察，開展相關(guān)內(nèi)分泌和子宮內(nèi)膜的實(shí)驗(yàn)研究，探索藥物的避孕作用機(jī)理和最低有效劑量。

1965年，肖碧蓮帶領(lǐng)研究室在內(nèi)分泌測(cè)定的基礎(chǔ)上，將避孕藥的劑量減到國(guó)外常用劑量的1/2。1/2劑量以及隨后的1/4劑量避孕藥分別于1967年、1969年通過(guò)國(guó)家鑒定，批量生產(chǎn)推廣。

此外，肖碧蓮團(tuán)隊(duì)先后加入了多個(gè)避孕藥具科研協(xié)作組，對(duì)I號(hào)避孕針、紙型避孕片等的臨床效果、安全性和藥理進(jìn)行研究。動(dòng)蕩歲月中她勉力堅(jiān)持，實(shí)驗(yàn)臺(tái)前搖瓶、測(cè)定，下鄉(xiāng)發(fā)藥、隨訪，親力親為。尤其是對(duì)長(zhǎng)期服藥者的隨訪研究，包括服藥后閉經(jīng)現(xiàn)象的調(diào)查、停藥后生育力的恢復(fù)、后代的健康調(diào)查和染色體分析等，飽含著對(duì)婦幼健康的專注和護(hù)佑。

肖碧蓮在科研上求真務(wù)實(shí)，對(duì)團(tuán)隊(duì)成員的要求幾近苛刻，在生活上則對(duì)他們關(guān)愛有加——她曾親手為下屬的孩子縫制棉襖。10年艱難時(shí)世終成過(guò)往，研究團(tuán)隊(duì)關(guān)于避孕藥具的多篇論文得以發(fā)表。1977年，她所在單位負(fù)責(zé)研制的短效口服I號(hào)、II號(hào)避孕片獲得了上海市重大科學(xué)技術(shù)成果獎(jiǎng)，次年3月獲全國(guó)科學(xué)大會(huì)獎(jiǎng)。

從1960年到1978年調(diào)職北京，肖碧蓮在仁濟(jì)醫(yī)院工作了18年。作為國(guó)內(nèi)生殖內(nèi)分泌學(xué)界的領(lǐng)軍人物之一，她取得了多項(xiàng)學(xué)術(shù)成果，為北京的后續(xù)研究奠定了堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。