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        基于鏈路預測的全國活羊調(diào)運網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)

        2015-03-11 14:04:44樊潔茹孫向東
        中北大學學報(自然科學版) 2015年3期
        關(guān)鍵詞:活羊獸疫調(diào)運

        樊潔茹,孫向東,戴 琪,靳 禎,4

        (1.中北大學 理學院,山西 太原030051;2.動物衛(wèi)生與流行病學中心,山東 青島266114;3.阿爾山市農(nóng)畜產(chǎn)品質(zhì)量安全監(jiān)督檢測站,內(nèi)蒙古 興安盟137800;4.山西大學 復雜系統(tǒng)研究所,山西 太原030006)

        0 引 言

        小反芻獸疫俗稱羊瘟,是由小反芻獸疫病毒引起的一種急性病毒性傳染病,屬我國規(guī)定的一類動物疫?。静≈饕腥旧窖?、綿羊等小反芻動物,發(fā)病率高達100%,在嚴重暴發(fā)時,死亡率為100%.2014年春季,全國多個省份突然爆發(fā)小反芻獸疫疫情,且傳播速度快,空間分布廣,疫情呈現(xiàn)全國性擴散趨勢,全國羊群高度易感.據(jù)初步調(diào)查,疫情傳播以活羊的長途調(diào)運為主,了解活羊調(diào)運網(wǎng)絡(luò)對研究小反芻獸疫的傳播至關(guān)重要.然而大規(guī)模的流調(diào)需要耗費大量的人力、物力、財力,短時間內(nèi)不可能實現(xiàn).現(xiàn)實中只得到活羊調(diào)運的部分信息,因此,尋找真實的活羊調(diào)運網(wǎng)絡(luò),是我們迫切需要解決的問題.得到真實完整網(wǎng)絡(luò)的方法之一就是鏈路預測[1-5],其目的是網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)[6-8],即通過重新構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)來恢復真實網(wǎng)絡(luò)的面貌[9-10].網(wǎng) 絡(luò) 重 構(gòu) 問 題 最 早 由Guimera 和Sales-Pardo提出,他們基于隨機分塊模型來進行網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)[11].此后,Zhang,Wang等人對隨機分塊模型及其可靠性進行了分析[12].本文根據(jù)所獲得的活羊調(diào)運部分信息,利用地理信息系統(tǒng)(ArcGIS軟件)得到了全國活羊調(diào)運觀測圖,并利用鏈路預測的方法,重構(gòu)了全國活羊調(diào)運網(wǎng)絡(luò).經(jīng)過多次實驗和市場調(diào)查,初步驗證了所得結(jié)果的可靠性和真實性.根據(jù)本文所得到的重構(gòu)網(wǎng)絡(luò),可預測每個節(jié)點的感染途徑,感染時間和染病概率,從而有效地切斷主要風險路徑,將疫病控制在一個有限的范圍內(nèi).

        1 小反芻獸疫流行的觀測網(wǎng)絡(luò)

        我國2007年首次在西藏自治區(qū)發(fā)現(xiàn)小反芻獸疫疫情,雖在2010年復發(fā),但一直局限在西藏境內(nèi).2013年12月,該病疫情再次發(fā)生于新疆自治區(qū),隨后甘肅、內(nèi)蒙古、寧夏等地先后發(fā)生疫情.經(jīng)采取撲殺消毒、關(guān)閉市場、暫停調(diào)運等綜合措施,疫情一度控制在西部四省份.

        圖1 2013年11月~2014年2月小反芻獸疫病例地理分布圖Fig.1 Geogrophical distributing map of peste des petits rumihants from November 2013to February 2014

        隨著恢復西部省份活羊調(diào)運,加之內(nèi)地處于春節(jié)后補欄高峰期,病毒通過歐亞大陸橋傳入內(nèi)地,并經(jīng)活畜交易市場放大后流向全國多個省份.2014年3月份以來內(nèi)地相繼發(fā)生系列疫情,截止4月6日18時,全國已有18省份86地市144縣區(qū)報告發(fā)生185起疑似或確診疫情(見圖2),對3月份以來的疑似和確診疫情進行分析,超過90%的疫情是由活羊的長途調(diào)運引起的.因此了解動物的調(diào)運網(wǎng)絡(luò)對進一步研究動物疫病的傳播至關(guān)重要.

        通過現(xiàn)場流行病學調(diào)查,結(jié)合市場鏈分析表明,我國活羊調(diào)運路線十分復雜,調(diào)運信息的采集相當困難,大規(guī)模的流調(diào)短時間內(nèi)做不到,只能從局部去考慮.現(xiàn)實中采取疫情溯源及疫情跟蹤方式,從小反芻獸疫疫情暴發(fā)點山東省嘉祥縣入手,對所有引入疫點的活羊進行追溯性調(diào)查,以及對從疫點輸出的活羊的去向進行跟蹤調(diào)查,得到了2014年3月全國活羊調(diào)運部分信息.根據(jù)獲得的不完全信息和數(shù)據(jù),利用ArcGIS軟件得到全國活羊調(diào)運網(wǎng)絡(luò)觀測圖(見圖3).

        圖2 2007年以來全國疫點分布圖Fig.2 Distribution diagram about national epidemic spot since 2007

        圖3 全國活羊調(diào)運網(wǎng)絡(luò)觀測圖Fig.3 Network observation map based on national live sheep migration

        然而,根據(jù)疫情溯源及疫情跟蹤所得到的調(diào)運數(shù)據(jù)是不完整的,存在調(diào)運情況的缺失.除此之外,一些被調(diào)查者鑒于某些原因會隱瞞或謊報調(diào)運事實,導致所得到的調(diào)運數(shù)據(jù)為虛假信息.因此觀測網(wǎng)絡(luò)中既有一些丟失邊,又有一些虛假邊,不能反映真實的活羊調(diào)運情況.如果采取實際調(diào)研的方法揭示觀測網(wǎng)絡(luò)中丟失與虛假的鏈路需要耗費高額的成本,所以本文將利用精確的鏈路預測算法[11],得到更加接近于真實也更加完整的活羊調(diào)運網(wǎng)絡(luò).由兩部分決定,一是網(wǎng)絡(luò)被分成若干群的方案P3(見圖4(a)),二是分屬于兩個群的兩點之間產(chǎn)生連邊的概率矩陣Q3(見圖4(b)).網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點被分為三組,分別由三種形狀標識,概率矩陣Q 中的元素為式中:lOαβ為在AO中組α 和組β 之間的實際連邊數(shù),而rαβ為兩組之間可能的最大連邊數(shù).

        2 全國活羊調(diào)運網(wǎng)絡(luò)的重構(gòu)

        鏈路預測的主要目的之一就是網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)[13].本文從以上不完整的活羊調(diào)運觀測網(wǎng)絡(luò)(圖3)出發(fā),利用隨機分塊模型預測網(wǎng)絡(luò)中所有鏈路的信度,然后根據(jù)鏈路信度的排序識別丟失邊和虛假邊;通過改進后的貪婪算法,加入一些預測到的丟失邊,刪除觀測網(wǎng)絡(luò)中可能存在的虛假邊,從而得到全國活羊調(diào)運重構(gòu)網(wǎng)絡(luò).

        2.1 隨機分塊模型

        隨機分塊模型是最普適性的網(wǎng)絡(luò)模型之一[14-17].該模型將網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點分成若干個群,兩個節(jié)點是否鏈接的概率只取決于節(jié)點所在的群.用Ω 表示全體分群方案組成的集合,給定一個具體方案P∈Ω 和這個方案下一個具體的連邊概率矩陣Q,一個隨機分塊模型M 就確定了,即M=

        (P,Q).

        以其中一種隨機分塊模型M3為例,該模型

        圖4 隨機分塊模型M3Fig.4 Random block model M3

        2.2 鏈路的信度

        概率p(Axy=1|AO)可以用來表征鏈路{vx,vy}的信度[11,13],

        2.5 兩組患兒并發(fā)癥情況 對照組患兒并發(fā)癥發(fā)生率25.0%(10/40),3例(7.5%)肺炎,2例(5.0%)肺不張,外心包積液、低心排血量綜合征、敗血癥、瞳孔不等大、精神異常各1例(2.5%)。觀察組并發(fā)癥發(fā)生率4.8%(2/41),其中1例(2.4%)穿刺處血腫,1例(2.4%)封堵器脫落。

        式中:|Q|是矩陣元素的數(shù)目,等于網(wǎng)絡(luò)劃分的群數(shù)的平方,而

        對于某P 中的兩個群α 和β,rαβ表示兩個群中所有可能的連邊數(shù),lOαβ表示所觀察到的網(wǎng)絡(luò)AO中連接兩個群α 和β 的連邊數(shù),則根據(jù)Beta函數(shù)積分公式,可以得到鏈路{vx,vy}信度的最終結(jié)果

        式中:σx是節(jié)點vx所屬群的編號;σy是節(jié)點vy所屬的群的編號,

        對于一個只有5個節(jié)點的網(wǎng)絡(luò),其分塊方式都有77種,遍歷18個節(jié)點所有可能的分塊方式,其計算量是不可接受的.因此結(jié)合統(tǒng)計力學中總體均值的形式,使用大都市算法[18]來抽樣相關(guān)分組更有利于得到鏈路信度的可靠性估計.首先把觀測網(wǎng)絡(luò)(見圖3)中的18個節(jié)點每一個節(jié)點分別看作一組,每一步選擇一個隨機的節(jié)點并試圖把它移動到一個隨機的其他組,計算H(式(5))的變化.如果ΔH≤0,這個移動就被接受,否則,這個移動以exp(-ΔH)的概率被接受繼續(xù)下一步移動,直到所有節(jié)點都移動到同一個組的時候循環(huán)結(jié)束,最終得到18種分塊方式.

        根據(jù)式(4),遍歷以上18種分塊方式即可求出網(wǎng)絡(luò)中所有鏈路的信度.

        2.3 網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)

        Guimera和Sales-Pardo設(shè)計了一個簡單的貪婪算法[11,13]:首先將網(wǎng)絡(luò)中所有的邊按照信度排序,然后每次將信度最低的邊刪除,同時連接一條信度最高的邊.此算法過程中,丟失邊和虛假邊的數(shù)目是相等的,這顯然是不真實的.本文改進了貪婪算法,將“刪邊-加邊”的操作分開進行.首先進行“刪邊”,每次將信度最低的一條邊刪除,這一操作僅當網(wǎng)絡(luò)整體的信度增大的時候被接受.如果被拒絕,則對剩余邊中信度最低的邊繼續(xù)進行上述過程,直到連續(xù)5次被拒絕后停止.然后進行“加邊”,每次連接一條信度最高的邊,這一操作也僅當網(wǎng)絡(luò)整體的信度?(式7)增大的時候被接受.如果被拒絕,則對剩余邊中信度最高的邊繼續(xù)進行上述過程,直到連續(xù)5次被拒絕后停止.

        根據(jù)改進后的貪婪算法得到全國活羊調(diào)運網(wǎng)絡(luò)缺失鏈路(見表1)和虛假鏈路(見表2),增加丟失鏈路,刪除虛假鏈路就得到了一個新的網(wǎng)絡(luò),即全國活羊調(diào)運重構(gòu)網(wǎng)絡(luò)A(見圖5).此重構(gòu)網(wǎng)絡(luò)對于觀測網(wǎng)絡(luò)的可信度?=(A|AO)(式7)達到最大值.

        表1 缺失鏈路及其信度Tab.1 Missing link and its reliability

        表2 虛假鏈路及其信度Tab.2 False link and its reliability

        圖5 全國活羊調(diào)運網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)圖Fig.5 Reconstructed network graph with national live sheep migration

        在以上重構(gòu)網(wǎng)絡(luò)(圖5)中,共有18 個節(jié)點,37條邊.其中,節(jié)點山東的度為13,節(jié)點四川的度為9,節(jié)點吉林的度為6.66.7%的省份有3~4條連邊.節(jié)點浙江的度最小.

        由表1 可知,與河南有關(guān)的兩條鏈路(四川-河南、吉林-河南)的信度較高.據(jù)調(diào)查,河南是我國主要的活羊集散地之一,全省有幾十個規(guī)模較大的活羊交易市場,因此他們之間存在活羊調(diào)運的可能性較大.表2 中安徽-山東、貴州-山東這兩條鏈路信度較低,可能因為安徽、貴州也是較大的活羊集散地,且他們與山東的羊養(yǎng)殖模式類似,所以存在活羊調(diào)運的可能性較?。纱丝磥?,預測是符合實際的.

        對以上的活羊調(diào)運網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)過程進行了5次實驗,5次實驗得到的丟失鏈路與虛假鏈路完全相同.為進一步驗證所得結(jié)果的可靠性,在重構(gòu)網(wǎng)絡(luò)中隨機去掉一些保留路徑,再隨機加上同等數(shù)量的其他路徑,得到了一個構(gòu)造網(wǎng)絡(luò).利用以上方法,對構(gòu)造網(wǎng)絡(luò)進行網(wǎng)絡(luò)重構(gòu),結(jié)果準確地預測出了去掉和增加的路徑,還原了重構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的面貌.可見,本文得到的活羊調(diào)運重構(gòu)網(wǎng)絡(luò)是比較可靠的.另一方面,根據(jù)市場調(diào)查和電話采訪,山西與內(nèi)蒙古之間確實存在活羊調(diào)運情況,這條鏈路在活羊調(diào)運觀測網(wǎng)絡(luò)中是不存在的,屬于預測到的丟失鏈路.由此可知,本文得到的活羊調(diào)運重構(gòu)網(wǎng)絡(luò)是比較真實的.

        3 結(jié)論與應(yīng)用

        本文根據(jù)2014年3月全國活羊調(diào)運信息,利用ArcGIS軟件得到全國活羊調(diào)運觀測圖,根據(jù)隨機分塊模型和大都市算法,通過Matlab軟件計算出網(wǎng)絡(luò)中所有可能存在的鏈路的信度,運用改進后的貪婪算法得到觀測網(wǎng)絡(luò)中缺失的15條鏈路和虛假的5條鏈路,最終重構(gòu)了全國活羊調(diào)運網(wǎng)絡(luò).

        本文所得到的活羊調(diào)運重構(gòu)網(wǎng)絡(luò),共有18個節(jié)點,37條邊.其中,節(jié)點山東的連邊數(shù)最多,其次是四川,吉林.顯然這幾個省份與其他省份的羊群貿(mào)易往來最多,疫情傳播的風險最大.因此在疫病流行時,應(yīng)從這幾個省份開始采取相關(guān)措施,有效地切斷傳播途徑,將疫病控制在一個有限的范圍內(nèi),減少經(jīng)濟損失.除此之外,在此重構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的基礎(chǔ)上,還可以預測每個節(jié)點的感染途徑,感染時間和染病概率,為制定動物疫病的防控措施提供了很好的依據(jù).

        以上活羊調(diào)運重構(gòu)網(wǎng)絡(luò)不僅適用于小反芻獸疫,也為研究其他羊類疫?。ㄈ绮剪斒暇 ⒖谔阋叩龋┨峁┝艘罁?jù).

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