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        2009—2012年發(fā)現(xiàn)的人口腔細菌新種屬簡介

        2013-05-10 01:29:54肖曉蓉李燕肖麗英
        華西口腔醫(yī)學雜志 2013年2期

        肖曉蓉 李燕 肖麗英

        [摘要] 細菌是人口腔微生物的優(yōu)勢種群,不斷有新的種屬被發(fā)現(xiàn)和命名。本文介紹2009—2012年從人口腔分離的5個新菌屬和16個新菌種的主要生物學特性。

        [關鍵詞] 新菌屬; 新菌種; 人口腔

        [中圖分類號] R 780.2 [文獻標志碼] A [doi] 10.7518/hxkq.2013.02.026

        細菌是人口腔內(nèi)微生物的優(yōu)勢種群,與口腔健康和疾病密切相關。隨著醫(yī)學理論和技術的發(fā)展和完善,人口腔內(nèi)不斷有新的細菌種屬被發(fā)現(xiàn)和命名,其在微生物系統(tǒng)內(nèi)的分類位置也會發(fā)生變動。了解這些新的種屬有助于全面了解口腔微生物的分類現(xiàn)狀,對口腔基礎和臨床研究也具有重要意義。新的細菌種屬被發(fā)現(xiàn)后,在《國際微生物分類進化學雜志》(International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology)上發(fā)表后才能被業(yè)界認可,本文即介紹2009—2012年發(fā)表在該期刊上,從人口腔分離的5個新菌屬和16個新菌種的主要生物學特性。

        1 新菌屬

        1.1 錐形桿菌屬(Pyramidobacter)(Downes,et al.

        2009)[1]

        命名:因在培養(yǎng)基上形成錐形樣菌落而得名。

        特性:革蘭陰性桿菌,專性厭氧、無芽胞、無動力;蛋白胨-酵母提取物-葡萄糖(peptone yeast ex-tract glucose,PYG)肉湯培養(yǎng)物的主要終末代謝產(chǎn)物是乙酸、少量的異戊酸和痕跡量到少量的丙酸、異丁酸、琥珀酸、苯乙酸。

        模式種:魚腥味錐形桿菌(Pyramidobacter pisco-lens),DNA的G+C摩爾分數(shù)為59%,分離自人的口腔。

        1.2 擬普雷沃菌屬(Alloprevotella)(Downes,et al.

        2012)[2]

        命名:因與普雷沃菌有相似性而被命名為擬普雷沃菌屬。

        特性:革蘭陰性桿菌,專性厭氧、無芽胞、無動力;發(fā)酵碳水化合物的終末代謝產(chǎn)物是乙酸和琥珀酸。

        模式種:坦納擬普雷沃菌(Alloprevotella tanne-rae),DNA的G+C摩爾分數(shù)為45%~47%,分離自人的口腔。

        1.3 依賴桿菌屬(Fretibacterium)(Vartoukian,et al.

        2012)[3]

        命名:因其良好的生長需要依靠助生菌,如具核梭桿菌,故被命名為依賴桿菌屬。

        特性:革蘭陰性彎曲桿菌,專性厭氧、有動力;PYG肉湯培養(yǎng)物的主要終末代謝產(chǎn)物是乙酸和中等量的丙酸。

        模式種:苛求依賴桿菌(Fretibacterium fastidio-sum),DNA的G+C摩爾分數(shù)為63%。

        1.4 毛絨厭氧桿菌屬(Lachnoanaerobaculum)(Hed-

        berg,et al. 2012)[4]

        命名:因專性厭氧且在培養(yǎng)基上形成毛絨樣菌落而被命名為毛絨厭氧桿菌屬。

        特性:專性厭氧的芽胞桿菌,革蘭染色陽性,但

        易脫色而成革蘭染色陰性;在血瓊脂平板上,菌落外形為可變的斑點和擴散狀,邊緣為嚙蝕狀或須根狀;在PYG肉湯培養(yǎng)物的主要終末代謝產(chǎn)物是乙酸和丁酸。

        模式種:于默奧毛絨厭氧桿菌(Lachnoanaero-

        baculum umeaense),菌種號為CCUG 58757T(DSM 23576T),DNA的G+C摩爾分數(shù)為35%~38%,分離自人的口腔、小腸、血和羊水。

        1.5 口腔桿菌屬(Stomatobaculum)(Sizova,et al.

        2012)[5]

        命名:因最初的分離處為口腔而得名口腔桿菌屬,屬毛螺菌科(family Lachnospiraceae)。

        特性:革蘭陽性長桿菌,嚴格厭氧、無動力、無芽胞;菌細胞大小為(0.5~0.8) μm×(4~40) μm,彎曲的絲狀體可長達200 μm;主要的終末代謝產(chǎn)物是丁酸、乳酸、異戊酸和乙酸。

        模式種:長口腔桿菌(Stomatobaculum longum)。

        2 新菌種

        2.1 魚腥味錐形桿菌(Pyramidobacter piscolens)(Dow-

        nes,et al. 2009)[1]

        命名:因培養(yǎng)物有特別的魚腥味而得名。

        特性:革蘭陰性桿菌,專性厭氧、無芽胞、無動力;菌細胞大小為(0.7~0.8) μm×(0.8~2.2) μm;在苛求厭氧瓊脂(fastidious anaerobe agar,F(xiàn)AA)中厭氧培養(yǎng)7 d后,形成有明顯的魚腥味的錐體狀菌落。

        模式株:W5455T(DSM 21147T,CCUG 55836T),DNA的G+C摩爾分數(shù)為59%,分離自人口腔的牙源性膿腫。

        2.2 口腔放線菌(Actinomyces oris)(Henssge,et al.

        2009)[6]

        命名:因分離自口腔得名為口腔放線菌;該菌種包括原先鑒定為內(nèi)氏放線菌血清型Ⅱ、Ⅲ、NV,和黏性放線菌血清型Ⅱ的菌株。

        特性:與內(nèi)氏放線菌基因型Ⅱ型相同,通過atpA或metG基因序列檢測可與其他相關菌種相鑒別。

        模式株:ATCC 27044T(CCUG 34288T),DNA的G+C摩爾分數(shù)為66%,分離自人的痰液。

        2.3 約翰森放線菌(Actinomyces johnsonii)(Henssge,

        et al. 2009)[6]

        命名:以美國分子分類學家John L. Johnson的名字命名為約翰森放線菌,以表彰他在口腔放線菌菌種遺傳學關系方面進行的大量研究;該菌種包括原先鑒定為內(nèi)氏放線菌血清型WVA 963型和內(nèi)氏放線菌基因型WVA 963型的菌株。

        特性:與內(nèi)氏放線菌基因型WVA 963型(Johnson et al. 1990)相同,通過atpA或metG基因序列檢測可與其他相關菌種相鑒別。

        模式株:ATCC 49338T(CCUG 34287T),DNA的G+C摩爾分數(shù)為67%,分離自健康兒童的齦溝。

        2.4 產(chǎn)酸丙酸桿菌(Propionibacterium acidifaciens)

        (Downes and Wade. 2009)[7]

        命名:因該菌種產(chǎn)生丙酸而得名產(chǎn)酸丙酸桿菌。

        特性:革蘭陽性桿菌,厭氧、無芽胞、無動力、多形態(tài);細胞大小為(0.7~0.8) μm×(1.2~4) μm;在PYG肉湯培養(yǎng)基中的主要終末代謝產(chǎn)物是大量的丙酸和乙酸,以及中等量的琥珀酸。

        模式株:C3M_31T(DSM 21887T,CCUG 57100T),DNA的G+C摩爾分數(shù)為70%,分離自人口腔的齲損部位。

        2.5 彩虹普雷沃菌(Prevotella micans)(Downes,et

        al. 2009)[8]

        命名:因形成閃爍的彩虹樣菌落而得名為彩虹普雷沃菌。

        特性:革蘭陰性桿菌,專性厭氧、無動力,可產(chǎn)生色素;菌細胞大小為0.7 μm×(1.5~5.0) μm;在FAA瓊脂培養(yǎng)皿上培養(yǎng)5 d后,形成彩虹色菌落;在PYG肉湯培養(yǎng)物中的主要終末代謝產(chǎn)物是乙酸、異戊酸和琥珀酸,以及痕跡量到少量的異丁酸。

        模式株:E 7.56T(DSM 21469T,CCUG 56105T),DNA的G+C摩爾分數(shù)為46%,分離自人的口腔。

        2.6 桔紅色普雷沃菌(Prevotella aurantiaca)(Saka-

        moto,et al. 2010)[9]

        命名:因產(chǎn)生桔紅色菌落而得名。

        特性:革蘭陰性球桿菌,專性厭氧、無芽胞、無動力,可產(chǎn)生色素;菌細胞大小為(0.5~0.8) μm×1.6 μm或0.8 μm×(0.9~1.0) μm;在艾格森-蓋克隆(Eggerth-Gagnon,EG)瓊脂培養(yǎng)基上形成淺棕色到深棕色菌落;在PYG肉湯培養(yǎng)基中的主要終末代謝產(chǎn)物是乙酸、異戊酸和琥珀酸,以及很少量的異丁酸。

        模式株:OMA 31T(JCM 15754T,CCUG 57723T),DNA的G+C摩爾分數(shù)為39.7%,分離自牙周炎患者的牙周袋。

        2.7 解糖普雷沃菌(Prevotella saccharolytica)(Downes,

        et al. 2010)[10]

        命名:因具有酵解糖的特性而得名。

        特性:革蘭陰性桿菌,專性厭氧、無芽胞、無動力,不產(chǎn)生色素;菌細胞大小為(0.6~0.7) μm×

        (0.9~5) μm;主要的終末代謝產(chǎn)物是中等量的乙酸

        和琥珀酸。

        模式株:D033B-12-2T(DSM 22473T,CCUG

        57944T),DNA的G+C摩爾分數(shù)為44%,分離自人口腔的牙菌斑;在人口腔微生物組數(shù)據(jù)庫的分類單元是781(http://www.homd.org)。

        2.8 深黑色普雷沃菌(Prevotella fusca)(Downes and

        Wade. 2011)[11]

        命名:因在培養(yǎng)基上形成深黑色菌落而得名。

        特性:革蘭陰性桿菌,專性厭氧、無芽胞、無動力;菌細胞大小為0.8 μm×(1.2~6.0) μm;在FAA培養(yǎng)皿上延長培養(yǎng)時間,菌落中央可形成深黃色到深褐色的色素;在PYG肉湯培養(yǎng)基中主要的終末代謝產(chǎn)物是琥珀酸、中等量的乙酸和少量的乳酸。

        模式株:W1435T(DSM 22504T,CCUG 57946T),DNA的G+C摩爾分數(shù)為43%,分離自人口腔的齦下菌斑;在人口腔微生物組數(shù)據(jù)庫的分類單元是782(http://www.homd.org)。

        2.9 靶心普雷沃菌(Prevotella scopos)(Downes and

        Wade. 2011)[11]

        命名:因模式株的成熟菌落形成標志性的靶心樣菌落而得名靶心普雷沃菌。

        特性:革蘭陰性桿菌,專性厭氧、無芽胞、無動力,可產(chǎn)生色素;菌細胞大小為0.7 μm×(0.9~3.0) μm;在FAA培養(yǎng)皿上延長培養(yǎng)時間,菌落中央可見深褐色的色素,形成靶心樣菌落;在PYG肉湯培養(yǎng)基中主要的終末代謝產(chǎn)物是琥珀酸、中等量的乙酸和痕跡量的異戊酸、乳酸。

        模式株:W2052T(DSM 22613T,CCUG 57945T),DNA的G+C摩爾分數(shù)為41%,分離自人口腔種植體。

        2.10 褐色類香味菌(Myroides phaeus)(Yan,et al.

        2012)[12]

        命名:因產(chǎn)生褐色菌落而得名褐色類香味菌。

        特性:直桿菌,菌細胞大小為(0.4~0.5) μm×

        (0.7~1.2) μm;在LB(Luria-Bertani)瓊脂培養(yǎng)基上形成圓形、突起、邊緣規(guī)則的黃色到褐色菌落。

        模式株:MY15T(DSM 23313T,LMG 25566T),

        DNA的G+C摩爾分數(shù)為34.3%,分離自兒童的唾液。

        2.11 韋格斯卡多維亞菌(Scardovia wiggsiae)(Dow-

        nes,et al. 2011)[13]

        命名:以美國微生物學家Lois Wiggs的名字命名,以表彰他在厭氧微生物學研究中的貢獻。

        特性:革蘭陽性多形態(tài)桿菌,厭氧、無芽胞、無動力;菌細胞大小為(0.6~0.7) μm×(1.6~4) μm;

        在FAA培養(yǎng)皿上培養(yǎng)7 d后,形成圓形,邊緣完整,或邊緣呈臼齒樣、波浪形的不規(guī)則菌落;在PYG肉湯培養(yǎng)基中的主要終末代謝產(chǎn)物是乙酸和少量到中等量的乳酸。

        模式株:C1A_55T(DSM 22547T,CCUG 58090T),DNA的G+C摩爾分數(shù)為55%,分離自人的口腔及其他臨床樣本;在人口腔微生物組數(shù)據(jù)庫的分類編號是195(http://www.homd.org)。

        2.12 灰色擬普雷沃菌(Alloprevotella rava)(Downes,

        et al. 2012)[2]

        命名:因在血瓊脂培養(yǎng)平板上形成灰色菌落而得名。

        特性:革蘭陰性桿菌,專性厭氧、無動力;細胞大小為(0.5~0.6) μm×(1.0~5.0) μm,偶而可長達

        10 μm;在PYG肉湯培養(yǎng)基的終末代謝產(chǎn)物主要是琥珀酸和中等量的乙酸,在蛋白胨-酵母提取物(pep-tone yeast extract,PY)肉湯培養(yǎng)基中也可檢出痕跡量到少量的異戊酸。

        模式株:81/4-12T(DSM 22548T,CCUG 58091T),DNA的G+C摩爾分數(shù)為47%,分離自人的口腔;在人口腔微生物組數(shù)據(jù)庫的分類單元是302(http://www.homd.org)。

        2.13 苛求依賴桿菌(Fretibacterium fastidiosum)(Var-

        toukian,et al. 2012)[3]

        命名:因對營養(yǎng)物的特殊要求而被命名為苛求依賴桿菌。

        特性:革蘭陰性彎曲桿菌,專性厭氧、有動力;菌細胞大小為(1.0~1.5) μm×(2.0~13.0) μm;PYG肉湯培養(yǎng)基中的主要終末代謝產(chǎn)物是乙酸和中等量的丙酸。

        模式株:SGP1T(DSM 25557T,JCM 16858T),

        DNA的G+C摩爾分數(shù)為63%,分離自牙周炎患者的齦下菌斑。

        2.14 口腔毛絨厭氧桿菌(Lachnoanaerobaculum orale)

        (Hedberg,et al,2012)[4]

        命名:因分離自口腔得名口腔毛絨厭氧桿菌。

        特性:革蘭陽性芽胞桿菌,專性厭氧;菌細胞大小5~20 μm,常呈聚集狀;在血瓊脂平板上的菌落呈擴散狀,或形成中心為錐體狀、邊緣為須根狀的球形菌落;主要終末代謝產(chǎn)物是丁酸、乙酸和乳酸。

        模式株:N1(CCUG 60305T,DSM 24553T),DNA的G+C摩爾分數(shù)為38%,分離自健康青年人的唾液。

        2.15 長口腔桿菌(Stomatobaculum longum)(Sizova,

        et al. 2012)[5]

        命名:因菌細胞為長長的形狀而得名。

        特性:革蘭陽性長桿菌,嚴格厭氧、無動力、無芽胞;菌細胞大小為(0.5~0.8) μm×(4~40) μm,彎

        曲的絲狀體可長達200 μm;在基礎厭氧培養(yǎng)基(BM)、胰化酪蛋白-酵母提取物(trypticase peptone yeast ex-tract,TY)培養(yǎng)基和胰化酪蛋白-葡萄糖-酵母提取物(trypticase peptone-glucose yeast extract,TYG)培養(yǎng)

        基中可產(chǎn)生黑色素;主要的終末代謝產(chǎn)物是丁酸、乳酸、異戊酸和乙酸。

        模式株:DSM 24645T(230HM-480),DNA的G+C摩爾分數(shù)為55.05%~55.3%,分離自人的齦下菌斑。

        2.16 當別町韋榮菌(Veillonella tobetsuensis)(Mashi-

        ma,et al. 2012)[14]

        命名:因菌種分離自日本北海道當別町得名當別町韋榮菌。

        特性:革蘭陰性球菌,嚴格厭氧、無芽胞、無動力;菌細胞直徑為(0.3~0.7) μm,可見旋渦形表

        面;厭氧培養(yǎng)條件下的主要代謝終末產(chǎn)物是乙酸和丙酸;通過dnaK和rpoB基因序列分析,可與其他韋榮菌菌種相鑒別。

        模式株:B16T(JCM 17976T,ATCC BAA-2400T),分離自健康成人的舌生物膜。

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        //ijs.sgmjournals.org/content/early/2012/07/23/ijs.0.042515-0.long.

        (本文編輯 吳愛華)

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