1937年12月1日，日軍下達攻占南京的命令，揭開人類文明史上最黑暗的一頁，10余萬中國守軍殊死抵抗，傷亡慘重，陣地上死尸堆了好幾層。13日南京淪陷，震驚中外的大屠殺開始，30多萬中國軍民慘遭殺戮。為掩蓋其罪行、制造假象，日軍對遍布城內外的尸體進行了處理，其中很多被焚燒后沉入江中。

除此之外，日軍還專門動用部隊焚尸滅跡，因為將槍殺、刺殺的尸體原封不動地扔進江里，總會留下痕跡。碼頭上到處都是焦黑的尸體，一個摞一個，堆成了小山。南京城彌漫著一股股焦臭難聞的尸煙，焚尸作業(yè)的日本工兵部隊一律戴上防毒面具。當時一些人還沒死，被焚燒的尸堆中經常傳出絕望、恐怖的慘叫聲，甚至還有一些人在里面拼命打滾。

日軍少佐太田壽男在此期間與另一名軍官奉命處理尸體，他們各率400名士兵，專門運送處理尸首。太田壽男后來被我軍俘虜，他對當時處理尸體的方法、使用器材及運輸情況非常熟悉。據其供述，大部分尸體是由下關碼頭投入長江的，少部分在浦口一帶的洼地和土窟埋掉。太田壽男他們負責將尸體拋入江中，距離遠的用汽車或者手推車運送，近的用擔架搬運。士兵用鐵鉤子鉤動尸體，其中還有一些負有重傷沒有死去的，他們便喪心病狂地用鐵鉤子猛刺傷者的心臟或頭部，使其斷氣后再運走。到處都是殷紅的血、痙攣的手腳和凄慘的呻吟，慘不忍睹。

當時，南京的一些慈善機構也參與處理遇難者尸體，參與這項工作的慈善機構主要有世界紅卍字會南京分會、崇善堂、紅十字會等。

世界紅卍字會南京分會自12月22日開始掩埋遇難者的尸體，當年曾參加這項工作的南京市民施惠云介紹：“每天管門東、門西、三牌樓地段，最多一天收過800多具尸體。特別是收尸的后期，由于有人被殺的時間較長，天氣又暖，尸體已經腐爛了，我們就用鐵鉤子來抬。每天收到的尸體，用汽車送到望風磯、漢西門和下關一帶掩埋起來。我們拖的尸體中，絕大多數都是年輕人和年輕的婦女。”

紅卍字會掩埋尸體的土坑大都是長方形，深兩丈左右，男女分開掩埋。每10具尸體埋一層，每層上面覆蓋蘆席和泥土，然后再一層一層向上摞，直到堆滿為止。

崇善堂是南京的一家民間慈善團體，南京淪陷后組織“崇字掩埋隊”，負責掩埋遇難者尸體。崇善堂承擔收埋尸體的范圍相當廣泛，收埋尸體的數量也相當龐大。據崇善堂負責人周一漁說：“城區(qū)尸體受刀傷的比中彈的多，郊區(qū)則差不多。凡有女尸的地方，男尸都在較遠的地方。城區(qū)的尸體多在地下室、道路轉角處發(fā)現；鄉(xiāng)區(qū)的尸體，則是數百數十地躺在溝渠、池塘、田埂下以及草堆中間。那情景之慘，是沒法說的。”

崇善堂在幾個月時間里，共掩埋男尸109363具，女尸2091具，兒童尸體813具，共計112267具，是當時收埋尸體最多的一家慈善機構。

紅十字會從1937年12月24日開始收埋尸體，期間共掩埋軍民尸體22683具，牲畜若干。同善堂原來是南京城里專門殮葬嬰孩的機構，南京大屠殺后特地成立了掩埋組，埋葬被日軍殺害之同胞遺體，期間共掩埋了7000多具同胞尸體?；孛裱诼耜犞饕诼衲暇╇u鵝巷清真寺附近遇害的回族同胞，共收埋了400余具尸體。掩埋組成員都是回族人，他們按照回族宗教習慣，先給遇害者洗凈身體，再舉行土葬。

1937年12月16日至1938年1月，偽南京市自治委員會下關區(qū)公所區(qū)長劉連祥組織人員在下關一帶掩埋尸體3240具。1938年1月30日，劉連祥在致偽南京市自治委員會的一份報告中這樣說：“到碇泊場司令部，會見南出先生，蒙司令部發(fā)給良民符號84張，即開始分班工作，計由中山碼頭沿江邊清掃及將尸體掩埋，是日約埋三四十具……如此每天均到下關，認真努力清掃工作，經手掩埋尸體約3240具。”

偽南京市政府成立后，有老百姓在中山門外靈谷寺與馬群陵園一帶發(fā)現遇難遺骨3000余具，偽市政府衛(wèi)生局派人整理收集，將其葬于靈谷寺以東空地，并用青磚壘砌圓形墳墓一座，外面粉刷水泥，堅固異常。偽南京市政公署督辦高冠武為之立“無主孤魂碑”，碑文云：

越二月，村民來告茆山、馬群、馬鞍、靈谷寺諸地遺尸尤多，乞盡瘞之，乃下其事于衛(wèi)生局，選夫治具悉收殘骨得3000余具，葬于靈谷寺之東，深埋以遠狐兔，厚封以識其處。立無主孤魂之碑，且使執(zhí)事夏元芝以豚蹄只雞酒飯奠之。