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        代謝組學(xué)在轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的生物體內(nèi)功能分析中的應(yīng)用

        2012-08-15 00:48:39金井好克
        天津中醫(yī)藥 2012年5期
        關(guān)鍵詞:生物體酮體組學(xué)

        金井好克,何 新

        (1.日本;2.天津中醫(yī)藥大學(xué),天津 300193)

        轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白是一種參與小分子化合物跨細(xì)胞膜轉(zhuǎn)運(yùn)的膜蛋白,對(duì)體內(nèi)物質(zhì)分布起著決定性作用,當(dāng)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的表達(dá)量和功能出現(xiàn)變化或異常時(shí)都會(huì)引起體內(nèi)物質(zhì)分布的改變。代謝組學(xué)的興起和發(fā)展使生物體內(nèi)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白功能的認(rèn)知成為可能。代謝組學(xué)能夠解析孤兒轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的功能,使轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的新功能與疾病的關(guān)聯(lián)性得以闡釋。代謝組學(xué)必將為后基因組研究帶來(lái)重大突破。

        20世紀(jì)90年代分子克隆研究的重大進(jìn)展推進(jìn)了轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白分子結(jié)構(gòu)的解析。轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白分為ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白和SLC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白兩大類。ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白因具有特征性的ATP Binding cassette而得名,其能夠水解ATP,實(shí)現(xiàn)有機(jī)物的主動(dòng)轉(zhuǎn)運(yùn)。除ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白之外(即不含ATP Binding cassette)的轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白統(tǒng)稱為SLC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白,截止目前已劃分為51個(gè)家族、包括378個(gè)成員分子,其中多數(shù)孤兒轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的功能尚未確定,雖然體外研究中發(fā)現(xiàn)某種機(jī)制,但其在生物體內(nèi)的機(jī)制仍不明確。確定轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白在生物體內(nèi)的功能已成為后基因組時(shí)代研究轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白分子評(píng)價(jià)的重要終極目標(biāo)之一,分子克隆解析為達(dá)成此目標(biāo)提供了頗具意義的重要信息。

        1 以往轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白研究中存在的問(wèn)題

        如前所述,目前轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的分子組成已基本明確,未來(lái)的研究方向是轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的功能以何種結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)實(shí)現(xiàn)、以及轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白如何在生物體內(nèi)發(fā)揮作用。對(duì)于前者,結(jié)構(gòu)生物學(xué)可以給出答案,但對(duì)于后者,生物體內(nèi)真實(shí)底物的鑒定與轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白功能的定量測(cè)定技術(shù)是必不可少的。將純化后的cDNA導(dǎo)入至非洲爪蛙卵母細(xì)胞或哺乳動(dòng)物細(xì)胞的基因表達(dá)系統(tǒng)中,根據(jù)放射性標(biāo)記的底物攝取情況分析分子克隆后的轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白功能。這種體外分析過(guò)程依賴于研究者選擇的理想底物,難以排除人為的隨意性。這種研究模式不能闡明特定轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的最適底物,也無(wú)從確定在生物體內(nèi)轉(zhuǎn)運(yùn)的究竟是不是這個(gè)底物。要脫離現(xiàn)今這種“猜謎”式研究模式,必須正確表達(dá)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白在生物體內(nèi)的實(shí)際功能,并采用詳盡的分析方法。代謝組學(xué)能夠全面定量探測(cè)化合物的變化,使轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的在體研究成為可能。

        2 代謝組學(xué)用于轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白研究的實(shí)例

        為了建立生物體內(nèi)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白功能的代謝組學(xué)研究方法,簡(jiǎn)單而言,首先要使特定轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的表達(dá)發(fā)生大幅度變化,檢測(cè)由此造成的代謝組學(xué)變化,再討論轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白功能與代謝組學(xué)的相關(guān)性?,F(xiàn)代轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白功能分析中一般采用基因敲除小鼠,將其代謝組與野生型小鼠相比較,結(jié)果清晰易得。也可采用基因過(guò)表達(dá)小鼠或大鼠,已有相關(guān)成功案例的報(bào)道。目前代謝組學(xué)正處于轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白研究的初級(jí)階段,轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的活性可以直接體現(xiàn)出來(lái),比如腎小管轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因敲除小鼠的尿檢簡(jiǎn)單易行,也可檢測(cè)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因敲除小鼠或轉(zhuǎn)基因大鼠血液或組織中的成分變化。

        代謝組學(xué)用于轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白研究的另一個(gè)決定性理由是代謝組學(xué)定量性良好,特別是對(duì)于小鼠尿液等微量樣品也能以高靈敏度的方法進(jìn)行測(cè)定。毛細(xì)管電泳與質(zhì)譜聯(lián)用(CE-MS)法可用于微量樣品的定量分析,可以預(yù)見(jiàn)這種聯(lián)用技術(shù)將為轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的研究再次帶來(lái)重大突破。由于代謝組學(xué)研究綜合全面性的特點(diǎn),與體外功能分析研究結(jié)果相比可能會(huì)獲得一些意想不到的信息。

        筆者鑒定SLC 22家族孤兒轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的功能時(shí)采用了CE-MS代謝組學(xué)的方法。有機(jī)酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白家族的底物極為多樣,轉(zhuǎn)運(yùn)底物多難猜測(cè),因此多數(shù)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白功能不明。SLC 22家族包括多個(gè)有機(jī)酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白,其中一部分與已知功能基因表達(dá)的轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白不同。筆者以其中之一的OATN1為研究對(duì)象,考察其組織分布,發(fā)現(xiàn)OATN1為腎臟獨(dú)有的轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白,存在于近曲小管的管腔側(cè)膜中,但基因敲除小鼠的表現(xiàn)型不明顯,未找到特定功能的分析線索。

        OATN1轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白存在于腎小管管腔側(cè)膜中,與尿液直接接觸,因此其功能的改變應(yīng)該能夠通過(guò)尿液成分的變化表現(xiàn)出來(lái),于是筆者以CE-MS法全面分析比較了基因敲除小鼠與野生型小鼠的尿液成分。CE-MS法可分析測(cè)定小鼠尿液(每次強(qiáng)制排尿50 μL左右)等微量樣品,以帶電荷的化合物為檢測(cè)對(duì)象,因此適于分析轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的底物。以CE-MS法分析測(cè)定OATN1基因敲除小鼠的尿液,與野生型小鼠相比,檢出71個(gè)有差別的峰。以飛行時(shí)間質(zhì)譜儀(TOFMS)測(cè)定每個(gè)峰的精確分子量,解析出每個(gè)峰對(duì)應(yīng)的化合物的示性式,再根據(jù)MS/MS解離結(jié)果推測(cè)示性式的結(jié)構(gòu),結(jié)構(gòu)中有多個(gè)同分異構(gòu)體時(shí),推測(cè)生物體內(nèi)可能存在的異構(gòu)體,購(gòu)買已知化合物作為對(duì)照品,確認(rèn)購(gòu)得化合物的峰與目標(biāo)峰是否能夠重合,如果重合則解析成功。按上述過(guò)程進(jìn)行解析,71個(gè)峰中的17個(gè)峰成功解析。這些化合物中除了OATN1的原本底物之外,也包括OATN1基因敲除小鼠的次生變化產(chǎn)物,需要進(jìn)一步將兩者區(qū)分,因此筆者又進(jìn)行了抑制實(shí)驗(yàn)。培養(yǎng)穩(wěn)定表達(dá)OATN1基因細(xì)胞,采用已知的OATN1底物14C標(biāo)記的βhydroxybutyrate,建立OATN1穩(wěn)定表達(dá)細(xì)胞攝取實(shí)驗(yàn)系統(tǒng),觀察17個(gè)已解析的化合物能否抑制OATN1介導(dǎo)的14Cβ-hydroxybutyrate的攝取。結(jié)果顯示,17個(gè)化合物中有8個(gè)化合物強(qiáng)烈抑制OATN1介導(dǎo)的14C β-hydroxybutyrate的攝取,4個(gè)化合物的抑制作用較弱,5個(gè)化合物完全沒(méi)有抑制作用。抑制標(biāo)記物轉(zhuǎn)運(yùn)的化合物很可能是轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白直接作用的化合物,不抑制標(biāo)記物轉(zhuǎn)動(dòng)的化合物可能是轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因敲除小鼠次生變化產(chǎn)生的化合物,不屬于轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的底物。按上述方法鎖定了12個(gè)底物候選化合物,又考察了OATN1穩(wěn)定表達(dá)細(xì)胞對(duì)2個(gè)放射標(biāo)記物(β-hydroxybutyrate和乳酸)的攝取,發(fā)現(xiàn)OATN1對(duì)兩者有顯著攝取作用。如上所述,通過(guò)代謝組學(xué)闡明了未知轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的功能。其他沒(méi)有放射標(biāo)記的10個(gè)化合物是底物的潛在候選物。OATN1屬于SLC 22家族,一般來(lái)說(shuō)SLC 22家族轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的底物選擇范圍較寬,通過(guò)上述研究可推測(cè)OATN1在生物體內(nèi)攜帶轉(zhuǎn)運(yùn)多個(gè)底物。

        β-hydroxybutyrate是代謝組學(xué)確定的底物之一,屬于酮體,因此明確了OATN1對(duì)體內(nèi)酮體的轉(zhuǎn)運(yùn)功能。當(dāng)饑餓或糖尿病發(fā)作時(shí),細(xì)胞不能充分利用葡萄糖,酮體轉(zhuǎn)化為乙酰輔酶A,參與三羥酸循環(huán)(TCA)。脂肪酸在肝臟中經(jīng)β-酸化生成酮體,釋放入血液。酮體作為重要能量源,經(jīng)腎小球?yàn)V過(guò)進(jìn)入原尿,再經(jīng)腎小管重吸收保留在體內(nèi),OATN1可能在其中發(fā)揮了重要作用。糖尿病患者酮體濃度大幅升高,造成血液pH下降(糖尿病酮癥酸中毒),引起全身狀態(tài)惡化,因此可以轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白為分子靶點(diǎn),通過(guò)抑制該轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白使酮體從尿中排出,防止血液pH值降低。

        3 結(jié)語(yǔ)

        轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白決定著體內(nèi)小分子化合物的分布,抑制其活性可糾正疾病造成的體內(nèi)物質(zhì)失衡,成為治療疾病的分子靶點(diǎn)。實(shí)際上,抗抑郁藥、利尿藥、降血脂藥等已包含了轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白抑制劑。葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白負(fù)責(zé)腎小管的葡萄糖重吸收,最近葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白抑制劑作為糖尿病治療藥正處于臨床研究中。中藥中含有多種作用于轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的化學(xué)成分,代謝組學(xué)完全適用于評(píng)價(jià)這些成分的藥效。通過(guò)研究服用中藥后代謝組學(xué)的變化,從中預(yù)測(cè)與之相關(guān)的轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白,分析數(shù)據(jù)建立與轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白直接相關(guān)的實(shí)驗(yàn)方案。代謝組學(xué)分析是轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白研究的有力工具,轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白決定著體內(nèi)小分子化合物的分布,代謝組學(xué)技術(shù)全方位定量測(cè)定小分子化合物的變化,精確呈現(xiàn)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白介導(dǎo)的物質(zhì)分布。不論是否作用于轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白,服用中藥后代謝組學(xué)變化也為中藥藥效自身的闡釋提供了極為有益的參考,此領(lǐng)域的未來(lái)發(fā)展令人期待。

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