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        采用基因芯片技術(shù)研究黃芪對(duì)衰老小鼠腦組織基因表達(dá)的影響

        2013-11-20 08:27:54明海霞賀志有王香梅甘肅中醫(yī)學(xué)院甘肅蘭州730001
        中國(guó)老年學(xué)雜志 2013年23期
        關(guān)鍵詞:基因芯片腦組織黃芪

        明海霞 賀志有 王香梅 王 嵐 侯 茜 張 帆 (甘肅中醫(yī)學(xué)院,甘肅 蘭州 730001)

        近年來(lái),對(duì)黃芪影響衰老相關(guān)基因、細(xì)胞凋亡、DNA損傷的修復(fù)及端粒長(zhǎng)度來(lái)延緩衰老的研究有所進(jìn)展〔1〕。郝春光等〔2〕運(yùn)用RT-PCR技術(shù),研究黃芪對(duì)快速老化鼠相關(guān)衰老基因表達(dá)的影響。這些研究方法,多以單一或少量幾個(gè)靶點(diǎn)的生物信息改變?yōu)檠芯繉?duì)象,對(duì)中藥多組分、多靶點(diǎn)、多途徑的作用特點(diǎn),上述研究方法,則顯露出明顯的局限性,對(duì)此基因芯片技術(shù)卻是有益的補(bǔ)充。基因芯片技術(shù)具有高通量、并行性、低消耗、微型化和自動(dòng)化的特點(diǎn),能夠高效、快速且多參量同時(shí)研究大量基因在不同刺激條件下表達(dá)的差異〔3〕。鑒于基因在衰老過(guò)程中的重要性及中藥作用的整體效應(yīng),本研究采用D-半乳糖所致衰老模型小鼠,小鼠全基因組基因芯片,研究甘肅黃芪對(duì)衰老模型小鼠腦組織基因表達(dá)譜的影響。

        1 材料與方法

        1.1 藥物制備 黃芪水煎劑的制備:取黃芪100 g(甘肅岷縣黃芪,經(jīng)甘肅中醫(yī)學(xué)院中藥系教授張西玲鑒定),切成片,加相當(dāng)于藥材量8倍的冷水浸泡2 h,煮沸30 min,濾過(guò);藥渣加6倍量水煮沸20 min,濾過(guò)。合并兩次煎出液,加熱濃縮至100 ml,即為100%黃芪水煎劑,其濃度相當(dāng)于生藥量1 g/ml,置4℃?zhèn)溆谩?〕。

        1.2 試劑與儀器 D-半乳糖購(gòu)自北京索萊寶科技有限公司(產(chǎn)品編號(hào)D810-25);TRIzol(Invitrogen);RNasey Mini Kit(Qiagenp/n 74904);Baseline-ZERO Dnase (EPICENTRE,Cat.Nos.DB0711K);Agilent Gene Expression Hybridization Kit(Agilent p/n 5188-5242);NanoDrop ND-1000;Hybridization oven(Agilent p/n G2545A)Slide-staining dish,with sliderack(Thermo Shandon p/n 121);包含41000個(gè)基因的Agilent小鼠全基因組表達(dá)譜芯片(Agilent Whole Mouse Genome Oligo Microarray 4×44K)Agilent Microarray Scanner(Agilent p/n G2565BA)。

        1.3 造模及分組 昆明種小鼠30只,2~3月齡,體重18~22 g,雌性,由甘肅中醫(yī)學(xué)院動(dòng)物中心提供,SPF級(jí)。適應(yīng)性喂養(yǎng)1 w后,分籠群養(yǎng),自由飲水、攝食,自然光照,室溫20℃ ~25℃,濕度45% ~55%。隨機(jī)分為3組,空白組、模型組、黃芪組,每組10只。除空白組外,其余各組每只頸背皮下注射5%D-半乳糖120 mg·kg-1·d-1,連續(xù) 6 w〔4〕,造成衰老模型??瞻捉M頸背皮下注射同等劑量生理鹽水。造模的同時(shí),空白組和模型組每只每天灌服生理鹽水0.5 ml,黃芪組小鼠按黃芪煎液18 g·kg-1·d-1灌胃 (相當(dāng)于 60 kg的成人臨床最大用量的12倍)。

        1.4 標(biāo)本制備 連續(xù)給藥6 w后,于最后1 d灌胃和注射D-半乳糖2 h后,頸椎脫臼處死,立即取出腦組織,切取海馬區(qū)組織50~100 mg加入1 ml的TRIzol試劑用玻璃勻漿器勻漿,置-20℃冰箱備用。同時(shí)取肝組織測(cè)定超氧化物歧化酶(SOD),丙二醛(MDA),谷胱苷肽過(guò)氧化物酶(GSH-Px),方法按試劑盒說(shuō)明進(jìn)行(測(cè)定試劑盒購(gòu)自南京建成生物工程研究所)。

        1.5 總RNA提取、純化 按Trizol(Invitrogen life technologies)法提取腦組織細(xì)胞中的總RNA,通過(guò)異丙醇沉淀法濃縮RNA,并進(jìn)一步采用QIAGEN RNase試劑盒純化總RNA,詳細(xì)操作方法按試劑盒說(shuō)明,最后用分光光度計(jì)定量,甲醛變性膠電泳質(zhì)檢。基因芯片試驗(yàn),由上??党缮锿瓿?。

        1.6 掃描與分析 芯片掃描用美國(guó)安捷倫公司的基因芯片掃描儀,單色掃描,芯片數(shù)據(jù)通過(guò)安捷倫公司的影像分析轉(zhuǎn)換軟件(版本號(hào)10.5.1.1)把圖像信號(hào)轉(zhuǎn)化為數(shù)字信號(hào),再通過(guò)GeneSpring GX軟件(版本號(hào)10.0)進(jìn)行后期數(shù)據(jù)處理。數(shù)據(jù)用Lowess方法進(jìn)行歸一化;最后以差異為2倍的標(biāo)準(zhǔn)來(lái)確定差異表達(dá)基因。

        2 結(jié)果

        2.1 抗衰老小鼠模型的構(gòu)建 造模2 w后,模型組小鼠開(kāi)始出現(xiàn)精神萎靡、食量下降、行動(dòng)遲緩、毛發(fā)枯黃、失去光澤、皮膚松弛彈性下降等一系列的衰老癥狀,而藥物組、空白組則精神狀態(tài)良好、行動(dòng)敏捷、毛色白、光滑、皮膚彈性良好。經(jīng)過(guò)7 w的造模后這些癥狀更加明顯。與空白組比較,衰老模型組小鼠肝中MDA含量明顯增加,SOD、GSH-Px活性明顯降低;與模型組比較,黃芪組小鼠肝臟組織中MDA含量顯著降低(P<0.01),肝臟SOD活力和GSH-Px活力明顯增高(P<0.01);表明黃芪水煎劑能顯著增高衰老小鼠肝臟中SOD、GSH-PX活力和降低MDA含量,有明顯抗氧化作用,根據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道說(shuō)明此次造模是成功的〔5〕。見(jiàn)表1。

        表1 黃芪水煎劑對(duì)小鼠肝組織SOD,MDA,GSH-Px的影響( s,n=10)

        表1 黃芪水煎劑對(duì)小鼠肝組織SOD,MDA,GSH-Px的影響( s,n=10)

        與模型組比較:1)P<0.01

        組別SOD(U/mg)MDA(nmol/mg)GSH-Px(活力單位)空白組 128.55±23.851) 5.68±2.271) 33.62±8.651)模型組 100.09±19.69 10.98 ±3.81 21.65 ±8.92黃芪組 129.41±20.651) 3.84±1.571) 34.29 ±7.801)

        2.2 不同組小鼠腦組織總RNA提取、純化質(zhì)量的檢測(cè)結(jié)果變性瓊脂糖凝膠電泳,紫外透射光下觀(guān)察并拍照,結(jié)果顯示(圖1),28 S和18 S核糖體RNA的帶非常亮而濃,兩個(gè)條帶間的亮度之比基本符合2∶1。還觀(guān)察到一個(gè)更小稍微擴(kuò)散的帶,它由低分子量的RNA(tRNA和5S核糖體RNA)組成。在18S和28S核糖體帶之間一般可以看到一片彌散的EB染色物質(zhì),可能是由mRNA和其他異型RNA組成。

        用紫外分光光度計(jì)測(cè)定260 nm、280 nm和230 nm的吸光度(OD)值,通過(guò)計(jì)算得出:(1)OD260/OD280>1.96,說(shuō)明蛋白質(zhì)污染極少;(2)OD260/OD230>1.97,說(shuō)明異硫氰酸胍等鹽類(lèi)污染極少;(3)按照1OD260=40 μg RNA/ml計(jì)算,各組總體RNA產(chǎn)率接近,大約都在2 μg RNA/mg組織。從照片和OD值分析,所得總體RNA的純度和完整性均較好,適宜進(jìn)行mRNA純化及雜交分析。

        2.3 芯片掃描圖 根據(jù)實(shí)驗(yàn)要求對(duì)所提取的3組小鼠腦組織RNA樣品在3張包含41 000個(gè)基因的Agilent小鼠全基因組表達(dá)譜芯片(Agilent Whole Mouse Genome OligoMicroarray 4×44 K)上分別進(jìn)行雜交后,基因芯片掃描圖如下(圖2,本試驗(yàn)為單色Cy3標(biāo)記)每一個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)基因的表達(dá),亮度越高就代表表達(dá)量越高,不同位置代表不同探針。根據(jù)不同的亮度顯示應(yīng)用專(zhuān)業(yè)的掃描軟件進(jìn)行表達(dá)量的對(duì)比,篩選出差異基因。右側(cè)上圖是芯片左上角、下圖是中間部分掃描圖的放大。

        2.4 差異表達(dá)基因的分析 黃芪組與模型組比較有3 744個(gè)差異表達(dá)基因,其中2 235個(gè)表達(dá)上調(diào),1 509個(gè)表達(dá)下調(diào);黃芪組與空白組比較有2 771個(gè)差異表達(dá)基因,其中1 576個(gè)表達(dá)上調(diào),1 195個(gè)表達(dá)下調(diào);模型組與空白組比較有924個(gè)差異表達(dá)基因,其中454個(gè)表達(dá)上調(diào),470個(gè)表達(dá)下調(diào)。

        通過(guò)比較分析模型組與空白組、黃芪組與空白組、黃芪組與模型組差異表達(dá)的基因,獲得在衰老小鼠中,表達(dá)水平受黃芪用藥影響的基因。對(duì)模型組與空白組比較,篩選出29個(gè)基因,其中未知基因14個(gè),已知基因15個(gè),上調(diào)基因5個(gè),下調(diào)基因10個(gè)。這15個(gè)基因,在黃芪組中有4個(gè)表達(dá)與模型組一致,11個(gè)表達(dá)有顯著差異。見(jiàn)表2。

        表2 與空白組比較在模型組和黃芪組表達(dá)有顯著差異的部分基因列表

        對(duì)黃芪組與空白組比較,另外篩選出21個(gè)只在黃芪組表達(dá)的基因,其中未知基因8個(gè),已知基因13個(gè),上調(diào)基因9個(gè),下調(diào)基因4個(gè)〔6〕。見(jiàn)表3。

        表3 只在黃芪組表達(dá)的部分差異基因列表

        3 討論

        本文篩選出15個(gè)與衰老相關(guān)的基因,其中4個(gè)在黃芪組與模型組表達(dá)一致,11個(gè)表達(dá)有顯著差異,另外,篩選出13個(gè)只在黃芪組中有明顯表達(dá)差異的基因,這些基因與衰老沒(méi)有直接的相關(guān)性,但可能與黃芪延緩衰老的作用機(jī)制有關(guān)〔7,8〕。

        在本實(shí)驗(yàn)中,與衰老有關(guān)的15個(gè)基因參與的生物學(xué)過(guò)程,主要有:細(xì)胞的代謝過(guò)程,免疫應(yīng)答,生物大分子的修飾,蛋白質(zhì)的磷酸化,蛋白質(zhì)的運(yùn)輸,DNA的轉(zhuǎn)錄,對(duì)DNA損傷的應(yīng)答,細(xì)胞的生物合成,離子的跨膜轉(zhuǎn)運(yùn),細(xì)胞骨架,細(xì)胞連接,神經(jīng)原細(xì)胞突軸的發(fā)育;細(xì)胞通訊,神經(jīng)沖動(dòng)的傳導(dǎo),中樞神經(jīng)系統(tǒng)的發(fā)育,髓鞘的形成,神經(jīng)細(xì)胞的分化、凋亡等;表明經(jīng)D-半乳糖作用后,小鼠表現(xiàn)出以上生物學(xué)功能的衰退。經(jīng)黃芪治療后,涉及以上生物學(xué)過(guò)程的基因表達(dá)發(fā)生改變,表明黃芪對(duì)衰老治療的機(jī)制可能是通過(guò)干預(yù)衰老相關(guān)基因表達(dá)的調(diào)控進(jìn)行的。另外,通過(guò)黃芪組與空白組比較,篩選出13個(gè)只在黃芪組中有明顯表達(dá)差異的基因,這些基因與衰老沒(méi)有直接的相關(guān)性,但它們涉及以下生物學(xué)功能:細(xì)胞內(nèi)的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo),核酸的生物合成,DNA損傷的修復(fù),抑制神經(jīng)細(xì)胞的凋亡,微管的形成,促進(jìn)細(xì)胞的代謝活動(dòng),促進(jìn)細(xì)胞的信號(hào)傳導(dǎo),參與神經(jīng)元的分化及發(fā)育,腦的發(fā)育等生物學(xué)過(guò)程,這些基因在黃芪組與空白組中表達(dá)有明顯差異,而在模型組沒(méi)有表達(dá),我們認(rèn)為,黃芪可能通過(guò)對(duì)這些基因表達(dá)的調(diào)控,延緩衰老。從延緩衰老的基因水平現(xiàn)有研究進(jìn)展來(lái)看,延緩衰老作用并非是作用于單一基因,而是一極其復(fù)雜的生物過(guò)程,是一連串基因激活與阻抑,通過(guò)各自產(chǎn)物相互作用,與內(nèi)、外環(huán)境交互影響的結(jié)果。這些研究從不同角度提出了延緩衰老的機(jī)制,但是對(duì)于延緩衰老來(lái)說(shuō)所要解決的問(wèn)題還很多,需要我們?cè)诂F(xiàn)有研究的基礎(chǔ)上多途徑,多角度地探索。

        本文結(jié)果表明黃芪通過(guò)多途徑、多層次、多靶點(diǎn)的整體調(diào)整作用,改善DNA修復(fù)功能,糾正凋亡調(diào)控機(jī)制的紊亂,促進(jìn)組織的修復(fù),同時(shí)改善了信號(hào)的傳遞,并從基因轉(zhuǎn)錄水平反映了黃芪的整體良性調(diào)整作用。對(duì)于這些基因與衰老程度的關(guān)系以及和黃芪用藥的線(xiàn)性關(guān)系的進(jìn)一步深入研究,還需定量PCR技術(shù)進(jìn)一步檢測(cè),給出定量關(guān)系,為揭示黃芪抗衰老的作用機(jī)制奠定基礎(chǔ)。

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        3 葉 芳,苑偉政.基于基因表達(dá)譜芯片的人參對(duì)衰老腦組織作用研究〔J〕.西北工業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào),2006;24(5):667-71.

        4 李儀奎,金若敏,王欽茂,等.中藥藥理實(shí)驗(yàn)方法學(xué)〔M〕.第2版.上海:上??茖W(xué)技術(shù)出版社,2006:119.

        5 張 熙,李文彬,張炳烈.D-半乳糖亞急性中毒大鼠擬衰老生化改變〔J〕.中國(guó)藥理學(xué)與毒理學(xué)雜志,1990;4(4):309-10.

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        8 賈 鵬,張 平,于小華,等.黃芪甲甙干預(yù)大鼠肺纖維化相關(guān)基因的時(shí)空表達(dá)〔J〕.現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進(jìn)展,2010;10(7):1227-31.

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