吳昊+陳濤+姚姝等

摘要：綜述了分子標記的概念、特點、種類，對分子標記輔助選擇技術(shù)的優(yōu)勢和影響因素進行了介紹，同時對其在質(zhì)量性狀（稻米品質(zhì)、抗病、抗蟲性等）改良和數(shù)量性狀（稻米產(chǎn)量、抗逆性、株型等）改良兩方面的研究進展進行了歸納，并對研究中出現(xiàn)的問題進行了分析，對其應用前景進行了展望。

關(guān)鍵詞：分子標記輔助選擇；水稻；質(zhì)量性狀；數(shù)量性狀；定向改良；研究進展

中圖分類號： S511.035文獻標志碼： A文章編號：1002-1302（2014）02-0022-06

收稿日期：2013-07-02

基金項目：現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系建設(shè)專項（編號：CARS-01-47）；農(nóng)業(yè)部超級晚稻新品種選育和示范項目；江蘇省農(nóng)業(yè)科技自主創(chuàng)新資金[編號：CX（12）1003]；江蘇省科技支撐計劃（編號：BE2013301）。

作者簡介：吳昊（1988—），男，河南駐馬店人，碩士，主要從事水稻遺傳育種研究。E-mail：wuhao11219@gmail.com。

通信作者：王才林（1959—），男，江蘇無錫人，博士，研究員，博士生導師，主要從事水稻遺傳育種研究。Tel：（025）84390307；E-mail：clwang@jaas.ac.cn。水稻（Oryza sativa L.）是世界上大多數(shù)人的主要食物，在除南極洲和北極洲之外的各大洲均有種植，面積超過1.5億hm2[1]，但主要產(chǎn)區(qū)在亞洲。20世紀60年代，國際水稻研究所（IRRI）推動的“綠色革命”以及我國雜交水稻的研制成功大幅度提高了水稻產(chǎn)量。然而在過去的10多年里，水稻產(chǎn)量停滯不前。為了填補不斷增加的世界人口所造成的糧食缺口，進一步提高水稻產(chǎn)量是育種工作者們刻不容緩的任務。但是，傳統(tǒng)的育種方法主要是依據(jù)作物在田間的表現(xiàn)進行評價和選擇，要求育種工作者具有非常豐富的育種經(jīng)驗，而且需要長達數(shù)年的時間。另外，對一些數(shù)量性狀的直接選擇還受到許多條件的限制。因此，提高選擇效率并減少育種過程中的盲目性成為進一步拓展品種生產(chǎn)力的關(guān)鍵[2]。

近20年來迅速發(fā)展起來的基于DNA的分子標記技術(shù)為育種工作提供了嶄新的途徑。國內(nèi)外育種工作者對分子標記輔助選擇技術(shù)（molecular marker-assisted selection，MAS）做了很多有益的嘗試，并以此改良或育成了不少品種，其中一些已開始在生產(chǎn)上應用。本文綜述了分子標記輔助選擇的概念、特點、種類，重點介紹了分子標記輔助選擇技術(shù)在改良水稻質(zhì)量性狀、數(shù)量性狀兩方面的研究進展和利用現(xiàn)狀，同時討論了該技術(shù)存在的問題，并展望了其應用前景。

1DNA分子標記和分子標記輔助育種技術(shù)

1.1DNA分子標記的概念及特點

在遺傳學的發(fā)展中，先后出現(xiàn)了形態(tài)標記、細胞標記、生化標記和分子標記[3]。相對于傳統(tǒng)的形態(tài)標記來說，分子標記有著眾多的優(yōu)勢。最近利用分子標記進行水稻品種的改良上有很多的報道，這些報道主要涉及強調(diào)了分子標記在一般作物改良及雜種優(yōu)勢育種中的應用及其使用限制[4-9]。DNA分子標記較以往的形態(tài)標記具有減少育種時間、表現(xiàn)為中性、操作簡便高效、能更準確地選擇復雜性狀等特點。

1.2DNA分子標記的種類

根據(jù)王軍等的研究[10-13]，并作部分增添和刪改，將分子標記劃分為3代4類（表1）。 第1代分子標記是以Southern雜交為核心的分子標記技術(shù)。第2代分子標記技術(shù)主要分為2類：第1類為基于PCR（polymerase chain reaction，多聚鏈式反應）的DNA分子標記，根據(jù)所用引物的差異，該類標記又分為隨機引物PCR標記、特異引物PCR標記2種；第2類為基于PCR與限制性酶切技術(shù)結(jié)合的DNA標記。第3代分子標記技術(shù)是基于單核苷酸多態(tài)性的DNA分子標記。

1.3分子標記輔助選擇技術(shù)

分子標記輔助選擇技術(shù)是將上述分子標記應用于作物育種或改良的一種手段[14]，其基本原理是利用與目標基因緊密連鎖或共分離的分子標記對選擇個體進行目標基因以及全基因組篩選，從而減少連鎖累贅，以獲得所需的個體，達到提高育種效率的目的[15-16]。主要分子標記原理及特點見表2。MAS是分子標記技術(shù)用于作物改良的重要領(lǐng)域，是常規(guī)育種技術(shù)和現(xiàn)代生物技術(shù)相結(jié)合的產(chǎn)物。

1.3.1分子標記輔助選擇技術(shù)的優(yōu)越性通過大量理論研究發(fā)現(xiàn)，相比常規(guī)的育種技術(shù)，MAS有很大的優(yōu)越性。輔助選擇可以在植物發(fā)育的任何階段進行，而且不受基因表達和環(huán)境因素的影響；共顯性標記可區(qū)分純合基因型和雜合基因型，所以能在分離世代的早期進行選擇；對一些表型鑒定困難的性狀（如抗病性、抗逆性等）也可進行基因型鑒定；可聚合多個控制不同性狀的基因以提高育種效率，延長品種使用年限[17]。

1.3.2影響分子標記輔助選擇技術(shù)的主要因素MAS雖是提高選擇效率的一種有效方法，但由于其研究設(shè)計的內(nèi)容廣泛，有很多遺傳和生物學的因素影響其效率，如基因與標記間表1分子標記的分類及名稱

代別類別種類縮寫全稱第1代RFLPrestriction fragment length polymorphism，限制性內(nèi)切酶片段長度多態(tài)性第2代第1類第1種RAPDrandom amplified polymorphic DNA，DNA隨機擴增多態(tài)性ISSRinter-simple sequence repeats，內(nèi)部簡單重復序列AP-PCRarbitrarily primed polymerase chain reaction，任意引物PCRDAFDNA amplification fingerprinting，DNA擴增指紋印記第2種SSRsimple sequence repeats，簡單重復序列STSsequence-tagged site，序列標記位點SCARsequence-characterized amplified region，序列特異性擴增區(qū)SPARsingle primer amplification reaction，單引物擴增反應SSCPsingle strand conformation polymorphism，DNA單鏈構(gòu)象多態(tài)性ddFdideoxy fingerprints，雙脫氧化指紋法第2類AFLPamplified fragment length polymorphism，擴增片段長度多態(tài)性CAPScleaved amplified polymorphic sequence，酶切擴增多態(tài)性序列第3代SNPsingle nucleotide polymorphisms，單核苷酸多態(tài)性

2分子標記輔助選擇技術(shù)在水稻品種改良上的應用

2.1分子標記輔助選擇技術(shù)在水稻質(zhì)量性狀改良上的應用

2.1.1稻米食味品質(zhì)改良劉巧泉等經(jīng)過回交轉(zhuǎn)育并結(jié)合分子標記輔助選擇技術(shù)向特青品種導入Wx基因，在保持原有親本主要農(nóng)藝性狀的基礎(chǔ)上選育了3個優(yōu)質(zhì)品系，改良品系胚乳突變基因表達量明顯下降，稻米中直鏈淀粉含量減少[18]。周屹鋒等以具有中等直鏈淀粉含量的優(yōu)質(zhì)保持系宜香1B為優(yōu)質(zhì)源，與協(xié)青早B雜交、回交和自交，在分離早世代以特異性分子標記對直鏈淀粉含量進行檢測和選擇，最終選育出具有中等直鏈淀粉含量的的秈型三系不育系浙農(nóng)3A[19]。許勇等以分子標記輔助選擇對協(xié)優(yōu)57的父母本的Wx基因進行改良，利用改良后的親本進行配組，其后代雜交稻米的AC值降到中等偏低水平，蒸煮食味品質(zhì)明顯改善[20]。夏明元等利用Wx基因的CAPS標記對4384/舟903//4384的雜交后代進行單株選擇，經(jīng)過7代的選育，獲得92個Wx基因純合的株系，從中選出2個產(chǎn)量較高及直鏈淀粉含量適中的品系[21]。李浩杰等以美國光身稻Lemont為優(yōu)質(zhì)基因供體親本，優(yōu)良保持系岡46B為輪回親本，利用與Wx基因緊密連鎖的分子標記484/485進行目標基因型選擇，同時進行岡46B的背景選擇，選出具有中等直鏈淀粉含量且綜合性狀與輪回親本岡46B相似的個體，從而提高育種效率[22]。

2.1.2抗病性水稻條紋葉枯病（rice stripe disease，RSD）是由灰飛虱作為傳毒媒介的水稻條紋葉枯病毒（rice stripe virus，RSV）引起的病毒病。因此水稻對該病的抗性可分為對病毒的抗性和對介體昆蟲的抗性，其中對病毒的抗性更為重要[23]。目前，已經(jīng)定位的水稻條紋葉枯病抗性相關(guān)的QTL有40多個，它們分布于第1、2、3、5、6、7、8、10、11等9條染色體[24-33]。然而這些QTL中能實際用于生產(chǎn)的卻很少，目前國內(nèi)外生產(chǎn)上應用的條紋葉枯病抗性品種大多是利用來自秈稻Modan的位于第11染色體上的Stv-bi基因[34]。潘學彪等為了改良武育粳3號的條紋葉枯病抗性，在連續(xù)回交和自交過程中，以緊密連鎖的雙側(cè)分子標記Stv-bi對其進行選擇，在短期內(nèi)育成抗條紋葉枯病的武陵粳1號，大幅度提高了其條紋葉枯病抗性水平[35]。陳峰等利用與Stv-bi緊密連鎖的分子標記進行輔助選擇，結(jié)合條紋葉枯病田間抗性鑒定及農(nóng)藝性狀分析，通過回交改良，獲得攜帶Stv-bi的改良品系6個[36]。李波利用與抗病基因qSTV-11b、qSTV-11c連鎖的分子標記對武育粳3號、武運粳8號和武運粳7號進行輔助選擇，改良受體親本的抗性，并選育對條紋葉枯病具有抗性的新品種[37]。馬寧以抗病品種鎮(zhèn)稻 88為供體親本、武育粳3號為輪回受體親本，采用連續(xù)回交并結(jié)合分子標記輔助選擇的方法，將抗條紋葉枯病基因轉(zhuǎn)移到武育粳3號中，育成武育粳3號改良系[38]。

水稻白葉枯?。╞acterial leaf blight，BB）是由革蘭氏陰性菌黃單胞菌水稻變種（Xanthomonas oryzae pv. oryzae）引起的細菌性病害，化學方法難以奏效，種植抗病品種則是最經(jīng)濟、有效的防治方法。目前已有32個抗白葉枯病基因被鑒定，分別位于第1、4、5、6、8、11、12染色體上[39]。其中，Xa1、Xa5、Xa13、 Xa21、Xa26、Xa27已被克隆。王興春等以受微效多基因控制白葉枯病抗性的五豐占2號和主基因Xa5控制的IRBB5為材料，成功地聚合了白葉枯病抗性主基因和微效多基因[40]。薛慶中等利用MAS成功地選育了抗白葉枯病的水稻恢復系[41]。彭應財?shù)劝寻兹~枯病抗性基因Xa21導入到強優(yōu)恢復系輻恢838中，選育出抗白葉枯病恢復系中恢218[42]。蘭艷榮等利用抗性基因Xa21、Xa7，成功改良了華201S的白葉枯病抗性[43]。

稻瘟病是由子囊菌引起的真菌性病害，是世界性的主要稻病之一。應用抗病品種防治相對化學防治來說不會污染環(huán)境，是如今防治稻瘟病的主要方法。自20世紀60年代日本開展稻瘟病基因的遺傳研究以來，至今水稻中已經(jīng)有80多個抗稻瘟病基因被標記定位，其中13個已經(jīng)克隆[44]。被鑒定的廣譜抗性基因包括Pi1、Pi2、Pi3、Pi9、Pi33、Piz、Piz-t、Pigm（t）等[45]。利用與這些基因連鎖的分子標記，通過MAS已經(jīng)育成了許多抗病品種。王忠華等應用與Pi-ta連鎖的共顯性標記對350個雜交F3代株系進行早期篩選，得到118個含Pi-ta的抗病純合株系[46]。劉士平等利用位于第11染色體上的與Pi1緊密連鎖的SSR標記對保持系珍汕97進行改良，得到17株含Pi1的純合株系[47]。倪大虎等分別將Pi9導入不同水稻恢復系M12和閩恢3139中。這些育成的改良品系經(jīng)抗性鑒定，抗瘟性均得到顯著提高[48-49]。陳志偉等將稻瘟病抗性基因Pi1導入受體親本珍汕97B、金山B-1、金山 S-1 等保持系中，用與Pi1基因緊密連鎖的分子標記RM224和MRG4766同時對雜種后代Pi1基因進行MAS選擇的準確率高達100%，中選單株抗病性明顯提高[50]。

2.1.3抗蟲性不同生物型的稻褐飛虱在侵染具有不同抗性基因的水稻時會表現(xiàn)出不同程度的致害性。迄今為止，已報道的水稻抗褐飛虱基因共27個，定位的有21個，其中Bph14已被成功克隆[51]。胡杰等利用分子標記輔助選擇將水稻抗褐飛虱基因Bph14、Bph15同時導入到汕優(yōu)63的親本明恢63、珍汕97B中，以改良汕優(yōu)63的褐飛虱抗性[52]。李信通過分子標記輔助選擇技術(shù)將抗褐飛虱基因Qbp1、Qbp2導入到明恢63、珍汕97中，提高明恢63、珍汕97對稻褐飛虱的抗性[53]。梁云濤利用MAS，將對我國稻褐飛虱生物群體表現(xiàn)為高抗的Bph18（t）基因?qū)氲絻?yōu)質(zhì)雜交水稻恢復系 9311、測253中，選育優(yōu)質(zhì)高抗的水稻中間材料[54]。李進波等以藥用野生稻滲入系B5為供體親本，以9311、1826為受體親本，利用MAS結(jié)合田間農(nóng)藝性狀的選擇，獲得了目標基因Bph14、Bph15純合的穩(wěn)定株系[55]。孫榮科等以攜帶Bph2、Bph3的水稻品系ME1為供體親本與雜交稻親本進行雜交、回交和自交，結(jié)合分子標記輔助選擇，成功獲得了雙基因純合的株系[56]。

稻癭蚊同樣具有不同的生物型。目前國際上已鑒定出9個稻癭蚊抗性基因，分別命名為Gm1至Gm9，不同的基因抗不同的生物型。目前抗性育種進程中主要利用的是Gm6基因。柳武革等通過雜交、多次回交和自交結(jié)合分子標記輔助選擇技術(shù)，將Gm6基因?qū)霃V恢998中，篩選獲得6個抗性株系[57]。黃炳超等利用與Gm6緊密連鎖的分子標記，成功從豐銀占/大秋其F3家系中，鑒定出15個抗稻癭蚊的株系，隨后從抗蚊青占/桂99的F4和F6家系中分別鑒定出21個和7個抗稻癭蚊株系，并成功地將Gm6基因轉(zhuǎn)入雜交稻的恢復系[58]。

稻螟蟲（包括二化螟、三化螟、稻縱卷葉螟）是水稻的主要害蟲，但由于自然界缺乏優(yōu)良的抗蟲資源，水稻抗螟蟲育種研究進展不大。近年來，隨著轉(zhuǎn)基因技術(shù)的成功應用，抗螟蟲水稻品種培育已成為可能。研究表明，種植帶有Bt基因的品種可以有效控制螟蟲的危害。楊子賢等利用常規(guī)回交育種方法并結(jié)合分子標記輔助選擇將Bt基因?qū)?311中，在BC3F3家系中篩選到8個家系含純合的Bt基因?？剐澡b定結(jié)果表明，帶有Bt基因的株系及其雜交種沒有受到螟蟲危害[59]。沈圣泉等以克螟稻為Bt抗蟲基因供體，采用雜交、回交轉(zhuǎn)育方法，結(jié)合GUS（β-葡萄糖苷酸酶）分子標記輔助選擇和田間抗螟蟲性選擇技術(shù)，選育出首個轉(zhuǎn)Bt抗螟蟲基因秈型水稻不育系科龍A，其所配雜種F1代仍保持了高抗螟蟲特性[60]。

2.1.4多個質(zhì)量性狀基因的聚合基因聚合是將多個有利基因通過選育途徑聚合到一個品種中，這些基因可以控制相同的性狀，也可控制不同的性狀，基因聚合突破了回交育種改良個別性狀的局限，使品種在多個性狀上同時得到改良，產(chǎn)生更具有實用價值的育種材料[61]。隨著利用水稻抗病蟲基因育成水稻品種的不斷推廣，新的病原菌小種或害蟲生物型不斷出現(xiàn)，促使抗病蟲品種需要不斷更新[62]。但由于各種病原微生物和害蟲類型的易變性，采用單基因品種控制病蟲害就存在較大的風險，容易因單基因抗性喪失帶來較大的病蟲害發(fā)生；而且不同抗病蟲基因間還存在一定的協(xié)同作用，聚合多個不同類型的抗病蟲基因?qū)⑹墙鉀Q水稻病蟲害問題的切實有效的方法[63]。

王春連等利用與抗白葉枯病基因Xa23緊密連鎖的EST（expressed sequence tag，表達序列標簽）標記，培育出了3個含Xa23的水稻恢復系[64]。Yoshimura等通過RFLP和RAPD標記將來自不同組合的5個白葉枯病抗性基因Xal、Xa3、Xa4、Xas、Xa10聚合在一起[65]。Hittalmani等利用分子標記輔助選擇技術(shù)將抗稻瘟病基因Pi1、Pi-z5、Pi-ta聚合到同一個水稻品系BI124中，含有2個或3個抗性基因的植株比含單個基因的抗性更強[66]。Narayanan等先通過分子標記輔助選擇將稻瘟病抗性基因Pi1、Pi-z5聚合到C039中，再將白葉枯病抗性基因Xa21轉(zhuǎn)到已經(jīng)聚合了稻瘟病抗性基因的C039植株中，最后得到同時含有Pi1、Pi-z5、Xa21的植株，這些植株對稻瘟病和白葉枯病的抗性有很大提高[67]。陳圣等利用分子標記輔助選擇將高抗水稻白葉枯病的Xa23基因、廣譜高抗稻瘟病的Pi9基因、抗水稻螟蟲和稻縱卷葉螟的Bt基因聚合到同一株系中，獲得了與3種基因抗性水平相當?shù)募兒现晗礫68]。

2.2分子標記輔助選擇技術(shù)在改良水稻數(shù)量性狀上的應用

2.2.1產(chǎn)量性狀莊杰云等應用兩種定位方法，比較了不同世代水稻產(chǎn)量性狀的QTL檢測結(jié)果，結(jié)果顯示對產(chǎn)量這一性狀而言，重要的加性效應的QTL能夠在不同世代得到穩(wěn)定檢測[69]。中國水稻研究所通過分子標記輔助選擇與常規(guī)測恢相結(jié)合，選育出強優(yōu)恢復系R8006；應用秈粳特異標記檢測，選育出秈粳中間型恢復系R9308[70]。國家雜交水稻工程中心在馬來西亞普通野生稻中鑒定出2個主效高產(chǎn)QTLyld1.1和yld1.2的單株作基因供體，經(jīng)連續(xù)回交并多代自交，采用分子標記輔助選擇與田間選擇相結(jié)合，育成攜帶野生稻高產(chǎn)QTL的強優(yōu)晚稻恢復系Q611[71]。Tanksley等利用分子標記輔助選擇實現(xiàn)了多個QTL從野生近緣種向優(yōu)良的栽培稻品種的轉(zhuǎn)移[72]。

2.2.2水稻抗逆性狀的改良隨著全球變暖等氣候條件變化的加劇，中國旱災發(fā)生的頻率和范圍也在加大，干旱已成為制約中國水稻生產(chǎn)的重要因素[73]，因此，水稻抗旱品種的培育對減少旱災的影響、提高水稻產(chǎn)量具有十分重要的意義。迄今為止，已定位出水稻抗旱性相關(guān)的QTL超過680個，其中與根形態(tài)性狀相關(guān)的QTL有228 個，與生理特征（脫落酸、滲透調(diào)節(jié)、相對含水量）相關(guān)的QTL有40個，其他與植株抗旱性相關(guān)的QTL有418個[74-75]。Li 等描述了通過建立等基因?qū)胂颠M行抗旱性基因定位和利用分子技術(shù)進行抗旱性品種選育的方法，如DTY3.1、DTY1.1、DTY12.1等與干旱脅迫下產(chǎn)量性狀緊密連鎖的標記被有效用于抗旱分子輔助育種中，可以對雜交后代進行有效抗旱分子篩選[76]。劉立峰對定位群體中的粳型抗旱供體親本IRAT109與粳型旱敏感的水稻品種越富、津稻1187進行雜交、回交，并利用分子標記輔助選擇對其產(chǎn)生的4個低世代育種群體進行篩選，獲得了抗旱相關(guān)性狀QTL的優(yōu)良近等基因系[77]。

水稻的多個生長期都是低溫敏感期，如芽期、苗期、孕穗期和抽穗期等。全國低溫、冷害造成的損失每年大概 30億～50億kg。近幾十年來，隨著分子生物學的發(fā)展，水稻耐冷性QTLs分析有了較大進展，成為了一種進行耐冷性基因定位的主要方法[78]。劉之熙等以北海PL5（孕穗期耐冷性極強）為供體親本，與晚稻品種湘晚秈29號、湘晚秈31號及臺中101號（孕穗期不耐冷）雜交，在F3代利用CAPS標記進行輔助選擇，從3個F3群體中，共選出攜帶純合耐冷基因的個體12株，并將其作為改良晚秈稻孕穗期耐冷性的中間材料[79]。

鹽害是導致水稻減產(chǎn)的重要原因之一，而我國土壤的鹽堿化直接制約了水稻生產(chǎn)的穩(wěn)定發(fā)展。培育耐鹽水稻品種，深入開展水稻耐鹽性研究，通過遺傳改良提高水稻的耐鹽性，是保證鹽堿稻作區(qū)糧食的安全生產(chǎn)和改善生態(tài)環(huán)境的有效途徑之一。目前，已定位的耐鹽性QTL 達70多個[80]。已經(jīng)克隆的抗鹽性基因包括有抗水分脅迫基因CMO、BADH、mtlD、gutD、SAMDC；另一類是抗離子毒害的基因SKC1[81]。2005年，中國水稻研究所開始通過轉(zhuǎn)基因和常規(guī)育種相結(jié)合的方法在水稻中聚合這兩類耐鹽基因，已獲得一系列的含不同抗鹽途徑的耐鹽水稻品系越光-SKC1/BADH-12、秀水11-SKC1/BADH-23，能在1.0%的NaCl 濃度脅迫后恢復正常生長[82]。

2.2.3其他數(shù)量性狀的改良水稻的株型是其產(chǎn)量的影響因素之一，而直立密穗是高產(chǎn)的合適株型。程朝平等以優(yōu)良秈稻品種東南恢602（彎穗型）為母本、DW135（直立密穗）為父本配制雜交組合，設(shè)計合成InDel（insertion deletion length polymorphism，插入缺失長度多態(tài)性）標記，通過該標記進行輔助選擇，最終選出了含有直立密穗基因的純合株系[83]。

為了選育香稻恢復系，杜雪樹等以廣東香稻品種美香占為香味基因供體、自育抗性恢復系豐986和R476為受體，通過比較編碼BAD2（betaine-aldehyde dehydrogenase，甜菜堿醛脫氫酶）的fgr基因序列和9311序列設(shè)計功能性STS標記Aro，并在回交和復交的分離世代利用Aro標記開展香味基因的分子標記輔助選擇育種，最終選育出農(nóng)藝性狀較好的香型恢復系C349 和C354[84]。

3分子標記輔助選擇的問題與展望

分子標記輔助選擇是當今水稻育種中不可或缺的一部分，在培育超級稻、抗病蟲及稻米品質(zhì)、農(nóng)藝性狀改良等方面表現(xiàn)出了極大的潛力。從上述的例子也可以看到，分子標記輔助選擇能夠達到較高的準確性。但從某些方面來說，分子標記輔助選擇在現(xiàn)階段也顯露出了一些不足。首先，目前基因定位的工作進度還不夠快，育種工作者準備用分子標記輔助選擇的基因有些尚未定位或連鎖并不緊密；已經(jīng)精確定位的，隨即可用的以PCR為基礎(chǔ)的標記還不多，而且也不一定在群體的雙親間表現(xiàn)多態(tài)。其次，分子標記輔助選擇在改良數(shù)量性狀方面的應用不如最初設(shè)想的那么廣泛，主要是因為水稻農(nóng)藝性狀基因發(fā)掘不足，大量的遺傳信息處于零散的狀態(tài)，而且對不同遺傳背景和環(huán)境條件下的QTL研究不夠系統(tǒng)全面，如今已定位的DNA分子標記與目的基因間的遺傳距離多數(shù)超過5.0 cmol，QTL定位的準確性和精確度達不到分子標記輔助選擇的要求。針對這些問題，在今后的育種工作中所構(gòu)建的群體要盡可能既是遺傳研究群體，又是育種群體實現(xiàn)基因定位與育種同步進行；尋找與目標基因緊密連鎖的兩側(cè)的分子標記；充分發(fā)掘QTL的信息等。

我們相信，在不遠的將來，隨著分子生物學新成果和新技術(shù)的不斷出現(xiàn)以及基因組學、生物信息學等研究的深入發(fā)展，分子標記輔助選擇將會在品種改良中大展宏圖，這必將對我國的作物改良作出革命性的貢獻。

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