潘 娟 石 彬 馬 龍 姚新生 (遵義醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院檢驗科,遵義 563003)
一直以來,乙型肝炎病毒(HBV)感染都是全球性的公共衛(wèi)生問題,全世界約有3.5 億人為慢性乙型病毒性肝炎(CHB)患者[1]。而根據(jù)我國衛(wèi)生部2008 年4 月統(tǒng)計結(jié)果,目前我國有0.93 億人受HBV 感染[2]。注射乙肝疫苗,誘導(dǎo)機(jī)體B 細(xì)胞產(chǎn)生乙肝抗體,無疑是防患于未然的重要措施。但多次調(diào)查和研究表明,通過接種現(xiàn)有乙肝疫苗只有約90%左右人群產(chǎn)生HBsAb,而有5%~15%的人群基本不產(chǎn)生HBsAb,其不應(yīng)答的機(jī)制目前尚未完全闡明[3,4]。有研究表明乙型肝炎人免疫球蛋白(HBIg)可有效阻斷母嬰傳播,也可保護(hù)各種易感人群[5,6]。但是,目前HBIg 是從健康獻(xiàn)血員中篩選而來,作為血液制品,原材料不足,成本昂貴,導(dǎo)致貨源緊缺。2013 年,我們通過統(tǒng)計發(fā)現(xiàn),普通人群中約有千分之六左右的人外周血HBsAb 滴度高達(dá)10 000 mU/ml 以上,追蹤發(fā)現(xiàn)這類人群無任何病毒性肝病歷史和病毒性肝病傾向,這表明抗體保護(hù)效果好,且在研究期間維持在高水平,這說明抗體穩(wěn)定。那HBsAb 滴度高達(dá)10 000 mU/ml 以上的人群為何能產(chǎn)生這么高的HBsAb 滴度,又能穩(wěn)定維持在高水平且能起到很好的保護(hù)作用?本研究分析HBsAb 滴度高達(dá)10 000 mU/ml 以上樣本BCR CDR3受體庫的組成和特征,通過比對分析尋找可能的高親和力HBsAb 序列,為后續(xù)研究提供堅實的實驗數(shù)據(jù)。
1.1 研究對象 從遵義醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院檢驗科檢測乙肝五項的日常臨床標(biāo)本中,篩選出HBsAb 滴度高于10 000 mU/ml 而表面抗原陰性的樣本,并排除肝臟相關(guān)疾病及其他腫瘤等疾病。
1.2 主要儀器和試劑 ARCHTTECTI 2000sr 全自動免疫分析儀(雅培上海商貿(mào)有限責(zé)任公司);Illumina SEQ 高通量測序系統(tǒng)(美國Adaptive Biotechnologies 測序平臺);乙型肝炎病毒測定試劑盒(Abbott GmbH&Co.KG 公司);淋巴細(xì)胞分離液(國藥集團(tuán)化學(xué)試劑有限責(zé)任公司);DNA Marker(Tiangen 公司);DNA 提取試劑盒(Qiagen 公司)。
1.3 DNA 樣本制備及測序 采集符合要求的樣本外周血2 ml (EDTA-K2 抗凝),F(xiàn)icoll 密度梯度離心法分離PBMC,商品試劑盒法提取淋巴細(xì)胞基因組DNA,外送美國 Adaptive Bio-technologies ImmunoSEQ 測序平臺進(jìn)行Illumina 高通量測序。
1.4 數(shù)據(jù)分析 所獲得的測序數(shù)據(jù)及NCBI 數(shù)據(jù)庫中HBsAb 序列通過目前權(quán)威數(shù)據(jù)庫IMGT/High V-QUEST 在線軟件進(jìn)行分析。
2.1 研究對象 B4、B5 為測序樣本,其性別、年齡和乙肝五項結(jié)果等臨床基本資料見表1。
2.2 數(shù)據(jù)的初步分析結(jié)果 測序結(jié)果經(jīng)IMGT/High V-QUEST 在線軟件初步分析,再經(jīng)過Excel 2010 進(jìn)一步篩選用作分析的總序列及獨(dú)特序列,結(jié)果見表2。
2.3 IGHV/D/J 基因家族的分布、IGHV-J 配對取用、CDR3 區(qū)長度分布及氨基酸取用情況 HBsAb滴度高于10 000 mU/ml 樣本B4、B5 BCR CDR3 區(qū),均最高頻取用IGHV3、IGHV4,IGHJ4、IGHJ6 及IGHD3、IGHD6 基因亞群,見圖1。在IGHV-J 配對取用上,均最高頻取用配對IGHV3-J4、IGHV3-J6,見圖2。B4、B5 BCR CDR3 區(qū)長度以14 及15 個氨基酸長度為中線呈正態(tài)分布,最高頻取用的氨基酸依次為酪氨酸(Y)、甘氨酸(G)、天冬氨酸(D)、丙氨酸(A)、精氨酸(R)、絲氨酸(S),兩端位點保守取用氨基酸,中間位點呈現(xiàn)氨基酸多樣性取用,見圖3。
表2 各樣本數(shù)據(jù)的初步統(tǒng)計分析結(jié)果Tab.2 Preliminary analysis data of each sample
圖1 IGHV/D/J 基因家族的分布Fig.1 Distribution of IGHV/ D/J gene subgroups
圖2 IGHV-J 配對取用Fig.2 IGHV-J matching
圖3 CDR3 區(qū)長度分布及氨基酸取用情況Fig.3 CDR3 length and amino acids frequency
表3 與NCBI 數(shù)據(jù)庫HBsAb H-CDR3 比對結(jié)果Tab.3 Comparison results between B4 B5 with NCBI HBsAb H-CDR3
2.4 與NCBI 數(shù)據(jù)庫中HBsAb 比對結(jié)果 從NCBI數(shù)據(jù)庫中獲得人源HBsAb 序列13 條,人工合成的HBsAb 序列105 條,B4、B5 BCR CDR3 受體庫與其比較,未發(fā)現(xiàn)完全相同的CDR3 序列。通過IMGT/High V-QUEST 分析,獲得7 條可比對分析序列,將B4、B5 BCR CDR3 序列與之比對,得到V 基因、J 基因、CDR3 長度完全一致的總序列數(shù)為1 160 條,獨(dú)特序列48 條,見表3。
生物體在長期的種系進(jìn)化過程中形成一系列防御機(jī)制,包括固有免疫和適應(yīng)性免疫,同時形成了多種抗原識別機(jī)制,其中B 細(xì)胞特異性識別抗原和抗體形成及分泌作為適應(yīng)性免疫的核心問題,一直受到廣泛關(guān)注。B 細(xì)胞受體(B cell receptor,BCR)作為B 細(xì)胞識別抗原的重要分子也一直受到多方面研究,并在單克隆抗體制備、疫苗研發(fā)等領(lǐng)域有廣泛應(yīng)用。近年來,隨著第二代高通量測序技術(shù)的發(fā)展,使得對個體BCR 受體庫全面分析成為可能,并在免疫組庫、全基因組庫、轉(zhuǎn)錄組庫等等方面得到廣泛應(yīng)用[7-9],其中Illumina 的Solexa 測序技術(shù)因擁有三高一低(數(shù)據(jù)通量高、準(zhǔn)確度高、敏感性高但成本相對較低)的獨(dú)特優(yōu)勢使其廣泛應(yīng)用于各個研究領(lǐng)域[10-12]。
近幾年來,高通量測序技術(shù)也應(yīng)用到了單克隆抗體的篩選和制備[13-15]。Jin 等[16,17]用酶聯(lián)免疫斑點微陣列芯片分選乙肝疫苗志愿者外周血抗體分泌B 細(xì)胞,結(jié)合測序技術(shù)分析B 細(xì)胞抗體基因特征并成功制備了乙肝單克隆抗體,Zhang 等[18]人利用高通量測序技術(shù),通過免疫BALB/c 小鼠也獲得乙肝單抗。這幾年,我們實驗室一直致力于研究TCR 及BCR CDR3 受體庫的組成和特征,前期課題組實驗利用第二代高通量測序技術(shù)初步分析了人HBV 疫苗接種前、后B 細(xì)胞H 鏈CDR3 受體庫的組成和特征。在臨床工作中,我們發(fā)現(xiàn)部分人群HBsAb 滴度水平超出儀器檢測上限,在2013 年,我們通過統(tǒng)計發(fā)現(xiàn)普通人群中約有千分之六左右的人外周血HBsAb 滴度高達(dá)10 000 mU/ml 以上。以往多數(shù)研究的是乙肝疫苗志愿者,其抗體水平處于一般水平位,而HBsAb 滴度高達(dá)10 000 mU/ml 以上人群為何能產(chǎn)生這么高的HBsAb 滴度?又能穩(wěn)定維持在高水平?且能起到很好的保護(hù)作用?這類人群是否具有高產(chǎn)高親和力的抗體基因?本實驗利用Illumina Solexa 高通量測序技術(shù)及權(quán)威數(shù)據(jù)庫IMGT 中的High V-QUEST 在線軟件,分析HBsAb 滴度大于10 000 mU/ml 樣本BCR CDR3 受體庫的組成及特征,發(fā)現(xiàn)其在IGHV/D/J 三區(qū)及IGHV-J 配對取用上有著基本一致的特征。通過與NCBI 數(shù)據(jù)庫中人源HBsAb 序列及人工合成HBsAb 序列比對分析,獲得7 條可比對分析序列,以及V 基因、J 基因、CDR3 長度完全一致的總序列數(shù)1 160 條[13],獨(dú)特序列48條,已獲得的48 條獨(dú)特序列為后續(xù)研究提供了堅實的實驗數(shù)據(jù)。
[1]Van Zonneveld M,Honkoop P,Hansen BE,et al.Long -term follow-up of alpha-interferon treatment of patients with chronic hepatitis B[J].Hepatology,2004,39(3):804-810.
[2]Liu C,Wang YM,F(xiàn)an K.Epidemiological and clinical features of hepatitis B virus related liver failure in China[J].World J Gastroenterol,2011,17(25):3054-3059.
[3]Wands JR,Liang TJ,Blum HE,et al.Molecular pathogenesis of liver disease during persistent hepatitis B virus infection[J].Semin Liver Dis,1992,12 (3):252-264.
[4]沈立萍,龔曉紅,王 鋒,等.乙型肝炎疫苗長期免疫效果評價及免疫持久性研究[J].中華微生物學(xué)和免疫學(xué)雜志,2013,33(1):6-10.
[5]Kim YK,Kim SH,Lee SD,et al.Clinical outcomes and risk factors of hepatitis B virus recurrence in patients who received prophylaxis with entecavir and hepatitis B immunoglobulin following liver transplantation[J].Transplant Proc,2013,45(8):3052-3056.
[6]Chang MS,Stiles JB,Lukose TS,et al.Adherence to hepatitis B immunoglobulin (HBIG)after liver transplantation[J].Transplantation,2013,96(11):e84-e85.
[7]Ben-Hamo R,Efroni S.The whole-organism heavy chain B cell repertoire from Zebrafish self-organizes into distinct network features[J].BMC Syst Biol,2011,5:27.
[8]Ozsolak F,Milos PM.RNA sequencing:advances,challenges and opportunities[J].Nat Rev Genet,2011,12(2):87-98.
[9]Martin JA,Wang Z.Next-generation transcriptome assembly[J].Nat Rev Genet,2011,12(10):671-682.
[10]Rego N,Bianchi S,Moreno P,et al.Search for an aetiological virus candidate in chronic lymphocytic leukaemia by extensive transcriptome analysis[J].Br J Haematol,2012,157 (6):709-717.
[11]Xu Y,Li W,Liu X,et al.Identification of dysregulated microRNAs in lymphocytes from children with Down syndrome[J].Gene,2013,530(2):278-286.
[12]Xiao W,Tran B,Staudt LM,et al.High-throughput RNA sequencing in B-cell lymphomas[J].MethodsMol Biol,2013,971:295-312.
[13]Zhang Y,Yuan T,Li J,et al.The potential of the human immune system to develop broadly neutralizing HIV-1 antibodies:implications for vaccine development[J].AIDS,2013,27 (16):2529-2539.
[14]Amara K,Steen J,Murray F,et al.Monoclonal IgG antibodies generated from joint-derived B cells of RA patients have a strong bias toward citrullinated autoantigen recognition[J].J Exp Med,2013,210(3):445-455.
[15]Bayat AA,Yeganeh O,Ghods R,et al.Production and characterization of a murine monoclonal antibody against human ferritin[J].Avicenna J Med Biotechnol,2013,5(4):212-219.
[16]Jin A,Ozawa T,Tajiri K,et al.A rapid and efficient single-cell manipulation method for screening antigen-specific antibody-secreting cells from human peripheral blood[J].Nat Med,2009,15(9):1088-1092.
[17]Tajiri K,Ozawa T,Jin A,et al.Analysis of the epitope and neutralizing capacity of human monoclonal antibodies induced by hepatitis B vaccine[J].Antiviral Res,2010,87(1):40-49.
[18]Zhang X,Nie Y,Lan X,et al.Preparation of anti-HBsAg epitope monoclonal antibodies and establishment of a sandwich ELISA for HBV serotype detection[J].Europepmc Org,2014,30(2):171-175.