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        黑果枸杞SPL轉錄因子家族成員鑒定與生物信息學分析

        2024-12-05 00:00:00劉筠郭毅李效雄胡曉桐馬瑞杜雨賈西貝柳迪馬彥軍
        江蘇農業(yè)學報 2024年11期

        摘要: SPL(SQUAMOSA promoter-binding protein-like)家族成員參與植物的生長發(fā)育和脅迫響應,為探究黑果枸杞SPL家族基因在鹽脅迫下的耐鹽分子機制,本研究對其基因家族成員進行了鑒定和生物信息學分析。結果表明,從黑果枸杞轉錄組數(shù)據(jù)中共篩選出20個SPL基因家族成員,分為8個亞家族,蛋白質亞細胞定位預測結果顯示SPL蛋白主要定位于細胞核,20個SPL蛋白均具有SBP保守結構域。黑果枸杞SPL家族蛋白質相對分子量為15 296.08~130 310.8;等電點為5.64~9.65;總原子數(shù)為2 106~18 214;氨基酸數(shù)量為133~1 176 aa;脂溶指數(shù)為46.35~87.53;均為親水性蛋白質和不穩(wěn)定蛋白質。黑果枸杞SPL家族蛋白質結構分析結果表明,無規(guī)則卷曲和α-螺旋占比較大。表達模式分析結果表明,在NaCl脅迫下不同器官中黑果枸杞SPL家族基因具有不同的表達趨勢,LrSPL9在根和葉中均為高表達。該研究結果可為黑果枸杞SPL基因家族成員鹽脅迫響應方面的進一步研究提供參考。

        關鍵詞: 黑果枸杞;NaCl脅迫;SPL轉錄因子;生物信息學分析

        中圖分類號: S722.3+6 文獻標識碼: A 文章編號: 1000-4440(2024)11-2001-12

        Identification and bioinformatics analysis of SPL transcription factor family members in Lycium ruthenicum

        LIU Yun1, GUO Yi2, LI Xiaoxiong3, HU Xiaotong1, MA Rui1, DU Yu1, JIA Xibei1, LIU Di1, MA Yanjun1

        (1.College of Forestry, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070, China;2.Gansu Forestry Polytechnic, Tianshui 741020, China;3.Lanzhou Resources amp; Environment Voc-Tech University, Lanzhou 730030, China)

        Abstract: The SQUAMOSA promoter-binding protein-like (SPL) family members are involved in plant growth and development and stress response. To investigate the salt tolerance molecular mechanism of Lycium ruthenicum SPL family genes under salt stress, the gene family members were identified and analyzed by bioinformatics. The results showed that 20 SPL family members were screened from transcriptome data of Lycium ruthenicum, and they were divided into eight subfamilies. The results of protein subcellular localization prediction showed that SPL proteins were mainly located in the nucleus, and 20 SPL proteins had SBP conserved domains. The relative molecular weight of SPL family proteins in Lycium ruthenicum was 15 296.08-130 310.8. The isoelectric point was 5.64-9.65, the total number of atoms was 2 106-18 214, the number of amino acids was 133-1 176 aa, and the lipid solubility index was 46.35-87.53. All of them were hydrophilic proteins and unstable proteins. The results of protein structure analysis of SPL family in Lycium ruthenicum showed that random coil and α-helix accounted for a large proportion. The results of expression pattern analysis showed that the SPL family genes of Lycium ruthenicum had different expression trends in different organs under NaCl stress, and LrSPL9 was highly expressed in roots and leaves. The results of this study can provide a reference for further research on salt stress response of SPL gene family members in Lycium ruthenicum.

        Key words: Lycium ruthenicum;NaCl stress;SPL transcription factor;bioinformatics analysis

        SPL(SQUAMOSA promoter-binding protein-like)是一類廣泛存在于植物中的重要的特異性轉錄因子,其蛋白質均具有SBP結構域[1-2]。SPL轉錄因子最初是在金魚草(Antirrhinum majus L.)中發(fā)現(xiàn)并由此得名[3],SPL在植物生長發(fā)育過程中參與花的發(fā)育及調控、根的發(fā)育、非生物與生物的脅迫應答[4-5]。例如在鹽脅迫或干旱脅迫下SPL家族成員會通過調節(jié)基因參與信號轉導的豐度、脯氨酸合成和花青素代謝等來響應鹽脅迫或干旱脅迫[2]。研究人員在對擬南芥(Arabidopsis thaliana)的研究中發(fā)現(xiàn),沉默miR156靶向的SPL2、SPL9、SPL11基因,可增強擬南芥遭受高溫脅迫、鹽脅迫和干旱脅迫后的恢復能力[6];水稻(Oryza sativa)中miR156靶向調節(jié)SPL基因,可增強水稻遭受鹽脅迫、干旱脅迫后的恢復能力。白樺(Betula platyphylla)中BpSPL6基因轉至擬南芥后進行鹽脅迫和干旱脅迫試驗[7],結果發(fā)現(xiàn)脅迫發(fā)生后,BpSPL6基因啟動子驅動的GUS基因表達量有所下降。鐵皮石斛(Dendrobium officinale)中DoSTM3基因在NaCl脅迫下其相對表達水平與對照組相比顯著降低[8],推測SPL基因可能參與植物鹽脅迫和干旱脅迫的響應。

        黑果枸杞(Lycium ruthenicum)為茄科(Solanaceae)枸杞屬(Lycium)多年生落葉小灌木。因果實中含有豐富的花青素、維生素、蔗糖和脂肪等[9],并且可廣泛應用于醫(yī)藥、紡織、食品等領域,在植物中有“軟黃金”的美稱[10]。它還是中國鹽堿地區(qū)和荒漠地區(qū)的重要建群樹[11-12]。但是現(xiàn)在關于黑果枸杞耐鹽基因的相關報道相對較少,所以研究其耐鹽分子機理對于人工栽培和良種選育具有現(xiàn)實意義。

        目前已從擬南芥[6]、水稻[13]、小麥(Triticum aestivum)[14]、玉米(Zea mays)[15]、番茄(Solanum lycopersicum)[16]、圓齒野鴉椿(Euscaphis konishii)[17]、紅花(Carthamus tinctorius)[18]、芥藍(Brassica oleracea var.)[19]、馬尾松(Pinus massoniana)[20]和山羊草(Aegilops tauschii)[21]等多種植物中鑒定出SPL轉錄因子家族基因,但在黑果枸杞中尚未有SPL基因的相關研究報道。本研究基于不同濃度NaCl在不同脅迫時間處理下的黑果枸杞轉錄組數(shù)據(jù),通過生物信息學方法系統(tǒng)鑒定黑果枸杞SPL基因家族成員,并分析其編碼的蛋白質理化性質、亞細胞定位、保守結構域、蛋白質結構及系統(tǒng)進化樹及表達模式,為深入研究SPL基因在黑果枸杞抗鹽脅迫方面的作用提供參考依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 試驗材料

        本試驗所用植物材料是保存于甘肅農業(yè)大學林學院組培實驗室的黑果枸杞組培苗,組培苗培養(yǎng)條件及培養(yǎng)基配方見表1。在配置好的培養(yǎng)基中快速繁殖黑果枸杞組培苗,14 d后選取生長健壯、長勢相對一致的黑果枸杞組培苗煉苗5 d,然后將其移栽到配置好的1/2 Hoagland營養(yǎng)液(pH為5.7)中再培養(yǎng)14 d,之后將其移入1/2 Hoagland營養(yǎng)液中進行鹽脅迫(NaCl)處理[22-23]。鹽脅迫處理方式有3種,分別是不加NaCl、加入50 mmol/L NaCl、加入250 mmol/L NaCl,分別在鹽脅迫處理0 h、1 h和12 h進行取樣[24]。對相同的NaCl處理方式的樣品分別進行3個生物學重復。經過NaCl處理后,選擇不同方位生長良好的主根和完整的葉片取樣,選取的測試樣品重量約0.1 g,采集樣品后用液氮速凍并保存于-80 ℃冰箱中備用。樣品密封后送至上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司進行轉錄組測序。

        1.2 生物信息學分析

        1.2.1 黑果枸杞SPL基因家族成員的鑒定 在Pfam數(shù)據(jù)庫(http://pfam.xfam.org/)下載SPL家族(PF03110)[21,25]的隱馬爾可夫模型文件,使用TBtools軟件進行數(shù)據(jù)初篩,然后根據(jù)SPL家族蛋白質保守結構域SBP,用NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi)在線軟件和SMART(https://smart.embl.de/)在線軟件再次篩選,最終得到黑果枸杞SPL基因家族成員。

        1.2.2 黑果枸杞SPL家族蛋白質亞細胞定位預測及理化性質分析 應用WoLF PSORT(https://wolfpsort.hgc.jp/)在線軟件預測黑果枸杞SPL家族蛋白質亞細胞定位,采用Expasy-ProtParam(https://web.expasy.org/protparam/)在線軟件對黑果枸杞SPL家族蛋白質理化性質和親疏水性進行分析,使用SignalP-6.0(https://services.healthtech.dtu.dk/services/SignalP-6.0/)在線軟件預測黑果枸杞SPL家族蛋白質信號肽,使用ChiPlot(https://www.chiplot.online/)在線軟件繪制黑果枸杞SPL家族蛋白質亞細胞定位預測結果。

        1.2.3 黑果枸杞SPL家族蛋白質結構和保守結構域分析 利用SOPMA(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html)在線軟件進行黑果枸杞SPL家族蛋白質二級結構預測和分析,采用MEME(https://meme-suite.org/meme/tools/meme)在線軟件分析黑果枸杞SPL家族蛋白質保守基序,使用TBtools軟件對黑果枸杞SPL蛋白的系統(tǒng)進化、保守結構域和保守基序進行數(shù)據(jù)可視化。

        1.2.4 黑果枸杞SPL家族蛋白質系統(tǒng)進化分析 在TAIR(https://www.arabidopsis.org/)數(shù)據(jù)庫下載擬南芥SPL家族蛋白質數(shù)據(jù),在NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)數(shù)據(jù)庫下載番茄SPL家族蛋白質數(shù)據(jù)和煙草(Nicotiana tabacum)SPL家族蛋白質數(shù)據(jù),利用MEGA-X軟件的MUSCLE工具進行黑果枸杞、番茄、煙草和擬南芥SPL蛋白的多序列比對,然后使用MEGA-X軟件最大似然法(Maximum likelihood,ML)構建系統(tǒng)發(fā)育樹,并把Bootstrap參數(shù)設置為1 000。使用ChiPlot TVBOT(https://www.chiplot.online/tvbot.html)[26]在線軟件繪制黑果枸杞、番茄、煙草和擬南芥SPL家族蛋白質的系統(tǒng)進化樹。

        1.2.5 黑果枸杞SPL基因家族成員的表達模式分析 根據(jù)軟件[27-28]計算得到的FPKM(Fragments per kilobase per million reads sequenced)數(shù)據(jù),使用ChiPlot在線軟件繪制黑果枸杞SPL基因家族成員在其根與葉中的表達模式以及黑果枸杞SPL基因響應鹽脅迫的表達分析。

        2 結果與分析

        2.1 黑果枸杞SPL基因家族成員鑒定

        黑果枸杞轉錄組數(shù)據(jù)在NCBI數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra)的登錄號為SRR7700825[29-31]。通過SPL家族的隱馬爾可夫模型文件和TBtools軟件初篩黑果枸杞SPL基因家族成員后,在NCBI Conserved Domains和SMART上進一步去除無SBP保守結構域的氨基酸序列,最終得到黑果枸杞SPL基因家族成員20個,分別命名為LrSPL1~LrSPL20(表2)。

        2.2 黑果枸杞SPL家族蛋白質亞細胞定位及理化性質

        從圖1可知,黑果枸杞SPL家族蛋白質中除LrSPL10蛋白亞細胞定位于質膜,其余19個蛋白質亞細胞定位在細胞核,并且20條蛋白質氨基酸序列都不含有信號肽。從表2可見,黑果枸杞SPL蛋白相對分子量為15 296.08~130 310.8;等電點為5.64~9.65,除LrSPL9、LrSPL10、LrSPL11、LrSPL12、LrSPL15蛋白之外,其余15個LrSPL蛋白的等電點都大于7.0,說明黑果枸杞SPL家族蛋白質大多數(shù)富含堿性氨基酸;不穩(wěn)定系數(shù)為43.97~78.27,均為不穩(wěn)定蛋白質;脂溶指數(shù)為46.35~87.53;親水指數(shù)為-1.199~-0.164,全部是親水性蛋白質;總原子數(shù)為2 106~18 214;氨基酸個數(shù)為133~1 176 aa。

        Expasy-ProtScale在線軟件分析黑果枸杞SPL家族蛋白質的親水性和疏水性,結果如圖2所示,LrSPL1最高值為2.456,在113位;最低值為-3.322,在152位。LrSPL2最高值為1.767,在192位;最低值為-3.989,在232位。LrSPL3最高值為1.233,在362位;最低值為-3.600,在226位。LrSPL4最高值為2.244,在150位;最低值為-3.356,在244位。LrSPL5最高值為1.789,在23位;最低值為-3.744,在96位。LrSPL6最高值為1.467,在243位;最低值為-3.600,在205位。LrSPL7最高值為1.667,在103位;最低值為-3.422,在142位。LrSPL8最高值為1.678,在186位;最低值為-3.356,在227位。LrSPL9最高值為3.311,在961位;最低值為-3.578,在210位。LrSPL10最高值為3.344,在1149位;最低值為-3.544,在215位。LrSPL11最高值為2.522,在344位;最低值為-4.067,在193位。LrSPL12最高值為3.344,在991位;最低值為-3.544,在215位。LrSPL13最高值為3.311,在951位;最低值為-3.611,在223位。LrSPL14最高值為2.544,在87位;最低值為-3.544,在127位。LrSPL15最高值為2.522,在374位;最低值為-4.067,在193位。LrSPL16最高值為1.667,在38位;最低值為-3.422,在77位。LrSPL17最高值為1.967,在32位;最低值為-3.544,在71位。LrSPL18最高值為1.778,在92位;最低值為-3.633,在278位。LrSPL19最高值為2.122,在242位;最低值為-3.633,在281。LrSPL20最高值為1.678,在268位;最低值為-3.633,在176位。由此可見,20條LrSPL蛋白氨基酸序列均存在明確的親水區(qū)域和疏水區(qū)域,并且親水區(qū)域多于疏水區(qū)域,表明LrSPL家族蛋白質均為親水性蛋白質。

        2.3 黑果枸杞SPL家族蛋白質結構和保守結構域

        LrSPL蛋白質二級結構預測和分析結果(表3、圖3)表明,20個蛋白質均含有α-螺旋、β-轉角、無規(guī)則卷曲和延伸鏈。在LrSPL家族蛋白質中α-螺旋分布占比11.00%~48.91%,β-轉角分布占比0.75%~8.43%,無規(guī)則卷曲分布占比37.23%~70.72%,延伸鏈分布占比7.30%~18.21%,其中無規(guī)則卷曲>α-螺旋>延伸鏈>β-轉角的LrSPL蛋白最多,有17個,所占比例為85.00%;2個LrSPL蛋白二級結構表現(xiàn)為無規(guī)則卷曲>延伸鏈>α-螺旋>β-轉角,比例是10.00%;1個LrSPL蛋白二級結構表現(xiàn)為α-螺旋>無規(guī)則卷曲>延伸鏈>β-轉角,比例是5.00%。LrSPL蛋白空間結構的不同決定了蛋白質功能的差異,為后續(xù)黑果枸杞SPL家族的蛋白質研究提供參考。

        黑果枸杞20個LrSPL蛋白氨基酸序列中均含有1個SBP結構域;其中LrSPL9、LrSPL10、LrSPL12和LrSPL13還分別含有1個Ank_2 superfamily結構域(圖4B)。MEME在線軟件對LrSPL家族蛋白質的分析結果顯示,LrSPL蛋白共包含5個保守基序,分別為motif 1、 motif 2、 motif 3、 motif4和 motif 5,其中含5個motif的LrSPL蛋白有4個,含4個motif的LrSPL蛋白有2個,含3個motif的LrSPL蛋白有13個,含2個motif的LrSPL蛋白有1個,除LrSPL17,其余蛋白質均含motif 1、motif 3和motif 4(圖4C)。由此推測,motif 1、motif 3和motif 4相比其他基序的保守性較高,與LrSPL家族蛋白質結構域的保守性基本一致。

        2.4 黑果枸杞SPL家族蛋白質的系統(tǒng)進化

        為了更全面地了解黑果枸杞SPL家族蛋白質的系統(tǒng)進化關系,將其20個SPL蛋白,番茄的29個SPL蛋白,煙草的13個SPL蛋白和擬南芥的16個SPL蛋白,共 78個SPL蛋白構建系統(tǒng)進化樹(圖5)。根據(jù)4種植物的SPL家族蛋白質系統(tǒng)進化樹可知,黑果枸杞SPL家族成員可分為8個亞家族,黑果枸杞中存在3個同源基因對。在SPL家族蛋白質系統(tǒng)進化樹的78個成員中,第Ⅰ亞家族LrSPL4與煙草Nt59156的親緣關系最近,LrSPL8與番茄Sl010321004的親緣關系最近;第Ⅱ亞家族LrSPL7與番茄Sl004249164的親緣關系最近,LrSPL16與煙草Nt59145的親緣關系最近;第Ⅲ亞家族LrSPL3、LrSPL6與番茄Sl004252249、Sl025884439的親緣關系近,LrSPL18和LrSPL20與擬南芥At1G69170的親緣關系最近,LrSPL19與番茄Sl004239031的親緣關系最近,LrSPL5與煙草Nt59148的親緣關系近;第Ⅳ亞家族LrSPL10、LrSPL12、LrSPL13與番茄Sl004239889的親緣關系近,LrSPL9與煙草Nt59149的親緣關系近;第V亞家族,LrSPL2與番茄Sl004229775的親緣關系最近;第Ⅵ亞家族LrSPL1與煙草Nt59154、Nt59153的親緣關系近,LrSPL17與番茄Sl004243367的親緣關系最近;第Ⅶ亞家族LrSPL14與煙草Nt59157的親緣關系最近; 第Ⅷ亞家族LrSPL11、LrSPL15與番茄Sl019070792、Sl019070794、Sl010323003的親緣關系近。根據(jù)以上結果,黑果枸杞SPL家族蛋白質與番茄SPL家族蛋白質親緣關系最近,其次是煙草。因此推測LrSPL家族蛋白質具有多樣性,而親緣關系較近的蛋白質可能還具有相似或相近的生物學功能。

        2.5 黑果枸杞SPL基因家族成員在鹽脅迫下的表達模式

        為初步探索黑果枸杞SPL基因的功能,通過不同濃度NaCl、不同脅迫時間處理,研究20個LrSPL基因在黑果枸杞根與葉中的表達(圖6)。結果表明,在鹽脅迫下,不同LrSPL基因在不同器官中的表達量存在差異,并且SPL基因在黑果枸杞根中比在葉中更活躍。其中LrSPL20在根部和葉片的表達量較低,而LrSPL9在根部和葉片的表達量都較高,LrSPL1、LrSPL2、LrSPL10、LrSPL12、LrSPL14和LrSPL17在根部下調,葉片上調;LrSPL3、LrSPL4、LrSPL5、LrSPL6、LrSPL8、LrSPL9、LrSPL11、LrSPL15和LrSPL19在根部上調,葉片下調。LrSPL1、LrSPL2和LrSPL5在NaCl濃度為50 mmol/L,脅迫時間為1 h和12 h時(L50_1、L50_12),在葉片的表達量與對照(L0)相比均呈上升趨勢;NaCl濃度為250 mmol/L,脅迫時間為1 h和12 h時(L250_1、L250_12),在葉片的表達量呈下降趨勢;LrSPL9、LrSPL19和LrSPL20在NaCl濃度為50 mmol/L,脅迫時間為1 h和12 h時(R50_1、R50_12),在根部的表達量與對照(R0)相比均呈上升趨勢;NaCl濃度為250 mmol/L,脅迫時間為1 h和12 h時(R250_1、R250_12),在根部的表達量與對照相比也呈上升趨勢。由此推測LrSPL1、LrSPL2、LrSPL5、LrSPL9、LrSPL19、LrSPL20在響應鹽脅迫的過程中發(fā)揮調控作用。

        3 討論

        SPL轉錄因子是植物中特有的重要轉錄因子[32],但是在植物基因家族的鑒定與生物信息學分析中SPL家族的研究相對較少。目前已在擬南芥、水稻、玉米、番茄、圓齒野鴉椿、紅花、芥藍、馬尾松、山羊草、小麥[25]、桂花(Osmanthus fragrans)[33]、甜橙(Citrus sinensis)[34]和甘薯(Dioscorea esculenta)[35]等不同植物中鑒定出SPL基因家族成員,但在不同植物中SPL基因家族的成員數(shù)量存在差異。本研究通過生物信息學方法鑒定得到20個黑果枸杞SPL基因家族成員,而擬南芥有16個SPL基因,水稻有19個SPL基因[36],小麥有56個SPL基因,番茄有29個SPL基因,圓齒野鴉椿有29個SPL基因,紅花有21個SPL基因,芥藍有31個SPL基因,馬尾松有11個SPL基因,山羊草有18個SPL基因,桂花有29個SPL基因,甜橙有15個SPL基因,甘薯有30個SPL基因。SPL基因家族成員在已完成測序的植物與黑果枸杞的鑒定結果中數(shù)量未出現(xiàn)較大差別。

        L50_1表示NaCl濃度為50 mmol/L、脅迫時間為1 h時LrSPL基因在葉片的表達;L250_1表示NaCl濃度為250 mmol/L、脅迫時間為1 h時LrSPL基因在葉片的表達;L0表示NaCl濃度為0 mmol/L、脅迫時間為0 h時LrSPL基因在葉片的表達;L50_12表示NaCl濃度為50 mmol/L、脅迫時間為12 h時LrSPL基因在葉片的表達;L250_12表示NaCl濃度為250 mmol/L、脅迫時間為12 h時LrSPL基因在葉片的表達。R50_1表示NaCl濃度為50 mmol/L、脅迫時間為1 h時LrSPL基因在根部的表達;R250_1表示NaCl濃度為250 mmol/L、脅迫時間為1 h時LrSPL基因在根部的表達;R0表示NaCl濃度為0 mmol/L、脅迫時間為0 h時LrSPL基因在根部的表達;R50_12表示NaCl濃度為50 mmol/L、脅迫時間為12 h時LrSPL基因在根部的表達;R250_12表示NaCl濃度為250 mmol/L、脅迫時間為12 h時LrSPL基因在根部的表達。

        本研究中LrSPL蛋白家族中多數(shù)成員的等電點大于7.0,這與大部分植物SPL蛋白家族成員的等電點大于7.0的情況基本一致[37-39]。通過黑果枸杞SPL蛋白保守基序分析結果可知,除了LrSPL17外,其余19個蛋白質均含motif 1、motif 3和motif 4。這與圓齒野鴉椿、芥藍、馬尾松、山羊草、甜橙、擬南芥與番茄[35]等SPL蛋白均是motif 1在SPL家族蛋白中占多數(shù)的情況類似。根據(jù)蛋白質系統(tǒng)進化樹分析結果可知,LrSPL家族蛋白質可以分為8個亞族。LrSPL18和LrSPL20聚類于第Ⅲ亞家族的同一分支中,LrSPL10和LrSPL12聚類于第Ⅳ亞家族的同一分支中,LrSPL11和LrSPL15聚類于第Ⅷ亞家族的同一分支中。聚類在同一分支的蛋白質其保守結構域的組成、排列順序及位置基本相同,說明LrSPL的分類結果進一步得到了保守基序的支持,也意味著LrSPL亞族成員間序列的高度保守性。所有亞族中的黑果枸杞SPL家族成員與番茄SPL家族成員相聚較近,表明黑果枸杞與番茄進化距離比擬南芥、煙草更近。

        本研究結果表明,SPL轉錄因子在植物的生長發(fā)育及脅迫應答等過程中具備調控作用[32]。本研究鑒定到20個黑果枸杞SPL家族蛋白質均為親水性蛋白質,在馬尾松、圓齒野鴉椿、鐵皮石斛等植物中,它們的SPL蛋白也均是親水性蛋白質,而親水性蛋白質對植物抵抗非生物脅迫有利[40]。鹽脅迫下,黑果枸杞根與葉的LrSPL表達模式分析結果顯示,其在不同器官中的表達量存在明顯差異,這與其他植物SPL基因家族成員的鹽脅迫研究結果有相似之處[35]。在不同濃度鹽脅迫下LrSPL1、LrSPL2和LrSPL5在葉片的表達量,LrSPL9、LrSPL19和LrSPL20在根部的表達量,與榮譽磊等[35]對擬南芥SPL基因家族成員在鹽脅迫下的研究結果,楊樂等[8]對鐵皮石斛SPL基因家族成員在鹽脅迫下的研究結果相似,推測它們可能在響應鹽脅迫的過程中發(fā)揮著調控作用。LrSPL基因的鑒定與分析結果為進一步研究黑果枸杞在鹽脅迫方面的基因表達提供理論依據(jù),為進一步研究此類基因是否具有鹽脅迫應答能力以及轉基因品種的獲取提供參考。

        4 結論

        在黑果枸杞轉錄組中共篩選出20個SPL基因,分為8個亞家族。蛋白質亞細胞定位預測中其家族成員主要定位于細胞核,蛋白質結構預測中20個蛋白質均含有α-螺旋、β-轉角、無規(guī)則卷曲和延伸鏈,蛋白質系統(tǒng)進化樹顯示在擬南芥、煙草和番茄這3種植物中,黑果枸杞SPL家族蛋白質與番茄SPL家族蛋白質親緣關系最近,其次是煙草。表達模式分析結果表明,LrSPL20在根部和葉片中均為低表達,LrSPL9在根部和葉片中均為高表達。LrSPL9、LrSPL19和LrSPL20在NaCl不同濃度,不同脅迫時間下,與對照相比在根部的表達量均呈上升趨勢;LrSPL1、LrSPL2和LrSPL5在低濃度鹽脅迫,不同脅迫時間下,與對照相比葉片表達量呈上升趨勢,而高濃度鹽脅迫下葉片表達量與對照相比呈下降趨勢。由此推測LrSPL基因的功能可能與鹽脅迫響應相關。本研究結果為黑果枸杞SPL基因家族成員的功能鑒定及后續(xù)黑果枸杞耐鹽基因的進一步篩選提供了參考。

        參考文獻:

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        (責任編輯:黃克玲)

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