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        基于PCR-RFLP技術(shù)的苯硫脲嘗味的群體遺傳學(xué)分析*

        2015-09-09 09:45:44王曉博
        關(guān)鍵詞:基因型受試者產(chǎn)物

        王曉博,楊 麗

        (內(nèi)蒙古大學(xué))

        0 引言

        苯硫脲(phenylthiocarbamide,PTC)是一種白色結(jié)晶狀化合物,由于含有N-C=S基團(tuán),呈苦澀味[1].人類對(duì)苯硫脲的嘗味能力具有顯著的遺傳學(xué)特征[1],人 PTC苦味的嘗味能力由7號(hào)染色體上(7q35-7q36)的一種苦味味覺感受器基因TAS2R38決定,該等位基因符合孟德爾遺傳性狀,屬于常染色體不完全顯性遺傳,可以采用閾值法測定苯硫脲的嘗味敏感性[2-4].絕大多數(shù)嘗味者與味盲者的區(qū)別在于三處單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphisms,SNPs).味盲者的PTC編碼區(qū)有五個(gè)限制性內(nèi)切酶Fnu4H1的識(shí)別位點(diǎn)(識(shí)別序列5'- GC↓NGC–3'),如果是嘗味者,則其第785位SNP恰好形成了一個(gè)額外的Fnu4H1識(shí)別位點(diǎn)(GCTGC).因此可以利用這個(gè)SNP造成的限制性位點(diǎn)多態(tài)性,設(shè)計(jì)引物,克隆該基因,酶切電泳確定并驗(yàn)證基因型[5].

        1 調(diào)查對(duì)象與實(shí)驗(yàn)材料

        1.1 調(diào)查對(duì)象

        受試者為在校大學(xué)生,年齡為20~23歲,共120人,其中男生40人,女生80人.

        1.2 實(shí)驗(yàn)材料

        1.2.1 基因型檢測材料

        受試者用滅菌牙簽刮取口腔上皮細(xì)胞,用于提取目的基因;PCR引物委托上海生工生物技術(shù)有限公司合成,預(yù)期擴(kuò)增產(chǎn)物303bp;

        上游引物:hPTC Forward5’-aactggcagaataaagatctcaatttat-3’

        下游引物:hPTC Reverse5’-aacacaaaccatcacccctatttt-3’

        1.2.2 試劑和工具酶

        苯硫脲 (PTC)結(jié)晶,dNTPs,Tris堿,Na2EDTA·2H2O,蛋白酶K,溴化乙錠,瓊脂糖,100 bp DNA ladder Marker,滅菌超純水等,Taq DNA聚合酶,限制性內(nèi)切酶Fnu4H1等.

        1.3 方法

        1.3.1 試劑的配制

        稱取苯硫脲結(jié)晶與超純水制成濃度梯度依次為 1/1500、1/3000、1/6000、1/12000、1/24000、1/48000、 1/96000、 1/192000、 1/384000、1/768000、1/1536000、1/3072000、1/6144000 的14種PTC溶液,標(biāo)號(hào)1~14,過濾滅菌;另取蒸餾水作為第15號(hào)液.

        1.3.2 PTC 嘗味能力的測定

        用滴管滴3~4滴14號(hào)液于受試者舌根部,讓其嘗味,之后用蒸餾水做同樣試驗(yàn);受試者若不能準(zhǔn)確鑒別兩種溶液的味道,則用13號(hào)溶液重復(fù)試驗(yàn),(按濃度遞增以此類推)直至能明確鑒別出PTC的苦味為止;當(dāng)受試者鑒別出某一號(hào)溶液時(shí),用此號(hào)溶液重復(fù)嘗味3次,若結(jié)果相同時(shí),則記錄此時(shí)的濃度等級(jí)號(hào),若受試者直到1號(hào)液仍嘗不出苦味,則其嘗味濃度等級(jí)定為<1號(hào).

        1.3.3 人口腔上皮細(xì)胞總DNA的提取

        在1.5 mL滅菌離心管中加入200 μL緩沖液Chelex;受試者用無菌牙簽輕刮口腔腮內(nèi)側(cè),刮下來的細(xì)胞在緩沖液中漂洗;加2 μL蛋白酶K,蓋蓋顛倒混勻,56℃水浴30 min;冷卻室溫,渦旋振蕩器渦旋振蕩混勻10 s;離心機(jī)13200 rmp瞬時(shí)離心10 s;沸水浴中煮沸8 min;渦旋振蕩器渦旋振蕩混勻20 s,離心機(jī)13200 rpm離心3 min;基因組DNA于4℃保存?zhèn)溆?

        1.3.4 PCR擴(kuò)增PTC基因片段及檢測

        PCR產(chǎn)物4℃保存?zhèn)溆?將PTC基因PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳檢測,在凝膠成像系統(tǒng)中拍照.1.3.5 PTC基因PCR產(chǎn)物酶切及電泳檢測

        將PTC基因PCR產(chǎn)物37℃恒溫Fnu4H1酶切3h或過夜,酶切產(chǎn)物4℃保存?zhèn)溆?分別依次加入 100 bp DNA ladder Marker對(duì)照,10 μL PCR產(chǎn)物對(duì)照,電泳50 min;凝膠EB染色后,放入凝膠成像系統(tǒng)中拍照.

        表1 120名學(xué)生PTC嘗味能力測試結(jié)果

        2 結(jié)果與分析

        2.1 PTC嘗味能力分布

        120名學(xué)生PTC嘗味閾值統(tǒng)計(jì)結(jié)果見表1,圖1、圖2為PTC嘗味能力分布圖.從圖中可以看出,PTC嘗味能力呈雙峰分布,且雙峰性十分明顯,雙峰間的谷底是6號(hào)溶液處,故確定第6號(hào)液為味盲界限.不能嘗出6號(hào)溶液及以上(<6)者為味盲,共檢出 14人,味盲率為11.67%,其中不能嘗出1號(hào)溶液的6人,占全部味盲總數(shù)的42.86%,峰值在 <1位置;能嘗出6~14號(hào)濃度的為嘗味者,共106人,占88.33%,閾值集中在7~9號(hào)濃度范圍內(nèi),峰值在9號(hào)處.嘗味者中以7號(hào)至10號(hào)為嘗味者雜合體,檢出101人;11~14號(hào)為純合體,檢出5人.嘗味者平均嘗味閾值(±SD)為7.900±1.6886.

        圖1 PTC嘗味能力測試結(jié)果(按性別劃分)

        圖2 PTC嘗味能力測試結(jié)果(按地域劃分)

        2.2 性別與PTC嘗味能力的關(guān)系

        苯硫脲味盲基因存在于7號(hào)常染色體上,因此從理論上講,男、女味盲率應(yīng)該沒有顯著差異,但文獻(xiàn)報(bào)道,女性味盲率高于男性[6-7].在收集的資料中,從表1可以看出,40名男生中,嘗味者34人,平均閾值為7.5500±1.0720;味盲者6人,占15%;80位女生中,嘗味者72人,平均閾值為8.075±2.2460;味盲者 8 人,占 10%.女生味盲率(10%)較男生味盲率(15%)偏低,此現(xiàn)象的原因可能與男女兩性舌部的解剖學(xué)差異相關(guān),平均而言,女性比男性具有更多的蕈狀味蕾、有更多的味孔,所以女性與男性相比對(duì)PTC苦味更加敏感[8-9].此外,男女嘗味者平均閾值的差異,經(jīng)t檢驗(yàn),t=1.28 <2.5,無顯著性差異.男女味盲率的差異經(jīng)χ2檢驗(yàn),P>0.05,也無顯著意義.這說明,PTC味盲與性別的關(guān)系不大.

        2.3 不同民族PTC嘗味能力的測定

        研究發(fā)現(xiàn)人類苯硫腺嘗味多態(tài)性有種族及民族差異,國內(nèi)曾報(bào)告過一些少數(shù)民族的群體資料[10],不同民族人群甚至同一民族在不同地區(qū)對(duì)PTC的嘗味能力不同[11].筆者檢測的120人中有蒙古族15人,女生14人,男生僅1人,PTC嘗味能力分布域?yàn)?~10號(hào)液,分別為1,2,10,2人,平均閾值為8.8667 ±0.7180;味盲率為 0.漢族有105人,男生39人,女生66人.PTC嘗味能力分布在1,2,5,6,7,8,9,10,11,13,分別為 6,1,3,4,30,10,39,7,4,1 人,平均閾值為7.7619 ±2.2362.味盲率為13.33%,經(jīng)t檢驗(yàn),t=3.52 >2.5,平均閾值有顯著性差異.味盲率差異極顯著.由此初步可知,蒙古族和漢族PTC嘗味能力有差別.筆者認(rèn)為蒙古族起源的非均一性和歷史上蒙、漢族長期的基因交流,可能是導(dǎo)致這種情況的重要原因[12].但由于蒙古族樣本容量太小,因此統(tǒng)計(jì)結(jié)果的可靠性有待進(jìn)一步確認(rèn).

        2.4 地理位置與PTC味盲的關(guān)系

        據(jù)肖春杰[13]等報(bào)道,味盲基因在我國分布有明顯規(guī)律,即華南地區(qū)味盲基因頻率最低,而西北地區(qū),尤其新疆北部地區(qū)的味盲基因頻率最高,其差異幅度相當(dāng)大.PTC嘗味能力在不同地理位置分布見表1.120名大學(xué)生中,內(nèi)蒙古籍學(xué)生(區(qū)內(nèi))有 72人,味盲者 13人,味盲率18.06%;省外的學(xué)生有48人,檢出味盲者1人,味盲率2.08%;區(qū)內(nèi)和區(qū)外的味盲率有顯著的差異性,由于區(qū)外的同學(xué)均為東部,而內(nèi)蒙古地處西部,因此,基本說明PTC味盲與地理位置有一定的關(guān)系,由于所取的樣本容量太小,不能夠有力的說明東部地區(qū)味盲率要遠(yuǎn)比西部地區(qū)低.

        2.5 群體的甚因頻率和基因型頻率

        由表型判斷,群體共120人,基因型為TT的5人,Tt的為101人,tt的為14人.則群體的基因型頻率為:

        TT的頻率為:P2=5/120×100%=4.17%

        Tt的頻率為:2pq=101/120×100%=84.17%

        tt的頻率為:q2=14/120 ×100%=11.66%

        由此,T基因的基因頻率為:P=f(T)=f(TT)+1/2f(Tt)=4.17%+84.17%/2=46.255%,t基因的基因頻率為:q=1-P=1-46.255%=53.745%.

        根據(jù)Hardy-Weinberg公式計(jì)算出隱性基因t的頻率為

        T基因的基因頻率為p=1-q=1-34.15%=65.85%.

        χ2值為 =0.17,自由度df=1,當(dāng)p=0.05,查表得 χ2=3.84 >0.17,統(tǒng)計(jì)學(xué)認(rèn)為在 5%顯著水平上差異不顯著,觀察數(shù)與理論數(shù)無明顯差異,即證明本群體處于遺傳平衡,且味盲基因頻率為34.15%,與鄭連斌[14]等測定的內(nèi)蒙古蒙、漢兩族的PTC味盲基因頻率接近,但略微偏高,但低于莊振西[15]等測定的蒙古族、漢族和朝鮮族青少年的味盲基因頻率,更低于白人的基因頻率.

        2.6 PTC酶切電泳檢測圖譜分析

        對(duì)照DNA ladder Marker的指示條帶位置,查看PCR產(chǎn)物和酶切產(chǎn)物的泳道中各有幾條帶.PCR產(chǎn)物預(yù)期只有一條約300 bp的帶.酶切產(chǎn)物中如果只有一條與PCR產(chǎn)物同樣位置的帶,說明是tt純合體(303 bp);如果只有兩條帶,一條暗淡,在前方較遠(yuǎn)處(64 bp),另一條明亮比PCR產(chǎn)物帶稍靠前(238 bp),說明是TT純合體;如果有三條帶,一條明亮、與PCR產(chǎn)物位置相同,另一條比PCR產(chǎn)物帶稍靠前,還有一條暗淡、在前方較遠(yuǎn)處,則說明是Tt雜合體.下面僅展示部分PCR產(chǎn)物和酶切產(chǎn)物的電泳結(jié)果(如圖3所示),來驗(yàn)證前文PTC嘗味的結(jié)果.所有對(duì)象的基因型都得到PCR-RFLP的驗(yàn)證,與由表型得到的結(jié)果基本一致.

        圖3 PCR產(chǎn)物(左)和酶切產(chǎn)物(右)的電泳結(jié)果

        3 小結(jié)

        該調(diào)查群體中,味盲基因(t)頻率為0.3415,味盲率為11.67%,比我國平均味盲率8.28%高[16-17],男女生味盲率分別為 15% 和 10%,二者比較差別無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,這說明,PTC味盲與性別的關(guān)系不大.但由于實(shí)驗(yàn)對(duì)象來自不同的地區(qū),又屬于不同的民族,通過計(jì)算得出PTC味盲與民族和地理位置有關(guān).所有對(duì)象的基因型都得到PCR-RFLP的驗(yàn)證,與由表型得到的結(jié)果基本一致,這就排除了由嘗味錯(cuò)誤所產(chǎn)生的偶然誤差,使結(jié)果更可靠.

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