2008年12月12日，陳水扁案首波(公務(wù)機要費、龍?zhí)顿彽?、南港展覽館、洗錢)四大案偵結(jié)，特偵組依貪污、洗錢等罪起訴陳水扁夫婦等14名被告，并對陳水扁求處“最嚴(yán)厲之刑”。當(dāng)年12月30日，陳水扁遭臺北地方法院羈押。2009年5月5日，特偵組追加起訴陳水扁、吳淑珍收受前中信金控副董事長辜仲諒、前臺北101大樓董事長陳敏薰給款，涉嫌受賄。5月21日，陳水扁解除律師委任并舍棄所有證人傳訊與詰問。臺北地院諭知公設(shè)辯護(hù)人為陳水扁辯護(hù)。9月11日，扁案首波四大案與追加起訴部分，臺北地方法院一審宣判，依貪污、洗錢等罪判陳水扁、吳淑珍無期徒刑，褫奪公權(quán)終身。9月22日，特偵組偵結(jié)第二波扁案，認(rèn)定陳水扁、前“國安會秘書長”邱義仁、前“外交部次長”高英茂涉嫌侵占“機密外交款”，起訴3人貪污。9月24日，陳水扁移審臺灣“高等法院”，“高院”裁定羈押陳水扁。12月17日，“高院”裁定延押。12月24日，特偵組偵結(jié)第三波扁案，認(rèn)為陳水扁夫婦于“二次金改”等案涉及收賄、洗錢，部分企業(yè)高層涉嫌協(xié)助扁家洗錢，起訴23名被告?！?/p>