2004年他臨危受命擔任撫順市農科院院長。僅僅8年時間，他與班子成員一道，帶領職工開拓創(chuàng)新，艱苦創(chuàng)業(yè)，打造了一個嶄新的撫順市農科院，他的創(chuàng)業(yè)事跡令人感動，催人奮進。

過去的撫順市農科院由于多種原因，面臨科研荒廢、1000多萬元負債、法律糾紛不斷、下屬企業(yè)200余人難以參保、科研基礎設施幾乎陷于癱瘓等一系列歷史遺留問題。唐樹友擔任院長后，勇于創(chuàng)新、無私奉獻，憑借豐富的專業(yè)知識和管理經驗，為撫順市農科院的崛起做出了突出成績。他深入一線，認真調研，經過深入地分析研究，確立了圍繞完善科研基礎設施加強科技創(chuàng)新、逐步化解歷史包袱、強化制度治院、推進科研成果轉化4個方面開展工作，實現(xiàn)了為“三農”服務的根本目標。

他首先對年久失修的雙河樓進行了翻建，將園區(qū)規(guī)劃為食用菌、果樹、植物、鹿、作物5個試驗示范區(qū)，鋪設柏油路面2000平方米，改擴建鹿場1萬平方米，修建晾曬場5000平方米，籌建速凍庫200平方米。修建可視圍墻1萬余延長米，收回多年被擠占的試驗田近60畝。購置辦公設備30余套，科研儀器100余臺，建立了“撫順市食用菌原原種生產檢測中心”、“作物育種”、“中國清原馬鹿人工授精及產品深加工”3個標準化試驗室。以人為本，關注民生，建設了50年來科研人員一直渴望的淋浴室和標準化食堂。清原辦公樓建立圍墻1000余延長米，收回土地10余畝；接通自來水，改造上下水，修建職工食堂，解決了多年來“喝水難”、“科研用水難”、“午餐難”的問題；更換老化的鍋爐及取暖管線，解決取暖問題；對清原辦公樓院區(qū)進行了重新規(guī)劃，鋪設柏油路面3000平方米；新建種子晾曬場7000平方米；購電腦20多臺，科研辦公效率顯著提升。

他強化管理，科技為先，制度治院。從實際出發(fā)制訂實施了《撫順市農科院聘用制改革方案》，同時建立了《撫順市農科院企業(yè)化管理SOP》，制定六大類27項管理制度，編制了崗位說明書，全面實施績效考核，職工積極性日益高漲。5年來，通過實施“走出去，引進來”的人才戰(zhàn)略，多次派科技人員赴上海、北京、吉林等科研機構學習，聘請國內外知名專家、教授講課，開展計算機、外語、法律、專業(yè)知識培訓。先后有28名職工考入專業(yè)學校深造，4名職工碩士研究生畢業(yè)，4名職工晉升為教授級農藝師，打破了建院50年來沒有教授級農藝師的局面。同時，加強黨建和企業(yè)文化建設。重新選舉產生3個黨支部，發(fā)展黨員6名。開展了黨員扶貧幫困、參觀學習等活動，將“黨的先進性教育”及“科學發(fā)展觀”等主題活動與工作實際相結合，有3個黨員被農委評為優(yōu)秀黨員，后勤支部被評為優(yōu)秀支部，黨員隊伍已成為該院事業(yè)發(fā)展的中堅力量。同時通過電子大屏幕、宣傳欄、專題輔導等多種形式，打造講學習、講政治、講正氣的優(yōu)秀企業(yè)文化。在他的領導下，該院先后承擔了國家科技部“清原馬鹿高效養(yǎng)殖技術”、農業(yè)部“清原馬鹿良種繁育場建設”、財政部“鹿產品精深加工技術研究”、國家948計劃“赤鹿引進及規(guī)?；a技術研究”、我國“第一個擁有完全自主知識產權香菇新品種選育”、農業(yè)部“玉米原種基地建設”等各級各類科研課題30余項，審定科研成果28項。成功選育出世界上第一個人工系統(tǒng)選育的鹿品種“清原馬鹿”；培育了國內領先的“東北山梨王”，填補我國北方地區(qū)香菇12年品種審定空白的香菇新品種［撫香2號］；培育國內領先的高油大豆新品種［撫豆17］，我省第一個國審鮮食大豆品種［撫鮮3號］，我國北方地區(qū)優(yōu)秀中早熟玉米品種［撫玉8］、［撫玉10］等撫玉系列玉米品種，［撫粳4］、［撫105］等撫粳系列水稻。每年承擔國家、省品種試驗400多項，與中科院、中國農科院、上海食用菌研究所、新西蘭鹿先進遺傳學研究會等國內外40多個大專院校和專業(yè)行會組織建立了長期穩(wěn)定的學術交流與合作體系。工作中，他緊緊圍繞市委、市政府提出的“一村一品、一縣一業(yè)”、“百千萬技術服務對接”工程，每年組織科技下鄉(xiāng)千余人次，不斷加強“三農”服務，通過集中培訓，分散指導，發(fā)放科普資料，深入到田間地頭跟蹤服務等多種形式，按照“科研單位+龍頭企業(yè)（種養(yǎng)大戶）+農戶”的科研成果推廣模式，建立食用菌、山梨王、冰葡萄、鹿養(yǎng)殖及加工、特色作物等科技成果示范推廣基地，發(fā)放《食用菌栽培技術》、《紅南果梨優(yōu)質高效栽培》等科普資料20多萬份，社會效益和經濟效益顯著。多次被市委、市政府授予“為農服務先進單位”、被市科技局授予“百、千、萬工程”優(yōu)秀組織單位榮譽稱號，在撫順市及遼寧東部山區(qū)農民增收工作中起著科技支撐作用。

在農科院廣大職工的心目中，他是一位值得信賴的領導，更是一位勤政廉潔的干部。他總把事業(yè)看得高于一切。他私車公用，披星戴月，年復一年為事業(yè)而奔波，農科院各項工作蒸蒸日上，他的身體卻每況愈下，然而他依然無怨無悔。他始終把群眾利益擺在第一位，職工有困難他總是第一時間到職工家中噓寒問暖，排憂解難。在他的領導下，職工們團結一心，勤奮創(chuàng)業(yè)，不斷創(chuàng)造新的工作業(yè)績。