亚洲免费av电影一区二区三区,日韩爱爱视频,51精品视频一区二区三区,91视频爱爱,日韩欧美在线播放视频,中文字幕少妇AV,亚洲电影中文字幕,久久久久亚洲av成人网址,久久综合视频网站,国产在线不卡免费播放

        ?

        酵母雙雜交篩選與轉錄因子ZNF580相互作用的蛋白*

        2012-01-30 03:58:54羅玉玉孔麟麟任黨麗張文成
        中國病理生理雜志 2012年6期
        關鍵詞:誘餌文庫酵母菌

        羅玉玉, 楊 蓉, 孔麟麟, 任黨麗, 張文成△

        (1中國人民武裝警察部隊后勤學院生理學與病理生理學教研室,天津300162;2武警沈陽指揮學院門診部,遼寧沈陽110034)

        動脈粥樣硬化(atherosclerosis,AS)是缺血性心腦血管疾病的重要病理基礎[1],在我國發(fā)病率呈逐年上升趨勢。AS是一種環(huán)境因素與遺傳因素共同作用而誘發(fā)的多基因病,深入研究與AS相關基因的功能及其參與AS發(fā)生的機制是心腦血管疾病研究的熱點領域。

        ZNF580是由本課題組以致動脈粥樣硬化因素——低密度脂蛋白(low-density lipoprotein,LDL)誘導人臍靜脈內(nèi)皮細胞系,篩選人主動脈cDNA文庫,得到的一個新基因(Gen-Bank注冊號:AF184939)。該基因編碼172個氨基酸組成的蛋白質(zhì)。經(jīng)分子生物學網(wǎng)站進行蛋白質(zhì)的功能分析顯示:其N端為脯氨酸富含域,C端含有3個串聯(lián)重復的C2H2型鋅指蛋白結構域,可能為C2H2型鋅指核轉錄因子家族的新成員[2-3]。最新的研究表明:C2H2型鋅指核轉錄因子可能是真核細胞轉錄機制最重要的參與者,它們既可以結合DNA,又可以結合蛋白質(zhì),進而產(chǎn)生廣泛的生物學效應[4-6]。為了尋找可能與ZNF580存在相互作用的蛋白,及其可能參與的細胞內(nèi)信號轉導通路,并最終揭示ZNF580的功能,本研究擬采用酵母雙雜交技術釣取可能與ZNF580存在相互作用的蛋白。

        材料和方法

        1 菌株和質(zhì)粒

        Y190酵母菌購自Clontech;E.coli DH5α菌本室保存;酵母表達載體pGB-Vector購自上海睿星基因公司;人胎腦cDNA文庫(載體為pACT2)購自上海睿星基因公司;pEGFPC1-ZNF580本室保存。

        2 主要試劑和試劑盒

        營養(yǎng)缺陷培養(yǎng)基購自Clontech;5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D-半乳糖苷(5-bromo-4-chloro-3-indolyl β-D-galactoside,X-Gal)購自鼎國生物技術公司;鮭魚精DNA購自Sigma;SfiⅠ限制性內(nèi)切酶購自鼎國生物技術公司;T4 DNA連接酶購自鼎國生物技術公司;高保真Pfu DNA聚合酶購自Promega;質(zhì)粒提取試劑盒(包括小量提取、大量制備2種)購自碧云天生物技術公司;DNA膠回收試劑盒購自Promega;PCR產(chǎn)物回收試劑盒購自Promega。

        3 誘餌質(zhì)粒構建

        ZNF580擴增:以pEGFP-C1-ZNF580為模版,生工合成的ZNF580特異性引物對進行 PCR擴增(引物:5'-AAAAAGATCTTGCCCGGAGTGCGCCCGTG - 3',3'- AAAAAGCTTGTGGAGGCGCACGTGCTG-5')。PCR反應條件:94℃預變性3 min,94 ℃ 30 s,58 ℃ 30 s,72 ℃ 10 min,共30個循環(huán)。PCR產(chǎn)物過柱回收并酶切:反應按試劑盒說明書進行。目的片段回收并與載體連接:反應按試劑盒說明書進行。重組載體鑒定:重組載體轉化細菌感受態(tài)DH5α,涂卡那霉素陽性平板37℃過夜。挑選7個單克隆搖菌過夜培養(yǎng),提取質(zhì)粒,用質(zhì)粒作模板PCR擴增,產(chǎn)物行瓊脂糖凝膠電泳,選擇其中2個樣品送TaKaRa測序。

        4 誘餌蛋白自激活檢測

        采用LiAC轉化法將誘餌質(zhì)粒轉化入酵母菌Y190。檢測誘餌蛋白對LacZ報告基因是否存在轉錄激活作用。轉化了誘餌質(zhì)粒的酵母菌如果表達β-半乳糖苷酶,則可使底物X-Gal變藍,說明存在自激活,否則說明無自激活。

        5 酵母雙雜交篩選人胎腦文庫

        5.1 人胎腦cDNA文庫轉化誘餌酵母菌 轉庫效率計算:轉庫效率只有達到1×107~1×108cfu/g DNA以上才能進行文庫的篩選,以保證不會丟失陽性克隆。對生長在SD/-Trp/-Leu平板上的克隆計數(shù),挑選克隆數(shù)在30~300之間的平板,根據(jù)稀釋度計算轉庫效率。

        5.2 營養(yǎng)缺陷平板初步篩選 人胎腦cDNA文庫轉化誘餌酵母菌,轉化方法同上(LiAC轉化法)。取200 μL菌液,涂布于150 mm SD/-Trp/-Leu/-His/+30 mmol/L 3-氨基 -1,2,4-三唑(3-amino-1,2,4-triazole,3-AT)平板上。第3 d起注意觀察平板酵母克隆生長狀態(tài)。菌在SD/-Trp/-Leu/-His+30 mmol/L 3-AT平板上生長7~14 d后,會有陽性克隆長出,陽性克隆一般大于3 mm。

        5.3 β-半乳糖苷酶克隆轉移濾紙實驗進一步篩選 上述克隆全部進行β-半乳糖苷酶克隆轉移濾紙實驗,變藍色的為陽性克隆。

        5.4 一對一驗證 隨機挑取部分陽性克隆,抽提質(zhì)粒,一對一轉化誘餌酵母菌驗證,陽性者抽提質(zhì)粒送TaKaRa測序。

        6 生物信息學分析

        利用 NCBI網(wǎng)上數(shù)據(jù)庫(http://www.ncb i.nlm.nih.gov)對返回的序列進行BLAST比對分析。

        結 果

        1 成功構建誘餌質(zhì)粒

        成功將ZNF580全長編碼序列構建到酵母表達載體pGB上,見圖1~4,說明pGB-ZNF580構建成功。

        2 誘餌蛋白自激活檢測

        轉化了誘餌質(zhì)粒的酵母菌落未變藍,轉化了陽性對照質(zhì)粒的酵母菌落變藍,說明誘餌蛋白無自激活??梢赃M行下一步的篩庫工作,見圖5。

        Figure 1.ZNF580 PCR product electrophoresis.圖1 ZNF580 PCR產(chǎn)物電泳

        Figure 2.ZNF580 PCR product electrophoresis after restriction enzyme digestion.圖2 ZNF580 PCR產(chǎn)物酶切后電泳

        Figure 3.The recombinant plasmid pGB-ZNF580 verified by PCR.M:marker;Lane1~7:PCR products.圖3 重組質(zhì)粒pGB-ZNF580 PCR鑒定

        Figure 4.The recombinant plasmid pGB-ZNF580 verified by restriction enzyme digestion.Lane 1 and 2:digestion products.圖4 重組質(zhì)粒pGB-ZNF580酶切鑒定

        Figure 5.Bait protein self-autoactivation assay.Left:the colonies of Y190 transformed with pCL1(positive control)turned blue after 2 h,which means the activation of lacZ reporter.Right:the colonies of Y190 transformed with pGB-ZNF580 didn't turn blue,which means the bait proteins had no self-autoactivation and could be used in library screening.圖5 誘餌蛋白自激活檢測

        Figure 6.Thirty-five positive colonies identified by β -galactosidase colony-lift filter assay in yeast two-h(huán)ybrid screening.圖6 35個陽性克隆

        3 人胎腦cDNA文庫篩選

        首先在營養(yǎng)缺陷平板上初步篩選,共獲得169個陽性克隆,此時的1個酵母克隆可能含有2種或2種以上的文庫質(zhì)粒,把全部169個克隆分別在-Trp-Leu平板上劃線分離單克隆后,再挑取單克隆在-Trp-Leu-His平板上培養(yǎng),把培養(yǎng)板上的克隆全部進行β-半乳糖苷酶克隆轉移濾紙實驗進一步篩選獲得136個陽性克隆。隨機挑選其中40個陽性克隆從酵母中提取質(zhì)粒,再把得到的質(zhì)粒轉入大腸桿菌DH5α中再次用氨芐西林抗性篩選,從中再次提取質(zhì)粒,這樣我們就獲得了文庫質(zhì)粒,把獲得的文庫質(zhì)粒一對一單獨轉入誘餌酵母細胞中,進行重復鑒定。只有轉化了分離所得文庫質(zhì)粒后變藍,轉化了空載體后不變藍的確認為最后的陽性克隆,最終獲得35個陽性克隆,見圖6,提取質(zhì)粒,進行測序分析。

        4 生物信息學分析

        對35個陽性克隆相應的AD質(zhì)粒進行測序,其中1個沒有測出信號。對其余34個序列進行生物信息學分析,這些序列在GenBank數(shù)據(jù)庫中是14種不同的基因。編碼14種已知蛋白。其中有2種基因含有完整的編碼序列,分別為SH3-domain GRB2-like 3(SH3GL3)和 D4,zinc and double PHD fingers family 1(DPF1);有12種基因含有部分編碼區(qū),分別為:activity-dependent neuroprotective protein(ADNP)、Smad family member 2(SMAD2)、glyoxalase domain containing 4(GLOD4)、kinesin family member 3A(KIF3A)、kinesin - associated protein 3(KIFAP3)、phospholipase A2- activating protein(PLAA)、phospholipase C gamma 1(PLCG1)、XPA binding protein 2(XAB2)、tripartite motif- containing 32(TRIM32)、suppressor of Ty16 homolog(SUPT16H)、Wilms tumor 1 interacting protein(WTIP)和 DIP2 disco-interacting protein 2 homolog C(DIP2C)。在這些序列中有部分重復,為同一個基因的相同或不同片段。

        討 論

        本研究應用酵母雙雜交技術篩選人胎腦cDNA文庫,最終獲得了14種可能與ZNF580存在相互作用的蛋白,并根據(jù)GenBank數(shù)據(jù)庫及相關文獻獲得了它們的功能信息。這里我們重點討論ZNF580與其中一種蛋白——磷脂酶C的相互作用關系。

        磷脂酶C(phospholipase C,PLC)是普遍存在于哺乳動物細胞中的磷脂酰肌醇信號通路的關鍵酶。目前在哺乳動物中已鑒定出12種PLC同工酶,根據(jù)其不同的氨基酸序列分為5型:PLC-β、PLC-γ、PLC-δ、PLC-ε和 PLC-ξ。許多細胞外信號分子,如激素、神經(jīng)遞質(zhì)、免疫球蛋白、細胞因子、生長因子等都可以激活磷脂酰肌醇特異性PLC。進而將信息傳遞給下游效應分子,調(diào)節(jié)細胞的生命活動[7]。研究發(fā)現(xiàn),PLC-γ1不僅具有催化分解磷脂酰肌醇二磷酸(PIP2)的脂酶功能,而且也具有蛋白接合器的作用,PLC-γ1分子除了由X和Y區(qū)構成的酶活性部位外,還有作為蛋白質(zhì)相互結合的SH(Src homology domain)區(qū),為2個SH2結構域和1個SH3結構域。通過這些結構區(qū)域與其它信號轉導分子結合,產(chǎn)生多種細胞反應[8-9]。目前已知的可以和 PLC-γ1相互作用的蛋白有 Rac1、PLD2、Grb2、Akt等[10-12]。

        PLC-γ1是許多能自身磷酸化的生長因子受體作用的底物。如血小板生長因子、表皮生長因子、成纖維細胞生長因子、胰島素生長因子等[13]。PLC-γ1的活化主要通過蛋白酪氨酸激酶(protein tyrosine kinase,PTK)途徑。多種生長因子與具有內(nèi)源性PTK活性的受體型PTK結合后,受體發(fā)生二聚化,導致受體內(nèi)在的PTK激活,使受體自身的酪氨酸殘基磷酸化,產(chǎn)生對PLC-γ1具有高親和力的結合位點,活化的PTK能特異性地識別PLC-γ1的SH2結構域,并將蛋白質(zhì)序列中的酪氨酸磷酸化,從而激活PLC-γ1。激活的PLC-γ1水解PIP2產(chǎn)生二酰甘油(DAG)和三磷酸肌醇(IP3),DAG能激活蛋白激酶C,IP3能引起細胞內(nèi)鈣庫的釋放,通過這兩條通路或者和其它未知通路形成廣泛的crosstalk,從而啟動多種細胞反應,影響著細胞的生長、分化、增殖、凋亡等功能[14]。

        本課題組前期對ZNF580蛋白分子進行生物信息學分析表明:ZNF580蛋白分子上存在一系列的蛋白酶磷酸化作用位點,其中141~143位THR氨基酸為蛋白激酶C磷酸化作用位點;130~133位KRSS氨基酸為cAMP及cGMP依賴型蛋白激酶磷酸化作用位點。可以推測,ZNF580在細胞內(nèi)作為核轉錄因子的活性受磷酸化作用的調(diào)節(jié)。如果ZNF580與PLC-γ1之間存在相互作用,那么ZNF580很可能參與PTK途徑的信號轉導,其可能的信號通路見圖7。

        Figure 7.The possible mechanism of ZNF580 involved in protein tyrosine kinase(PTK)signal pathway.PLC:phospholipase C;PIP2:phosphatidylinositol biphosphate;IP3:inositol triphosphate;DAG:diacylglycerol;PKC:protein kinase C.圖7 ZNF580參與PTK信號通路的可能機制

        但是關于ZNF580參與的信號轉導途徑及其功能的研究目前仍然處于起步階段,而且由于蛋白質(zhì)分子間的相互作用非常復雜,時空特異性等方面的偏差會導致一些人為的假象。酵母細胞是最簡單的真核細胞,其體內(nèi)蛋白質(zhì)合成后加工修飾類型及其程度與哺乳動物的相應過程存在一定差別,因此酵母雙雜交的結果僅僅是初步提出相互作用的可能性,還需要進一步的實驗證實。

        [1]Lusis AJ. Atherosclerosis [J]. Nature,2000, 407(6801):233-241.

        [2]張文成,陳保生,曾武威,等.低密度脂蛋白誘導下調(diào)的新基因cDNA的克隆及組織表達[J].基礎醫(yī)學與臨床,2003,23(3):279-282.

        [3]張文成,孫慧燕,孟祥艷,等.ZNF580-EGFP融合蛋白的亞細胞定位研究[J].中國病理生理雜志,2008,24(8):1590-1594.

        [4]Wang J,Kudoh J,Takayanagi A,et al.Novel human BTB/POZ domain-containing zinc finger protein ZNF295 is directly associated with ZFP161[J].Biochem Bioph Res Commun,2005,327(2):615-627.

        [5]Al-Kandari W,Koneni R,Navalgund V,et al.The zinc finger proteins ZXDA and ZXDC form a complex that binds CIITA and regulates MHC II gene transcription[J].J Mol Biol,2007,369(5):1175 -1187.

        [6]Mysliwiec MR,Kim TG,Lee Y.Characterization of zinc finger protein 496 that interacts with Jumonji/Jarid2[J].FEBS Lett,2007,581(14):2633 -2640.

        [7]Rliee SG,Choi KD.Regulation of inositol phospholipids specific phospholipase C isozymes[J].J Biol Chem,1992,267(18):12393-12396.

        [8]Carpenter G,Ji QS.Phospholipase C - γ as a signal transducing element[J].Exp Cell Res,1999,253(1):15-24.

        [9]Rebecchi MJ,Pentyala SN.Struction,function,and control of phosphoinositide-specific phospholipase C[J].Physiol Rev,2000,80(4):1291-1335.

        [10]Li S,Wang Q,Wang Y,et al.PLC - γ1 and Rac1 coregulate EGF-induced cytoskeleton remodeling and cell migration[J].Mol Endocrinol,2009,23(6):901 -913.

        [11]Jang IH,Lee S,Park JB,et al.The direct interaction of phospholipase C - γ1 with phospholipase D2 is important for epidermal growth factor signaling[J].J Biol Chem,2003,278(20):18184-18190.

        [12]Cho JH,Hong WP,Yun S,et al.Grb2 negatively regulates epidermal growth factor-induced phospholipase C - γ1 activity through the direct interaction with tyrosine-phosphorylated phospholipase C - γ1[J].Cell Signal,2005,17(10):1289-1299.

        [13]Ye K,Aghdasi B,Luo HR,et a1.Phospholipase Cγ1 is a physiological guanine nucleotide exchange factor for the nuclear GTPase PIKE[J].Nature,2002,415(6871):541-544.

        [14]Anderson D,Koch CA,Grey L,et a1.Binding of SH2 domains of phospholipase C gamma 1,GAP,and Src to activated growth factor receptors[J].Science,1990,250(4983):979-982.

        猜你喜歡
        誘餌文庫酵母菌
        險惡之人
        雪花誘餌
        專家文庫
        為什么酵母菌既能做面包也能釀酒?
        優(yōu)秀傳統(tǒng)文化啟蒙文庫
        幽默大師(2020年10期)2020-11-10 09:07:22
        關于推薦《當代詩壇百家文庫》入選詩家的啟事
        中華詩詞(2019年1期)2019-11-14 23:33:56
        專家文庫
        一種基于Radon-Wigner變換的拖曳式誘餌辨識方法
        讓面包變“胖”的酵母菌
        蜂蜜中耐高滲透壓酵母菌的分離與鑒定
        天堂中文在线资源| 国产精品一区区三区六区t区| 国产精品午夜福利天堂| 男女射黄视频网站在线免费观看| 巨大巨粗巨长 黑人长吊| 国产av综合影院| 亚洲综合欧美在线| 久久精品国产亚洲av高清蜜臀| 亚洲国产中文字幕一区| 亚洲乱码日产精品一二三| 亚洲av国产av综合av| 激情五月婷婷久久综合| 国产免费一区二区三区在线观看| 久久99热国产精品综合| 久久丫精品国产亚洲av不卡| 中文字幕Aⅴ人妻一区二区苍井空| 亚洲在线一区二区三区四区| 中文字幕一区二区三区日日骚| 国产免费又色又爽粗视频| 在线精品国产一区二区三区| 国产成人一区二区三区免费观看| 国产精品第一区亚洲精品| 亚洲国产精品久久艾草| 色综合中文综合网| 无码8090精品久久一区| 在线日本国产成人免费精品| 婷婷五月婷婷五月| 永久免费无码av在线网站| 久久久99精品成人片中文字幕| 亚洲二区三区在线播放| 久久精品av在线观看| 美女又色又爽视频免费| 亚洲午夜久久久久中文字幕| 麻豆视频av在线观看| 久久天天躁狠狠躁夜夜av浪潮| 国产成人乱色伦区| 亚洲av日韩aⅴ无码电影| 精品国产亚洲av久一区二区三区| 丝袜美腿av在线观看| 久久久久女人精品毛片| 亚洲一区二区久久青草|