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        基于毛細(xì)管電泳的鹿鞭D(zhuǎn)NA指紋鑒定方法

        2016-04-06 01:23:53苑廣信李梓僮張麗華李洪宇李明成北華大學(xué)藥學(xué)院吉林吉林303北華大學(xué)生命科學(xué)中心吉林吉林303北華大學(xué)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)學(xué)院吉林吉林303
        中成藥 2016年3期

        苑廣信, 李梓僮, 張麗華, 盛 瑜, 李洪宇, 李 坦, 孫 新, 李明成(.北華大學(xué)藥學(xué)院,吉林吉林303;.北華大學(xué)生命科學(xué)中心,吉林吉林303;3.北華大學(xué)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)學(xué)院,吉林吉林303)

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        基于毛細(xì)管電泳的鹿鞭D(zhuǎn)NA指紋鑒定方法

        苑廣信1, 李梓僮1, 張麗華1, 盛 瑜1, 李洪宇1, 李 坦2, 孫 新2, 李明成3*
        (1.北華大學(xué)藥學(xué)院,吉林吉林132013;2.北華大學(xué)生命科學(xué)中心,吉林吉林132013;3.北華大學(xué)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)學(xué)院,吉林吉林132013)

        摘要:目的 研究基于毛細(xì)管電泳的鹿鞭D(zhuǎn)NA指紋鑒定方法。方法 鹽析法提取梅花鹿鞭、馬鹿鞭、馴鹿鞭和赤鹿鞭的線粒體DNA,對(duì)序列為GAGCGTCGAA的引物進(jìn)行IAPD擴(kuò)增,毛細(xì)管電泳法分析其產(chǎn)物,再對(duì)所得指紋圖譜的相似度進(jìn)行分析。結(jié)果 梅花鹿鞭指紋圖譜中有9個(gè)共有峰,馬鹿鞭指紋圖譜中有21個(gè)共有峰,與馴鹿鞭和赤鹿鞭有明顯差異。而且,其相似度均小于0.7。結(jié)論 該方法客觀、準(zhǔn)確、方便,可有效區(qū)分梅花鹿鞭、馬鹿鞭及其偽品(馴鹿鞭、赤鹿鞭)。

        關(guān)鍵詞:鹿鞭;DNA指紋;毛細(xì)管電泳

        KEY W 0RDS:Penis et Testis Cervi;DNA fingerprints;capi11ary e1ectrophoresis

        鹿鞭是我國(guó)的傳統(tǒng)名貴中藥材,為鹿科動(dòng)物梅花鹿(Gervus nippon Temminck)和馬鹿(Cervus elaphus Linnaeus)雄性的外生殖器[1]。中醫(yī)認(rèn)為,鹿鞭可以補(bǔ)腎精、壯腎陽(yáng),對(duì)于治療腰膝冷痛、陽(yáng)痿早泄有顯著療效[2]。近年來(lái),由于市場(chǎng)需求量大、貨緊價(jià)高等原因,各種偽品屢見(jiàn)不鮮,其中馴鹿(Rangifer tarandus)和赤鹿(Cervus canadensis)由于數(shù)量多、價(jià)格便宜,常被用于冒充正品鹿鞭出售。但鹿鞭成分復(fù)雜,而且市售品大多經(jīng)過(guò)加工、炮制,導(dǎo)致性狀和成分均有所改變,故傳統(tǒng)方法很難進(jìn)行準(zhǔn)確鑒別。

        DNA指紋法利用DNA在分子水平上,對(duì)物種進(jìn)行鑒別,具有高度的種質(zhì)特異性,比傳統(tǒng)鑒定方法更科學(xué)和準(zhǔn)確[3-4]。其中,隨機(jī)擴(kuò)增DNA多態(tài)性(IAPD)技術(shù)具有擴(kuò)增結(jié)果多態(tài)性豐富、DNA用量少、無(wú)需專門設(shè)計(jì)引物等優(yōu)點(diǎn),近年來(lái)在物種鑒定方面得到了廣泛應(yīng)用[5]。另外,毛細(xì)管電泳具有快速、高效、樣品用量少、抗污染等優(yōu)點(diǎn),在蛋白質(zhì)、核酸、DNA、氨基酸等生物樣品分析中具有獨(dú)特優(yōu)勢(shì)[6-7]。本實(shí)驗(yàn)將毛細(xì)管電泳和IAPD技術(shù)相結(jié)合,建立鹿鞭IAPD指紋鑒定方法,并采用相似度分析軟件對(duì)結(jié)果進(jìn)行判定,旨在為鹿鞭的鑒定提供一種科學(xué)、準(zhǔn)確、客觀的新方法。

        1 儀器與試藥

        毛細(xì)管電泳儀(美國(guó)Agi1ent公司);9700PCI擴(kuò)增儀(美國(guó)ABI公司);ST16I臺(tái)式低溫離心機(jī)(美國(guó)Thermo公司);未涂層石英毛細(xì)管(75 μm×50 cm,40 cm,河北永年銳灃色譜器件有限公司)。

        梅花鹿鞭1號(hào)、馬鹿鞭1號(hào)購(gòu)自吉林市龍?zhí)渡铰箻I(yè)有限責(zé)任公司;梅花鹿鞭2號(hào)、馬鹿鞭2號(hào)購(gòu)自蛟河市第一鹿場(chǎng);梅花鹿鞭3號(hào)、馬鹿鞭3號(hào)購(gòu)自吉林市藥材市場(chǎng);馴鹿鞭1號(hào)、赤鹿鞭1號(hào)由吉林市食品藥品檢驗(yàn)所提供;馴鹿鞭2號(hào)、赤鹿鞭2號(hào)由四平市食品藥品檢驗(yàn)所提供。

        DNA聚合酶、蛋白酶K、裂解液(含10 mmo1/L Tris-HC1[pH=7.6]、10 mmo1/L Na2EDTA、50 mmo1/L NaC1)、2×Taq PCI Master Mix購(gòu)自北京天根生化科技有限公司;DL-1000 DNA marker購(gòu)自日本TaKaIa公司;四丁基磷酸銨(TBAP)購(gòu)自美國(guó)Sigma公司;羥丙甲基纖維素(HPMC)和隨機(jī)引物購(gòu)自上海生工生物有限公司。甲醇為色譜純;水為自制雙蒸水;其他試劑均為分析純。

        2 實(shí)驗(yàn)方法

        2.1 鹿鞭線粒體DNA提取 取鹿鞭樣品適量,洗凈、烘干、剪碎,于研缽中研成粉末,4℃下保存待用。鹽析法[8]提取鹿鞭線粒體DNA,取粉末0.1 g,置于離心管中,加裂解液0.5 mL、10% SDS 30 μL和蛋白酶K 15 μL,55℃水浴恒溫震蕩12 h,加飽和醋酸鈉溶液500 μL,繼續(xù)震蕩10 min,離心10 min(12 000 r/min),取上清液,加入等體積異丙醇,-20℃下靜置3 h,離心10 min(12 000 r/min),棄去上清液。沉淀加70%乙醇洗滌,離心10 min(12 000 r/min),棄去上清液,揮干乙醇,加滅菌蒸餾水100 μL溶解,即得DNA樣品溶液,-20℃下保存待用。

        2.2 鹿鞭線粒體DNA瓊脂糖凝膠電泳 取DNA樣品溶液,按6∶1的比例加入6×1oading buffer,混勻,于0.8%瓊脂糖凝膠板(含0.5 μg/mL EB)上點(diǎn)樣,進(jìn)行電泳。電壓60 V,電泳時(shí)間1 h,記錄紫外檢測(cè)結(jié)果。

        2.3擴(kuò)增引物的篩選 用合成的30條10-mer引物,分別對(duì)提取的鹿鞭線粒體DNA進(jìn)行擴(kuò)增,從中篩選出多態(tài)性豐富、擴(kuò)增結(jié)果穩(wěn)定的引物,進(jìn)行下一步研究。

        2.4 IAPD擴(kuò)增 PCI反應(yīng)體系總體積為25 μL,含2×Taq PCI Master Mix 12.5 μL、12.5 μmo1/L引物1 μL,模板DNA溶液2 μL和無(wú)菌蒸餾水9.5 μL。

        PCI循環(huán)參數(shù)為預(yù)變性5 min(94℃),變性80 s(94℃),退火1 min(36℃),延伸2 min (72℃),40個(gè)循環(huán)后再延伸10 min(72℃)。首循環(huán)變性3 min(95℃),PCI產(chǎn)物在4℃下保存待用。

        2.5 毛細(xì)管電泳分析 參考文獻(xiàn)[9],并進(jìn)行優(yōu)化,緩沖液為0.8% HPMC-2 mmo1/L EDTA-15 mmo1/L TBAP-20 mmo1/L磷酸鹽緩沖液,Tris調(diào)節(jié)pH為7.3;分離電壓-8 kV;進(jìn)樣電壓-10 kV;進(jìn)樣時(shí)間15 s;檢測(cè)波長(zhǎng)260 nm,記錄電泳圖譜。

        新毛細(xì)管依次用甲醇、蒸餾水、1.0 mo1/L鹽酸、1.0 mo1/L NaOH溶液各沖洗15 min,0.1 mo1/L NaOH溶液沖洗30 min,再用蒸餾水和緩沖液各沖洗10 min,備用。每次進(jìn)樣前,依次用0.1 mo1/L NaOH溶液、蒸餾水和緩沖液各沖洗2 min。2.6 數(shù)據(jù)分析 將所得的電泳圖譜導(dǎo)入《中藥色譜指紋圖譜相似度評(píng)價(jià)系統(tǒng)(2004A)》軟件,進(jìn)行相似度分析和鑒定。

        3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果

        3.1 線粒體DNA瓊脂糖凝膠電泳圖譜 由圖1可知,鹿鞭線粒體DNA條帶清晰完整,無(wú)明顯彌散和降解,相對(duì)分子量約為21 000 bp,表明采用“2.1”項(xiàng)下方法,可從鹿鞭干品中獲得完整、高純度的線粒體DNA,這為IAPD擴(kuò)增的穩(wěn)定提供了一級(jí)結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)。

        圖1 鹿鞭線粒體DNA瓊脂糖凝膠電泳圖譜Fig.1 M itochondrial DNA agarose gel electropherograms of Penis et Testis Cervi

        3.2 擴(kuò)增引物的篩選 通過(guò)逐步篩選,發(fā)現(xiàn)序列為GAGCGTCGAA的引物擴(kuò)增結(jié)果重復(fù)性好、多態(tài)性豐富、特異性強(qiáng),故選擇該引物用于IAPD擴(kuò)增。

        3.3 IAPD擴(kuò)增條件的優(yōu)化 退火溫度、模板DNA用量和引物用量是影響IAPD擴(kuò)增的主要因素。

        3.3.1 退火溫度 在33~38℃下,隨著退火溫度的升高,IAPD反應(yīng)的特異性增強(qiáng),但溫度過(guò)高則會(huì)影響DNA鏈的聚合。實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,退火溫度36℃時(shí),擴(kuò)增效果最好。

        3.3.2 模板DNA用量 在0.3~0.8 μg范圍內(nèi),考察了模板DNA用量對(duì)擴(kuò)增結(jié)果的影響。結(jié)果顯示,模板DNA用量為0.5 μg時(shí),擴(kuò)增效果最好。3.3.3 引物用量 在0.5~2.0 μg范圍內(nèi),考察了引物用量與擴(kuò)增結(jié)果的關(guān)系,發(fā)現(xiàn)引物用量越大,IAPD反應(yīng)越完全,但過(guò)大則會(huì)產(chǎn)生引物二聚體。結(jié)果顯示,當(dāng)引物用量為1 μg時(shí),擴(kuò)增效率最高,而且無(wú)引物二聚體產(chǎn)生。

        3.4 方法學(xué)驗(yàn)證

        3.4.1 精密度試驗(yàn) 取DL-1000 DNA marker適量,制成90 μg/mL溶液,在“2.5”項(xiàng)條件下連續(xù)測(cè)定6次。結(jié)果,各DNA片段電泳峰面積和遷移時(shí)間的ISD分別為2.9~5.6%和1.1~1.9%,表明儀器精密度良好。

        3.4.2 重復(fù)性試驗(yàn) 取梅花鹿鞭1號(hào)樣品適量,分成5份,分別按“2.1”和“2.4”項(xiàng)下方法提取DNA和IAPD擴(kuò)增,然后在“2.5”項(xiàng)條件下測(cè)定。結(jié)果,各主要擴(kuò)增片段電泳峰面積和遷移時(shí)間的ISD分別為2.7~5.9%和1.3~1.9%,表明該方法重復(fù)性良好。

        3.5 基于毛細(xì)管電泳的鹿鞭IAPD指紋圖譜的構(gòu)建 取梅花鹿鞭1~3號(hào)和馬鹿鞭1~3號(hào)樣品適量,分別按“2.1”和“2.4”項(xiàng)下方法操作,然后在“2.5”項(xiàng)條件下測(cè)定,記錄電泳圖譜,并將數(shù)據(jù)導(dǎo)入《中藥色譜指紋圖譜相似度評(píng)價(jià)系統(tǒng)(2004A)》進(jìn)行分析。結(jié)果,梅花鹿鞭指紋圖譜標(biāo)定了9個(gè)共有峰,相對(duì)保留時(shí)間的ISD<0.45%,相似度在0.952~0.983之間;馬鹿鞭指紋圖譜標(biāo)定了21個(gè)共有峰,相對(duì)保留時(shí)間的ISD<0.78%,相似度在0.945~0.969之間。具體見(jiàn)圖2。

        3.6 鹿鞭樣品的鑒定 取馴鹿鞭和赤鹿鞭樣品適量,分別按“2.1”和“2.4”項(xiàng)下方法提取DNA 和IAPD擴(kuò)增,然后在“2.5”項(xiàng)條件下測(cè)定。將所得的指紋圖譜與梅花鹿鞭、馬鹿鞭進(jìn)行對(duì)比,計(jì)算相似度,結(jié)果見(jiàn)表1。由表可知,梅花鹿鞭、馬鹿鞭、馴鹿鞭和赤鹿鞭指紋圖譜具有明顯差異,相似度均小于0.7,說(shuō)明該方法可用于梅花鹿鞭、馬鹿鞭及其偽品(馴鹿鞭和赤鹿鞭)的鑒定。

        圖2 4種鹿鞭的電泳圖譜Fig.2 Electrophoretograms of four kinds of Penis et Testis Cervi

        表1 4種鹿鞭指紋圖譜的相似度Tab.1 Sim ilarities of the fingerprints of four kinds of Penis et Testis Cervi

        4 討論

        隨機(jī)擴(kuò)增DNA多態(tài)性(IAPD)分析技術(shù)與其它分子標(biāo)記技術(shù)相比,具有無(wú)需專門設(shè)計(jì)引物、多態(tài)性豐富、檢出率高、技術(shù)簡(jiǎn)便、快速、易于程序化、樣品量少等優(yōu)點(diǎn),因此被廣泛用于物種的鑒定和遺傳學(xué)研究[10-11]。但由于缺乏合適的檢測(cè)技術(shù)和鑒定方法,導(dǎo)致相關(guān)研究成果的應(yīng)用性不強(qiáng)。

        毛細(xì)管電泳與IAPD技術(shù)聯(lián)用時(shí),可發(fā)揮后者的優(yōu)勢(shì)并有效彌補(bǔ)其缺點(diǎn):(1)毛細(xì)管電泳分辨率極高(可分離相差1 bp的DNA片段),兩者聯(lián)用可體現(xiàn)IAPD擴(kuò)增產(chǎn)物的多態(tài)性,獲得多態(tài)性豐富的DNA指紋圖譜;(2)毛細(xì)管電泳靈敏度高,兩者聯(lián)用可檢測(cè)到IAPD擴(kuò)增產(chǎn)物中含有量較低的片段,獲得信息量更大、更完整的DNA指紋圖譜;(3)毛細(xì)管電泳分析速度快,可明顯縮短IAPD擴(kuò)增產(chǎn)物的分析時(shí)間,更適合大批量樣品的分析;(4)毛細(xì)管電泳分離IAPD擴(kuò)增產(chǎn)物的同時(shí),還可測(cè)定各擴(kuò)增片段的濃度和分子量,獲得更豐富的信息,有利于建立更全面的指紋圖譜;(5)毛細(xì)管電泳可獲得數(shù)據(jù)形式的分析結(jié)果,然后導(dǎo)入軟件進(jìn)行相似度分析。

        本實(shí)驗(yàn)建立了基于毛細(xì)管電泳的鹿鞭D(zhuǎn)NA指紋鑒別方法,實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,該方法準(zhǔn)確、可靠、重復(fù)性好。采用《中藥色譜指紋圖譜相似度評(píng)價(jià)系統(tǒng)》分析時(shí)發(fā)現(xiàn),梅花鹿鞭、馬鹿鞭、馴鹿鞭和赤鹿鞭指紋圖譜的相似度具有明顯差異,說(shuō)明該方法可有效區(qū)分梅花鹿鞭、馬鹿鞭及其偽品(馴鹿鞭和赤鹿鞭),為該藥材的鑒定提供了一種客觀、準(zhǔn)確、方便的手段。

        參考文獻(xiàn):

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        DNA fingerprint identification of Penis et Testis Cervi based on capillary electrophoresis

        YUAN Guang-xin1, LIZi-tong1, ZHANG Li-hua1, SHENG Yu1, LIHong-yu1, LI Tan2, SUN Xin2, LIMing-cheng3*

        (I.College of Pharmacy,Beihua University,Jilin I32OI3,China;2.Life Scientific Research Center,Beihua University,Jilin I32OI3,China;3.Medical Inspection Institute,Beihua University,Jilin I32OI3,China)

        ABSTRACT:AIM To study the DNA fingerprint identification of Penis et Testis Cervi based on capi11ary e1ectro-book=621,ebook=155phoresis.METH 0 DS Themitochondria1DNAs of Penis et Testis Cervi of Cervus nippon Temminck,Cervus elaphus Linnaeus,Rangifer tarandus and Cervus canadensis were extracted by sa1ting-out method.The primer (GAGCGTCGAA)was used for IAPD amp1ification,whose products were ana1yzed by capi11ary e1ectrophoresis. Then the simi1arities of obtained fingerprintswere ana1yzed.RESULTS Therewere nine and twenty-one common peaks in the fingerprints of Penis et Testis Cervi of C.nippon and C.elaphus,respective1y,having obvious difference from those of R.tarandus and C.canadensis.In addition,their simi1aritieswere 1ess than 0.7.C0NCLUSI0 N Thismethod is objective,accurate and simp1e,which can effective1y distinguish C.nippon and C.elaphus from their counterfeits(R.tarandus and C.canadensis).

        *通信作者:李明成(1964—),男,博士,教授,從事中藥DNA指紋圖譜研究。Te1:(0432)64608281,E-mai1:1imingcheng1964@ 163.com

        作者簡(jiǎn)介:苑廣信(1981—),男,博士,副教授,從事中藥質(zhì)量控制技術(shù)研究。Te1:(0432)64608281,E-mai1:yuanguangxin2007@ 163.com

        基金項(xiàng)目:吉林省教育廳“十二五”科學(xué)技術(shù)研究項(xiàng)目(吉教科合字[2012]143、[2014]212號(hào));吉林省戰(zhàn)略性新興產(chǎn)業(yè)和高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)發(fā)展專項(xiàng)資助(2015Y077,2013G030,2013G019)

        收稿日期:2015-08-03

        doi:10.3969/j.issn.1001-1528.2016.03.030

        中圖分類號(hào):I282.5

        文獻(xiàn)標(biāo)志碼:A

        文章編號(hào):1001-1528(2016)03-0620-05

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