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        內(nèi)蒙古中西部地區(qū)漢族、蒙古族ApoB基因遺傳多態(tài)性

        2014-04-08 07:58:16劉揚(yáng)冀軍包烏仁吐亞楊帆吳海榮
        法醫(yī)學(xué)雜志 2014年1期
        關(guān)鍵詞:酶切位點(diǎn)漢族等位基因

        劉揚(yáng),冀軍,包烏仁吐亞,楊帆,吳海榮

        (1.包頭醫(yī)學(xué)院法醫(yī)學(xué)系,內(nèi)蒙古包頭014060;2.包頭醫(yī)學(xué)院第一附屬醫(yī)院,內(nèi)蒙古包頭014010)

        載脂蛋白(apolipoprotein,Apo)是脂蛋白的重要組分,僅在肝、腸細(xì)胞中特異表達(dá),可能與DNA甲基化作用相關(guān),在已知基因中,ApoB基因具有最明顯的多態(tài)性。本研究選擇XbaⅠ和EcoRⅠ位點(diǎn)對(duì)內(nèi)蒙古中西部地區(qū)的漢族和蒙古族兩個(gè)群體的遺傳多態(tài)性進(jìn)行調(diào)查。

        ApoB參與體內(nèi)的脂質(zhì)代謝,為乳糜微粒與低密度脂蛋白(LDL)的主要蛋白質(zhì)成分。XbaⅠ酶切位點(diǎn)多態(tài)性是第26個(gè)外顯子上2488密碼子ACC→ACT變異,產(chǎn)生了1個(gè)XbaⅠ酶切點(diǎn),即X+等位基因,但未改變氨基酸序列屬靜息突變,不直接影響ApoB基因水平;無酶切位點(diǎn)的稱X-等位基因。

        EcoRⅠ酶切位點(diǎn)位于ApoB基因的第29外顯子,由于4154位密碼子的第1個(gè)堿基G→A突變,使GAA→AAA,原有的EcoRⅠ酶切位點(diǎn)消失,產(chǎn)生E-等位基因,如不發(fā)生突變則為E+等位基因。

        1 材料與方法

        1.1 樣本

        120例漢族無關(guān)個(gè)體選自包頭醫(yī)學(xué)院第一附屬醫(yī)院體檢人群,100例蒙古族無關(guān)個(gè)體選自自愿獻(xiàn)血人群及包頭醫(yī)學(xué)院第一附屬醫(yī)院體檢人群。常規(guī)酚-氯仿法提取基因組DNA。

        1.2 引物合成與純化

        PCR引物XbaⅠ上游引物:5′-GGAGACTATTCA GAAGCTAA-3′;下游引物:5′-GAAGAGCCTGAAGA CTGACT-3′。EcoRⅠ上游引物:5′-CTGAGAGAAGTG TCTTCGAAG-3′;下游引物:5′-CTCGAAAGGAAGTGTAATCAC-3′。

        1.3 PCR反應(yīng)體系

        20 μL的總反應(yīng)體系中含:DNA模板2.0 μL,Primer1 0.5μL,Primer2 0.5μL,LA Taq DNA聚合酶0.1 μL,4×dNTP 1.5 μL,10×buffer 2.0 μL,滅菌雙蒸水加至20μL。

        1.4 PCR反應(yīng)條件

        兩個(gè)位點(diǎn)復(fù)合擴(kuò)增。95℃5 min;94.5℃1min,58℃1min,72℃1.5min,72℃7min,30個(gè)循環(huán)。

        1.5 PCR產(chǎn)物鑒定

        取基因PCR產(chǎn)物5 μL置于1%瓊脂糖凝膠(含1/10000 DNA熒光染料)上電泳30min(電壓100V),紫外燈下觀察結(jié)果,拍照記錄。

        1.6 PCR產(chǎn)物結(jié)果判斷

        所用引物擴(kuò)增出的ApoB基因PCR產(chǎn)物為710bp和480 bp,對(duì)已擴(kuò)增出的ApoB基因產(chǎn)物再分別用XbaⅠ和EcoRⅠ內(nèi)切酶進(jìn)行酶切,進(jìn)一步鑒定其等位基因型。

        1.7 限制性片段長度多態(tài)性分析

        取PCR擴(kuò)增產(chǎn)物2 μL,加內(nèi)切酶0.25 μL,酶切緩沖液1μL,BSA 0.1μL,再加雙蒸水至總體積10μL于37℃消化4h,然后進(jìn)行1%瓊脂糖凝膠電泳,電壓100V,電泳時(shí)間40min,紫外燈下觀察并于凝膠成像系統(tǒng)攝影記錄。

        ApoB基因有一個(gè)XbaⅠ酶切位點(diǎn),切除片段大小分別為433bp(X+)和277bp(X+)為稀有基因,未切開片段710bp(X-)為常見片段;ApoB基因另一個(gè)EcoRⅠ酶切位點(diǎn),切除片段分別為253bp(E+)和227bp(E+)為常見片段,未切開的片段480bp(E-)為稀有基因。

        用文獻(xiàn)[1]介紹的方法計(jì)算雜合度(H)、個(gè)體識(shí)別率(DP)和非父排除率(PE)等群體遺傳學(xué)參數(shù)。

        2 結(jié)果與討論

        本研究共調(diào)查了內(nèi)蒙古中西部地區(qū)漢族120名和蒙古族100名個(gè)體的ApoB基因XbaⅠ和EcoRⅠ位點(diǎn)的遺傳多態(tài)性。將調(diào)查所得的XbaⅠ和EcoRⅠ位點(diǎn)在兩個(gè)群體中分布頻率的數(shù)據(jù)進(jìn)行χ2檢驗(yàn),結(jié)果均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。同時(shí),根據(jù)本研究所得到的漢族群體在內(nèi)蒙古中西部地區(qū)ApoB基因XbaⅠ和EcoRⅠ位點(diǎn)的基因型和等位基因頻率(表1),計(jì)算得出H、DP、PE在XbaⅠ為0.0400、0.0768、0.0192,在EcoRⅠ為0.0800、0.1534、0.0420。

        表1 ApoB基因XbaⅠ和EcoRⅠ位點(diǎn)在內(nèi)蒙古中西部漢族群體中的多態(tài)性分布

        對(duì)內(nèi)蒙古中西部地區(qū)ApoB基因XbaⅠ和EcoRⅠ位點(diǎn)的基因型和等位基因頻率的調(diào)查結(jié)果顯示,漢族群體中同時(shí)檢測出了稀有基因X+和E-,而在蒙古族群體中沒有檢測出此兩種稀有等位基因。將本研究結(jié)果與其他種族和地區(qū)人群數(shù)據(jù)進(jìn)行比較,結(jié)果見表2。

        表2 ApoB基因XbaⅠ位點(diǎn)基因型頻率在不同群體中的比較

        如表2所示,在不同的群體中X+等位基因頻率不同,在東亞地區(qū)是最低的,如內(nèi)蒙古人群、北京漢族人、上海漢族人、日本人、新加坡漢族人和新加坡印度人,但是在西歐人群中X+等位基因頻率較高,如芬蘭人、法國人、歐美白人。文獻(xiàn)報(bào)道,新加坡漢族人EcoRⅠ位點(diǎn)的等位基因(E-)頻率為0.07[6],昆明漢族人為0.02[5],國內(nèi)葉平等[11]報(bào)道為0.05,與本研究結(jié)果相似。上述結(jié)果顯示,雖然ApoB基因XbaⅠ和EcoRⅠ位點(diǎn)在法醫(yī)學(xué)中的效能不高,但是等位基因頻率分布在不同種族中差異較大,可能與人類種族進(jìn)化過程中遺傳漂變或自然選擇有關(guān),因此ApoB基因XbaⅠ和EcoRⅠ位點(diǎn)具有種族鑒定的應(yīng)用可能。

        [1]侯一平.法醫(yī)物證學(xué)[M].第3版.北京:人民衛(wèi)生出版社,2009:15-23.

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