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        蘆花雞PRKAG3基因單核苷酸多態(tài)性及與肉質(zhì)性狀的相關(guān)性分析

        2012-10-17 09:13:46哈桑阿巴克張永宏李傳民趙衍銅邱崢艷張嘉保趙志輝
        黑龍江動物繁殖 2012年6期
        關(guān)鍵詞:蘆花糖原肉質(zhì)

        哈?!ぐ涂耍瑥堄篮?,郭 將,李傳民,馬 倩,趙衍銅,邱崢艷,張嘉保,趙志輝*

        (1.吉林大學 畜牧獸醫(yī)學院,吉林 長春 130062;2.吉林大學 實驗動物中心,吉林 長春 130062)

        AMPK(adenosine monophosphate activated protein kinase)是一種能被腺苷一磷酸(AMP)激活的蛋白激酶,在動物應激時通過改變機體內(nèi)脂類和糖代謝起著重要作用。AMPK是一個異三聚體酶復合體,包含一個催化α亞基,以及調(diào)控的β和γ亞基。7個不同的亞型(α1,α2,β1,β2,γ1,γ2 和γ3)由不同的基因編碼。部分研究表明,在AMPK亞基基因中自然出現(xiàn)的突變能引起顯著的表型效應。PRKAG3基因是編碼一磷酸腺苷激活蛋白激酶(AMP-activated protein kinase,AMPK)調(diào)節(jié)亞基 γ3的基因,包含13個外顯子和12個內(nèi)含子,主要在骨骼肌中 表 達[1,2], 與 糖 代 謝 有 關(guān), 通 過 調(diào) 節(jié)AMPK的活性來調(diào)節(jié)機體的能量平衡,通過磷酸化作用抑制糖原合成酶活性,降低糖原的合成速率,促進肌肉對葡萄糖的吸收能力,從而提高骨骼肌中肌糖原含量,進而對肉質(zhì)品質(zhì)產(chǎn)生影響[3~5],是近年來確定的一個影響豬肉質(zhì)pH值、肉色以及系水力的主效基因。

        目前,國內(nèi)外對蘆花雞PRKAG3基因的相關(guān)研究報道比較少,因此研究其肉質(zhì)性狀與遺傳標記之間的關(guān)系將具有重要的理論和現(xiàn)實意義。本研究以蘆花雞為研究對象,以PRKAG3基因作為候選基因,采用PCRSSCP的方法分析PRKAG3基因外顯子11多態(tài)性,并與肉質(zhì)性狀的相關(guān)性進行分析,旨在進一步認識蘆花雞種質(zhì)特性,以期對蘆花雞的選種、早期選育、雜種優(yōu)勢的利用等提供基礎(chǔ)參數(shù),為蘆花雞改良育種和新品系的培育提供理論依據(jù)和實驗基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 實驗材料

        本實驗屠宰的蘆花雞均來自吉林省農(nóng)業(yè)科學院,飼養(yǎng)環(huán)境和條件相同,從而避免了牧場效應和環(huán)境因素對試驗結(jié)果的影響。87只蘆花雞頸靜脈放血處死后取其胸肌組織,一側(cè)胸肌用于基因組DNA的提取,-20℃冰箱中保存?zhèn)溆?,另一?cè)胸肌用于肉質(zhì)性狀的測定。

        1.2 常規(guī)肌肉品質(zhì)測定

        pH值:在屠宰后45 min內(nèi)用pH-start普通版酸度計測定。

        肉色:使用OPTO-start普通版測定。

        剪切力:將胸肌放入75℃的水浴鍋中,水浴加熱至中心溫度達到70℃,保持5 min取出,冷卻至室溫,用直徑為1.27 cm的空心取樣器沿肌纖維方向鉆取3個肉柱,然后用C-LM3型嫩度計進行測定,求其平均值。

        滴水損失:將修整好的樣品稱重(W0),懸吊于冰箱冷藏層,保存24 h,取出肉樣,用潔凈濾紙輕輕拭去肉樣表層汁液后稱重(W1),按該公式計算滴水損失:滴水損失= [(W0-W1)/W0] ×100%。

        1.3 引物設計

        根據(jù)PRKAG3基因的序列(GeneBank登錄號為:DQ280152),利用軟件Premier 5.0設計引物,擴增片段長度為303 bp。引物由上海生工生物工程技術(shù)有限公司合成,上游引物:5'-CCCTCCTCTGTCTCCTTACA-3',下游引物:5'-AAGGGATGCGCTCCTACCGC-3'。

        1.4 目的片段PCR擴增

        50 μL 反應體系:基因組 DNA2.0 μL(約50 ng),上游引物(10 pmol·μL-1)1.0 μL,下游引物 (10 pmol· μL-1)1.0 μL,dNTP Mixture(2.5 mmol/L)4.0 μL,10 ×PCR Buffer5.0 μL,ExTaq DNA 聚合酶(1U·μL-1)0.5 μL,滅菌水 36.5 μL。擴增條件為:94℃預變性4 min,94℃變性30 s,63℃退火45 s,72℃延伸30 s,35個循環(huán),72℃延伸10 min。擴增產(chǎn)物用1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測。

        1.5 PCR產(chǎn)物的SSCP分析

        2 μL PCR 產(chǎn)物與5 μL 變性 Buffer混勻,98℃變性10 min,迅速冰浴5 min,用微量注射器將變性樣品點于11%PAGE中,150 V電泳14 h;取下凝膠,置于70%乙醇中,輕搖10~15 min,雙蒸水洗膠3次,將凝膠置于染色液中,輕搖約30 min,去染色液,雙蒸水洗膠3次,顯色液顯色至條帶清晰出現(xiàn),用雙蒸水沖洗以終止反應。

        1.6 數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析

        本研究所用蘆花雞的年齡、性別以及飼料等試驗條件一致,數(shù)據(jù)采用SPSS13.0軟件進行統(tǒng)計,差異顯著用ONE-WAY ANOVA方差分析,進行Duncan's LSD檢驗。

        2 結(jié)果

        2.1 PCR擴增結(jié)果

        擴增產(chǎn)物經(jīng)1.5%的瓊脂糖凝膠電泳檢測,可看到一條大小為303 bp的片段,目的片段明亮、特異性好,可進行SSCP分析。

        圖1 PRKAG3基因PCR產(chǎn)物電泳圖

        2.2 PCR-SSCP檢測結(jié)果

        PCR產(chǎn)物經(jīng)10%非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測,結(jié)果出現(xiàn)3種基因型:TT、TG和GG(如圖2)。由圖2中可以推斷出,該位點由1對等位基因控制(分別命名為等位基因T和G)。

        圖2 PRKAG3基因PCR-SSCP凝膠電泳圖

        2.3 測序結(jié)果

        將測序結(jié)果與GeneBank上序列(登錄號:DQ280152)進行同源性分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)TT型的序列與GeneBank中的序列相同,定義為野生型,GG型第2832位的T突變?yōu)镚,定義為突變型。兩個純合基因型的測序結(jié)果見圖3。

        圖3 TT和GG基因型的測序峰圖

        2.4 基因頻率與基因型頻率

        檢測結(jié)果發(fā)現(xiàn),蘆花雞PRKAG3基因TG基因型的頻率最高,其次是TT型和GG型(如表1)。等位基因T和G的頻率分別為0.747和0.253,等位基因T在群體中占優(yōu)勢。適合性X2檢驗結(jié)果表明,蘆花雞(X2=0.1412,P>0.05)群體 PRKAG3基因第11外顯子處于Hardy-Weiberg遺傳平衡狀態(tài)。

        表1 蘆花雞PRKAG3基因的基因型和等位基因頻率

        2.5 PRKAG3不同基因型與蘆花雞肉質(zhì)性狀的相關(guān)性分析

        將PRKAG3基因多態(tài)位點與蘆花雞肉質(zhì)性狀進行最小二乘分析,結(jié)果顯示PRKAG3不同基因型對pH值有顯著影響,如表2所示。pH值為GG型極顯著低于TG型和TT型(P<0.01),而TG型顯著低于TT型(P<0.05);其它肉質(zhì)性狀在不同基因型間差異不顯著。

        表2 蘆花雞PRKAG3基因不同基因型的肉質(zhì)性狀的最小二乘分析

        3 討論與結(jié)論

        在生命科學的研究領(lǐng)域里,對動物生長發(fā)育的研究是一個永恒的課題,揭示動物生長發(fā)育規(guī)律和實現(xiàn)對動物生長發(fā)育的調(diào)控一直是人類美好的愿望。肉質(zhì)性狀一直是消費者和生產(chǎn)者共同關(guān)心的問題,是近年遺傳育種學家研究的熱點和難點。隨著育種學及分子生物學的飛速發(fā)展,動物育種工作已取得了前所未有的進步。

        肉質(zhì)性狀包括胴體組成和肌肉品質(zhì)兩大部分,為典型的數(shù)量性狀,其遺傳力大都在0.15~0.30之間,其中有關(guān)胴體組成的部分肉質(zhì)性狀具有較高的遺傳力,有的可高達0.50左右。大量研究表明,PRKAG3基因可作為一個影響肉質(zhì)性狀的候選基因,存在較高的變異頻率。Matthieu在總長8 048 bp的cds上共發(fā)現(xiàn)32個SNPs位點,平均每250 bp就存在1個SNP,有5個突變使氨基酸發(fā)生 了 改 變[6]。 李 靜 等[7]對 延 邊 黃 牛 的PRKAG3基因的多態(tài)性進行了分析,發(fā)現(xiàn)PRKAG3基因第10外顯子存在C4738T突變,且不同基因型所對應的嫩度、肉色(24h紅色度與黃色度)、油酸、亞麻酸、天冬氨酸、谷氨酸、精氨酸、丙氨酸、纈氨酸和脯氨酸存在一定的相關(guān)性。李武峰等[8]對7個品種牛的PRKAG3基因的多態(tài)性進行了分析,發(fā)現(xiàn) PRKAG3基因第4內(nèi)含子存在T2643C和T2885C兩處突變,且不同基因型所對應的嫩度性狀存在顯著差異。在PRKAG3基因中發(fā)現(xiàn)的一個單堿基突變(R200Q)解釋了RN-性狀的顯性變異,這個R200Q突變導致RN-/RN-和RN-/rn+動物的肌肉糖原含量提高了70%,豬被屠宰之后24h測定肌肉的pH值較低,肌肉系水力下降,烤制火腿的產(chǎn)量也降低。這個R200Q等位位點與所有RN-型動物有關(guān),并在漢普夏品種中有很高的比例,但不存在于 rn+ 基因型或其它品種豬中[9,10]。而I199V對幾乎所有研究的性狀都有極顯著的效應,不僅包括糖原、乳酸、糖酵解潛能這些指標,還有一些與之相關(guān)的其他肉質(zhì)性狀[11]。發(fā)生在豬γ3亞基V224I的變異,進一步證明了γ3亞基變異對骨骼肌糖原內(nèi)含物和全部的肌肉生化內(nèi)含物的作用,它與在糖原內(nèi)含物以及乳酸內(nèi)含物和糖酵解潛能的減少相關(guān)[12]。

        近年來,經(jīng)濟性狀功能基因的多態(tài)性研究,已成為動物遺傳育種研究的熱點之一。標記輔助選擇(MAS)是目前研究最多的方法,它是將現(xiàn)代分子生物學技術(shù)與常規(guī)育種方法相結(jié)合,借助分子標記選擇某一位點基因改變該位點基因頻率的過程,也稱分子輔助選擇。當前,國內(nèi)外對PRKAG3基因的研究主要集中在它與豬的肉質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析上,而對雞的肉質(zhì)性狀的研究相對較少。本研究采用PCR-SSCP檢測了蘆花雞PRKAG3基因的外顯子11的遺傳多態(tài)性,結(jié)果顯示PRKAG3不同基因型對pH值有顯著影響,其它肉質(zhì)性狀在不同基因型間差異不顯著。由此證明,PRKAG3基因有可能成為對蘆花雞肉質(zhì)性狀產(chǎn)生影響的候選基因,可作為選育蘆花雞肉質(zhì)性狀的分子標記,用于標記輔助選擇意義重大。

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