流域水體的流動具有跨區(qū)性甚至跨國性，而水污染防治的屬地行政監(jiān)管具有區(qū)域性。若忽視統(tǒng)籌水體的流動性和管理的區(qū)域性，就會出現(xiàn)上游排污、下游遭殃，上游造福、下游享福等權(quán)利義務(wù)不均衡、結(jié)果不公平的現(xiàn)象。

流域水環(huán)境保護事關(guān)重大。構(gòu)建流域污染防治的區(qū)域聯(lián)動機制，目的是為平衡上下游的利益，協(xié)調(diào)上下游的行為和行動，預(yù)防重大污染事故的發(fā)生，以最有效的手段，和最低的成本實現(xiàn)流域生態(tài)環(huán)境的保護。

2012年，環(huán)保部、國家發(fā)改委等四部委聯(lián)合出臺了《重點流域水污染防治規(guī)劃（2011-2015年）》，提出了流域污染防治統(tǒng)籌、流域協(xié)商、跨行政區(qū)斷面水質(zhì)考核、區(qū)域水污染機制處理等區(qū)域聯(lián)動機制，并要求流域所經(jīng)各省級政府形成治污合力。

但是，由于上述規(guī)定和部署原則性較強，難以為現(xiàn)實中錯綜復(fù)雜的流域水環(huán)境監(jiān)管提供可操作性強的機制。

在國家部委的指導(dǎo)性原則下，一些地方政府也陸續(xù)推出了區(qū)域聯(lián)動機制的探索性嘗試，如湖北省2014年1月通過的《湖北省水污染防治條例》提出，“建立健全對飲用水水源保護區(qū)和江河、湖泊、水庫上游地區(qū)以及有關(guān)重點生態(tài)功能區(qū)的水環(huán)境生態(tài)補償機制，推動地區(qū)間建立橫向生態(tài)補償機制?！?/p>

2013年4月，廣西和廣東省環(huán)保廳聯(lián)手，建立了珠江流域上下游水環(huán)境聯(lián)防聯(lián)治管理、省區(qū)污染事故應(yīng)急協(xié)調(diào)處理等合作機制；此外，江蘇等省試點實施了排污權(quán)有償使用、生態(tài)補償?shù)拳h(huán)境政策，河南省焦作市對流域水環(huán)境質(zhì)量的行政區(qū)域考核和補償做了規(guī)定。

國家層次的聯(lián)動體制、制度和機制的建立，具有普適性的特點，既應(yīng)放眼宏觀和長遠(yuǎn)，也要立足基礎(chǔ)和基層。

在統(tǒng)一規(guī)劃方面，制定各省級、市級和縣級流域污染防治規(guī)劃；小流域與中流域的污染防治規(guī)劃相協(xié)調(diào)，中流域與大流域的污染防治規(guī)劃相協(xié)調(diào)。

在統(tǒng)一規(guī)范方面，建立流域內(nèi)統(tǒng)一的水環(huán)境質(zhì)量環(huán)境評估和治理驗收規(guī)范、水環(huán)境監(jiān)測規(guī)范、水環(huán)境保護信息平臺；明確本行政區(qū)域的流域水污染防治聯(lián)動的目的、責(zé)任追究等問題；統(tǒng)一市場準(zhǔn)入條件；建立統(tǒng)一的上游對下游的水污染補償標(biāo)準(zhǔn)，及下游對上游的水環(huán)境改善補償標(biāo)準(zhǔn)。

在統(tǒng)一協(xié)調(diào)方面，建立由各行政區(qū)域分管負(fù)責(zé)人參加的流域水污染防治領(lǐng)導(dǎo)小組，下設(shè)若干個工作組；建立統(tǒng)一的流域水污染物排放交易與污染責(zé)任保險制度。

在統(tǒng)一責(zé)任方面，核算流域的環(huán)境容量，分配各行政區(qū)域和各行業(yè)的水污染排放總量。對于跨界斷面水環(huán)境質(zhì)量超標(biāo)的，支付污染損害補償；對于水環(huán)境質(zhì)量明顯改善的，下游應(yīng)當(dāng)支付生態(tài)收益補償；若發(fā)生跨區(qū)域水污染事故，使區(qū)域聯(lián)動責(zé)任真正得到落實。

在統(tǒng)一監(jiān)測方面，組建統(tǒng)一的流域水環(huán)境監(jiān)測網(wǎng)絡(luò)；監(jiān)測數(shù)據(jù)定期向社會公布，按時報送預(yù)警信息。

在統(tǒng)一監(jiān)管方面，建立規(guī)劃、環(huán)保、城建、規(guī)劃、水利、工信等部門流域治理聯(lián)席會議制度和聯(lián)合執(zhí)法制度；建立相互銜接的機構(gòu)職責(zé)體系；對于違法現(xiàn)象，應(yīng)當(dāng)依法公開透明地予以處理。