摘要:生物育種是種業(yè)創(chuàng)新的核心,是種源核心技術(shù)攻關(guān)的重要手段。明晰作物生物育種核心技術(shù),對(duì)我國(guó)戰(zhàn)略性部署育種技術(shù)研發(fā)、破解種源“卡脖子”、實(shí)現(xiàn)種業(yè)現(xiàn)代化以及建設(shè)種業(yè)強(qiáng)國(guó)具有指導(dǎo)意義?;贒erwent Innovation專利數(shù)據(jù)庫,圍繞核心技術(shù)特征構(gòu)建核心特征測(cè)度指數(shù),結(jié)合專家智慧識(shí)別作物生物育種領(lǐng)域核心專利,通過計(jì)量分析和文本挖掘,從研發(fā)機(jī)構(gòu)、布局區(qū)域和技術(shù)分布視角分析領(lǐng)域核心專利布局概況,洞察作物生物育種核心技術(shù)研發(fā)熱點(diǎn)和重點(diǎn)演變趨勢(shì),經(jīng)專家研判識(shí)別出五大作物生物育種核心技術(shù)主題,并結(jié)合我國(guó)作物生物育種核心技術(shù)發(fā)展現(xiàn)狀,基于轉(zhuǎn)基因技術(shù)和基因組編輯技術(shù)對(duì)我國(guó)未來生物育種研發(fā)與產(chǎn)業(yè)化進(jìn)行了展望。
關(guān)鍵詞:生物育種;核心專利;熵值法;核心特征測(cè)度指數(shù);核心技術(shù);文本挖掘
doi:10.13304/j.nykjdb.2023.0683
中圖分類號(hào):S336 文獻(xiàn)標(biāo)志碼:A 文章編號(hào):10080864(2025)03003514
種子是確保國(guó)家糧食安全的基礎(chǔ),生物育種是種業(yè)創(chuàng)新的核心。近年來我國(guó)高度重視種業(yè)安全和生物育種工作,提出要加快推進(jìn)農(nóng)業(yè)關(guān)鍵核心技術(shù)攻關(guān)、加快生物育種產(chǎn)業(yè)化步伐。2021年出臺(tái)的《種業(yè)振興行動(dòng)方案》將啟動(dòng)種源關(guān)鍵核心技術(shù)攻關(guān)列為重點(diǎn)部署工作。面向種源核心技術(shù)攻關(guān)的迫切需求,如何有效識(shí)別核心技術(shù)成為首要解決的問題。
專利作為公開獲取的技術(shù)信息源,是國(guó)家、企業(yè)、行業(yè)競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)的核心要素之一,能夠更好地揭示領(lǐng)域核心技術(shù)[1]。核心專利承載著產(chǎn)業(yè)核心技術(shù),深入挖掘核心專利是洞察領(lǐng)域核心技術(shù)的有效途徑。因此,如何從海量專利中識(shí)別核心專利近年來得到廣泛關(guān)注,相關(guān)研究與應(yīng)用日益豐富。
目前,已有學(xué)者采取多種方法對(duì)目標(biāo)領(lǐng)域的核心專利進(jìn)行識(shí)別和分析。郭劍明等[2]構(gòu)建了基于網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)重要性的核心專利識(shí)別方法;付振康等[3]基于影響專利壽命的指標(biāo),通過深度學(xué)習(xí)模型識(shí)別數(shù)字通信技術(shù)領(lǐng)域的核心專利;陳祥等[4]通過構(gòu)建專利進(jìn)化模型和技術(shù)擴(kuò)散指數(shù)識(shí)別疫苗制備技術(shù)領(lǐng)域的核心專利;王曰芬等[5]從行為效果和動(dòng)機(jī)目的視角構(gòu)建核心專利識(shí)別指標(biāo)體系,篩選人工智能領(lǐng)域核心專利;謝萍等[6]構(gòu)建了核心專利綜合價(jià)值指標(biāo)體系,以識(shí)別風(fēng)能領(lǐng)域的核心專利;羅立國(guó)等[7]通過多元回歸模型分析了多種專利屬性指標(biāo)與核心專利的相關(guān)性,識(shí)別出新能源汽車裝置領(lǐng)域的核心專利;鞏永強(qiáng)等[8]基于專利對(duì)創(chuàng)新鏈中基礎(chǔ)研究、應(yīng)用研究和產(chǎn)業(yè)應(yīng)用環(huán)節(jié)的作用構(gòu)建測(cè)度指標(biāo),篩選出白血病相關(guān)藥物領(lǐng)域的核心專利。趙蓉英等[9]根據(jù)被引頻次對(duì)人工智能領(lǐng)域核心專利進(jìn)行了深入挖掘與研究;崔斌等[10]基于權(quán)利申請(qǐng)數(shù)量、發(fā)明人數(shù)量等指標(biāo),運(yùn)用超體積函數(shù)測(cè)度識(shí)別出基因工程疫苗領(lǐng)域的核心專利;崔遵康等[11]基于Innography 專利強(qiáng)度遴選出糧食作物生物育種領(lǐng)域核心專利。以上研究為本研究中核心專利識(shí)別指標(biāo)選擇及方法構(gòu)建提供了重要參考。
在生物育種領(lǐng)域,已有學(xué)者開展了關(guān)于核心技術(shù)的探索研究,梁翰文等[12]綜述了作物育種關(guān)鍵技術(shù)發(fā)展態(tài)勢(shì);陳贏男等[13]概述了現(xiàn)代林木育種關(guān)鍵核心技術(shù)研究現(xiàn)狀;楊艷萍等[14]通過專利共被引聚類和組合分析識(shí)別出作物育種技術(shù)的關(guān)鍵技術(shù)。
綜上所述,已有研究多基于專家定性分析以及專利關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)聚類分析方面,鮮有從核心專利與核心技術(shù)的關(guān)聯(lián)性出發(fā),通過定量分析方法識(shí)別核心專利,進(jìn)而挖掘核心技術(shù)的研究。因此,本研究圍繞核心技術(shù)特征構(gòu)建核心特征測(cè)度指數(shù),結(jié)合專家智慧識(shí)別作物生物育種領(lǐng)域核心專利,通過文本挖掘明晰該領(lǐng)域核心技術(shù),以期為我國(guó)科學(xué)開展作物育種技術(shù)布局、優(yōu)化產(chǎn)業(yè)布局、破解國(guó)外技術(shù)封鎖、推動(dòng)我國(guó)種業(yè)現(xiàn)代化、建設(shè)種業(yè)強(qiáng)國(guó)提供數(shù)據(jù)支撐和參考。
1 材料與方法
1.1 數(shù)據(jù)來源
數(shù)據(jù)來自Derwent Innovation 全球?qū)@麛?shù)據(jù)庫,其收錄了德溫特世界專利索引(DerwentWorld Patent Index, DWPI)和德溫特專利引文索引(Derwent Patent Citation Index, DPCI)數(shù)據(jù)庫的全部專利以及來自全球48個(gè)專利授予機(jī)構(gòu)、90多個(gè)國(guó)家和地區(qū)的9 300 萬件專利信息。根據(jù)經(jīng)濟(jì)合作與發(fā)展組織(Organization for EconomicCo-operation and Development, OECD)確定的生物技術(shù)專利分類號(hào)提取涉及育種領(lǐng)域的專利分類號(hào),包括A01H1*、A01H4*、C12M*、C12N*、C12Q*,并與代表作物領(lǐng)域的分類號(hào)(A01H)相組合,按照數(shù)據(jù)庫的檢索式表達(dá)要求,確定作物生物育種技術(shù)檢索表達(dá)式。專利申請(qǐng)時(shí)間范圍為2000—2020年,檢索時(shí)間為2021年12月30日,共獲得專利108 742件。
1.2 研究方法
核心專利識(shí)別。本研究參考前人方法[15-17]從基礎(chǔ)性、影響性和競(jìng)爭(zhēng)性3個(gè)維度表征核心技術(shù),并選擇相關(guān)測(cè)度指標(biāo)(表1)。為減少無效專利的影響,選取各項(xiàng)指標(biāo)均大于零的專利,共計(jì)16 749件;然后采集其相關(guān)指標(biāo)數(shù)據(jù),經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化處理,將所選指標(biāo)通過熵值法進(jìn)行賦權(quán)。
熵值法是根據(jù)各項(xiàng)指標(biāo)值所提供的信息大小來確定指標(biāo)權(quán)重的客觀賦權(quán)法,基于信息論原理,指標(biāo)的信息熵越小,不確定性就越小,所提供信息量越大,在綜合評(píng)價(jià)中所發(fā)揮的作用越大,權(quán)重越高。熵值法具體步驟如下。
①由n 年數(shù)據(jù)來源的m 項(xiàng)評(píng)價(jià)指標(biāo)構(gòu)成數(shù)據(jù)矩陣X。
建立情報(bào)專家和育種領(lǐng)域?qū)<覉F(tuán)隊(duì),通過專家反復(fù)研討,選取CCIi排名前3%的專利形成初始核心專利集,經(jīng)作物育種領(lǐng)域?qū)<覍訉渝噙x,得到116件核心專利(圖1)。
通過文獻(xiàn)計(jì)量法,利用德溫特?cái)?shù)據(jù)分析軟件(Derwent data analyzer,DDA)和 Excel 等工具,從申請(qǐng)趨勢(shì)、地域分布、申請(qǐng)人、技術(shù)分布等維度進(jìn)行計(jì)量統(tǒng)計(jì),利用DDA 主題詞抽取和可視化功能分析作物生物育種核心專利熱點(diǎn)主題詞,通過詞頻逆文本頻率指數(shù)(term frequency-inversedocument frequency,TF-IDF)統(tǒng)計(jì)方法挖掘?qū)@匾黝}詞。
2 結(jié)果與分析
2.1 核心專利計(jì)量分析
2.1.1 重要研發(fā)機(jī)構(gòu) 作物生物育種核心專利主要來自陶氏益農(nóng)、Broad研究所、麻省理工學(xué)院和孟山都(表2),陶氏益農(nóng)和孟山都的專利申請(qǐng)主要集中在2010年,內(nèi)容聚焦轉(zhuǎn)基因技術(shù);Broad研究所和麻省理工學(xué)院的專利申請(qǐng)主要集中在2013年,內(nèi)容以基因組編輯技術(shù)為主。
2.1.2 主要布局區(qū)域 作物生物育種核心專利主要在美國(guó)(57件)和歐盟地區(qū)(11件),這與現(xiàn)代生物育種技術(shù)多起源于美國(guó)和歐洲地區(qū)有關(guān),申請(qǐng)人一般會(huì)優(yōu)先考慮在本國(guó)進(jìn)行專利布局。在美國(guó)布局的核心專利重要主題詞涵蓋轉(zhuǎn)基因技術(shù)和基因組編輯技術(shù);在歐盟地區(qū)布局的核心專利重要主題詞則集中在CRISPR/Cas(clustered regularlyinterspaced short palindromic repeats/CRISPRassociated)基因編輯技術(shù)(表3)。這與2個(gè)地區(qū)對(duì)于轉(zhuǎn)基因技術(shù)及基因組編輯技術(shù)的監(jiān)管制度緊密相關(guān)。美國(guó)對(duì)于現(xiàn)代生物育種技術(shù)持相對(duì)寬松的監(jiān)管方式,在全球最早頒布并執(zhí)行轉(zhuǎn)基因作物監(jiān)管制度,基于“個(gè)案分析”以基因編輯作物最終產(chǎn)品作為監(jiān)管對(duì)象,綜合評(píng)估產(chǎn)品的安全性、新穎性,目前已有基因編輯產(chǎn)品獲批上市[1819],相對(duì)明朗寬松的監(jiān)管政策促進(jìn)了相關(guān)技術(shù)的研發(fā)及專利布局。歐盟地區(qū)對(duì)轉(zhuǎn)基因作物持相對(duì)謹(jǐn)慎的監(jiān)管態(tài)度,嚴(yán)格限制轉(zhuǎn)基因作物在歐洲地區(qū)種植,而對(duì)于基因編輯作物則從最初將其視為轉(zhuǎn)基因作物等同監(jiān)管轉(zhuǎn)向釋放放寬基因編輯在農(nóng)業(yè)領(lǐng)域監(jiān)管限制的信號(hào)[20],促使其成為基因組編輯技術(shù)專利布局的熱點(diǎn)地區(qū)之一。
2.1.3 技術(shù)分布 作物生物育種核心專利主要分布在C12N15和A01H5這2個(gè)技術(shù)領(lǐng)域(表4),熱點(diǎn)主題詞包括CRISPR、轉(zhuǎn)基因、特異性堿基對(duì)序列、靶標(biāo)DNA、新DNA 靶向RNA、位點(diǎn)特異性修飾、多肽、定點(diǎn)等(圖2)。從時(shí)間分布來看,大致以2012年為分割點(diǎn),2012年之前的熱點(diǎn)主題詞以轉(zhuǎn)基因植物、轉(zhuǎn)基因、害蟲、防控雜草、防控鱗翅目害蟲等轉(zhuǎn)基因技術(shù)相關(guān)詞組為主;2012年之后的熱點(diǎn)主題詞以CRISPR、靶標(biāo)DNA、特異性堿基對(duì)序列、位點(diǎn)特異性修飾、定點(diǎn)、多肽、新DNA靶向RNA、CRISPR酶系統(tǒng)等基因組編輯技術(shù)相關(guān)詞組居多(圖3)。
重要主題詞的時(shí)間分布(表5)顯示,2012年之前作物生物育種技術(shù)的研發(fā)重心集中在防控雜草與蟲害、新型抗蟲蛋白、轉(zhuǎn)基因植物;2012年首次出現(xiàn)specific base pair sequence主題詞;2013年首次出現(xiàn)CRISPR enzyme system、target DNA、newDNA-targeting RNA、performing site-specificmodification、site-directed、interspaced shortpalindromic repeats (CRISPR)-CRISPR 等主題詞,并延續(xù)出現(xiàn)在之后的年份。由此可見,2012年以前作物育種主要是以轉(zhuǎn)基因育種技術(shù)為主,以提升作物的抗蟲、抗除草劑性能;2012年之后作物生物育種技術(shù)的研發(fā)重心轉(zhuǎn)向以CRISPR為代表的基因組編輯技術(shù)和靶向育種技術(shù)。從技術(shù)類別來看,作物生物育種核心專利主要涉及轉(zhuǎn)基因技術(shù)(75件)和基因組編輯技術(shù)(41件),同樣呈現(xiàn)出由轉(zhuǎn)基因技術(shù)向基因組編輯技術(shù)遷移的趨勢(shì)(圖4)。
2.2 作物生物育種領(lǐng)域核心技術(shù)解析
通過專家解讀,作物生物育種領(lǐng)域核心技術(shù)主題包括:①外源基因轉(zhuǎn)化技術(shù)體系改進(jìn)與優(yōu)化;②RNA干擾遺傳轉(zhuǎn)化體系構(gòu)建;③CRISPR/Cas基因編輯系統(tǒng)構(gòu)建;④抗蟲、抗除草劑基因挖掘及轉(zhuǎn)基因品種鑒定;⑤綜合性狀改良基因挖掘及轉(zhuǎn)基因品種選育。其中,主題①的專利申請(qǐng)年份最早,核心特征測(cè)度指數(shù)最高,代表基礎(chǔ)核心技術(shù);主題③的核心特征測(cè)度指數(shù)較高,且平均申請(qǐng)年份較新,代表新興核心技術(shù);主題④的核心專利最多,研究熱度最大。從時(shí)間脈絡(luò)來看,作物生物育種核心技術(shù)大致經(jīng)歷了從外源基因轉(zhuǎn)化體系構(gòu)建與優(yōu)化、功能基因挖掘及轉(zhuǎn)基因品種選育到RNA干擾技術(shù)轉(zhuǎn)化體系構(gòu)建,再到CRISPR/Cas基因編輯技術(shù)的演進(jìn)過程。
2.2.1 外源基因轉(zhuǎn)化技術(shù)體系改進(jìn)與優(yōu)化 與常規(guī)雜交育種相比,外源基因轉(zhuǎn)入可以打破生殖隔離,在更大范圍內(nèi)利用基因資源,實(shí)現(xiàn)遺傳物質(zhì)在不同物種間的傳遞,更快地獲得具有理想性狀的新品種;其次,外源基因轉(zhuǎn)入還可以更為精準(zhǔn)地在同一物種內(nèi)傳遞遺傳物質(zhì),將多種優(yōu)良性狀快速集于一身,大幅提高育種效率。遺傳轉(zhuǎn)化技術(shù)是影響轉(zhuǎn)基因作物培育的重要環(huán)節(jié)。近年來,作物轉(zhuǎn)基因效率得到大幅提高,特別是小麥,轉(zhuǎn)化效率從不足1% 提高到近20%,并且已經(jīng)基本克服了基因型限制[21]。目前主要研究方向是利用農(nóng)桿菌轉(zhuǎn)化替代基因槍,用成熟胚或其他外植體替代幼胚培養(yǎng),以簡(jiǎn)化操作程序和消除設(shè)備依賴性;載體改造方面實(shí)現(xiàn)單次多基因轉(zhuǎn)化和多基因同步編輯,以提高轉(zhuǎn)化效率和降低成本。
該技術(shù)主題的相關(guān)專利包括通過轉(zhuǎn)基因載體的改造提高轉(zhuǎn)化效率和更有效地改變目標(biāo)基因的表達(dá)活性。孟德爾生物公司從擬南芥蛋白質(zhì)乙烯反應(yīng)因子中鑒定得到一個(gè)新的強(qiáng)轉(zhuǎn)錄激活域EDLL,當(dāng)EDLL結(jié)構(gòu)域通過序列特異性DNA結(jié)合蛋白或通過蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)互作鉚定到靶基因啟動(dòng)子時(shí)可顯著提高靶基因的轉(zhuǎn)錄活性,可以作為高效的轉(zhuǎn)錄激活工具,增強(qiáng)轉(zhuǎn)基因植物中靶基因的活性[22]。孟山都鑒定出一套可操縱靶基因在植物中表達(dá)的調(diào)控序列,其中5’啟動(dòng)子DNA序列在單子葉和雙子葉作物中均具有可調(diào)節(jié)靶基因表達(dá)活性的功能,3’非翻譯區(qū)用于基因轉(zhuǎn)錄后加工,以保證轉(zhuǎn)錄本的準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性[23]。
2.2.2 RNA 干擾遺傳轉(zhuǎn)化體系構(gòu)建 RNA 干擾(RNA interference,RNAi)是真核生物中由RNA介導(dǎo)的保守調(diào)節(jié)機(jī)制,由雙鏈RNA 誘發(fā)、同源mRNA高效特異性降解的現(xiàn)象。RNAi技術(shù)可特異性剔除或關(guān)閉特定基因的表達(dá),已成為植物性狀改良的重要方式之一。目前,已利用RNAi技術(shù)培育出抗病蟲害、抗非生物脅迫和品質(zhì)改良的植物新品種[24]。由于RNAi技術(shù)具有抗蟲靶標(biāo)基因來源廣、基因特異性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn),能夠有效延緩害蟲抗性進(jìn)化,目前已廣泛應(yīng)用于作物病蟲害防治,在擬南芥、煙草、馬鈴薯、玉米、小麥、棉花和大豆等多種作物均實(shí)現(xiàn)了基于RNAi的抗蟲品種培育[25]。
該技術(shù)主題的相關(guān)專利主要涉及將雙鏈RNA(double-stranded RNA,dsRNA)引入植物的方法以及其在培育抗蟲、抗逆和綜合品質(zhì)改良植物品種中的應(yīng)用。孟山都研發(fā)出與植物中靶基因序列互補(bǔ)或相同的dsRNA,植物經(jīng)約2.5 μm的顆粒研磨后與dsRNA 接觸,以滲透壓劑方式將dsRNA引入植物,賦予植物增產(chǎn)、抗非生物脅迫、抗病等優(yōu)異性狀[26]。在抗蟲研究方面,孟山都研發(fā)出由編碼dsRNA的DNA及其相關(guān)異源啟動(dòng)子構(gòu)成的重組DNA構(gòu)建體,通過向植物中轉(zhuǎn)入該構(gòu)建體觸發(fā)產(chǎn)生抑制害蟲靶基因的dsRNA,實(shí)現(xiàn)對(duì)跳甲蟲物種的防治[27]。在抗非生物脅迫和品質(zhì)改良研究方面,孟山都研發(fā)出異源miRNA識(shí)別位點(diǎn)的分子構(gòu)建體和用于基因抑制的分子構(gòu)建體,以及含有該構(gòu)建體的轉(zhuǎn)基因植物,可有效提高植物非生物脅迫抗性、生物應(yīng)激耐受性、病蟲害抗性、產(chǎn)量及氮利用率等農(nóng)藝性狀[28]。
2.2.3 CRISPR/Cas基因編輯系統(tǒng)構(gòu)建 CRISPR/Cas基因編輯系統(tǒng)來源于細(xì)菌和古細(xì)菌的獲得性免疫,其通過設(shè)計(jì)1個(gè)特定短引導(dǎo)RNA(guide RNA,gRNA)補(bǔ)充目標(biāo)位點(diǎn)即可對(duì)DNA進(jìn)行定點(diǎn)切割,實(shí)現(xiàn)了基因編輯的易編輯性,開創(chuàng)了基因編輯新時(shí)代,2位創(chuàng)始人也因此獲得了2020年諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)[29]。隨著CRISPR/Cas9系統(tǒng)在動(dòng)物細(xì)胞中的應(yīng)用,麻省理工學(xué)院張峰團(tuán)隊(duì)首次將Cas9改造為缺口酶以促進(jìn)同源重組[30];哈佛大學(xué)Church G團(tuán)隊(duì)完成Ⅱ型系統(tǒng)設(shè)計(jì),引入多個(gè)gRNA實(shí)現(xiàn)對(duì)目標(biāo)基因座的多重編輯[31];加州大學(xué)舊金山分校開發(fā)出CRISPRi技術(shù),將Cas9蛋白改造為失去核酸內(nèi)切酶活性的dCas9,與gRNA共表達(dá),通過結(jié)合目標(biāo)DNA抑制其表達(dá)[32]。
CRISPR/Cas 基因編輯系統(tǒng)在植物領(lǐng)域的研究與應(yīng)用日益廣泛,多種植物CRISPR/Cas基因編輯體系成功建立,CRISPR/Cas系統(tǒng)逐步發(fā)展擴(kuò)充為CRISPR/Cas9、CRISPR/Cas12、CRISPR/Cas13及CRISPR/Cas14四大編輯系統(tǒng)[33]。目前,該系統(tǒng)已被應(yīng)用于小麥、玉米、水稻、大豆、馬鈴薯、番茄、油菜和花生等農(nóng)作物的育種改良[34],基本實(shí)現(xiàn)了靶向基因敲除與插入、DNA-free編輯、RNA編輯、單堿基編輯、基因定位、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)和表觀修飾等功能,培育出具有高產(chǎn)、抗病蟲害、抗除草劑和非生物脅迫的作物新品種[35]。
該技術(shù)主題的相關(guān)專利主要涉及在不同環(huán)境下使用CRISPR/Cas9系統(tǒng)進(jìn)行基因編輯的方法,包括不同的sgRNA或Cas9的不同結(jié)合方式,將靶向目標(biāo)基因組序列的CRISPR與Cas9基因構(gòu)建到同一載體上,CRISPR序列在被轉(zhuǎn)錄成為RNA后,能夠與Cas9蛋白形成復(fù)合體,導(dǎo)向Cas9蛋白到基因組靶序列進(jìn)行切割,實(shí)現(xiàn)原核或真核細(xì)胞內(nèi)基因組的精準(zhǔn)靶向編輯。Doudna等[36]研發(fā)出不限環(huán)境的靶標(biāo)DNA切割,首次將CRISPR/Cas9這一自然界存在的細(xì)菌對(duì)病毒的防疫機(jī)制進(jìn)行體外重組,實(shí)現(xiàn)復(fù)雜基因組的查找、切割等工具化操作,專利權(quán)限包括體外或細(xì)胞內(nèi)使用CRISPR/Cas9;Zhang[37]研發(fā)出在真核或有核細(xì)胞內(nèi)(尤其是哺乳動(dòng)物細(xì)胞和植物基因組)對(duì)靶標(biāo)DNA切割的CRISPR/Cas9系統(tǒng),專利權(quán)限包括在真核細(xì)胞或任何有細(xì)胞核的物種中使用CRISPR/Cas9,首次將CRISPR/Cas9在和人類關(guān)系最為密切的真核細(xì)胞中進(jìn)行應(yīng)用。
2.2.4 抗蟲、抗除草劑基因挖掘及轉(zhuǎn)基因品種鑒定 目前,轉(zhuǎn)基因技術(shù)商業(yè)化應(yīng)用以抗除草劑基因和抗蟲基因?yàn)橹鳎嚓P(guān)轉(zhuǎn)基因作物已得到大面積推廣應(yīng)用[38]。抗蟲基因主要集中于編碼蘇云金芽孢桿菌Bt蛋白及其重組蛋白的核酸序列,已發(fā)現(xiàn)798個(gè)Cry家族基因、177個(gè)Vip家族基因和40個(gè)Cyt家族基因。商業(yè)化應(yīng)用的抗蟲性狀轉(zhuǎn)化體以Cry類基因居多,其中cry1Ab、cry1Fa2、cry35Ab1基因應(yīng)用最為廣泛[39]。耐除草劑基因主要包括原卟啉原氧化酶(protoporphyrinogen oxidase,PPO)、對(duì)羥基苯基丙酮酸雙氧化酶(4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase,HPPD)、草甘膦-N-乙酰轉(zhuǎn)移酶(glyphosate N-acetytransferase,GLYAT)、突變的纖維素合酶(cellulose synthase,CESA)、5烯醇丙酮酰莽草酸3磷酸合酶(5-enolpyruvyl-shikimate-3-phosphate synthase,EPSPS)、麥草畏脫羧酶等除草劑靶標(biāo)酶的編碼序列[40]。
該技術(shù)主題的研發(fā)內(nèi)容主要是圍繞廣譜抗蟲基因、抗除草劑基因以及聚合抗除草劑和抗蟲基因的挖掘與鑒定。在抗蟲方面,主要通過修飾抗蟲基因或聚合不同靶標(biāo)害蟲的多個(gè)抗蟲基因以實(shí)現(xiàn)對(duì)鱗翅目、鞘翅目及雙翅目等多種害蟲的抗性,拓寬轉(zhuǎn)基因植物抗蟲譜,并延緩害蟲耐藥性。主要包括防治鱗翅目昆蟲的殺蟲蛋白CRY1Ca 和CRY1Fa[41],在Cry1Ca蛋白基礎(chǔ)上進(jìn)行改良,對(duì)產(chǎn)生Cry1F抗性的秋粘蟲和甘蔗螟具有殺滅活性的DIG-109及DIG-152蛋白[42],控制歐洲玉米螟和秋粘蟲的Cry1Ab和Cry1Be蛋白組合[43],防治秋粘蟲的Cry1Da和Cry1Be蛋白組合[44],防治草地貪夜蛾的Cry1Da和Cry1Ca蛋白組合[45]以及防治玉米根蟲的Cry3殺蟲多肽[46]的編碼基因。在抗除草劑方面,通過挖掘和創(chuàng)制不同除草劑對(duì)應(yīng)的不同靶基因或同一靶基因的不同抗性突變位點(diǎn),經(jīng)人工誘變及突變體篩選、轉(zhuǎn)基因?qū)胪庠纯剐曰虻仁侄潍@得抗除草劑育種材料。涉及的抗除草劑種類包括草甘膦[4748]、麥草畏[49-51]、乙酰乳酸合成酶(acetolactate synthase,ALS)抑制劑類[52]、羥基苯基丙酮酸雙加氧酶(4-hydroxyphenylpyruvatedioxygenase,HPPD)類抑制劑類[53]。此外,通過多種耐除草劑基因堆疊創(chuàng)制復(fù)合型耐除草劑品種[5455]也是新趨勢(shì)之一。
為了同時(shí)實(shí)現(xiàn)抗蟲、抗除草劑效果,在同一植物中聚合抗除草劑和抗蟲基因是重要方式之一。陶氏益農(nóng)在大豆轉(zhuǎn)基因事件pDAB4468.04.16.1和 pDAB9582.814.19.1中實(shí)現(xiàn)了抗除草劑和抗蟲基因的聚合,使大豆包含AAD-12、CrylF、CrylAc(synpro) 和 PAT 編碼基因,為大豆作物同時(shí)提供抗蟲性和除草劑耐受性[56]。陶氏益農(nóng)在玉米新aad-1轉(zhuǎn)化事件中插入玉米細(xì)胞基因組內(nèi)特定位點(diǎn)的多核苷酸序列,編碼耐除草劑和抑制昆蟲蛋白,并研發(fā)出用于樣品檢測(cè)的試劑盒[57]。
2.2.5 綜合性狀改良基因挖掘及轉(zhuǎn)基因品種選育 面對(duì)全球氣候變化、耕地面積減少、人口不斷增加等挑戰(zhàn),促進(jìn)作物高產(chǎn)穩(wěn)產(chǎn)、提升制作物氣候適應(yīng)性,成為保障糧食安全的基本要求,作物高產(chǎn)及抗旱、抗寒、耐高溫等抗逆基因的挖掘一直是作物遺傳改良的研究熱點(diǎn)。隨著人們生活水平提高,對(duì)優(yōu)質(zhì)農(nóng)產(chǎn)品的需求日益高漲,健康品質(zhì)基因的鑒定也逐漸成為重要的研究方向之一。近年來,協(xié)同性狀矛盾基因的鑒定成為重要突破,Wei等[58]發(fā)現(xiàn)了能夠同時(shí)提水稻高光合作用效率和氮素利用效率的高產(chǎn)基因OsDREB1C,使水稻增產(chǎn)30%以上;Brown等[59]從小麥Mlo 基因編輯突變體中篩選鑒定出具有白粉病廣譜抗性且對(duì)產(chǎn)量沒有負(fù)效應(yīng)的植株,為抗病和產(chǎn)量的協(xié)同改良提供了重要育種材料。
該技術(shù)主題的相關(guān)專利包括提升植物健康品質(zhì)、產(chǎn)量和環(huán)境脅迫耐受性的DNA構(gòu)建體組配及相關(guān)轉(zhuǎn)基因植物選育方法。孟德爾生物公司研發(fā)出使植物高產(chǎn)、耐受滲透脅迫或干旱、開花延遲以及木質(zhì)素含量增加的轉(zhuǎn)錄因子序列及相關(guān)轉(zhuǎn)基因植物[60];孟山都研發(fā)出新的重組DNA構(gòu)建體以及獲得含該構(gòu)建體的轉(zhuǎn)基因種子和植物的方法,使植物水分利用率、氮利用率、產(chǎn)量和耐寒性提高,種子蛋白和油脂成分得到改善[61]。聯(lián)邦科學(xué)和工業(yè)研究組織研發(fā)出編碼ω-3去飽和酶的DNA構(gòu)建體,并實(shí)現(xiàn)了其與植物基因組的整合,使植物產(chǎn)生更多的多不飽和脂肪酸[62]。美國(guó)無煙煙草公司研發(fā)出編碼細(xì)胞色素p450酶和尼古丁去甲基化酶的核酸序列,可以有效降低煙草中的尼古丁含量[6364]。
3 討論與展望
3.1 討論
作物生物育種核心專利主要來自陶氏益農(nóng)、Broad研究所、麻省理工學(xué)院和孟山都,美國(guó)和歐盟地區(qū)是熱點(diǎn)布局地區(qū),技術(shù)內(nèi)容涵蓋轉(zhuǎn)基因技術(shù)和基因組編輯技術(shù),熱點(diǎn)主題詞包括CRISPR、轉(zhuǎn)基因、特異性堿基對(duì)序列、靶標(biāo)DNA、新DNA 靶向RNA、位點(diǎn)特異性修飾、多肽、位點(diǎn)定向。
通過深入分析核心專利,洞察作物生物育種核心技術(shù)發(fā)展態(tài)勢(shì)如下。
第一,核心技術(shù)聚焦5大主題。①抗蟲、抗除草劑基因挖掘及轉(zhuǎn)基因品種鑒定;②CRISPR/Cas基因編輯系統(tǒng)構(gòu)建;③RNAi遺傳轉(zhuǎn)化體系構(gòu)建;④綜合性狀改良基因挖掘及轉(zhuǎn)基因品種選育;⑤外源基因轉(zhuǎn)化技術(shù)體系改進(jìn)與優(yōu)化。其中,抗蟲、抗除草劑基因挖掘及轉(zhuǎn)基因品種鑒定是熱點(diǎn)核心技術(shù);CRISPR/Cas基因編輯系統(tǒng)構(gòu)建是新興核心技術(shù);外源基因轉(zhuǎn)化技術(shù)體系改進(jìn)與優(yōu)化屬于基礎(chǔ)核心技術(shù)。
第二,技術(shù)布局呈現(xiàn)地區(qū)差異。美國(guó)相對(duì)明朗寬松的生物育種監(jiān)管方式使其成為轉(zhuǎn)基因技術(shù)和基因組編輯技術(shù)兩大主流生物育種核心技術(shù)的熱點(diǎn)布局地區(qū),歐盟在有望放寬基因編輯監(jiān)管限制的形勢(shì)下,成為CRISPR/Cas基因編輯技術(shù)的熱點(diǎn)布局地區(qū)。
第三,呈現(xiàn)由轉(zhuǎn)基因技術(shù)向基因組編輯技術(shù)變遷的趨勢(shì)。2012年之前的技術(shù)研發(fā)聚焦轉(zhuǎn)基因技術(shù),研發(fā)重心集中在防控雜草與蟲害、新型抗蟲蛋白、轉(zhuǎn)基因植物;2012年之后基因組編輯技術(shù)研究日益升溫,CRISPR/Cas基因編輯系統(tǒng)是技術(shù)研發(fā)重心。作物生物育種核心技術(shù)呈現(xiàn)從外源基因轉(zhuǎn)化體系構(gòu)建與優(yōu)化、功能基因挖掘及轉(zhuǎn)基因品種選育到RNAi 技術(shù)轉(zhuǎn)化體系構(gòu)建,再到CRISPR/Cas基因編輯技術(shù)的演進(jìn)趨勢(shì)。
3.2 展望
我國(guó)正處于深入實(shí)施種業(yè)振興行動(dòng)的關(guān)鍵時(shí)期,明晰生物育種核心技術(shù)及國(guó)際發(fā)展動(dòng)態(tài)對(duì)于我國(guó)推進(jìn)農(nóng)業(yè)關(guān)鍵核心技術(shù)攻關(guān)、加快生物育種產(chǎn)業(yè)化具有重要指導(dǎo)意義。在轉(zhuǎn)基因技術(shù)育種方面,我國(guó)獲得了耐儲(chǔ)存番茄、抗蟲棉花、抗病辣椒、抗病番木瓜、轉(zhuǎn)植酸酶玉米、抗蟲水稻、耐除草劑玉米、雙抗玉米和耐除草劑大豆生物安全生產(chǎn)證書[65],在作物轉(zhuǎn)基因技術(shù)和材料儲(chǔ)備上已為轉(zhuǎn)基因作物產(chǎn)業(yè)化做出良好準(zhǔn)備,但目前只有抗蟲棉和抗病番木瓜實(shí)現(xiàn)大規(guī)模商業(yè)化生產(chǎn),我國(guó)技術(shù)儲(chǔ)備潛力有待進(jìn)一步釋放。亟需通過不斷完善監(jiān)管政策、積極開展轉(zhuǎn)基因技術(shù)公眾科普以及實(shí)施全流程監(jiān)管來實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)基因育種產(chǎn)業(yè)化科學(xué)有序推進(jìn)。
基因組編輯技術(shù)作為生物育種新興核心技術(shù),目前主要掌握在技術(shù)源頭機(jī)構(gòu),圍繞在真核細(xì)胞中使用CRISPR/Cas9專利優(yōu)先權(quán)和權(quán)限范圍展開了激烈爭(zhēng)奪,相關(guān)專利權(quán)屬之爭(zhēng)仍未了結(jié),跨國(guó)種企通過技術(shù)轉(zhuǎn)讓、許可與合作獲得基因組編輯技術(shù)核心專利使用權(quán),并在此基礎(chǔ)上延伸出多項(xiàng)應(yīng)用專利,積極部署了CRISPR/Cas基因編輯系統(tǒng)的研發(fā)與布局[40]。面對(duì)如此多CRISPR/Cas相關(guān)專利,任何機(jī)構(gòu)都難以獲得所有專利的使用授權(quán),難以完全避免CRISPR/Cas 專利風(fēng)險(xiǎn)。目前歐美國(guó)家已經(jīng)對(duì)經(jīng)典的基因組編輯工具Cas9及相關(guān)產(chǎn)品進(jìn)行了較為全面的專利保護(hù),使我國(guó)該領(lǐng)域面臨“卡脖子”問題。為解決這一問題,我國(guó)科研人員正積極探索并取得一系列重要進(jìn)展。中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)研發(fā)的cas12i酶系統(tǒng)[66]和cas12j酶系統(tǒng)[67]已在我國(guó)獲得授權(quán),并向美國(guó)、歐盟、日本、澳大利亞等多個(gè)國(guó)家和地區(qū)遞交了專利申請(qǐng),同時(shí)基于cas12i/j基因編輯器在水稻、玉米等主要農(nóng)作物中構(gòu)建了全新的基因編輯體系;新研發(fā)的cas3c蛋白目前已申請(qǐng)專利,因其更好的編輯效果,已開始應(yīng)用于多種農(nóng)業(yè)生物。未來我國(guó)科技工作者需要協(xié)同攻關(guān),以持續(xù)的技術(shù)創(chuàng)新打通基因編輯技術(shù)上下游,不斷提升效率,降低技術(shù)成本,實(shí)現(xiàn)技術(shù)全鏈條的專利保護(hù),以獲取技術(shù)應(yīng)用主動(dòng)權(quán);另外,應(yīng)鼓勵(lì)研發(fā)不依賴CRISPR/Cas系統(tǒng)核心專利的新系統(tǒng)和新工具,避免基因組編輯技術(shù)核心專利“卡脖子”問題,同時(shí)建議盡快部署基因組編輯技術(shù)相關(guān)監(jiān)管法規(guī)的研究與制定,為我國(guó)基因組編輯育種產(chǎn)業(yè)化發(fā)展鋪平道路。
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