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        藥用真菌桑黃的系統(tǒng)發(fā)育分析*

        2010-05-30 01:00:54楊民寶伊洪偉
        中國食用菌 2010年5期
        關(guān)鍵詞:桑黃孔菌基因庫

        王 丹,鄒 莉,楊民寶,伊洪偉,羅 麗,王 義

        (東北林業(yè)大學林學院,黑龍江 哈爾濱 150040)

        “桑黃”是擔子菌中針層孔菌屬 (Phellinus Quel.)一類具有重要藥用價值的大型真菌,近幾年來成為傳統(tǒng)中藥研究和開發(fā)的熱點,但由于這類真菌在藥用功效上確實相同或相似,因此在學術(shù)和市場交流中出現(xiàn)了多種同種異名、同名異種的混亂 “桑黃”物種[1]。

        通過對東亞地區(qū) “桑黃”物種[2]進行了詮釋,在傳統(tǒng)的形態(tài)分類的基礎(chǔ)上,試圖通過ITS序列分析,對中國的鮑氏針層孔菌 (桑黃)(Phellinus baumii)過去定名為裂蹄針層孔菌 (P.linteus)與朝鮮桑黃 (Phellinus linteus)、韓國桑黃 (Phellinus linteus)進行同源性比對,確定其親緣關(guān)系,證明是否是同一物種鮑氏針層孔菌 (桑黃)(P.baumii),為其分類鑒定提供參考依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 供試材料

        菌株朝鮮桑黃 (Phellinus linteus)、韓國桑黃 (Phellinus linteus)、中國桑黃 (Phellinus baumii)、中國桑黃火木針層孔菌 (Phellinus igniarius)、斜生褐孔菌 (Phaeoponus obliquus)由東北林業(yè)大學潘學仁教授提供,文中分別以sh1、sh2、sh3、sh4、sh5表示,其中朝鮮桑黃和韓國桑黃其產(chǎn)地和形態(tài)特征是不同的。

        DNA提取和檢測:用接種鉤刮取培養(yǎng)基表面適量菌絲,置于研缽中用液氮冷卻,迅速研磨成細粉,將其放入1.5 mL離心管中,加入少量的 PVP、500 μL預(yù)熱的 2%CTAB提取緩沖液及20 μL β-疏基乙醇,輕輕混勻,置65℃水浴鍋中溫浴30 min,其間不時輕輕搖動離心管,使材料充分混勻。取出放至室溫,加入500 μL氯仿:異戊醇(體積比 24∶1), 緩慢顛倒混勻, 12 000 r·min-1離心 10 min。將上清液轉(zhuǎn)入另一離心管中,棄下層。重復(fù)抽提2次,直至中間層透明。吸取上清液放入1.5 mL離心管中,加入3 mol·L-1NaAc,混勻后,加入2/3體積的異丙醇,室溫沉淀1 h以上,12 000 r·min-1離心10 min,棄上清。加入1 mL預(yù)冷的70%乙醇洗滌1次,再加入1 mL預(yù)冷的無水乙醇洗滌,以除去DNA表面附著的鹽或試劑小分子物質(zhì)。室溫干燥后,加入30 μL的無菌去離子水溶解DNA,放于-20℃冰箱中保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.2 引物序列

        ITS1:5’-TCCGTAGGTGAACCTGCGG -3’; ITS4: 5’-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3’,引物由上海生工生物公司合成。

        1.3 PCR擴增反應(yīng)體系

        制備 25 μL 反應(yīng)體系, 其中 ddH2O 18.375 μL、 模板DNA 1 μL、 10×buffer (Mg2+)2.5 μL、 濃度為 10 μmol·L-1正 反 向 引 物 (ITS1 和 ITS4)各 0.5 μL、 dNTP 2 μL、TaqDNA 聚合酶 0.125 μL。

        1.4 PCR反應(yīng)程序

        94℃預(yù)變性 5 min, 95℃變性 30 s, 58℃退火 45 s,72℃延伸2 min,30個循環(huán),72℃延伸7 min,4℃保存。

        1.5 PCR產(chǎn)物的檢測

        取5 μL PCR產(chǎn)物,1%瓊脂糖凝膠電泳檢測。

        1.6 PCR產(chǎn)物的測序

        PCR擴增產(chǎn)物,委托上海生工生物公司測序后,將測序的ITS序列在NCBI Genbank進行BLAST,對獲得的同源序列進行序列分析。利用BioEdit的Sequence工具下的Nucleotide Compisition分析各菌株ITS序列的長度及核苷酸G+C含量,采用MEGA3.1系統(tǒng)發(fā)育分析軟件中的UPGMA法和Clustal X1.83構(gòu)建系統(tǒng)進化樹。

        圖1 PCR產(chǎn)物電泳效果圖

        供試菌株ITS分布情況見表1,G+C的含量比較見表2,同源性比較見表3。

        表1 供試菌株ITS分布長度的比較

        表2 供試菌株ITS的G+C含量分布情況

        表3 供試菌株ITS同源性比較

        2 結(jié)果與分析

        2.1 rDNA ITS序列的擴增、測序

        擴增結(jié)果見圖1。

        從圖1可看出,引物ITS1和ITS4能成功擴增出5個菌株的ITS區(qū)段,經(jīng)測序5個菌株的ITS序列片段長度分別為704 bp、669 bp、681 bp、588 bp、738 bp,所得序列結(jié)果經(jīng)堿基比對和分析后提交NCBI中的Genbank數(shù)據(jù)庫,并獲得Genbank中的登錄號,分別為FJ190410、FJ190411、 FJ190412、 FJ190413、 FJ190414。

        2.2 供試菌株親緣關(guān)系分析

        從表2可以看出,5個供試菌株中其中sh1、sh2、sh3之間的5.8S rDNA的G+C具有100%的同源性,說明其保守性和親緣關(guān)系均相當強。從以上數(shù)據(jù)可以看出,作為對照的針孔菌屬 (Phaeoponus)的sh5明顯和針層孔菌屬(Phellinus)的sh1、sh2、sh3親緣關(guān)系較遠,這說明桑黃菌株親緣關(guān)系的鑒定可以采用ITS序列分析的方法,sh1、sh2和sh3是同一物種,sh4和sh5是另外2個不同的物種。

        2.3 系統(tǒng)發(fā)育分析

        根據(jù)美國生物中心 (NCBI)網(wǎng)站提供的真菌ITS1和ITS2的相關(guān)序列來確定供試菌株的親緣關(guān)系,經(jīng)BLAST比對,下載了與供試菌株同源性較高的ITS序列,通過Clustal X軟件對其進行比對,并用分子進化遺傳分析軟件(Clustal X1.83,Mega 3.1)構(gòu)建分子系統(tǒng)樹,如圖2所示。

        圖2 5個菌株的UPGMA系統(tǒng)發(fā)育樹

        從系統(tǒng)發(fā)育圖中可以看出,與sh1、sh2、sh3親緣關(guān)系較近的是基因庫中提供的Phellinus linteus、Phellinus baumii、 Inonotus linteus, 而sh4與Phellinus laevigatus較近、sh5與Inonotus obliquus較近。經(jīng)BLAST比對,基因庫中與sh1同源性高于90%以上的DNA序列有61個菌株,其中Phellinus linteus 25個,Phellinus baumii 15個;與sh2同源性高于90%以上的有73個,其中Phellinus linteus 27個,Phellinus baumii 23個;與sh3同源性高于90%以上的有54個,其中Phellinus linteus 23個,Phellinus baumii 17個;而與sh4同源性高于90%以上的菌株大多數(shù)為Phellinus laevigatus;與sh5同源性高于90%以上的菌株大多數(shù)為Inonotus obliquus。

        從上述分析可看出,sh1、sh2、sh3是同一物種,名稱混亂的 “桑黃”,而sh4和sh5分別是火木針層孔菌和斜生褐孔菌。

        親緣關(guān)系較近的sh1、sh2、sh3的ITS序列與基因庫中提供的Phellinus linteus、Phellinus baumii都有較高的同源性,在這些菌株中,Phellinus linteus占多數(shù)。從數(shù)據(jù)顯示中可以認為sh1、sh2、sh3與Phellinus linteus的親緣關(guān)系較近,因此sh1、sh2、sh3的拉丁學名應(yīng)為Phellinus linteus。但是對于這些Phellinus linteus的ITS序列,都是由韓國和中國學者提供,并沒有發(fā)現(xiàn)有中美洲和南美洲學者提供的,戴玉成等從形態(tài)學角度研究確定Phellinus linteus的自然分布僅在中美洲和南美洲,而中國、韓國、印度、俄羅斯以及日本等國家并沒有自然分布,這些國家學者所描述的菌物 “Phellinus linteus”,其正確的物種名稱應(yīng)為Phellinus baumii[3,4]。所以基因庫中由韓國和中國學者提供的與供試菌株同源性較高的的Phellinus linteus,其真正拉丁學名應(yīng)為Phellinus baumii,也就是與供試菌株sh1、sh2、sh3同源性較高、親緣關(guān)系較近的菌株應(yīng)為Phellinus baumii。經(jīng)上述分子生物學分析,筆者支持戴玉成的觀點,中國、朝鮮、韓國交流的 “桑黃”的物種為鮑氏針層孔菌(P.baumii Pilat),而桑黃、桑耳、針裂蹄、裂蹄針層孔菌均為鮑氏針層孔菌的異名[5]。

        3 結(jié)果與討論

        對于分類混亂的、學名不定的菌株,經(jīng)BLAST分析比較時,不能只看基因庫中顯示的菌株名稱來確定其親緣關(guān)系,因為,基因庫中學者提供的菌株學名有些是在分類比較混亂的時候提供的,這個時候提供的并不一定是其真正的學名,例如筆者在提供 “桑黃”菌株時,并不確定其真正學名為Phellinus linteus,只是目前大多數(shù)學者認為的,所以在提交時就以Phellinus linteus提交,結(jié)果在基因庫中最后顯示的為Phellinus linteus。

        從本試驗結(jié)果來看,由于ITS片斷較小和短,因此對于菌株之間的區(qū)分有一定的局限性,但對一些大的區(qū)段如18S rDNA效果會更好。筆者建議,結(jié)合形態(tài)特征對中國的 “桑黃”與中美洲和南美洲的Phellinus linteus ITS序列進行比較分析,進一步確定其真正的親緣關(guān)系。遺憾的是,筆者沒有在基因庫中發(fā)現(xiàn)與 “桑黃”菌株相似度較高的由中美洲和南美洲學者提供的Phellinus linteus的ITS序列,且沒有收集到中美洲和南美洲的Phellinus linteus作為對照菌株。

        [1]曾念開,王秋穎,蘇明聲.桑黃基原物種的探討[J].中國食用菌,2008, 27(2): 56-59.

        [2]潘學仁,鄒莉.東亞地區(qū) “桑黃”物種問題探討[J].中國食用菌,2008, 27(1): 63-64.

        [3]張小青,戴玉成.中國真菌志第二十九卷銹革孔菌科[J].北京:科學出版社,2005.

        [4]Dai YC,Xu MQ.Studies on the medicinal polypore,Phellinus baumii,and itskin,P.linteus[J].Mycotaxon,1998,67(1):191-200.

        [5]戴玉成.藥用擔子菌-鮑氏層孔菌 (桑黃)的新認識[J].中草藥,2003, 34(1): 94-95.

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