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        副豬嗜血桿菌PCR檢測方法的建立與初步應(yīng)用

        2012-12-31 00:00:00劉建奎楊小燕魏春華李曉華戴愛玲楊蘭秀
        湖北農(nóng)業(yè)科學(xué) 2012年17期

        摘要:針對副豬嗜血桿菌(Haemophilus parasuis,HPS)16 S rRNA序列設(shè)計1對特異性引物,能擴增出821 bp的特異性DNA片段,并據(jù)此建立了快速準確鑒定副豬嗜血桿菌PCR方法,臨床試驗證明該方法具有很好的特異性和敏感性。13份疑似病料檢測結(jié)果表明,PCR檢測結(jié)果與傳統(tǒng)生化鑒定結(jié)果符合率為100%。結(jié)果表明已成功建立了副豬嗜血桿菌PCR檢測方法,并可應(yīng)用于臨床副豬嗜血桿菌的檢測。

        關(guān)鍵詞:副豬嗜血桿菌(Haemophilus parasuis,HPS);PCR;檢測

        中圖分類號:S852.61 文獻標識碼:A 文章編號:0439-8114(2012)17-3794-03

        Establishment and Preliminary Application of PCR Assay to Detect Haemophilus parasuis

        LIU Jian-kui,YANG Xiao-yan,WEI Chun-hua,LI Xiao-hua,DAI Ai-ling,YANG Lan-xiu

        (College of Life Sciences of Longyan University/Institute of Veterinary Medicine of Longyan University/Fujian Engineering Research Center for the Prevention and Control of Zoonosis/ Fujian Key Laboratory of Preventive Veterinary Medicine and Biotechnology, Longyan 364000, Fujian,China)

        Abstract: In this study, a pairs of primers directed to Haemophilus parasuis(HPS) 16 S rRNA gene were designed and amplified a 821 bp specific DNA fragment by polymerase chain reaction(PCR). It was conformed to be specificity and sensitivity to detect Haemophilus parasuis in pigs after clinical application. It showed that the results of PCR method were 100% accordance with the results of classic biochemical identification for 13 suspected samples. It indicated that the PCR method was successfully established and applicable for the identification of clinical isolates for Haemophilus parasuis.

        Key words: Haemophilus parasuis; PCR; detection

        副豬嗜血桿菌(Haemophilus parasuis,HPS)病又稱格拉澤氏?。ǎ牵欤幔螅螅澹颉洌?disease)。HPS是存在于豬的上呼吸道的一種常在菌,在特定條件下可以侵入機體,引起以呼吸道癥狀為主的全身性疾病,以纖維素性漿膜炎、關(guān)節(jié)炎和腦膜炎為特征[1-3]。該菌多與其他病原如豬繁殖與呼吸綜合征病毒、豬圓環(huán)病毒等混合感染,嚴重危害仔豬和青年豬的健康[4]。近幾年來副豬嗜血桿菌病在豬場不斷發(fā)生,已趨于流行,發(fā)病率和死亡率均呈顯著上升趨勢[1]。

        由于副豬嗜血桿菌對營養(yǎng)要求比較苛刻,一般從病料中分離率較低[5],使病原學(xué)診斷方法受到一定的限制。常規(guī)的血清學(xué)診斷方法存在操作繁雜、費時費力、敏感性和特異性低等不足[6],和常規(guī)的診斷方法相比PCR具有檢測快速、特異性強、敏感性高的優(yōu)點。因此,建立HPS PCR快速準確的診斷方法對HPS的防治具有重要意義,并可為其流行病學(xué)調(diào)查提供技術(shù)手段。

        1 材料與方法

        1.1 菌株

        副豬嗜血桿菌血清4型菌株由福建省預(yù)防獸醫(yī)學(xué)與生物技術(shù)高校重點實驗室分離并保存。鏈球菌、巴氏桿菌和產(chǎn)腸毒素大腸桿菌(ETEC)由本實驗室保存。

        1.2 主要試劑

        胰蛋白胨大豆瓊脂(TSA)培養(yǎng)基和胰蛋白胨大豆肉湯培養(yǎng)基(TSB)購自北京陸橋技術(shù)有限責任公司;煙酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)購自成都貝斯特試劑有限公司;rTaq DNA聚合酶和DL 2000 Marker為寶生物工程(大連)有限公司產(chǎn)品。

        1.3 引物設(shè)計與合成

        按文獻[7]的方法設(shè)計引物。上游引物為:5′-GTGATGAGGAAGGGTGGTGT-3′,下游引物為:5′-GGCTTCGTCACCCTCTGTA-3′,目的片段為821 bp,由上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成。

        1.4 HPS的分離培養(yǎng)與生化鑒定

        按文獻[5]的方法進行。

        1.5 PCR模板處理

        副豬嗜血桿菌血清4型菌株在TSA培養(yǎng)基上培養(yǎng),用接種環(huán)挑取可疑單一菌落溶于40 μL無菌蒸餾水中,煮沸10 min,12 000 r/min離心1 min,上清液4℃保存?zhèn)溆?。將疑似副豬嗜血桿菌病豬的肺臟、心包液、關(guān)節(jié)液等接種于TSB液體培養(yǎng)基中,37℃培養(yǎng)18 h后,取40 μL菌液煮沸10 min,12 000 r/min離心1 min,上清液4 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.6 PCR擴增

        采用20 μL反應(yīng)體系: 10 ×PCR Buffer 2 μL,dNTP 1.6 μL (2.5 mmol/L),上下游引物各0.8 μL,模板2 μL,rTaq DNA聚合酶0.2 μL(5 U/μL),加ddH2O至20 μL。循環(huán)參數(shù):94 ℃ 5 min;94 ℃ 45 s,56 ℃ 45 s,72 ℃ 1 min,35個循環(huán);72 ℃延伸10 min。反應(yīng)完畢后用 1%瓊脂糖凝膠電泳后檢查結(jié)果。

        1.7 PCR反應(yīng)條件的優(yōu)化

        對PCR反應(yīng)的退火溫度(53.5、54.1、55.1、56.6、58.6、60.3、61.3和62.0 ℃)、引物濃度(0.05、0.10、0.20、0.40、0.80和1.20 mmol/L)及dNTP濃度(0.01、0.02、0.04、0.08和0.16 mmol/L)等條件進行優(yōu)化,篩選PCR擴增的最佳反應(yīng)體系和程序。

        1.8 PCR敏感性試驗

        將副豬嗜血桿菌血清4型菌株純培養(yǎng)后,取菌液進行細菌平板計數(shù)測得菌液濃度為6.8×106 CFU/mL,將其作為模板進行10倍倍比稀釋(10-1、10-2、10-3、10-4、10-5、10-6),每個梯度取菌液1 mL作為模板,采用優(yōu)化后的PCR擴增條件進行擴增,檢測其敏感性。

        1.9 PCR特異性試驗

        分別以副豬嗜血桿菌、鏈球菌、巴氏桿菌、產(chǎn)腸毒素大腸桿菌(ETEC)的細菌培養(yǎng)液和豬細小病毒(PPV)、豬圓環(huán)病毒2型(PCV2)、豬偽狂犬病病毒(PRV)的DNA為模板,進行PCR反應(yīng),驗證PCR的特異性。

        1.10 臨床樣品的檢測與序列比對

        對閩西幾個規(guī)模化豬場采集的13份疑似副豬嗜血桿菌病料進行PCR檢測和生化鑒定,隨機挑取陽性產(chǎn)物送上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司進行測序,將測序結(jié)果與GenBank的HPS 16 S rRNA進行同源性比較分析。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 PCR反應(yīng)條件的優(yōu)化結(jié)果

        對HPS引物濃度、dNTP濃度、退火溫度等條件進行了篩選。結(jié)果最佳退火溫度為56.6 ℃(圖1),最佳dNTP濃度為0.04 mmol/L(圖2),最佳引物濃度為0.20 mmol/L(圖3)。

        2.2 PCR反應(yīng)程序的確定

        通過對PCR 擴增條件優(yōu)化,最終確定反應(yīng)循環(huán)參數(shù)為:94 ℃ 5 min;94 ℃ 45 s,56.6 ℃ 45 s,72 ℃ 1 min,35個循環(huán);72 ℃ 延伸10 min,4 ℃保存。

        2.3 特異性試驗結(jié)果

        結(jié)果顯示只有HPS擴增出特異性條帶,而其他對照組均未擴增出明顯條帶(圖4)。

        2.4 敏感性試驗結(jié)果

        將副豬嗜血桿菌菌液做10倍倍比稀釋后,進行PCR擴增,結(jié)果顯示陽性結(jié)果的最高稀釋度為10-4(圖5),表明該法的最低檢出限為6.8×102 CFU/mL。

        2.5 PCR的臨床應(yīng)用和序列比對

        對臨床13份疑似病料進行檢測,結(jié)果8份樣品為陽性(圖6),與生化鑒定結(jié)果一致,并隨機挑?。捶荩校茫谊栃援a(chǎn)物進行了測序,與已發(fā)表的部分菌株同源性達到99%~100%。

        3 小結(jié)與討論

        由于副豬嗜血桿菌對營養(yǎng)的要求特別苛刻,難于培養(yǎng)和分離,往往影響臨床的診斷結(jié)果。抗生素的大量使用也大大降低了副豬嗜血桿菌的分離率,給診斷和治療帶來一定困難。常規(guī)的血清學(xué)方法如瓊脂擴散試驗、間接血凝試驗、ELISA[8,9]等靈敏性低,重復(fù)性差,往往導(dǎo)致診斷結(jié)果不準確。而16 S rRNA基因普遍存在于細菌并參與細菌蛋白質(zhì)的合成過程,成為細菌分類和鑒定的一個重要標志[10]。本試驗根據(jù)副豬嗜血桿菌16 S rRNA序列設(shè)計引物建立了快速的PCR檢測方法。

        本試驗參考Oliveira等[7]的方法設(shè)計引物,從而使目的片段得到有效擴增,當引物濃度增加至1.20 mmol/L或dNTP濃度增加為0.16 mmol/L時,均無法擴增出目的條帶,說明在PCR反應(yīng)中引物和dNTP濃度并不是越高越好。用建立的PCR方法對副豬嗜血桿菌、鏈球菌、巴氏桿菌、PPV、PCV2、PRV和產(chǎn)腸毒素大腸桿菌(ETEC)進行了檢測,結(jié)果證明該方法對HPS有較好的特異性,敏感性試驗最低可檢測到6.8×102 CFU/mL細菌量。

        對臨床病料的檢測,PCR檢測結(jié)果和傳統(tǒng)生化鑒定結(jié)果符合率為100%,本試驗可直接以菌液為模板進行PCR擴增,使PCR診斷方法變得更為快速、簡便,遠比傳統(tǒng)生化鑒定需要的時間短。

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