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        微流管蛋白納米孔組裝及單分子分析

        2025-08-15 00:00:00鄭鵬史新玉韋興鵬亢曉峰
        分析化學(xué) 2025年7期
        關(guān)鍵詞:微流弧形微孔

        在人工脂雙層上組裝膜蛋白通道是通道阻滯劑藥物的開發(fā)和篩選、蛋白通道生物物理性質(zhì)研究以及單分子電化學(xué)分析的基本平臺,其基本原理是基于分析物或者藥物分子對通道阻塞所致的電導(dǎo)變化[1-2],其變化幅度和頻率與分析物的結(jié)構(gòu)、大小、濃度以及生物分子的序列和構(gòu)象等直接相關(guān)。近年來,這種單分子技術(shù)已得到了廣泛應(yīng)用,分析對象包括無機金屬離子、有機物等小分子以及蛋白質(zhì)、DNA和RNA等大分子?;蚬こ毯突瘜W(xué)修飾使納米通道的功能進一步擴充,已經(jīng)發(fā)展成為單分子化學(xué)反應(yīng)研究、DNA 和蛋白質(zhì)快速測序以及單分子分析測量的有效工具[3-I1]。但是,脂雙層的易脆性和不穩(wěn)定性限制了其進一步發(fā)展和商業(yè)化應(yīng)用。

        傳統(tǒng)的平面無支撐脂雙層形成方法是Montalamp; Mueller法[12-13],是由兩個水/空氣界面脂單層在微米大小的 Teflon微孔上融合而成。為了改善脂雙層的壽命,研究者進行了大量工作。牛津大學(xué)Bayley研究組[14-17]利用在油相中形成的水凝膠構(gòu)建脂雙層3D 網(wǎng)絡(luò)和蛋白通道平臺,但技術(shù)要求較高。Kang 等[18]前期使用凝膠包裹脂雙層構(gòu)建蛋白通道芯片[19],壽命可達 48h 。荷蘭格羅寧根生物分子科學(xué)和生物技術(shù)研究所Haiza等[20]通過微加工 Si/SiO2 芯片調(diào)制微孔大小和形狀改善脂雙層。加州大學(xué)洛杉磯分校的Schmidt研究組[21]和東京大學(xué)的Takeuchi研究組[2]分別設(shè)計了微流十字交叉芯片,在水/有機介質(zhì)界面微流自動形成脂雙層,可大大減少納米通道檢測的樣品量,過程易于自動控制,但成功率僅為 30%

        本研究采用微流管與屏蔽管套的雙管結(jié)構(gòu)設(shè)計,開發(fā)了微流管火花打孔的新方法。本方法能夠在微流管壁的任意選定位置精確形成高度密封且結(jié)構(gòu)穩(wěn)定的脂雙層及膜蛋白通道。通過將微流控與納流技術(shù)相結(jié)合,本方法展現(xiàn)出優(yōu)異的重現(xiàn)性和抗干擾能力,使納米孔檢測的分辨率與靈敏度得到顯著提升,為納米孔單分子技術(shù)從實驗室研究走向?qū)嶋H應(yīng)用提供了有效途徑。

        1 實驗部分

        1.1 儀器與試劑

        Axopatch200B膜片鉗放大器、1440A型數(shù)模A/D轉(zhuǎn)換器和 pClamp10.0 數(shù)據(jù)處理軟件(美國AxonInstruments公司);4040A型函數(shù)發(fā)生器(美國BKPrecision公司);精準(zhǔn)火花發(fā)生器(美國Daedalon公司)。直徑200、500和 800μm 的 Teflon管(壁厚 38μm ,美國Goodfellow公司)。植烷酸卵磷脂(DPhPC,美國AvantiPolarLipids公司);無水戊烷( gt;99.7% ,美國Honeywell Burdickamp; Jackson公司);十六烷0 599% ,美國Sigma-Aldrich公司)。實驗用水為超純水( 18.2MΩ?cm )

        1.2 實驗方法

        1.2.1 a 溶血素 (a-HL) 的表達、純化及組裝

        依據(jù)文獻[23]的方法從金黃色葡萄球菌中分離和純化天然單體 α-HL 。由單體 α -HL在兔紅細(xì)胞膜上實現(xiàn)七聚體 α -HL 的組裝及十二烷基磺酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠電泳(SDS-PAGE)分離和純化[24],采用體外轉(zhuǎn)錄和表達技術(shù)制備 α -HL(M113F/K147N)突變體[25]。

        1.2.2Teflon微流管微孔的制作

        采用特制的火花穿孔器在微流管上電激穿孔?;鸹ù┛灼饔苫鸹òl(fā)生器和兩個鉑絲電極組成。兩個電極互相垂直排列,一個伸入Teflon內(nèi)管,另一個垂直放在Teflon 管外,調(diào)節(jié)電激距離和電激次數(shù)即可通過尖端火花放電在Teflon管壁上形成直徑 10~60μm 的不同微孔。

        1.2.3 平面脂雙層及蛋白質(zhì)通道電子記錄

        本研究采用自制的雙管微流系統(tǒng),通過改良的Montal-Mueller法[12-13]形成DPhPC脂雙層。Teflon 微流管上的微孔將系統(tǒng)分隔為cis室(微管內(nèi))和trans室(微管外),兩室分別放置 Ag/AgCl 電極。在脂雙層形成前,采用十六烷-戊烷(1:10,V/V)混合溶液處理微孔。通過實時監(jiān)測膜電容變化追蹤脂雙層的形成過程。脂雙層形成后,向cis室注人目標(biāo)蛋白,使其自發(fā)重組形成跨膜通道。采用膜片鉗放大器記錄實時電流(內(nèi)置 5kHz 低通濾波器,計算機采樣頻率 20kHz ),其中cis室的 Ag/AgCl 電極始終保持接地狀態(tài)。施加正電位意味著trans室具有較高的電位,對應(yīng) α-HL 結(jié)構(gòu)的帽子區(qū)朝向cis室, β 折疊區(qū)朝向Trans室。

        2 結(jié)果與討論

        2.1Teflon微流管納米孔傳感器的設(shè)計與無支撐脂雙層膜的形成

        微流管納米孔傳感器采用雙管設(shè)計,內(nèi)管為具有微孔的Teflon微流管,外管為直徑大于內(nèi)管的玻璃屏蔽管,玻璃可透光,便于觀察微孔。Teflon微流管納米孔裝置的設(shè)計與無支撐弧形脂雙層膜的形成過程如圖1所示,弧形脂雙層和蛋白通道均在無防震臺、無屏蔽籠情況下形成。首先垂直放置裝置(圖1A),分別在內(nèi)管和管間注射含 1% DPhPC脂的戊烷溶液(油相)和含 1mol/LNaCl 的 10mmol/L Tris-HCl緩沖液( pH 7.4) (水相),并保持液面在微孔下(圖1B)。溶液靜置 2min ,在油/水界面自組裝形成脂單層,然后再繼續(xù)注射水相溶液,直至油/水界面通過微流孔,微孔兩端的油/水界面脂單層依靠范德華力和毛細(xì)作用力融合,自發(fā)形成脂雙層(圖1C和1D)。形成脂雙層的關(guān)鍵是油/水界面形成完好的脂單層。為此,溶液必須保持靜置至少 2min ,而與隨后液面上升的速度無關(guān)。如果向cis室注射膜蛋白,數(shù)分鐘內(nèi)即可自發(fā)組裝形成蛋白質(zhì)通道(圖1E)。

        圖1Teflon微流管納來孔裝置的設(shè)計與無支撐弧形脂雙層膜的形成 Fig.1Diagram of microfluidic nanopore device and forming processof arcuate lipid bilayer in microfluidic device α -HL:α溶血素(α-Hemolysin)

        此微流控成膜系統(tǒng)通過光學(xué)與電化學(xué)方法檢測脂雙層形成過程。由圖2A和2B可見微孔在脂雙層形成前后的光學(xué)成像存在差異,其中藍色標(biāo)記區(qū)域為脂雙層,與孔邊緣過渡區(qū)構(gòu)成脂單層?;⌒沃p層結(jié)構(gòu)如圖2C所示,可完全密封微孔。對脂雙層膜施加三角波電位循環(huán)掃描,可記錄到瞬態(tài)方波膜電容電流(圖2D)。在 50μm 微孔上,由膜電流計算得到的膜電容值為 65pF ,根據(jù)膜電容( Cm) 與膜厚度 (lm) 的

        圖2脂雙層膜的光學(xué)和電子監(jiān)測結(jié)果:(A、B)微流管微孔形成弧形脂雙層前后的光學(xué)成像;(C)弧形脂雙層的結(jié)構(gòu)圖;(D)微流管微孔(直徑 55μm )形成弧形脂雙層后的連續(xù)膜電容電流記錄;(E)微流管微孔(直徑 55μm )形成弧形脂雙層 42h 后的膜電容電流記錄;(F)Teflon片上微孔(直徑 120μm? 使用傳統(tǒng)方法形成平面脂雙層 2h 后的膜電容電流記錄。除平面脂雙層數(shù)據(jù)外,弧形脂雙層數(shù)據(jù)在無防震臺、無屏蔽籠情況下獲得

        關(guān)系( Cm0εmAm/lm ,其中, ε0 為真空介電常數(shù); εm 為膜電容的介電常數(shù),脂膜的 εm=2 : Am 為膜的面積),推導(dǎo)出脂雙層厚度為 4.0nm 。通過測量膜電流計算得到膜電阻為 18GΩ ,這種脂雙層膜的高密封電阻支持pA級納米通道電流的高分辨率無泄漏檢測。系統(tǒng)穩(wěn)定性測試結(jié)果(圖2E)表明,脂雙層形成 42h 后,膜電容電流方波仍保持完整波形且無衰減,而傳統(tǒng)Montal-Mueller法在 120μm Teflon片上形成的平面脂雙層(圖2F)僅 2h 即出現(xiàn)波形畸變和嚴(yán)重漏電,充分證明微流控系統(tǒng)形成的弧形脂雙層具有顯著的結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性和電學(xué)密封性優(yōu)勢。

        2.2 微流管微孔大小與弧形脂雙層膜的穩(wěn)定性

        采用特制的火花穿孔器可以在微流管上電激穿孔制作直徑 10~60μm 的微孔。圖3為一組Teflon管微孔照片,可見微孔為圓形,形狀規(guī)則且邊緣光滑無毛刺。采用傳統(tǒng)方法在Teflon片上能夠獲得的微孔最小直徑為 80μm[26] 。采用本方法在 Teflon管上可以很容易地形成 10μm 的微孔,這可能與 Teflon 管的微曲面有關(guān)。為了證實微孔大小與脂雙層穩(wěn)定性有關(guān),測試并記錄了膜電容電流方波形狀和泄漏電流大小以確定脂雙層壽命,結(jié)果見表1。在 10μm 的微孔上微流形成的弧形脂雙層膜壽命可達 98h ,微流管越小,脂雙層膜越穩(wěn)定,這與文獻[27]在SU-8聚合物底物上光刻微孔的結(jié)果一致。此外,通過對直徑500和 800μm 的兩種微流管的測試結(jié)果可以看出,脂雙層膜壽命與微流管大小關(guān)系不大。此外,傳統(tǒng)的電化學(xué)測試必須在防震臺上和屏蔽籠中進行,以減少機械振動和電磁干擾,否則對于pA級的電流無法檢測。微流管的脂雙層膜測試系統(tǒng)突破了傳統(tǒng)電化學(xué)檢測需防震臺/屏蔽籠的限制,其雙管式微型化結(jié)構(gòu)既消除了pA級電流測量的環(huán)境干擾,又具有便攜性,所構(gòu)建的弧形脂雙層膜在形態(tài)和穩(wěn)定性上均優(yōu)于平面仿生膜,更接近天然細(xì)胞膜特征。

        圖3不同直徑的微流管微孔的光學(xué)照片F(xiàn)ig.3Photographs showing the different pore sizes on microfluidic Teflon tubes

        2.3脂雙層膜上膜蛋白重組、噪音分析和通道電子性質(zhì)

        為驗證微流系統(tǒng)構(gòu)建的脂雙層膜的功能特性,選用天然 α -HL(溶液狀態(tài)為七聚體)和突變體 α -HL(M113F/K147N)(溶液狀態(tài)為單體)進行對比研究。分別在微流管裝置的cis室注射1.5fg兩種膜蛋白后,二者在數(shù)分鐘內(nèi)均可形成單通道,可觀察到電壓驅(qū)動下離子電流由 階向單通道電流階的階躍,說明天然 α -HL蛋白能夠以完整的七聚體形式直接插入脂雙層而形成通道,而 α -HL(M113F/K147N)會吸附在脂雙層膜表面重組后形成七聚體 α-HL(M113F/K147N)7 單通道。在含1mol/LNaCl的 10mmol/L Tris-HCl( pH7.4) 緩沖液中,施加 +40mV 電壓, α -HL(M113F/K147N) 通道電流為 (28.68±0.16 pA(n=3) ;施加 -40mV 電壓,通道電流為為 (-30.07±0.18)pA(n=3) 。這與文獻[28]報道的通道電流值基本一致。上述實驗結(jié)果表明,微流系統(tǒng)生成的脂雙層膜具有很好的仿生流動性和活性,膜蛋白能夠直接嵌入或重組產(chǎn)生通道。

        表1不同微流管微孔形成的脂雙層膜穩(wěn)定性Table1Stability of lipid bilayer formed on the apertures of different microfluidic tubes
        注:膜兩端施加 100mV 直流電壓記錄電流,如電流 ?2.0pA ,判定為脂雙層膜破裂,壽命終止,所有結(jié)果為3次實驗結(jié)果的平均值。 Note:If thecurrent ?2.0pA at thepotential of 100mV ,thelipidbilayermembraneisconsideredrupturedandthelifeisterminated,andall dataare the average results of three parallel experiments.

        在傳統(tǒng)方法制備的平面脂雙層和微流系統(tǒng)的弧形脂雙層上,天然 α -HL形成的通道噪音不同(圖4)。在 120mV 電位下, 1mol/LNaCl 溶液中記錄的天然 α-HL 通道電流(圖4A)和偏離基線電流的標(biāo)準(zhǔn)偏差分別為2.15和 0.98pA ,直方圖中通道電流的半峰寬分別是( 4.85±0.01 pA和( (1.89±0.01 )pA。因此,弧形脂雙層上形成的蛋白質(zhì)通道具有較小的干擾噪音,在分析測試中具有較高的信噪比。

        圖4天然 α-HL 單通道電流記錄(A)和相應(yīng)的統(tǒng)計直方圖(B)。施加電位 +120mV , 10mmol/L Tris-HCl (1 mol/L NaCl, pH7.4) 緩沖液。除平面脂雙層數(shù)據(jù)外,弧形脂雙層數(shù)據(jù)在無防震臺、無屏蔽籠情況下 獲得 Fig.4 (A) Single-channel current traces of α -HL(wild-type) protein nanopore and (B) their corresponding histograms.The applied potential is +120mV ,thebufferis 10mmol/L Tris-HCl (1 mol/L NaCl, pH7.4 .In additiontotheplanarlipidbilayerdata,thearcuate lipidbilayerdataisobtained withoutanti-vibrationplatform and shielding cage

        為了進一步驗證所構(gòu)建的蛋白質(zhì)通道的性質(zhì),研究了 β -環(huán)糊精( β -CD)在天然 α-HL 通道中的鍵合情況。在微流裝置的Trans室中加入 β -CD,記錄并分析 -40mV 電壓下 β -CD分子在通道中的鍵合電流曲線(圖5A)。通過統(tǒng)計 β. -CD分子在通道中的平均鍵合時間 (τoff) 和時間間隔( (τon) ,分別計算鍵合速率和解離速率 kon=1/(C?τon) , koff=1/τoff? ,可得 β -CD分子在 25°C 的鍵合平衡常數(shù) Kf=kon/koff=(310±12)L/mol (n=3 ),與文獻[29]的數(shù)值( 290L/mol )相近,證實微流系統(tǒng)組裝的蛋白質(zhì)通道性質(zhì)未發(fā)生變化。本研究針對生物素(Biotin,分子量244,一種重要的小分子維生素)與 β -CD的弱相互作用特性,克服了傳統(tǒng)納米孔技術(shù)因分辨率不足導(dǎo)致的檢測限制,采用微流控系統(tǒng)蛋白質(zhì)通道實現(xiàn)了單分子水平的作用力分析。圖5B是在 -120mV 電壓下的代表性 I-t 曲線。將 β -CD分子加入trans室,生物素加人cis室,通過 ?I-t 曲線統(tǒng)計萃取 τoff 和 τon ,計算得到 β. -CD分子與生物素分子的鍵合常數(shù)為 (320±30)L/mol(n=3,25°C) ,此結(jié)果與核磁共振測量值( 290L/mol )一致[30,表明微流管蛋白質(zhì)納米孔技術(shù)可用于高分辨率要求的單分子分析。

        圖5 β -環(huán)糊精( β -CD)在 α-HL 通道中的鍵合及其與生物素分子的單分子相互作用。所有數(shù)據(jù)均在無屏蔽籠、無防震臺情況下獲得Fig.5 β. -CDbinding in α -HLnanoporeand itsinteractionwith biotinat single-molecule level.All dataareobtained without an anti-vibration platform and shielding cage

        3 結(jié)論

        本研究設(shè)計并搭建了一種新型雙管式微流納米孔分析系統(tǒng)?;诒狙芯块_發(fā)的微孔加工技術(shù),可在微流管指定位置上精確制備最小直徑為 10μm 的微孔。為實現(xiàn)多網(wǎng)絡(luò)納米孔并行(如多孔微流管或平行多微流管陣列)提供了技術(shù)基礎(chǔ)。此系統(tǒng)實現(xiàn)了納米孔的光電同步檢測功能,克服了傳統(tǒng)系統(tǒng)因光路限制導(dǎo)致的光學(xué)信號采集難題,不僅支持光調(diào)制納米孔的電學(xué)檢測,還可拓展應(yīng)用于光化學(xué)反應(yīng)過程及光生自由基的納米孔單分子研究。此微流管蛋白質(zhì)納米孔系統(tǒng)具有小型化、便攜和容易自動化控制的優(yōu)點,可以大大減少樣品的使用量,更為重要的是,系統(tǒng)的抗干擾能力使其特別適合于高分辨率要求的單分子分析。

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        Assembly of Protein Nanopore in Microfluidic Tube and Its Application in Single-Molecule Analysis

        ZHENG Peng',SHI Xin-Yu1,WEI Xing-Peng',KANG Xiao-Feng *2 1(Shandong Feiyang Chemical Co. Ltd., Taian 271200, China) (204號 2 (College of Chemistry and Materials Science,Northwest University, Xi'an 710127, Chia)

        AbstractAs the simplest label-free single-moleculeanalytical technique in solution,nanopore technology has been widely used in rapid sequencing of protein and nucleic acid,and single-molecule sensing. However,the main challenge is to getthis technology outof thelabandachieve automation,miniaturizationas wellas rapidanalysisat high throughput. In this work,a new microfluidic tubing protein nanopore analysis system was designed and constructed by combining microfluidic and nanopore nanofluidic analysis techniques.Anarcuate lipid bilayer was formed in the microfluidic device through lipid monolayer at the oil/water interface by developed aperture processing technology at 10μm level. The arcuate lipid bilayer with the life span of more than 98 h had high biomimetic fluidity and biological activity by which protein channel could be produced and sealed at 18 GΩ level without leakage. When applied +40mV potential, relative standard deviation of single protein α -hemolysin mutant ( α -HL(M113F/K147N)) channel current was less than 0.16pA (n=3) in 10 mmol/L Tris-HCl (pH7.4) buffer containing 1 mol/L NaCl.Single-molecule detection for aptamer and its host-guest interactions with biotin in protein channel demonstrated that this microfluidic tube protein nanopore sensor could well work with high sensitivity without the need of anti-vibration table and shielding cage.

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