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        基于16S rDNA分析腹瀉型腸易激綜合征菌群特征

        2025-03-21 00:00:00宋彩云蘭巧麗林曉曉翁雪健鄭恩典
        中國現(xiàn)代醫(yī)生 2025年5期

        [摘要]"目的"研究腹瀉型腸易激綜合征(diarrhea-predominant"irritable"bowel"syndrome,IBS-D)人群與健康人群腸道菌群特征及其差異,為IBS-D的基礎(chǔ)研究提供臨床依據(jù)。方法"選取2023年1月至2024年6月溫州市人民醫(yī)院收治的IBS-D患者32例為IBS-D組,選取同一時期33名健康者為對照組。對糞便進行菌群的16S"rDNA"檢測,對DNA進行定量分析菌群多樣性。結(jié)果"IBS-D組患者較對照組的多樣性明顯減少,在門水平比較,IBS-D組患者較對照組變形菌門相對豐度升高;在屬水平比較,IBS-D組患者的大腸桿菌–志賀菌屬、克雷伯菌屬相對豐度升高。結(jié)論"IBS-D患者腸道菌群多樣性減少,變形菌門是IBS-D的潛在致病菌。

        [關(guān)鍵詞]"腸道菌群;腹瀉型;腸易激綜合征;16S核糖體DNA基因測序

        [中圖分類號]"R574""""""[文獻標(biāo)識碼]"A""""[DOI]"10.3969/j.issn.1673-9701.2025.05.012

        Characterization"of"microbiota"in"diarrhea-predominant"irritable"bowel"syndrome"based"on"16S"rDNA"detection

        SONG"Caiyun,"LAN"Qiaoli,"LIN"Xiaoxiao,"WENG"Xuejian,"ZHENG"Endian

        Department"of"Gastroenterology,"Wenzhou"People’s"Hospital,"the"Wenzhou"Third"Clinical"Institute"Affiliated"to"Wenzhou"Medical"University,"Wenzhou"325000,"Zhejiang,"China

        [Abstract]"Objective"To"study"the"characteristics"of"intestinal"flora"between"diarrhea-predominant"irritable"bowel"syndrome"(IBS-D)"and"healthy"population,"and"to"provide"a"clinical"basis"for"the"basic"research"of"IBS-D."Methods"A"total"of"32"IBS-D"patients"admitted"to"Wenzhou"People’s"Hospital,"the"Wenzhou"Third"Clinical"Institute"Affiliated"to"Wenzhou"Medical"University"from"January"2023"to"June"2024"were"selected"as"IBS-D"group,"and"33"healthy"during"the"same"period"as"control"group."Cluster"diversity"was"determined"by"16S"rDNA"of"clusters"in"feces"and"quantification"of"DNA."Results"The"diversity"of"IBS-D"group"decreased"significantly"than"control"group,"and"the"relative"abundance"of"proteobacteria"increased"in"the"IBS-D"group,"and"the"relative"abundance"of"E.coli-Shigella"and"Klebsiella"increased"in"the"IBS-D"group."Conclusion"Intestinal"microbiota"diversity"in"IBS-D"patients"reduced"and"proteobacteria"is"the"potential"pathogen"of"IBS-D.

        [Key"words]"Gut"microbiota;"Diarrhea-predominant;"Irritable"bowel"syndrome;"16S"ribosomal"DNA"gene"sequencing

        腸易激綜合征(irritable"bowel"syndrome,IBS)是一種功能性腸病,以腹痛伴排便習(xí)慣改變?yōu)樘卣?。IBS發(fā)病率越來越多,最常見類型是腹瀉型IBS(diarrhea-predominant"IBS,IBS-D)。IBS發(fā)病可能與下列因素相關(guān):胃腸動力學(xué)異常、內(nèi)臟高敏感性、中樞神經(jīng)系統(tǒng)對腸道刺激的感知異常和腦–腸軸調(diào)節(jié)異常、腸道感染、精神心理障礙、腸道微生態(tài)失衡等。腸道微生態(tài)指腸道內(nèi)的共生生態(tài)群落,其中細(xì)菌數(shù)量龐大,腸道菌群超過1000多個物種[1]。IBS存在不同程度腸道菌群失調(diào),其中IBS-D最嚴(yán)重[2]。IBS-D發(fā)病與腸道菌群失調(diào)相關(guān),但究竟是哪些菌株作用,尚無定論[3]。目前16S"rDNA"測序技術(shù)在微生物研究中應(yīng)用成熟,可從DNA層面更準(zhǔn)確反映腸道菌群特征。本研究用16S"rDNA測序技術(shù)檢測IBS-D及健康人群腸道糞便菌群的特點,找出可能的致病菌,分析其可能機制,為IBS-D研究提供參考。

        1""對象與方法

        1.1""研究對象

        選取2023年1月至2024年6月溫州市人民醫(yī)院收治的IBS-D患者32例為IBS-D組,男23例,女9例,年齡(42.62±9.12)歲;選取同一時期33名健康者為對照組,男21例,女12例,年齡(43.30±9.53)歲。IBS-D組納入標(biāo)準(zhǔn):①年齡20~60歲,性別不限;②參照IBS-D診斷標(biāo)準(zhǔn)[4]且近3個月內(nèi)每周平均至少發(fā)作1d。IBS-D患者的糞便至少25%為糊狀便或水樣便且硬便lt;25%;③胃腸鏡檢查未發(fā)現(xiàn)明顯器質(zhì)性病變。健康對照組納入標(biāo)準(zhǔn):①年齡20~60歲,性別不限;②身體無重大基礎(chǔ)疾病,近1個月未服用益生菌、抗生素等藥物;③胃腸鏡檢查未見明顯器質(zhì)性病變。排除標(biāo)準(zhǔn):①近1個月服用抗生素、益生菌、激素等影響菌群藥物者;②既往有胃腸、心腦、肺、肝、腎等重大基礎(chǔ)疾病者;③既往有腹部手術(shù)史。兩組患者的一般資料比較差異無統(tǒng)計意義,具有可比性。受試者均簽署知情同意書,本研究經(jīng)溫州市人民醫(yī)院醫(yī)學(xué)倫理委員會批準(zhǔn)(倫理審批號:倫審KY-"202411-018號)。

        1.2""檢測方法

        收集受試者糞便進行菌群16S"rDNA檢測。收集糞便流程:囑受試者收集未污染的新鮮糞便后立即放入收集管中(至少約1g),將標(biāo)本立即保存于–80℃冰箱,最后送檢糞便菌群測序。對菌群DNA進行定量。細(xì)菌16S"rDNA"V3-V4區(qū)DNA序列的高通量測序。獲得的原始數(shù)據(jù)進行數(shù)據(jù)拼接和過濾,進行alpha多樣性分析和beta多樣性分析。采用"SILVA和NT-16S數(shù)據(jù)庫進行物種注釋,并對各層級物種在各樣本中的豐度進行統(tǒng)計。

        1.3""統(tǒng)計學(xué)方法

        采用SPSS"27.0統(tǒng)計學(xué)軟件對數(shù)據(jù)進行處理分析,計量資料以均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差(")表示,組間差異比較采用秩和檢驗。相關(guān)性分析采用Spearman檢驗,采用R軟件進行alpha多樣性分析,采用PCoA分析、NMSD分析使用Bray-curtis距離算法檢驗兩組間菌群結(jié)構(gòu)的相似性。Plt;0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

        2""結(jié)果

        2.1""兩組菌群多樣性比較

        IBS-D組患者的Shannon指數(shù)為4.769±1.311,健康對照組為5.099±0.870,IBS-D組患者的Simpson指數(shù)為0.849±0.135,健康對照組為0.904±0.068;IBS-D組患者的Chao1指數(shù)為342.864±153.426,健康對照組為373.827±161.024。IBS-D組患者的菌群多樣性各項指數(shù)低于健康組(Plt;0.05)。

        2.2""兩組菌群微生物組成、差異分析

        在門水平,IBS-D組相對豐度排名前5的依次為厚壁菌門、變形菌門、放線菌門、擬桿菌門、疣微菌門,相對豐度分別為44.007%、34.630%、9.527%、9.432%、1.350%。健康組相對豐度排名前5的依次為厚壁菌門、放線菌門、變形菌門、擬桿菌門、疣微菌門,相對豐度分別為66.083%、17.774%、7.584%、4.094%、2.753%。IBS-D組患者的變形菌門相對豐度較健康組升高,厚壁菌門和放線菌門降低。在屬水平,IBS-D組相對豐度排名前5的菌群為大腸桿菌–志賀菌屬、克雷伯菌屬、雙歧桿菌屬、擬桿菌屬、鏈球菌屬,相對豐度分別為24.190%、7.388%、5.790%、4.847%、3.710%。健康組相對豐度排名前5的菌群為雙歧桿菌屬、鏈球菌屬、活潑瘤胃球菌屬、大腸桿菌–志賀菌屬、科林斯菌,相對豐度分別為8.358%、8.263%、6.982%、4.610%、4.515%。上述菌屬在兩組比較差異有統(tǒng)計學(xué)意義的菌屬為大腸桿菌–志賀菌屬、克雷伯菌屬、鏈球菌屬,其中IBS-D組豐度大腸桿菌–志賀菌屬、克雷伯菌屬相對較健康組有所升高,鏈球菌屬相對豐度有所降低。兩組間顯著性差異分析,屬水平中有意義的菌屬有40余種。布勞特菌屬、丹毒梭菌屬豐度在IBS-D組較健康組降低,見圖1。

        2.3""差異菌群分析

        運用LEfSe分析(設(shè)置LDAgt;4,Plt;0.05)IBS-D組患者共有6種差異菌群,均歸為變形菌門。健康組共有13種差異菌群,其中10種歸于厚壁菌門,3種歸于放線菌門。從屬水平來看,IBS-D組包括大腸桿菌–志賀菌屬、克雷伯菌屬;健康組包括鏈球菌屬、布勞特菌屬、丹毒梭菌屬。預(yù)測模型分析,IBS-D組的潛在致病菌相對豐度較健康組上升,變形菌門是IBS-D的潛在致病菌。

        3""討論

        中國IBS以IBS-D為主,男性患者多見[4]。人體腸道菌群短時間趨于穩(wěn)定,長期不斷變化,腸道菌群可參與營養(yǎng)物質(zhì)代謝、免疫調(diào)節(jié),抵御病原體感染[7]。當(dāng)腸道受到各種因素影響時,細(xì)菌功能和組成結(jié)構(gòu)發(fā)生變化,被稱為腸道菌群失調(diào)[5-6]。腸道菌群失調(diào)可能與以下因素相關(guān):①腸道原發(fā)疾病:如腸道感染、小腸細(xì)菌過度生長綜合征等。②全身性疾??;③其他:如抗生素相關(guān)性腹瀉、放化療治療等。腸道菌群失調(diào)與多種疾病相關(guān),如消化道疾病、呼吸系統(tǒng)疾病、代謝性和精神性疾病等,與IBS-D的發(fā)病有關(guān)[8]。腸道菌群失調(diào)可促進炎癥性疾病的易感,菌群多樣性降低[9]。

        本研究IBS-D患者菌群多樣性降低。腸道黏膜能量的主要來源是丁酸。丁酸有抗炎及維持腸黏膜功能穩(wěn)定的作用,厚壁菌門的一些菌屬可產(chǎn)生丁酸[10]。厚壁菌門是腸道的優(yōu)勢菌群,參與能量物質(zhì)代謝,抑制腸道炎癥反應(yīng)[11]。放線菌門是革蘭陽性菌,對維持腸道內(nèi)穩(wěn)態(tài)起關(guān)鍵作用,為腸道共生菌,具有代表性的是雙歧桿菌,被廣泛作為益生菌治療疾病。本研究中IBS-D患者的厚壁菌門和放線菌門相對豐度較健康者降低,維持腸道功能穩(wěn)定的菌群減少。變形菌門可致炎癥因子產(chǎn)生、釋放,激活炎癥反應(yīng),誘發(fā)多種疾病[11]。本研究表明變形菌門是IBS-D的潛在致病菌。IBS-D患者擬桿菌屬豐度上調(diào),雙歧桿菌屬豐度減少。大腸桿菌和擬桿菌可控制機體新陳代謝、調(diào)節(jié)維生素水平。雙歧桿菌有抗感染和增加腸道黏膜屏障、免疫調(diào)節(jié)功能。炎癥反應(yīng)可活化免疫系統(tǒng),進一步加重腸道炎癥反應(yīng)[12-15]。研究表明腸道致病菌增加和益生菌減少可導(dǎo)致腸道黏膜通透性改變,發(fā)生慢性炎癥性疾病[15-16]。

        本研究表明IBS-D患者的鏈球菌屬豐度有所降低,克雷伯菌屬相對豐度升高??死撞暇鷮僮鳛闂l件致病菌,當(dāng)腸道內(nèi)環(huán)境平衡被打破時,可成為致病菌。本文推測克雷伯氏菌屬會改變IBS-D腸道菌群結(jié)構(gòu),導(dǎo)致IBS-D出現(xiàn)腸道菌群失調(diào),需要進一步增加樣本量去研究。綜上,IBS-D患者腸道菌群多樣性減少,存在腸道菌群失調(diào),變形菌門是IBS-D患者的潛在致病菌。

        利益沖突:所有作者均聲明不存在利益沖突。

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        (收稿日期:2024–09–15)

        (修回日期:2024–12–25)

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