劉 偉,郭振飛,燕志慧,盧美琪,楊 誠
(1. 天津科技大學理學院,天津 300457;2. 天津科技大學生物工程學院,天津 300457;3. 天津市國際生物醫(yī)藥聯(lián)合研究院,天津 300457)
新型Caspase-3抑制劑1,2–苯并異噻唑–3–酮–1,4–二取代–1,2,3–三唑類衍生物的合成
劉 偉1,郭振飛2,燕志慧2,盧美琪3,楊 誠3
(1. 天津科技大學理學院,天津 300457;2. 天津科技大學生物工程學院,天津 300457;3. 天津市國際生物醫(yī)藥聯(lián)合研究院,天津 300457)
為探究對Caspase-3有更高抑制活性的非肽類小分子抑制劑,用“點擊反應”合成了一系列1,2–苯并異噻唑–3–酮–1,4–二取代–1,2,3–三唑類衍生物.通過體外Caspase-3和Caspase-7抑制活性測試發(fā)現(xiàn),化合物7c對Caspase-3有最好的抑制活性,IC50達到11.0±1.2,nmol/L.為了更好的理解這些化合物與Caspase-3蛋白的相互作用模式,進行了分子對接實驗.結(jié)果表明,化合物7c與蛋白作用位點具有很好的結(jié)合模式,驗證了該化合物具有很好的體外Caspase-3抑制活性.
抑制劑;1,2–苯并異噻唑–3–酮;分子對接;點擊反應;Caspase-3
凋亡或程序性細胞死亡是細胞組織發(fā)展和保持內(nèi)環(huán)境穩(wěn)定的重要生理過程.正常的細胞凋亡是機體必須的代謝過程,但是細胞的非正常凋亡往往會引發(fā)各種各樣的病癥,例如:神經(jīng)退行性疾病,缺血性損傷,自身免疫性疾病及癌癥[1].Caspase家族參與細胞凋亡的整個過程,已發(fā)現(xiàn)的15種Caspase蛋白可以分為3類:Caspase-1、-4、-5、-11參與白介素前體活化,與細胞炎癥有關(guān);Caspase-2、-8、-9、-10等是凋亡上游調(diào)節(jié)子,是凋亡起始者;Caspase-3、-6、-7是凋亡的執(zhí)行者[2].其中,Caspase-3在細胞凋亡中起著關(guān)鍵的作用.許多疾病都與Caspase-3的異常激活有關(guān),因此,Caspase-3蛋白被認為是1個有藥物開發(fā)前景的靶點,Caspase-3抑制劑的研究也成為了熱點.
依據(jù)Caspase-3蛋白底物的特異性,目前已設(shè)計并合成了大量肽類和非肽類抑制劑.大部分肽類抑制劑對Caspase-3有很高的抑制活性,IC50一般在納
摩爾級別[3–5],但是肽類抑制劑代謝穩(wěn)定性差、細胞滲透性差等因素限制了其應用.這就促使了對非肽類抑制劑的研究.例如:以5–硝基靛紅為母核合成了一系列的衍生物,個別衍生物對Caspase-3的IC50在納摩爾級別[6–7].喹啉酮和異喹啉酮類化合物也被證實對Caspase-3有很好的抑制活性,IC50在微摩爾至毫摩爾范圍[8].最近,本研究組[9]通過高通量篩選發(fā)現(xiàn)了1個對Caspase-3有抑制活性的母核,1,2–苯并異噻唑–3–酮(IC50=46.7,μmol/L).經(jīng)結(jié)構(gòu)修飾,發(fā)現(xiàn)其衍生物對Caspase-3有很好的抑制活性,IC50達到31,nmol/L,但是該系列化合物水溶性差,仍需繼續(xù)進行結(jié)構(gòu)改造.
近年來,三唑合成因“點擊反應”的特異性、高產(chǎn)率等特點在藥物化學中倍受青睞[10].此外,在分子中引入1,2,3–三唑基團有如下好處:(1)1,2,3–三唑是肽鍵的生物等排體;(2)1,2,3–三唑代謝穩(wěn)定,并能形成氫鍵,從而提高水溶性,有利于藥物與其目標的結(jié)合;(3)1,2,3–三唑可連接2個藥效團,得到1種創(chuàng)新雙官能團藥物,這在構(gòu)建生物活性分子和功能分子中起到了越來越重要的作用;(4)1,2,3–三唑及其衍生物是非常重要的藥物化學模型,具有生物活性多樣性,如抗結(jié)核、抗HIV和抗菌等.此外,在已報道的Caspase-3抑制劑文獻中,1,2,3–三唑也被引入活性分子中,用于結(jié)構(gòu)改造.例如:在2008年,Ng等[11]報道了1,2,3–三唑類衍生物作為Caspase-3抑制劑,其活性都在微摩爾級別.最近,Robert等[7]報道了靛紅1,4–二取代的1,2,3–三唑類化合物作為Caspase-3抑制劑,發(fā)現(xiàn)抑制活性最好的衍生物的IC50達到了4.5,nmol/L.因此,本文將1,2,3–三唑環(huán)引入1,2–苯并異噻唑–3–酮類Caspase-3抑制劑結(jié)構(gòu)中,希望可以進一步提高該類化合物對Caspase-3的體外抑制活性,還同時評估了其對同族蛋白Caspase-7的體外抑制活性.
1.1 主要原料
1,2–苯并異噻唑–3–酮、抗壞血酸鈉、三光氣、丙炔氨、各種取代苯胺等,分析純,購自北京百靈威科技有限公司.
用于分別檢測化合物對Caspase-3和Caspase-7體外抑制活性的四肽熒光底物Ac-LDEVD-AMC和 Ac-DEVD-AMC,購自上海吉爾生化有限公司.
甲醇、三乙胺、二氯甲烷及四氫呋喃等溶劑,分析純,購自北京化學試劑公司,使用前均經(jīng)重蒸除水.
1.2 儀器
循環(huán)水式真空泵,河南省予華儀器有限公司;集熱式恒溫加熱磁力攪拌器,鄭州長城科工貿(mào);低溫恒溫反應浴,鞏義市京華儀器有限公司;Avance DPX–400,MHz核磁共振儀,瑞士Bruker公司;傅里葉變換紅外光譜儀,珀金埃爾默儀器有限公司.
1.3 實驗方法
1.3.1 目標化合物的合成方法
取代苯胺(4,mmol)、0.552,g(8,mmol)亞硝酸鈉溶于15,mL水中,冷卻至0,℃,并滴加15,mL (12,mmol)HCl溶液,攪拌30,min即得化合物2溶液;向上述溶液中滴加15,mL疊氮化鈉(0.312,g,4.8,mmol)水溶液,反應4,h后用二氯甲烷萃取,收集有機層,并旋除二氯甲烷,得到有機疊氮產(chǎn)物3[12].
將溶于40,mL二氯甲烷的1.28,g(40,mmol)丙炔氨逐滴加入溶于40,mL二氯甲烷的三光氣溶液中,并滴加6,mL三乙胺,反應12,h后旋除溶劑;將殘余物溶于40,mL二氯甲烷中,并滴入溶有3.02,g (20,mmol)1,2–苯并異噻唑–3–酮的20,mL四氫呋喃溶液中,反應12,h后旋除溶劑;將固體溶于30,mL丙酮與30,mL水的混合溶劑中,抽濾,所得固體為末端炔化合物6.
將0.650,g(2.8,mmol)末端炔、4,mmol有機疊氮溶于30,mL甲醇中,并加入催化劑CuSO4(0.032,g,0.2,mmol)和抗壞血酸鈉(0.08,g,0.4,mmol).室溫反應12,h,旋除溶劑,硅膠柱層析分離得目標1,2,3–三唑類化合物(7a—7n).目標化合物的合成路線如圖1所示.
1.3.2 Caspase-3蛋白及Caspase-7蛋白的體外酶活測定
Caspase-3抑制劑的檢測方法參考文獻[9].本實驗中的Assay buffer:0.1% CHAPS,50,mmol/L HEPES(pH 7.5),100,mmol/L NaCl,10% glycerol,1,mmol/L EDTA;底物:Ac–LDEVD–AMC.詳細操作如下:在室溫的條件下,在96孔板中放入人重組Caspase-3蛋白,并孵育10,min,加入2,μL溶于DMSO的一定濃度的抑制劑,然后加入2,μL底物Ac–LDEVD–AMC,收集熒光值10,min,依據(jù)所收集的熒光數(shù)據(jù)計算出該化合物的15個濃度梯度的剩余活性,然后用GraphPad Prism 5作圖分析,橫坐標為化合物濃度的常用對數(shù)值,縱坐標為剩余活性.然后計算出各個化合物的IC50.
人重組Caspase-7酶活測定實驗條件與上述Caspase-3的類似,只是底物改為Ac–DEVD–AMC.1.3.3 化合物7c與Caspase-3蛋白的分子對接
為了探究抑制劑與Caspase-3蛋白活性位點間的相互作用以及結(jié)合模式,將抑制Caspase-3活性最好的化合物7c在Schr?dinger Suite 2010軟件中采用格萊德標準進行分子對接.從PDB蛋白質(zhì)網(wǎng)站選取與Caspase-3蛋白共晶的小分子化合物(PDB ID code 3,H0E)作為參照.并且,按以下方式處理蛋白:去掉所有的硫酸根離子、水分子;優(yōu)化氫鍵網(wǎng)絡(luò);用LigPrep2.4處理配體,用OPLS2005力場處理配體的局部電荷,并產(chǎn)生蛋白初始的3,D結(jié)構(gòu);以配體為中心,建立1個“盒子”,大小為1.2,nm.
2.1 化合物7c的表征結(jié)果
抑制活性最好的化合物7c的核磁圖譜如圖2所示.化合物7c的結(jié)構(gòu)表征數(shù)據(jù)如下:收率0.72,g,70%;白色固體;熔點209.2~209.8,℃;1H NMR (400,MHz,DMSO)δ 9.36(t,J=6.0,Hz,1,H),8.74(s,1,H),8.03(d,J=8.4,Hz,1,H),7.97~7.93(m,3,H),7.80(t,J=7.6,Hz,1,H),7.52~7.42(m,3,H),4.71(d,J=6.0,Hz,2,H);13,C NMR(100,MHz,DMSO)δ 164.9,162.1(d,J=244,Hz),151.3,145.9,141.3,134.5,133.7(d,J=3,Hz),127.0,126.5,125.1,122.8(d,J=8,Hz),122.6,121.93,117.2(d,J=23,Hz),36.1;IR:3,295,1,699,1,665,1,516;ESIMS:369.99(M+H)+.
其他目標化合物的表征圖譜和表征數(shù)據(jù)略.
2.2 生物活性測試
以先前合成的1,2–苯并異噻唑–3–酮衍生物[9]作為陽性對照,對一系列1,4–二取代–1,2,3–三唑類衍生物進行了活性評估,其IC50值見表1.
由表1可以看出:大部分化合物對Caspase-3和Caspase-7的抑制活性都在納摩爾級別;在所合成的目標化合物中,7c對Caspase-3和Caspase-7都有很好的抑制活性,IC50分別是11.0±1.2,nmol/L和5.2± 0.4,nmol/L,7,m對Caspase-3和Caspase-7有最低的抑制活性,IC50分別是6,830±560,nmol/L和16,730 ±2.7,nmol/L;有趣的現(xiàn)象是目標化合物對Caspase-7的抑制活性普遍比Caspase-3的高,例如:7b和7c對Caspase-3的抑制活性分別為IC50=15.0±0.9,nmol/L和11.0±1.2,nmol/L,而7b和7c對Caspase-7的抑制活性分別為IC50=7.1±0.5,nmol/L和5.2± 0.4,nmol/L,Chu等[7]在2011年也報道了類似結(jié)果;化合物7,j對Caspase-3的抑制活性大約是化合物7,i對Caspase-3的抑制活性的5倍,而對于Caspase-7的抑制活性,化合物7,j大約為化合物7,i的8倍;引入1,2,3–三唑基團后,化合物7,c對Caspase-3的抑制活性是陽性對照的3倍左右.
2.3 分子對接
為了闡明1,2,3–三唑化合物的生物活性,以便引導今后的結(jié)構(gòu)改造,將化合物7c與Caspase-3蛋白進行了分子對接.為方便比較,將共晶抑制劑和陽性對照也與Caspase-3蛋白進行了對接,如圖3所示.
由圖3(a)可知:Caspase-3的活性位點包括S1、S2、S3、S4共4個口袋.共晶抑制劑小分子很好地填充在了4個口袋里面,在S1口袋里面,共晶抑制劑的嘧啶與主鏈上H121的羰基形成了氫鍵,共晶抑制劑的羰基和磺?;c主鏈上C163和R207上的NH分別形成了2個氫鍵;另外,共晶抑制劑的吡咯環(huán)和苯氧環(huán)在S3、S4口袋里面也有疏水作用.
由圖3(b)可知:與共晶抑制劑結(jié)合模式相似,化合物7c很好地填充在S1、S2、S3口袋里面,脲結(jié)構(gòu)上的羰基和NH與R207和T62在S2口袋里面形成了3個氫鍵;7c的苯并異噻唑上的苯環(huán)深深地插入了疏水的S3口袋,形成了很強的疏水作用;而且,7c的對氟基苯環(huán)與F128殘基有π-π共軛.綜上所述,7c與Caspase-3有很好的結(jié)合,驗證了它對Caspase-3蛋白有非常好的體外抑制活性.
由圖3(c)可知:與化合物7c的對接模型相似,陽性對照也是很好地填充在S1、S2、S3口袋里面,脲結(jié)構(gòu)上的羰基和NH與R207和H121形成了3個氫鍵.但是,它的乙基苯環(huán)僅與Y204、W214上面的2個苯環(huán)形成弱的疏水作用.因此,化合物7c的活性是陽性對照的3倍左右.
本文合成了一系列結(jié)構(gòu)新穎的1,4–二取代的
1,2,3–三唑類化合物,并對其進行了分子水平的活性評價.首先,探究了它們對Caspase-3和Caspase-7的體外酶活活性,結(jié)果表明目標化合物對Caspase-3和Caspase-7的活性普遍達到納摩爾級.其次,分子對接實驗表明,化合物7c與Caspase-3蛋白可以形成多個氫鍵,并有很強的疏水和π-π堆積作用,良好的結(jié)合效果佐證了其具有很好的體外抑制活性.這些實驗結(jié)果為Caspase-3抑制劑的結(jié)構(gòu)改造提供了方向.
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責任編輯:常濤
Synthesis of 1,2-benzisothiazol-3-one-derived 1,2,3-triazoles as a Novel Class of Caspase-3 Inhibitors
LIU Wei1,GUO Zhenfei2,YAN Zhihui2,LU Meiqi3,YANG Cheng3
(1. College of Science,Tianjin University of Science & Technology,Tianjin 300457,China;
2. College of Biotechnology,Tianjin University of Science & Technology,Tianjin 300457,China;
3. Tianjin International Joint Academy of Biotechnology and Medicine,Tianjin 300457,China)
In order to get a non-peptide inhibitor with higher inhibitory activities against caspase-3,a series of 1,2-benzisothiazol-3-one-derived 1,4-disubstituted 1,2,3-triazoles was prepared using the “click reaction” and evaluated as inhibitors against caspase-3,-7. The most potent caspase-3 inhibitor was found to be 7c with IC50-values of 11.0± 1.2,nmol/L. Moreover,in order to better rationalize the action and the binding mode of these compounds,docking studies were carried out. The result suggests that there is good binding mode between 7c and caspase-3,protein.
inhibitor;1,2-benzisothiazol-3-one;docking;click reaction;caspase-3
R914.2
A
1672-6510(2014)05-0010-05
10.13364/j.issn.1672-6510.2014.05.003
2014-03-04;
2014-05-21
國家自然科學基金青年基金資助項目(21302139)
劉 偉(1978—),男,天津人,副教授,liuwei2006@tust.edu.cn.