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        雞傳染性法氏囊病病毒RT-PCR 檢測(cè)方法的建立與應(yīng)用

        2013-09-21 02:44:56盧體康曾少靈楊俊興詹愛軍林慶燕曹琛福
        關(guān)鍵詞:檢測(cè)方法

        孫 潔,盧體康,曾少靈,楊俊興,詹愛軍,林慶燕,曹琛福,陳 兵,

        廖立珊1,阮周曦1,陶 虹1,張彩虹1,劉建利1,花群義1,3,呂建強(qiáng)1,3,秦智鋒1、2,3*

        (1.深圳出入境檢驗(yàn)檢疫局,廣東深圳市518001;2.深圳市檢驗(yàn)檢疫科學(xué)研究院,廣東深圳市518001;3.深圳市外來有害生物質(zhì)檢測(cè)技術(shù)研發(fā)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,廣東深圳518045)

        雞傳染性法氏囊?。↖nfectious bursal disease,IBD)又稱雞傳染性腔上囊病,是由傳染性法氏囊病病毒(IBDV)引起的一種家禽急性、接觸傳染性的烈性傳染病。目前本病是危害我國(guó)養(yǎng)禽業(yè)的主要疫病之一,呈世界性分布,以法氏囊發(fā)炎、壞死、萎縮和法氏囊內(nèi)淋巴細(xì)胞嚴(yán)重受損為特征,從而引起雞的免疫機(jī)能障礙,干擾各種疫苗的免疫效果。隨著畜牧業(yè)生產(chǎn)和對(duì)外貿(mào)易的不斷發(fā)展,我國(guó)近年來頻繁引進(jìn)種雞、種蛋和家禽產(chǎn)品,對(duì)引進(jìn)的種雞、種蛋和家禽產(chǎn)品的檢疫已成為動(dòng)物檢疫的一個(gè)重要工作。在對(duì)引進(jìn)的種雞和種蛋的進(jìn)出境檢疫過程中,鑒于雞傳染性法氏囊病傳染方式廣泛,可隨蛋進(jìn)行垂直傳播的特性,因此,世界各國(guó)均對(duì)此病進(jìn)行重點(diǎn)防控,是各國(guó)進(jìn)出口種雞、種蛋和家禽產(chǎn)品必定檢疫的項(xiàng)目之一。世界動(dòng)物衛(wèi)生組織(OIE)也將此病進(jìn)行收錄,認(rèn)為其是影響國(guó)際動(dòng)物及其產(chǎn)品貿(mào)易的重大動(dòng)物疫?。?-5]。我國(guó)農(nóng)業(yè)部2009年公布的《一、二、三類動(dòng)物疫病病種名錄》中,把本病列為二類動(dòng)物傳染病進(jìn)行重點(diǎn)防控。到目前為止,我國(guó)有關(guān)雞傳染性法氏囊病的標(biāo)準(zhǔn)有2個(gè),但缺少必要的快速分子生物學(xué)診斷方法[6-8]。近10年來,RT-PCR 和實(shí)時(shí)熒光定 量 RT-PCR 技 術(shù) (Real-time RT-PCR,rRTPCR)在3h~4h內(nèi)快速診斷田間樣品方面取得了快速發(fā)展[9]。本研究借助普遍使用的分子生物學(xué)檢測(cè)技術(shù),建立了特異性快速檢測(cè)IBDV的RT-PCR和rRT-PCR方法,并對(duì)田間樣品進(jìn)行了大量普查監(jiān)測(cè)。

        1 材料和方法

        1.1 材料

        1.1.1 病毒 傳染性法氏囊病疫苗-法倍靈(IBDVBLEN),購(gòu)自美國(guó)梅里亞公司;傳染性法氏囊標(biāo)準(zhǔn)毒株(CJ801-BKF)由華南農(nóng)業(yè)大學(xué)饋贈(zèng);傳染性法氏囊病湖北分離株(IBDV-HB)、傳染性法氏囊病武漢分離株(IBDV-WH)、傳染性法氏囊病強(qiáng)毒廣東分離株(IBDV -GDW)和廣西分離株(IBDV-GX),新城疫病毒、馬立克病病毒、傳染性支氣管炎病毒均為本室分離鑒定保存;禽流感病毒H5亞型抗原、禽流感病毒H7亞型抗原和禽流感病毒H9亞型抗原,購(gòu)自哈爾濱獸醫(yī)研究所。

        1.1.2 試劑 一步法實(shí)時(shí)熒光定量RT-PCR試劑盒:AgPath-IDTMOne-Step RT-PCR Kit,ABI公司產(chǎn)品;一步法RT-PCR試劑盒:QIAGEN OneStep RT-PCR Kit,Qiagen公司產(chǎn)品;一步法 RT-PCR試劑盒:TaKaRa OneStep RT-PCR Kit,寶生物工程(大連)有限公司產(chǎn)品;病毒核酸抽提試劑盒:Qiagen Viral RNA Mini Kit,Qiagen公司產(chǎn)品。

        1.1.3 設(shè)備 ABI 7500HT熒光定量PCR儀,Qiagen EZ1advanced全自動(dòng)核酸抽提工作站,核酸蛋白分析儀。

        1.2 方法

        1.2.1 引物與探針的設(shè)計(jì) 采用OIE推薦的IBDV的引物,具體如下:

        針對(duì)A片段VP2基因的引物:

        引物由3段序列組成:由5′端到3′端依次為通用引物M13或R13(黑體部分)序列,限制性內(nèi)切酶位點(diǎn)(下劃線部分),IBDV特異性序列(斜體部分)。M13或R13序列為多數(shù)測(cè)序反應(yīng)中的測(cè)序引物,便于對(duì)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物測(cè)序。限制性內(nèi)切酶位點(diǎn)的引入,使得IBDV經(jīng)RT-PCR擴(kuò)增后的產(chǎn)物可用限制性內(nèi)切酶SphⅠ(引物U3)、EcoRⅠ(引物L(fēng)3和+290)、PstⅠ(引物-861)進(jìn)行酶切后連入載體中。引物U3和L3分別對(duì)應(yīng)Acc No X84034毒株序列片段A的657~676和1193~1212位置,引物+226和-861分別對(duì)應(yīng)Acc No AF240687毒株序列片段B中的290~311和861~883位置。A片段擴(kuò)增產(chǎn)物為604bp,B片段擴(kuò)增產(chǎn)物為642bp,引物擴(kuò)增片段適合進(jìn)行IBDV分子進(jìn)化分析和流行病學(xué)研究。

        將各個(gè)年代、各個(gè)毒力、各個(gè)地區(qū)的主要代表毒株的A片段VP2全基因序列下載,用bioEdit(7.0.9.0)軟件,以Clusal W方式進(jìn)行排列,找出IBDV最保守的21個(gè)寡核苷酸來設(shè)計(jì)探針,再在探針兩側(cè)保守區(qū)域設(shè)計(jì)特異性的上、下游引物。引物和探針采用Primer Express 2.0軟件進(jìn)行評(píng)價(jià)[4]。設(shè)計(jì)的引物與探針序列見表1,探針的5′端用FAM標(biāo)記,探針的3′端用BHQ基團(tuán)淬滅,引物和探針均由上海基康生物技術(shù)有限公司合成(表1)。

        用無DNA酶、無RNA酶水將每條引物與探針配制成100μmol/L儲(chǔ)存液,置-20℃或更低溫度凍存。使用時(shí)引物配制成10μmol/L工作液,探針配制成5μmol/L工作液,避免多次凍融。

        表1 雞傳染性法氏囊病病毒引物與探針Table 1 Primers and probes for IBDV

        1.2.2 兩種RT-PCR檢測(cè)方法的復(fù)核與優(yōu)化 參照QIAamp Viral RNA Mini Kit操作說明書,于全自動(dòng)核酸抽提工作站中抽提IBDV-BLEN、CJ801-BKF、IBDV-HB、IBDV-WH、IBDV-GDW 和IBDVGX、新城疫病毒、馬立克病病毒、傳染性支氣管炎病毒、禽流感病毒H5、H7和H9亞型標(biāo)準(zhǔn)HI檢測(cè)抗原等11株病毒的核酸和陰性對(duì)照尿囊液中的病毒核酸。

        按照 OIE推薦的IBDV-VP2(604)-RT-PCR和IBDV-VP1(642)-RT-PCR檢測(cè)方法的步驟和程序,采用TaKaRa公司一步法RT-PCR檢測(cè)試劑盒和Qiagen公司一步法RT-PCR檢測(cè)試劑盒,對(duì)IBDVBLEN、CJ801-BKF、IBDV-HB、IBDV-WH、IBDV-GDW、IBDV-GX和對(duì)照病毒進(jìn)行檢測(cè)。

        在此基礎(chǔ)上,以TaKaRa公司一步法RT-PCR檢測(cè)試劑盒,對(duì)兩種RT-PCR檢測(cè)方法進(jìn)行優(yōu)化,以建立適合我 國(guó) 的IBDV-VP2(604)-RT-PCR 和IBDV-VP1(642)-RT-PCR檢測(cè)方法。

        1.2.3 IBDV-VP2-rRT-PCR的建立 選取1.2.2抽提好的核酸,參照ABI公司AgPath-IDTMOne-Step RT-PCR Kit操作說明書配制熒光定量RTPCR反應(yīng)液:每個(gè)25μL的反應(yīng)體系中包含2×RT-PCR母液12.5μL,酶混合物1μL,10μmol/L IBDV-FP 1 μL,10 μmol/L IBDV-RP 1 μL,5μmol/L IBDV-Pb 1μL,無核酸酶的水3.5μL,RNA模板5μL。

        于ABI 7500熒光PCR儀進(jìn)行實(shí)時(shí)PCR擴(kuò)增。反應(yīng)程序如下:50℃45min;95℃10min;95℃10 s,60℃30s重復(fù)40個(gè)循環(huán),設(shè)置60℃ 時(shí)收集FAM熒光報(bào)告基團(tuán)。

        1.2.4 OIE推薦的兩種RT-PCR檢測(cè)方法與IBDV-VP2-rRT-PCR檢測(cè)方法靈敏度比對(duì) 選取IBDV-BLEN弱毒疫苗株,用無核酸酶的水10倍系列稀釋成1×10-1~10-10等10個(gè)稀釋度,重新抽提核酸。按照 OIE推薦的IBDV-VP2(604)-RT-PCR和IBDV-VP1(642)-RT-PCR 兩 種 RT-PCR 檢 測(cè) 方法,與所建立的IBDV-VP2-rRT-PCR 方法進(jìn)行靈敏度檢測(cè)比對(duì),確定所建立方法的靈敏度。

        1.2.5 IBDV-VP2-rRT-PCR特異性試驗(yàn) 用建立的IBDV-VP2-rRT-PCR方法,對(duì)6株IBDV毒株進(jìn)行檢測(cè),確定所建立的IBDV-VP2-rRT-PCR檢測(cè)方法特異性。利用本研究所建立的IBDV-VP2-rRT-PCR檢測(cè)方法,對(duì)實(shí)驗(yàn)室保存的雞肉正常組織、雞血清樣品、火雞肌肉組織、鴿組織、正常雞胚尿囊液、其他家禽病毒和細(xì)菌共12份非IBDV病毒樣品進(jìn)行檢測(cè),進(jìn)一步確定所建立方法的特異性。

        1.2.6 田間試驗(yàn) 自2007年以來,采用所建立的IBDV-VP2-rRT-PCR檢測(cè)方法,對(duì)注冊(cè)禽場(chǎng)采集18批221份樣品進(jìn)行雞傳染性法氏囊病毒監(jiān)測(cè)。發(fā)現(xiàn)陽性則用雞胚進(jìn)行病毒分離鑒定和用IBDVVP2(604)-RT-PCR 和 IBDV-VP1(642)-RT-PCR檢測(cè)確證。

        2 結(jié)果

        2.1 兩種RT-PCR檢測(cè)方法的優(yōu)化結(jié)果

        按照 OIE推薦的IBDV-VP2(604)-RT-PCR和IBDV-VP1(642)-RT-PCR檢測(cè)方法的步驟和程序,采用Qiagen公司的一步法RT-PCR檢測(cè)試劑盒,IBDV-VP2(604)-RT-PCR 可以檢測(cè)出604bp條帶,IBDV-VP1(642)-RT-PCR 可以檢測(cè)出642bp條帶,但條帶微弱。采用TaKaRa公司一步法RTPCR檢測(cè)試劑盒,則兩種RT-PCR結(jié)果均為陰性。

        以Qiagen公司一步法RT-PCR檢測(cè)試劑盒,對(duì)兩種RT-PCR檢測(cè)方法的反應(yīng)條件反復(fù)進(jìn)行優(yōu)化,確定了最佳的反應(yīng)條件為:第一步:反轉(zhuǎn)錄50℃45min;第二步:94℃5min(如果為熱啟動(dòng)一步法RT-PCR試劑盒,則需要95℃15min);第三步:94℃30s,54℃45s,72℃1min 30s,5個(gè)循環(huán);第四步:94℃30s,64℃45s,72℃1min 30s,30個(gè)循環(huán);第五步:72℃延伸10min。對(duì)6株IBDV毒株用優(yōu)化后的方法進(jìn)行檢測(cè),結(jié)果見圖1。

        2.2 IBDV-VP2-rRT-PCR的建立

        在25μL反應(yīng)體系中,在設(shè)定的反應(yīng)條件下于ABI 7500熒光定量PCR儀上進(jìn)行IBDV-VP2-rRT-PCR檢測(cè)。在陰性對(duì)照成立的情況下,6株IBDV毒株出現(xiàn)特異性的實(shí)時(shí)擴(kuò)增,其他禽病病毒和陰性組織樣品均沒出現(xiàn)特異性擴(kuò)增,相互之間無交叉反應(yīng)。6株IBDV 毒株IBDV-BLEN、CJ801-BKF、IBDV-HB、IBDV-WH、IBDV -GDW 和 IBDV-GX 的 Ct 值 分 別 為 23.93、23.55、16.46、14.28、19.53、14.37;陰性對(duì)照無擴(kuò)增信號(hào)(圖2)。

        2.3 三種分子生物學(xué)檢測(cè)方法靈敏度比較結(jié)果

        將10倍系列稀釋的IBDV-BLEN弱毒疫苗株,用 OIE 推 薦 的IBDV-VP2(604)-RT-PCR、IBDVVP1(642)-RT-PCR 檢測(cè)方法和IBDV-VP2-rRTPCR檢測(cè)方法進(jìn)行測(cè)定。結(jié)果顯示,所建立的IBDV-VP2-rRT-PCR檢測(cè)方法的靈敏度為 10-4(圖3),IBDV-VP2(604)-RT-PCR 檢測(cè)方法和IBDVVP1(642)-RT-PCR 檢測(cè)方法的靈敏度相當(dāng),均為10-3(圖4),比所建立的rRT-PCR檢測(cè)方法的靈敏度低10倍。所建立的IBDV-VP2-rRT-PCR檢測(cè)方法 檢 測(cè) IBDV-BLEN、CJ801-BKF、IBDV-HB、IBDV-WH、IBDV-GDW 和IBDV-GX 等6株IBDV毒株的檢出率為100%(6/6),無漏檢現(xiàn)象發(fā)生。

        圖1 6株IBDV毒株用優(yōu)化的IBDV-VP2(604)-RT-PCR和IBDV-VP1(642)-RT-PCR檢測(cè)結(jié)果Fig.1 The results of IBDV-VP2(604)-RT-PCR and IBDV-VP1(642)-RT-PCR for 6IBDV strains

        2.4 IBDV-VP2-rRT-PCR特異性試驗(yàn)結(jié)果

        對(duì)6株IBDV毒株用建立的IBDV-VP2-rRTPCR檢測(cè)方法進(jìn)行檢測(cè),均能特異性地檢測(cè)出6株IBDV毒株,其他家禽病毒均沒有擴(kuò)增結(jié)果。表明所建立的方法特異性強(qiáng),相互之間無交叉反應(yīng)(圖2)。通過對(duì)12份非IBDV樣品的檢測(cè),結(jié)果全部為陰性,表明所建立的IBDV-VP2-rRT-PCR檢測(cè)方法的特異性為100%(18/18)。說明該方法特異性強(qiáng),與其他檢測(cè)對(duì)象無交叉反應(yīng)。

        圖2 6株IBDV毒株IBDV-VP2-rRT-PCR檢測(cè)結(jié)果Fig.2 The results of IBDV-VP2-rRT-PCR for 6IBDV strains

        圖3 IBDV-VP2-rRT-PCR檢測(cè)IBDV-BLEN弱毒疫苗株的靈敏度測(cè)定結(jié)果Fig.3 Sensitivity of the IBDV-VP2-rRT-PC for IBDV-BLEN vaccine

        2.5 田間試驗(yàn)結(jié)果

        2007年-2011年采集注冊(cè)禽場(chǎng)血液和組織樣品18批221份田間樣品進(jìn)行普查監(jiān)測(cè),雞傳染性法氏囊病普查監(jiān)測(cè)表明,IBDV-VP2-rRT-PCR篩選檢測(cè)陽性共8份,陽性率為3.62%。樣品經(jīng)雞胚尿囊膜接種后,再采用IBDV-VP2(604)-RT-PCR 和IBDV-VP1(642)-RT-PCR方法檢測(cè),結(jié)果完全相符。

        3 討論

        3.1 建立傳染性法氏囊病病毒分子生物學(xué)檢測(cè)的意義和必要性

        近年來,傳染性法氏囊病的流行出現(xiàn)了新的特點(diǎn),其臨床癥狀呈不典型性,免疫失敗現(xiàn)象亦非常嚴(yán)重,因此對(duì)本病的早期診斷就顯得尤為重要。IBD的實(shí)驗(yàn)室常規(guī)診斷方法有瓊脂糖凝膠擴(kuò)散試驗(yàn)、酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)(ELISA)、病毒中和試驗(yàn)(VN)等。這些方法在特異性、敏感性和時(shí)效性等方面存在著一定的不足,不利于疫情的早期發(fā)現(xiàn)[10-14]。隨著科學(xué)技術(shù)的發(fā)展和對(duì)IBDV的深入研究,新的診斷方法不斷涌現(xiàn),尤其是分子生物學(xué)診斷技術(shù)以其靈敏、快速、特異性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn)在IBD的早期診斷中得到了廣泛的應(yīng)用[15-16]。本研究建立的IBDV普通 RT-PCR方法和熒光定量RT-PCR方法將為今后IBD的快速診斷、病原學(xué)研究提供了有力的工具。

        圖4 IBDV-VP2(604)-RT-PCR和IBDV-VP1(642)-RT-PCR檢測(cè)IBDV-BLEN弱毒疫苗株的靈敏度測(cè)定結(jié)果Fig.4 Sensitivity of the IBDV-VP2(604)-RT-PCR and IBDV-VP1(642)-RT-PCR for IBDV-BLEN vaccine

        3.2 IBDV-VP2-rRT-PCR與普通RT-PCR檢測(cè)靈敏度和特異性比較

        本研究建立的普通RT-PCR方法分別針對(duì)了IBDV的VP1和VP2基因片段中的保守序列,引物擴(kuò)增片段適合進(jìn)行IBDV分子進(jìn)化分析和流行病學(xué)研究;IBDV-VP2-rRT-PCR方法針對(duì) VP2基因,兩種方法均可以特異性地檢測(cè)IBDV,與其他病毒之間不存在交叉性。

        OIE推薦的四步反應(yīng)條件中PCR的擴(kuò)增步驟為:94℃30s,64℃45s,72℃1min 30s,35個(gè)循環(huán);72℃延伸10min。這個(gè)反應(yīng)條件采用進(jìn)口的Qiagen公司的一步法RT-PCR檢測(cè)試劑可以擴(kuò)增出2個(gè)目的片段,但擴(kuò)增效率不高,有時(shí)條帶比較微弱。鑒于PCR引物人工加尾太長(zhǎng),如果采用太高的退火溫度可能導(dǎo)致PCR擴(kuò)增之初不能使引物與模板有效結(jié)合,導(dǎo)致擴(kuò)增效率不高或產(chǎn)生非特異性擴(kuò)增。為了提高特異生,所以在PCR擴(kuò)增之前增加了一個(gè)低的退火溫度54℃,進(jìn)行5個(gè)循環(huán)的預(yù)擴(kuò)增。等擴(kuò)增出帶有引物的片段后,再在高的退火溫度64℃條件下進(jìn)行擴(kuò)增,結(jié)果無論是采用國(guó)產(chǎn)的還是進(jìn)口的一步法RTPCR檢測(cè)試劑盒,均可有效地?cái)U(kuò)增出相應(yīng)的目的條帶。

        實(shí)時(shí)熒光定量PCR由于具有靈敏、準(zhǔn)確、快速的特點(diǎn)而被國(guó)內(nèi)外廣泛應(yīng)用于人醫(yī)的臨床檢測(cè)和獸醫(yī)的臨床診斷。目前,實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)方法已在農(nóng)業(yè)系統(tǒng)、檢驗(yàn)檢疫系統(tǒng)廣泛使用。RT-PCR檢測(cè)方法和實(shí)時(shí)熒光定量RT-PCR檢測(cè)方法雖然都可以對(duì)IBD進(jìn)行確診,相對(duì)于普通RT-PCR方法,本研究建立的IBDV-VP2-rRT-PCR方法的檢測(cè)靈敏度比普通RT-PCR方法高10倍,同時(shí)摒棄了傳統(tǒng)電泳方法,時(shí)效性更佳,實(shí)現(xiàn)了對(duì)IBDV的實(shí)時(shí)檢測(cè)監(jiān)控,為IBD的防控奠定了基礎(chǔ)。

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