摘要：挖掘五指山豬、巴馬豬、近交陸川豬和藏香豬中全基因組SSR，比較分析4個(gè)豬種中SSR分布特性并進(jìn)行功能性SSR注釋?zhuān)瑸樾⌒拓i種質(zhì)資源的保存及利用提供分子標(biāo)記。選取4個(gè)品種豬各15頭，分別構(gòu)建全基因組SSR文庫(kù)并進(jìn)行測(cè)序，結(jié)合生物信息學(xué)分析方法，統(tǒng)計(jì)不同類(lèi)型SSR（雙、三、四、五、六核苷酸）的數(shù)量、SSR重復(fù)單元的分布模式、SSR的長(zhǎng)度多態(tài)性并對(duì)功能性SSR進(jìn)行注釋?zhuān)容^分析4個(gè)小型豬品種中全基因組的SSR特性。對(duì)豬參考基因組和4個(gè)豬種全基因組SSR統(tǒng)計(jì)發(fā)現(xiàn)，五指山豬中SSR的數(shù)量最多，巴馬豬和近交陸川豬其次，藏香豬中最少，且每個(gè)品種中雙、三、四核苷酸SSR的數(shù)量占比最多，與豬參考基因組中不同類(lèi)型SSR的占比結(jié)果相似。SSR重復(fù)單元的分布模式顯示，4個(gè)豬種中雙、五核苷酸SSR中重復(fù)單元的分布模式相同，藏香豬中三、四核苷酸SSR中重復(fù)單元的分布模式與其他3個(gè)豬種不同，而六核苷酸SSR中重復(fù)單元的分布模式在4個(gè)豬種中完全不同。SSR的長(zhǎng)度多態(tài)性分析表明，五指山豬、巴馬豬、近交陸川豬和藏香豬中分別有19 957、14 099、20 671、14 120個(gè)長(zhǎng)度多態(tài)性gt;1的SSR定位到豬參考基因組，其中，有2 518個(gè)SSR共同存在于4個(gè)品種中，而特異存在于4個(gè)豬種中的SSR分別有 5 173、2 802、5 969、4 463個(gè)。此外，對(duì)SSR進(jìn)行注釋發(fā)現(xiàn)，多態(tài)性SSR可能影響FGF23、MYF6、IGF1R和LEPROT等與豬的生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)基因的編碼區(qū)和調(diào)控區(qū)。本試驗(yàn)首次構(gòu)建豬全基因組SSR文庫(kù)并測(cè)序，在全基因組水平上比較分析4個(gè)小型豬品種的SSR，揭示了不同小型豬品種間SSR重復(fù)單元的分布模式存在差異，并對(duì)品種間共有及特異的SSR進(jìn)行挖掘和注釋?zhuān)l(fā)現(xiàn)了可能與小型豬的生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)具有長(zhǎng)度多態(tài)性的SSR。本研究挖掘得到的SSR補(bǔ)充了豬基因組遺傳變異信息和小型豬分子標(biāo)記，建立的SSR分析方法可為不同物種、品種間SSR分析及鑒定工作提供參考。

關(guān)鍵詞：微衛(wèi)星；重復(fù)單元；長(zhǎng)度多態(tài)性；小型豬；分子標(biāo)記

中圖分類(lèi)號(hào)：S828.2" 文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A

文章編號(hào)：1002-1302（2024）23-0174-07

涂尾龍，張鶯鶯，黃" 濟(jì)，等. 小型豬微衛(wèi)星標(biāo)記的遺傳多樣性［J］. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué)，2024，52（23）：174-181.

doi：10.15889/j.issn.1002-1302.2024.23.024

收稿日期：2023-09-19

基金項(xiàng)目：上海市科技興農(nóng)技術(shù)創(chuàng)新項(xiàng)目（編號(hào)：X2022-02-08-00-12-F01106）。

作者簡(jiǎn)介：涂尾龍（1983—），男，江西撫州人，博士研究生，高級(jí)畜牧師，主要從事動(dòng)物遺傳育種研究。E-mail：tuweilong@saas.sh.cn。

通信作者：王洪洋，博士，副研究員，主要從事動(dòng)物遺傳育種研究。E-mail：wanghongyang@saas.sh.cn。

簡(jiǎn)單序列重復(fù)（simple sequence repeat，SSR）是由2～6個(gè)堿基組成的重復(fù)單元以串聯(lián)的方式形成，其具有廣泛存在性和高度多態(tài)性，而位于基因上（編碼區(qū)和非編碼區(qū)）的多態(tài)性SSR具有很強(qiáng)的功能性［1］。此外，小型豬具有獨(dú)特的生長(zhǎng)發(fā)育規(guī)律，其體型小的特點(diǎn)可用于骨骼、肌肉發(fā)育等研究，而本研究中的巴馬豬、藏香豬又分別具有肉質(zhì)鮮美、抗逆性強(qiáng)等特點(diǎn)，因此對(duì)于小型豬基因組SSR的挖掘可為豬的經(jīng)濟(jì)性狀研究提供條件。由此可見(jiàn)，對(duì)全基因組SSR的研究可為豬的遺傳育種研究提供分子標(biāo)記，進(jìn)而應(yīng)用于群體遺傳多樣性及進(jìn)化等。此外，功能性SSR的分析對(duì)豬生長(zhǎng)發(fā)育等性狀的研究至關(guān)重要。目前，大部分關(guān)于SSR的研究?jī)H限于應(yīng)用單個(gè)或多個(gè)SSR進(jìn)行群體遺傳多樣性及種間鑒定方面［2-5］，而其在豬中的應(yīng)用往往需要借鑒于其他物種中的SSR序列［6-7］，由于不同物種間的SSR具有很大的多態(tài)性差異，常導(dǎo)致試驗(yàn)復(fù)雜性和結(jié)果的不準(zhǔn)確性。隨著組學(xué)技術(shù)的發(fā)展，使基于表達(dá)序列標(biāo)簽（EST）和高通量測(cè)序數(shù)據(jù)挖掘SSR成為可能，如石甜甜等對(duì)144個(gè)EST-SSR標(biāo)記進(jìn)行糜子遺傳資源評(píng)估［8］，魏丹丹等采用磁珠富集法建立SSR文庫(kù)并挖掘序列，結(jié)合EST-SSR分子標(biāo)記驗(yàn)證了可以穩(wěn)定擴(kuò)增的SSR引物［9］。Liu等首次分析了豬參考基因組（Sus scrofa 10.2）中SSR的特性，并結(jié)合公共數(shù)據(jù)庫(kù)中的102個(gè)重測(cè)序個(gè)體（源于國(guó)內(nèi)外17個(gè)豬種）數(shù)據(jù)進(jìn)行SSR分型，發(fā)現(xiàn)了與疾病發(fā)生相關(guān)的功能性SSR位點(diǎn)［10］，但該研究中的SSR源于對(duì)豬參考基因組的掃描，而多態(tài)性SSR來(lái)自于多個(gè)品種的個(gè)體進(jìn)行分析，并不能全面反映豬基因組層面的SSR特性?；赟SR在分子標(biāo)記方面的應(yīng)用和功能性SSR的重要性，以及豬基因組SSR的不全面性，本研究擬從全基因組水平對(duì)4個(gè)小型豬的SSR進(jìn)行全面挖掘和比較分析。利用選擇雜交法構(gòu)建4個(gè)豬種的SSR文庫(kù)，結(jié)合生物信息學(xué)比較分析4個(gè)豬種中SSR的分布模式及差異，對(duì)SSR進(jìn)行注釋并分析功能性SSR。

1" 材料與方法

1.1" 試驗(yàn)材料

試驗(yàn)材料包括170頭小型豬的耳組織樣品，來(lái)源于上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院封閉繁育20年的近交陸川豬（LC）53頭、上海交通大學(xué)的巴馬豬（BM）16頭、南方醫(yī)科大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院的藏香豬（ZX）50頭和海南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧獸醫(yī)研究所的五指山豬（WZS）51頭。耳組織采集后保存于裝有75%乙醇的EP管中，帶回實(shí)驗(yàn)室置于-80 ℃冰箱保存?zhèn)溆?。試?yàn)時(shí)間為2019年6—12月及2020年6—12月。

1.2" 基因組DNA提取

采用酚三氯甲烷方法對(duì)所有樣品進(jìn)行基因組DNA提取，分別利用NanoDrop 2000、1% 瓊脂糖凝膠電泳、凝膠成像（Newbio Gi-1）檢測(cè)DNA濃度、D值及DNA質(zhì)量。

1.3" 微衛(wèi)星及其引物的篩選

基于4個(gè)品種小型豬的全基因組微衛(wèi)星（simple sequence repeat，SSR）測(cè)序數(shù)據(jù)，獲得 2 518 個(gè)品種間共有的SSR，從中選取11個(gè)位于基因上的SSR進(jìn)行引物設(shè)計(jì)及多態(tài)性片段檢測(cè)，用于評(píng)估4個(gè)品種小型豬的遺傳多樣性。其中，正向引物的5′端連接熒光標(biāo)記，本研究共用到3種熒光標(biāo)記，6-羧基熒光素（6-carboxyfluorescein，6-FAM）、六氯熒光素（hexachloro fluorescein，HEX）和羧基四甲基羅丹明（carboxytetramethylrhodamine，TAMRA）分別顯示藍(lán)光、綠光和橙色熒光，反向引物為普通引物，均由上海派森諾生物科技股份有限公司合成。

1.4" 熒光引物PCR擴(kuò)增

PCR反應(yīng)體系（20 μL）包括30 ng/μL的模板DNA 1 μL、Mg2+含量25 mmol/L 10×buffer 2 μL、10 mmol/L 的dNTP 0.5 μL、5 U/L的Taq聚合酶0.5 μL、1 mmol/L的正向熒光引物和反向普通引物各 1 μL 及ddH2O 14 μL。PCR擴(kuò)增在ABI-2720擴(kuò)增儀（美國(guó)應(yīng)用生物系統(tǒng)公司）上進(jìn)行，程序?yàn)?94 ℃ 4 min；94 ℃ 30 s，不同退火溫度退火30 s，72 ℃ 30 s，35個(gè)循環(huán)；72 ℃ 7 min；4 ℃保存。PCR產(chǎn)物經(jīng)1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)，若條帶清晰，無(wú)明顯引物二聚體和雜帶，可判定為擴(kuò)增到目的片段。

1.5" 毛細(xì)管電泳及等位基因分型

毛細(xì)管電泳可以精確地區(qū)分SSR片段的大小。取10 μL熒光PCR產(chǎn)物，加入冷的70%乙醇至終體積50 μL，振蕩充分混勻后3 700 r/min、4 ℃離心 30 min，靜置15 min待乙醇揮發(fā)干凈后加入GS-500LIZ分子內(nèi)標(biāo)和HiDi，瞬離樣品至PCR儀進(jìn)行95 ℃ 4 min變性后，于ABI 3730XL（美國(guó)應(yīng)用生物系統(tǒng)公司）中進(jìn)行毛細(xì)管電泳，利用GeneMapper軟件對(duì)電泳結(jié)果進(jìn)行微衛(wèi)星片段大小和信號(hào)值的分析，確定每個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的等位基因型。

1.6" 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)

采用Cervus 3.0.7軟件計(jì)算每個(gè)SSR的等位基因數(shù)（Na）、等位基因頻率、基因型頻率、期望雜合度（He）、觀察雜合度（Ho）、多態(tài)信息含量（PIC），同時(shí)檢驗(yàn)4個(gè)品種豬的Hardy-Weinberg遺傳平衡狀態(tài)。采用PopGen 1.32進(jìn)行4個(gè)品種間遺傳相似性及遺傳距離分析。采用MEGA 7.0.26構(gòu)建Neighbour-Joining聚類(lèi)圖及Structure 2.2分析群體遺傳結(jié)構(gòu)。

2" 結(jié)果與分析

2.1" 4個(gè)品種小型豬SSR的獲得

筆者所在課題組前期建立4個(gè)品種小型豬的全基因組SSR文庫(kù)并進(jìn)行高通量測(cè)序，發(fā)現(xiàn)4個(gè)品種中共有的多態(tài)性SSR位點(diǎn)有2 518個(gè)，對(duì)其進(jìn)行注釋發(fā)現(xiàn)大部分SSR位于基因間區(qū)（63.0%～65.4%），而位于基因區(qū)域的SSR中，有80、357和436個(gè)SSR分別位于5′UTR、3′UTR和編碼區(qū)域。對(duì)位于基因區(qū)域上的SSR，在不同染色體上隨機(jī)選取11個(gè)進(jìn)行4個(gè)品種小型豬的遺傳多樣性分析。11個(gè)SSR在基因組上的位置及相應(yīng)引物信息見(jiàn)表1。

2.2" 毛細(xì)管電泳檢測(cè)SSR的目的片段

圖1僅列出2個(gè)SSR在相應(yīng)個(gè)體中的檢測(cè)結(jié)果，其中，A圖是ZX的35號(hào)個(gè)體在SYW7上的等位基因峰值，其2個(gè)峰值表明該等位基因是雜合子，其片段大小分別為208、232 bp；B圖是WZS的1號(hào)個(gè)體在SYW9上的等位基因峰值，僅有1個(gè)峰值，表明該等位基因是純合子，其片段大小是164 bp。

2.3" 等位基因數(shù)及品種間等位基因

采用11對(duì)SSR引物對(duì)170頭個(gè)體進(jìn)行熒光PCR，獲得等位基因數(shù)和等位基因大小的統(tǒng)計(jì)結(jié)果，由表2可知， 在4個(gè)品種小型豬的170頭個(gè)體中檢

測(cè)到122個(gè)等位基因，每個(gè)位點(diǎn)檢測(cè)到的等位基因數(shù)為8～17個(gè)，平均為11.1個(gè)；其中，SYW5和SWY8的等位基因數(shù)最多（17個(gè)），SYW10、SYW13和SWY19的等位基因數(shù)最少（8個(gè)）。此外，11個(gè)SSR在4個(gè)品種中擴(kuò)增到的等位基因數(shù)不同，WZS、BM、LC和ZX中的等位基因數(shù)分別為76、66、76、81個(gè)，平均等位基因數(shù)分別為6.909 1、6.000 0、6.909 1、7.363 6個(gè)。

在4個(gè)品種豬中，分別計(jì)算每個(gè)SSR的最小等位基因頻率（minor allele frequency，MAF），保留MAFgt;0.01的等位基因，通過(guò)計(jì)算每個(gè)品種內(nèi)的等位基因頻率和基因型頻率挖掘種間特有的等位基因和基因型。由表3可知，在11個(gè)SSR座位中，檢測(cè)到WZS特有等位基因和基因型分別有4、6個(gè)，BM特有等位基因和基因型分別有3、11個(gè)，LC特有等位基因和基因型均有9個(gè)，ZX特有等位基因和基因型分別有13、10個(gè)。以SYW5座位為例，在4個(gè)品種中共檢測(cè)到17個(gè)等位基因，其中，172 bp的等位基因?yàn)锽M特有，122、134、160 bp的等位基因?yàn)長(zhǎng)C特有，138、144、146 bp 的等位基因?yàn)閆X特有，由148 bp組成的純合基因型在WZS中特有，由 130 bp 和158 bp組成的雜合基因型、132 bp和 158 bp 組成的雜合基因型在BM中特有；其余SSR座位中品種特有的等位基因及基因型見(jiàn)表3。

2.4" 基于SSR分析小型豬的遺傳多樣性

利用Cervus 3.0.7軟件計(jì)算4個(gè)品種豬在11個(gè)SSR座位的雜合度、PIC和Hardy-Weinberg遺傳平衡狀態(tài)，進(jìn)而分析4個(gè)品種豬的遺傳多樣性。由表4可知，在11個(gè)SSR座位中，4個(gè)群體的平均期望雜合度在0.687 9～0.771 9之間，SYW9座位最小為0.286 3；平均觀察雜合度在0.688 5～0.803 8間，SYW9座位最小為0.3 125。在WZS、BM和ZX中，平均觀察雜合度均高于平均期望雜合度，而LC的平均觀察雜合度低于平均期望雜合度。

WZS在SYW 5、7、10、16、20、23和25座位均處于Hardy-Weinberg不平衡狀態(tài)（Plt;0.01）；BM在所有SSR座位上均處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)（Pgt;0.01）；LC在SYW5、8、9、10、13、16、20和25座位均處于Hardy-Weinberg不平衡狀態(tài)（Plt;0.01）；ZX在SYW8、9、10、13和16座位均處于 Hardy-Weinberg不平衡狀態(tài)（Plt;0.01）。

11個(gè)SSR座位的PIC值為0.262 0（SYW9）～0.877 5（SYW20），WZS和ZX在11個(gè)SSR座位上均表現(xiàn)為高度多態(tài)（PICgt;0.5）；BM在SYW9座位上表現(xiàn)為中度多態(tài)（PIC=0.262 0），其余10個(gè)座位上為高度多態(tài)（PICgt;0.5）；LC在SYW7座位上表現(xiàn)為中度多態(tài)（PIC=0.435 7），其余10個(gè)座位上為高度多態(tài)（PICgt;0.5）。表明4個(gè)品種豬均具有較豐富的遺傳多樣性，而ZX的平均PIC最高（0.731 2），BM的平均PIC最低（0.623 4），說(shuō)明ZX的遺傳多樣性最高，LC和WZS次之，BM的遺傳多樣性最低。

2.5" 4個(gè)品種小型豬的遺傳距離及系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)

由表5可知，4個(gè)品種豬的遺傳一致度為 0.951 3～0.968 7（平均為0.962 1），遺傳距離為0.031 8～0.049 9（平均為0.038 7）。WZS與LC的遺傳一致度最高，遺傳距離最??；BM與LC的遺傳一致度最低，遺傳距離最大。

由圖2可知，WZS與LC聚類(lèi)到一個(gè)分支，再與藏香豬聚類(lèi)到一個(gè)分支，說(shuō)明WZS與LC的親緣關(guān)系較近。

3" 討論與結(jié)論

3.1" 全基因組SSR分析方法的確定

本研究參考MISA軟件的最佳分析參數(shù)［11-13］，以豬參考基因組（Sus scrofa 11.1）為例進(jìn)行全基因組范圍SSR分析方法的初探， 通過(guò)比較SSR中重復(fù)單元的分布趨勢(shì)證實(shí)本研究分析方法的可靠性。Liu等對(duì)豬參考基因組（Sus scrofa 10.2）的研究表明，Di-SSR中AC/GT重復(fù)單元占比最多，其次為AT/TA、AG/CT，最少為CG/GC，占比分別為45.91%、30.09%、23.64%和0.36%；Tri-SSR中AAC/GTT所占比例（30.46%）最多，其次為AAT/ATT（26.91%）、AAG/CTT（11.82%），最少為ACG/CGT（0.13%）；Tetra-SSR中重復(fù)比例最多的3個(gè)是AAAT/ATTT（27.57%）、AAAG/CTTT（14.86%）和AAAC/GTTT（17.91%）［14］，本研究結(jié)果與以上結(jié)果相似，進(jìn)一步證實(shí)本研究分析方法的可行性，保證了其應(yīng)用于后續(xù)4個(gè)豬種中全基因組SSR的分析的可靠性。

3.2" 基于SSR分型的種間遺傳多樣性研究

利用SSR的分型可進(jìn)行物種的遺傳多樣性、品種的資源鑒定與分類(lèi)、親緣關(guān)系與系統(tǒng)發(fā)育的構(gòu)建及動(dòng)物標(biāo)記輔助選育等方面的研究。但基于現(xiàn)有的研究報(bào)道發(fā)現(xiàn)，不同物種間的SSR具有很大的多態(tài)性差異。何瑜林等利用貂、魚(yú)中的SSR進(jìn)行豬品種的鑒定，其分別選取的34、55條SSR引物中僅有少數(shù)幾條可用于品種的鑒定［15-16］。此外，隨著基因組重測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，Liu等以豬參考基因組中掃描的SSR為基礎(chǔ)，并結(jié)合國(guó)內(nèi)外家豬及野豬的個(gè)體基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行SSR的分型，首次從全基因組層面進(jìn)行豬SSR的分析［14］。由于豬的參考基因組（Sus scrofa 10.2）源于國(guó)外的杜洛克豬，以此挖掘得到的SSR在我國(guó)家豬中進(jìn)行分型具有品種的片面性，導(dǎo)致在豬參考基因組中挖掘得到的1 620 469個(gè)SSR中，僅有16 527個(gè)在測(cè)序個(gè)體中表現(xiàn)為高度多態(tài)性而作為遺傳標(biāo)記。因此，利用種間的SSR信息進(jìn)行品種的遺傳多樣性、品種鑒定等研究并不能很好地反映出研究對(duì)象的真實(shí)情況，在進(jìn)行相應(yīng)的研究過(guò)程中可能會(huì)費(fèi)時(shí)費(fèi)力。

為真實(shí)反映4個(gè)小型豬品種中的SSR特性，本研究直接針對(duì)4個(gè)待測(cè)小型豬品種進(jìn)行全基因組SSR文庫(kù)構(gòu)建，通過(guò)8種生物素標(biāo)記的探針雜交全基因組含有SSR的序列，獲得待測(cè)個(gè)體中更為準(zhǔn)確的SSR，并依據(jù)其長(zhǎng)度進(jìn)行基因分型，在WZS、BM、LC及ZX中分別發(fā)現(xiàn)60 020、70 886、63 968、42 400個(gè)具有多態(tài)性的SSR（SSLP≥2），豐富了小型豬基因組中的SSR信息并可作為小型豬的遺傳標(biāo)記而進(jìn)一步應(yīng)用。

3.3" SSR類(lèi)型及組成的特點(diǎn)

據(jù)研究報(bào)道，在絕大多數(shù)真核生物中單核苷酸組成的SSR占有最多的比例，其次為雙核苷酸組成的SSR［17-19］。本研究在4個(gè)小型豬品種中發(fā)現(xiàn)，SSR總數(shù)在WZS中最多，而在ZX中最少，但雙、三、四、五、六核苷酸SSR的含量呈現(xiàn)由多至少的變化。此外，4個(gè)豬種中不同類(lèi)型SSR重復(fù)單元的分布模式卻存在差異，Hexa-SSR中重復(fù)單元在4個(gè)豬種中均表現(xiàn)不同的分布模式，而ZX中Tri-和Tetra-SSR重復(fù)單元的分布模式不同于其他3個(gè)豬種。因此，推測(cè)依據(jù)SSR中重復(fù)單元的分布模式可以用于區(qū)分4個(gè)小型豬品種，結(jié)合SSR的SSLP進(jìn)行群體驗(yàn)證，可應(yīng)用于種間的鑒定。

現(xiàn)有研究認(rèn)為，基因組重測(cè)序的建庫(kù)及測(cè)序過(guò)程中GC序列的偏好性可能是導(dǎo)致不同類(lèi)型SSR中含有GC的重復(fù)單元（CG、CCG等）較少的原因［20］，但本研究利用的寡核苷酸探針兼顧了4種核苷酸，包含（ACG）8及（AGG）8探針等對(duì)基因組的SSR序列進(jìn)行雜交，保證更為全面地富集全基因組中SSR；此外，基于豬參考基因組的研究結(jié)果，均發(fā)現(xiàn)CG/GC、ACG/CGT等重復(fù)單元組成的SSR占據(jù)很少的比例，這結(jié)果與玉米等物種中的研究結(jié)果［21-24］相似。以上表明，GC重復(fù)單元的SSR占據(jù)少部分且具有較低的多態(tài)性，其可能是因?yàn)镚C富集的序列常與功能性相關(guān)［25］。

本研究首次從全基因組水平進(jìn)行4個(gè)小型豬種SSR的比較，分析了SSR重復(fù)單元的分布模式，并發(fā)現(xiàn)在4個(gè)豬種中，雙、三、四、五及六核苷酸組成的SSR中重復(fù)單元的分布模式截然不同，借此可用于區(qū)分和鑒別4個(gè)豬種。對(duì)品種間共有及特異的SSR進(jìn)行挖掘和注釋?zhuān)l(fā)現(xiàn)了具有長(zhǎng)度多態(tài)性的SSR可能通過(guò)影響相關(guān)基因的編碼區(qū)或調(diào)控區(qū)進(jìn)而影響基因功能，如FGF23、MYF6、IGF1R和LEPROT等基因，提示多態(tài)性SSR可能與小型豬的生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)。

參考文獻(xiàn)：

［1］Li Y C，Korol A B，F(xiàn)ahima T，et al. Microsatellites within genes：structure，function，and evolution［J］. Molecular Biology and Evolution，2004，21（6）：991-1007.

［2］俞春英，楊燕燕，周建華，等. 3個(gè)品種兔微衛(wèi)星標(biāo)記的遺傳多樣性研究［J］. 中國(guó)畜牧獸醫(yī)，2018，45（12）：3486-3496.

［3］許雯雯，龍松華，邱財(cái)生，等. 95份甘蔗栽培材料的SSR引物篩選及遺傳多樣性分析［J］. 西南農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)，2018，31（12）：2498-2505.

［4］王瑞云，劉笑瑜，王海崗，等. 用高基元微衛(wèi)星標(biāo)記分析中國(guó)糜子遺傳多樣性［J］. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)，2017，50（20）：3848-3859.

［5］師沛瓊，楊茂發(fā)，呂召云，等. 貴州省煙青蟲(chóng)遺傳多樣性［J］. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)，2014，47（9）：1836-1846.

［6］Levine A J，Brivanlou A H. GDF3，a BMP inhibitor，regulates cell fate in stem cells and early embryos［J］. Development，2006，133（2）：209-216.

［7］Just F，Reyer H，Muráni E，et al. Genetic variants of major genes contributing to phosphate and calcium homeostasis and their association with serum parameters in pigs［J］. Journal of Applied Genetics，2018，59（3）：325-333.

［8］石甜甜，何杰麗，高志軍，等. 利用EST-SSR評(píng)估糜子資源遺傳差異［J］. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)，2019，52（22）：4100-4109.

［9］魏丹丹，劉" 燕，杜" 洋，等. 柑橘全爪螨微衛(wèi)星位點(diǎn)鑒定與信息分析［J］. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)，2016，49（2）：282-293.

［10］Liu C C，Liu Y，Zhang X Y，et al. Characterization of porcine simple sequence repeat variation on a population scale with genome resequencing data［J］. Scientific Reports，2017，7：2376.

［11］Wang L J，Zhang G M，Lin F，et al. Expression of the insulin-like growth factor system in skeletal muscle during embryonic and postnatal development in the first filial generation pigs from Erhualian and Yorkshire reciprocal crosses［J］. General and Comparative Endocrinology，2011，173（1）：56-62.

［12］King K，Moody A，F(xiàn)isher S A，et al. Genetic variation in the IGSF6 gene and lack of association with inflammatory bowel disease［J］. European Journal of Immunogenetics，2003，30（3）：187-190.

［13］Wu X W，Shi W B，Cao X. Multiplicity of BMP signaling in skeletal development［J］. Annals of the New York Academy of Sciences，2007，1116（1）：29-49.

［14］Liu C C，Liu Y，Zhang X Y，et al. Characterization of porcine simple sequence repeat variation on a population scale with genome resequencing data［J］. Scientific Reports，2017，7（1）：2376.

［15］何瑜林，黃" 麗，封" 毅，等. ISSR分子標(biāo)記鑒定陸川豬及其肉制品［J］. 肉類(lèi)研究，2014，28（10）：10-14.

［16］金玉蘭，李婉麗，李" 松，等. ISSR分子標(biāo)記鑒定巴馬香豬［J］. 四川動(dòng)物，2016，35（4）：569-573.

［17］Sharma P C，Grover A，Kahl G. Mining microsatellites in eukaryotic genomes［J］. Trends in Biotechnology，2007，25（11）：490-498.

［18］Murat C，Riccioni C，Belfiori B，et al. Distribution and localization of microsatellites in the Perigord black truffle genome and identification of new molecular markers［J］. Fungal Genetics and Biology，2011，48（6）：592-601.

［19］Qian J，Xu H B，Song J Y，et al. Genome-wide analysis of simple

sequence repeats in the model medicinal mushroom Ganoderma lucidum［J］. Gene，2013，512（2）：331-336.

［20］Xu J，Liu L，Xu Y B，et al. Development and characterization of simple sequence repeat markers providing genome-wide coverage and high resolution in maize［J］. DNA Research，2013，20（5）：497-509.

［21］Xiao J，Zhao J，Liu M J，et al. Genome-wide characterization of simple sequence repeat （SSR） loci in Chinese jujube and jujube SSR primer transferability［J］. PLoS One，2015，10（5）：e0127812.

［22］Wang X W，Yang S，Chen Y D，et al. Comparative genome-wide characterization leading to simple sequence repeat marker development for Nicotiana［J］. BMC Genomics，2018，19（1）：500.

［23］Cui Y F，Yan Y Q，Liu D，et al. Platelet endothelial aggregation receptor-1 （PEAR1） is involved in C2C12 myoblast differentiation［J］. Experimental Cell Research，2018，366（2）：199-204.

［24］Kazarian E，Son H，Sapao P，et al. SPAG17 is required for male germ cell differentiation and fertility［J］. International Journal of Molecular Sciences，2018，19（4）：1252.

［25］Benjamini Y，Speed T P. Summarizing and correcting the GC content bias in high-throughput sequencing［J］. Nucleic Acids Research，2012，40（10）：e72.