張國武劉學(xué)鋒周興華黃濤
(1.國家林業(yè)局桉樹研究開發(fā)中心,湛江 524022;2.余干縣林業(yè)局,余干 335100;3.江西農(nóng)業(yè)大學(xué)園林藝術(shù)學(xué)院,南昌 330045)
觀葉福祿桐遺傳多樣性的ISSR分析
張國武1劉學(xué)鋒1周興華2黃濤3
(1.國家林業(yè)局桉樹研究開發(fā)中心,湛江 524022;2.余干縣林業(yè)局,余干 335100;3.江西農(nóng)業(yè)大學(xué)園林藝術(shù)學(xué)院,南昌 330045)
利用ISSR分子標(biāo)記對9個觀葉福祿桐品種進行遺傳多樣性和親緣關(guān)系分析,從100條引物中篩選出9條穩(wěn)定、多態(tài)性高的引物用于PCR擴增,共獲得70條帶,其中多態(tài)性條帶61條,多態(tài)百分率為87.14%。聚類結(jié)果顯示,品種間相似性系數(shù)為0.346 9-0.816 3,聚類結(jié)果與品種間的地理來源緊密相關(guān),從外觀形態(tài)上比較,親緣性較近的葉形和株型相似性較高;觀葉福祿桐各品種間基因型差異較小,親緣關(guān)系較近,遺傳基礎(chǔ)相對較窄。
ISSR;福祿桐;觀葉植物;遺傳相似性系數(shù);聚類分析
ISSR(Inter-simple sequence repeat)由Zietkiewicz等[1]于1994年創(chuàng)建,因其具有分布廣、多態(tài)性高、技術(shù)難度低、操作簡單、重復(fù)性高、成本低等優(yōu)點,是一種近年來應(yīng)用較為廣泛的分子遺傳標(biāo)記技術(shù),它來源于植物基因組中豐富的簡單序列重復(fù)(SSR),由2-4個隨機的核苷酸錨定在微衛(wèi)星序列的3'端或5'端,由此組成的單引物進行重復(fù)序列間DNA的PCR擴增[2],現(xiàn)已普遍應(yīng)用于居群生物學(xué)的研究、品種鑒定和物種分類,并作為構(gòu)建遺傳圖譜的工具[3]。
福祿桐(Polyscias),原產(chǎn)于太平洋諸島,為五加科福祿桐屬植物,常綠灌木或小喬木,株形柔和,古樸優(yōu)雅,古色古香,葉片與莖干奇特優(yōu)美,側(cè)枝細(xì)長,枝繁葉茂,葉片形狀多樣,有圓葉、羽葉、條形葉、蕨葉等[4,5];葉色斑駁多彩,有綠、黃、銀色等;植株多分枝,分枝皮孔顯著,樹型緊湊優(yōu)美,生長速度快,耐整形修剪,性喜高溫多濕,耐旱耐陰。不同規(guī)格的植株裝飾客廳、臥室、書房、陽臺等處,既時尚典雅,又清新自然,是近幾年較為流行的高檔室內(nèi)觀葉盆栽,適合庭院美化和室內(nèi)盆栽。目前,國外的研究主要集中在觀葉福祿桐的起源、化學(xué)成分及藥理作用方面[6-8];國內(nèi)則主要集中于研究觀葉福祿桐的栽培、繁殖和觀賞價值[9-11],而對其遺傳多樣性和品種間親緣關(guān)系的研究國內(nèi)外尚未報道,由此導(dǎo)致觀葉福祿桐品種混雜、分類標(biāo)準(zhǔn)不統(tǒng)一、優(yōu)良種質(zhì)資源稀缺,制約了其快速良好的發(fā)展。因此,本研究在廣泛調(diào)查和收集福祿桐品種資源的基礎(chǔ)上,以國內(nèi)常見的觀葉福祿桐為試驗材料,利用ISSR分子標(biāo)記對品種間的親緣關(guān)系和遺傳相似性進行分析,旨在為福祿桐屬植物的分類、親緣關(guān)系鑒定提供依據(jù),同時為今后福祿桐種源的選擇、優(yōu)良品種的引進和新品種培育奠定分子生物學(xué)研究基礎(chǔ)。
1.1 材料
9個參試福祿桐品種由廣東省湛江市國家級南方種苗基地所提供(參試品種詳見表1),試驗于國家林業(yè)局桉樹研究開發(fā)中心實驗室內(nèi)完成。
表1 福祿桐屬植物9份材料
1.2 方法
1.2.1 福祿桐基因組DNA的提取與檢測 試驗樣品均采集生長健壯、無病蟲害危害植株的幼嫩葉片,利用改良的CTAB法[12-14]提取福祿桐葉片基因組DNA,用1×TAE電泳緩沖液,在1.5%瓊脂糖(含EB終濃度為0.5 μg/mL)凝膠中電泳,條件為85 V,50 min;凝膠成像系統(tǒng)下(Bio-Rad)觀察并記錄,以初步檢測基因組DNA的完整度和質(zhì)量;通過核酸檢測儀(Bio-Rad生產(chǎn)的Thermo Nano Drop 2000)檢測其濃度及純度。
1.2.2 PCR反應(yīng)體系及條件 PCR擴增儀為美國Bio-Rad(伯樂公司)C-1000,反應(yīng)體系:反應(yīng)體系總體積為25 μL,DNA模板濃度為15 ng,Mg2+濃度為3.0 mmol/L,引物濃度0.6 μmol/L,Taq酶含量0.5 U,dNTP濃度為0.20 mmol/L,內(nèi)含2.5 μL 10×PCR buffer。反應(yīng)程序:94℃預(yù)變性4 min;94℃變性45 s,47℃退火50 s,72℃延伸1 min,循環(huán)38次;72℃延伸7 min;4℃保存。
1.2.3 引物篩選及PCR擴增 本研究的引物由鉑尚生物技術(shù)(上海)公司合成,隨機選擇3個參試材料對100條引物進行篩選,從中選出差異性條帶強、多態(tài)性高的引物用于后續(xù)的PCR擴增;利用篩選的引物對所有參試樣品DNA進行PCR擴增,擴增結(jié)束后取PCR擴增產(chǎn)物和Loading buffer緩沖液比例為2∶1于1.5%瓊脂糖(含EB終濃度為0.5 μg/mL)凝膠中電泳(85 V,1 h),然后在凝膠成像系統(tǒng)下觀察并成像記錄。
1.2.4 電泳圖譜分析方法 對PCR擴增好的圖譜帶進行統(tǒng)計分析,每個電泳圖擴增出的條帶代表一個ISSR位點,有條帶的記為“1”、無則記為“0”的方法記錄每個引物PCR擴增的電泳譜帶,且僅記錄清晰、穩(wěn)定、重復(fù)性好的擴增條帶,并將“0”、“1”數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成Excel表格格式,再利用NTSYS-pc2.10軟件做進一步分析;在NTSYS-pc2.10軟件中,根據(jù)SM相似系數(shù)法求得9個福祿桐品種間遺傳相似性矩陣,用UPGMA法對各品種進行聚類分析,構(gòu)建聚類圖;再將Dice遺傳相似性矩陣進行Dcenter數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化,求其特征量和特征向量,進行主坐標(biāo)分析。
2.1 基因組DNA提取的質(zhì)量
采用改良的CTAB法提取9個福祿桐品種的基因組DNA,電泳檢測結(jié)果如圖1所示,核酸檢測儀測定OD260/OD280比值在1.75-1.95之間,表明所提取葉片基因組DNA中蛋白質(zhì)和RNA含量較少,純度較高,符合后續(xù)的試驗要求。
圖1 九個福祿桐品種DNA質(zhì)量
2.2 引物篩選多態(tài)性分析
隨機選擇3個試驗樣品對100個ISSR引物進行篩選,共篩選出9條清晰、穩(wěn)定、多態(tài)性高的引物用于PCR擴增(表2);利用篩選出的9條多態(tài)性引物對9個不同品種的福祿桐進行PCR擴增,擴增結(jié)果見圖2。通過對9張圖譜的統(tǒng)計分析,PCR擴增共得到70條帶,其中多態(tài)性條帶61條,多態(tài)百分率為87.14%;其中引物U848擴增條帶數(shù)最多,共產(chǎn)生11條,多態(tài)性條帶9條,引物U823、U826多態(tài)性百分比達(dá)到100%,都擴增出7條帶,引物U859擴增條帶數(shù)最少為6條;各引物擴增條帶為6-11,大小一般在200-3 000 bp之間。檢測結(jié)果見表2。
表2 ISSR-PCR分析所用引物及擴增結(jié)果
2.3 品種間遺傳相似性分析
利用NTsys-pc2.10軟件得出各觀葉福祿桐品種間的相似性系數(shù)。結(jié)果(表3)表明,9個觀葉福祿桐品種間的遺傳相似性系數(shù)范圍在0.346 9-0.816 3,平均遺傳相似性系數(shù)為0.598 4;其中C1(圓葉福祿桐)和C5(黃斑圓葉福祿桐)間的遺傳相似性系數(shù)最大,達(dá)到0.816 3,其次C1(圓葉福祿桐)和C2(紅葉圓葉福祿桐)遺傳相似性系數(shù)也較高,達(dá)到0.795 9,表明它們之間的遺傳差異小,親緣性很近,而C2(紅葉圓葉福祿桐)和C7(南洋參)相似性系數(shù)最小為0.346 9,表明其遺傳差異性較大,親緣關(guān)系最遠(yuǎn)。
表3 九個觀葉福祿桐品種間的相似性系數(shù)
2.4 品種間聚類分析
圖2 不同引物的PCR電泳圖譜(編號C1-C9同表1)
根據(jù)遺傳相似性系數(shù)矩陣采用UPGMA法對9個觀葉福祿桐品種進行聚類分析(圖3)。分析聚類圖可知,在遺傳相似性系數(shù)為0.52處,9個觀葉福祿桐品種分為A、B兩大類,A類有7個品種,C4(羽葉福祿桐)和C7(南洋參)歸為B類,相似性系數(shù)達(dá)到0.76,這兩品種間形態(tài)特征也極為相似,都為羽葉,只是葉片開裂的深淺程度不同而已,種質(zhì)資源收集地也都來自廣西,可見地域差異也影響著品種間的親緣性,聚類結(jié)果顯示C4(羽葉福祿桐)和C7(南洋參)親緣性較近;A類種群在相似性系數(shù)0.57處,分支成A1和A2兩亞類,A2亞類只有C3(線葉福祿桐)一個品種,而A1亞類在相似性系數(shù)為0.63處,又分支成A11和A12兩組,A11組包括C1(圓葉福祿桐)、C5(黃斑圓葉福祿桐)、C2(紅葉圓葉福祿桐)和C9(銀邊圓葉福祿桐),其葉形和葉脈極相似,葉色稍有差異,其中C1(圓葉福祿桐)和C5(黃斑圓葉福祿桐)親緣性最近,相似性指數(shù)約為0.82;A12組有銀邊福祿桐和芹葉福祿桐。
圖3 福祿桐品種資源ISSR聚類圖
2.5 品種資源的主坐標(biāo)分析
品種資源的主坐標(biāo)分析和聚類分析雖然都能反應(yīng)樣品的聚類情況,但它們反應(yīng)的信息含量卻有所差異。從主坐標(biāo)二維分布圖(圖4)可以得知,9個福祿桐品種有較明顯的分布區(qū)域,C4和C7位于坐標(biāo)圖的左側(cè),C6和C8分布于坐標(biāo)圖的上方,C1、C2、C5和C9分布于坐標(biāo)圖的右下方。從整體上看品種資源的主坐標(biāo)分析與聚類分析結(jié)果較符合。
圖4 福祿桐品種資源主坐標(biāo)分析二維圖
ISSR是在SSR的基礎(chǔ)上發(fā)展起來的一種新型的分子標(biāo)記,目前,ISSR已廣泛用于植物品種鑒定、遺傳作圖、遺傳多樣性及分子生態(tài)學(xué)研究[15,16]。本研究利用ISSR分子標(biāo)記技術(shù)對9份觀葉福祿桐種質(zhì)資源材料進行遺傳多樣性分析,從100條引物中篩選出9條穩(wěn)定、多態(tài)性高的引物用于PCR擴增,共獲得70條帶,其中多態(tài)性條帶61條,多態(tài)百分率為87.14%,體現(xiàn)了ISSR分子標(biāo)記較好的多態(tài)性;遺傳多樣性分析將9個福祿桐品種完全分開,揭示了不同福祿桐品種間的相互關(guān)系,是鑒定福祿桐種質(zhì)資源親緣關(guān)系的一條有效途徑。
研究結(jié)果顯示,9個觀葉福祿桐品種間相似性系數(shù)為0.346 9-0.816 3,品種間具有較高遺傳相似性;聚類分析顯示:各品種間相似性系數(shù)為0.52時,其中羽葉福祿桐和南洋參聚為B組,其它的福祿桐品種聚為A組,各福祿桐屬植物親緣關(guān)系分化比較明顯,植株的外部形態(tài)特征相似度與其親緣關(guān)系遠(yuǎn)近大部分相對應(yīng),其中銀邊福祿桐與芹葉福祿桐親緣關(guān)系近,兩植物外形特征差異明顯,其它福祿桐屬植物歸為同一類的外形特征都較為相似。進一步分析聚類圖可知,福祿桐屬植物遺傳背景范圍小,可推測出種源相對少,單一。聚類結(jié)果與品種間的地理來源緊密相關(guān),從外觀形態(tài)方面比較,親緣性較近的葉形和株型存在一定的相似度,由于本研究表型性狀調(diào)查采集的數(shù)據(jù)較少,聚類結(jié)果與表型性狀間相關(guān)性并不明顯,今后可在大量調(diào)查、采集福祿桐表型性狀數(shù)據(jù)基礎(chǔ)上,對其表型性狀進行深入分析,通過與聚類分析結(jié)果相比較,找到能對福祿桐品種進行有效分類或鑒別的質(zhì)量性狀。
福祿桐原產(chǎn)于太平洋諸島,由于氣候和環(huán)境因素的限制,只在我國南部的部分沿海城市引種和栽培,栽培面積狹窄,人工馴化栽培時間較短暫,而且長期以來福祿桐的繁殖方式以扦插繁殖為主,因而差異性不大;又因國內(nèi)各地方引種、栽培和育種只限于當(dāng)?shù)厥袌龊?、受歡迎的品種,地域性差異,育種目標(biāo)單一,導(dǎo)致國內(nèi)福祿桐各品種間基因交流少,基因多樣性逐漸窄化,所以國內(nèi)福祿桐各品種間親緣關(guān)系較近,各品種間的遺傳多樣性并非那樣豐富。在今后的馴化、栽培和育種工作中,加大引種、推廣力度,促進不同產(chǎn)區(qū)、種間種質(zhì)資源的交流,豐富其遺傳多樣性,加大對優(yōu)良新品種的選育力度,促進觀葉福祿桐生產(chǎn)的持續(xù)發(fā)展。
本研究通過改良的CTAB法提取福祿桐屬植物DNA,獲得純度高、質(zhì)量好的基因組DNA,符合后續(xù)的試驗標(biāo)準(zhǔn);利用優(yōu)化的反應(yīng)體系對試驗所設(shè)計的引物進行篩選,獲得9條試驗所需引物,分別對9個不同福祿桐屬植物基因組DNA進行PCR擴增,共獲得70條帶,其中多態(tài)性條帶61條,多態(tài)百分率為87.14%;然后分別對PCR圖譜帶進行聚類分析,結(jié)果表明:9個觀葉福祿桐品種間相似性系數(shù)為0.346 9-0.816,各品種間相似性系數(shù)為0.52時,其中羽葉福祿桐和南洋參聚為B組,其它的福祿桐品種聚為A組,各福祿桐屬植物親緣關(guān)系分化比較明顯;最后對9個福祿桐屬植物進行主坐標(biāo)分析,其結(jié)果與聚類分析基本保持一致。
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(責(zé)任編輯 馬鑫)
Studies on the Genetic Diversity of Polyscias by ISSR Marker
Zhang Guowu1Liu Xuefeng1Zhou Xinghua2Huang Tao3
(1.China Eucalypt Research Centre,Zhanjiang 524022;2. Yugan County Forestry Bureau,Yugan 335100;3. College of Landscape and Art,Jiangxi Agricultural University,Nanchang 330045)
In this study, nine species Polyscias leaves as experimental material, we analyzed the genetic diversity and relationship by ISSR markers, 9 stable and high polymorphism ISSR primers screened from 100 ISSR primers by optimized the system of PCR for Polyscias, a total of 70 bands were obtained by the polymorphic primers of 9 test specimens, including 61 polymorphic bands, the polymorphic percentage was 87.14%. The genetic similarity coefficients ranged from 0.346 9 to 0.816 3, suggesting that the substantial genetic divergence between some varieties. The clustering scheme showed that Polyscias had small differences of genetypes their genetic basis was comparatively narrow.
ISSR;Polyscias;foliage plants;genetic similarity coefficient;cluster analysis
10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2015.01.017
2014-04-29
中國林科院院基金項目(CAFYBB2012005)
張國武,男,博士,高級工程師,研究方向:森林培育;E-mail:fyzgwu@163.com
黃濤,男,碩士研究生,研究方向:園林植物栽培與應(yīng)用;E-mail:htaovs2010@163.com