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        新橙皮苷治療潰瘍性結腸炎的網絡藥理學研究及實驗驗證

        2024-05-28 07:06:14吳與倫張欣然沈阿靈劉麗雅魏麗慧陳友琴
        福建中醫(yī)藥 2024年3期
        關鍵詞:小鼠數(shù)據庫實驗

        吳與倫,張欣然,沈阿靈,劉麗雅,魏麗慧,陳友琴,方 翌*

        (1.福建中醫(yī)藥大學中西醫(yī)結合學院,福建 福州 350122;2.福建省中西醫(yī)結合老年性疾病重點實驗室,福建 福州 350122;3.福建中醫(yī)藥大學科技創(chuàng)新與轉化中心,福建 福州 350122;4.美國凱斯西儲大學醫(yī)學院,俄亥俄州 克利夫蘭 44106)

        潰瘍性結腸炎(ulcerative colitis,UC)是一種慢性炎癥性腸病,以黏膜和胃腸道生理改變?yōu)樘卣?,臨床表現(xiàn)為腹痛、便血、腹瀉、體質量減輕,但目前其發(fā)病機制尚不清楚[1]。UC 的主要病機以濕熱瘀血為標,脾腎虧虛為本;清熱化濕散瘀、止瀉止痢為其治法治則[2]。中醫(yī)藥治療UC 的歷史悠久,臨床療效確切,抗炎效果顯著[3]。清化腸飲是臨床治療UC 的常用方,方中厚樸苦燥降瀉,辛散溫通,入大腸經,是中醫(yī)學治療胃腸疾病要藥[4]。新橙皮苷作為厚樸中的活性成分,在最新的研究中被證實具有較強的抗炎、抗氧化、免疫調節(jié)等作用,可減輕DSS誘導的UC 小鼠結腸黏膜組織病理損傷,但其治療UC 中的作用機制尚未明確[5-7]。因此,本研究擬采用網絡藥理學分析和體內實驗,初步探討新橙皮苷治療潰瘍性結腸炎的相關機制,以期闡明新橙皮苷治療UC 的新機制和新靶點,為臨床研發(fā)治療UC 藥物提供新的實驗依據。

        1 實驗材料

        1.1實驗動物 30 只雄性SPF C57BL/6J 小鼠,8~10 周齡,體質量(21±3)g,購自上海SLAC 實驗動物科技有限公司,所有動物均飼養(yǎng)于福建中醫(yī)藥大學實驗動物中心SPF 級實驗室,動物使用許可證編號:SYXK(閩)2020-0002。本實驗已通過福建中醫(yī)藥大學倫理委員會批準(FJTCM IACUC 2022185)。

        1.2實驗藥物的配制 新橙皮苷給藥劑量按照人與動物體型系數(shù)換算,每只小鼠按照0.1 mL/10 g 的灌胃劑量配制藥物,以蒸餾水配置0.5、5、50 mg/(kg·d)的新橙皮苷混懸液,超聲4~5 h 至液體充分溶解澄清透明,每日現(xiàn)配現(xiàn)用。

        1.3實驗試劑 DSS 購自美國MP Biochemicals 公司(貨號:0216011080-100 g);新橙皮苷購自北京MedChemExpress 有限公司,純度>98.48%(貨號:HY-N0101);便隱血(OB)試劑(匹拉米洞法)購自珠海市貝索生物技術有限公司(貨號:BA2020B);4%多聚甲醛固定液、蘇木素溶液購自北京索萊寶公司(貨號:LA0427、G1140);免疫組化超敏Ultra-SensitiveTMSP 試劑盒購自福州邁新生物技術有限公司(貨號:KIT-9710);p-p38 一抗購自南京SAB公司(貨號:12322);p38 一抗購自美國CST 公司(貨號:8690)。

        1.4實驗儀器 生物組織脫水機和生物組織石蠟包埋機購自湖北孝感亞光有限公司;全自動石蠟切片機和倒置顯微鏡購自德國Leica 公司;熒光正置顯微鏡購自日本Nikon 公司。

        2 實驗方法

        2.1潰瘍性結腸炎疾病靶點的收集 以“ ulcerative colitis”為檢索詞,在GeneCards 數(shù)據庫(https://www.genecards.org/)和DisGenet(http://www.disgenet.org/)2 個數(shù)據庫中檢索UC 的相關人類基因靶點,并將2 個數(shù)據庫中的靶點取并集并刪除重復項。

        2.2新橙皮苷作用靶點預測 在中藥系統(tǒng)藥理學數(shù)據庫與分析平臺(TCMSP,https://tcmspw.com/tcmsp.php)、中醫(yī)藥整合藥理學研究平臺(TCMIP,http://www.tcmip.cn/TCMIP/index.php)、Swisstargets數(shù)據庫(http://www.swisstargetprediction.ch/)、Sym-Map(http://www.symmap.org/)、BATMAN-TCM(http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/)中檢索新橙皮苷潛在蛋白靶點,利用Unitprot 數(shù)據庫(http://www.Unitprot.org/)將獲取的蛋白靶點校準其基因名并刪除重復項,與UC 的疾病相關靶點取交集獲得的新橙皮苷治療UC 的潛在靶點。

        2.3GO 和KEGG 富集分析 將“2.2”項中預測的新橙皮苷治療UC 的潛在靶點基因名輸入DAVID數(shù)據庫(https://david.ncifcrf.gov/)中,設置物種為“ homo sapiens”,進行GO 和KEGG 富集分析,篩選P<0.005的結果,從中選取KEGG 通路富集排名前20和GO 分類富集排名前10 的結果,使用R-Studio 軟件對結果進行可視化,并分別繪制相應氣泡圖。

        2.4構建靶點相互作用(PPI)網絡 將“2.2”中新橙皮苷治療UC 的潛在靶點基因名導入STRING 生物信息學數(shù)據庫(https://string-db.org/),設置物種為“ homo sapiens”,置信度設定>0.9,獲取作用靶點的互作信息。通過Cytoscape 3.7.2 軟件繪制PPI 網絡圖,并對網絡圖進行拓撲結構分析,確定新橙皮苷治療UC 的核心靶點。

        2.5小鼠潰瘍性結腸炎模型的構建 采用口服2%葡聚糖硫酸鈉(DSS)溶液的方法建立潰瘍性結腸炎模型[8],讓小鼠自由飲用7 d 2% DSS 溶液,DSS溶液每天更換1 次,第8~10 d 恢復正常飲水,第11 d 取材,期間正常飲食。

        2.6分組與干預 小鼠適應性喂養(yǎng)7 d 后,在開始構建模型前,通過隨機數(shù)字表法將其分為對照組、模型組和低、中、高劑量組,每組6 只。構建模型后,對照組和模型組小鼠使用蒸餾水灌胃,低、中、高組(具體劑量參見“1.2”)使用配置好的不同濃度新橙皮苷溶液灌胃。

        2.7疾病活動指數(shù)(disease activity index,DAI)評分及體質量變化計算 造模期間每日通過盲法評估每只小鼠臨床特征:包括糞便性狀、體質量改變和便血程度情況,并參考JACKSON 等[9]的評估標準計算DAI 評分。同時,每日記錄小鼠體質量與給藥第1 天變化百分比,繪制小鼠體質量變化百分率折線圖[10-11]。

        2.8結腸組織免疫組化檢測 給藥干預11 d 后取材,小鼠結腸組織固定于4%多聚甲醛中;24 h 后,進行組織梯度乙醇脫水及二甲苯石蠟透明,將結腸組織包埋于石蠟,切成4 μm 切片,用顯微鏡載玻片承載后60 ℃烘烤5 h,將其脫蠟至水化,以0.25%TritonX-100 的PBS 溶液破膜10 min。隨后,阻斷內源性過氧化物酶活性10 min,并用封閉液阻斷抗體非特異性結合1 h。將切片與p-p38 或p38 抗體在4 ℃下孵育過夜,然后與酶標二抗孵育1 h。最后使用二氨基聯(lián)苯胺(DAB)試劑盒和蘇木素對樣本進行染色,然后在鏡下觀察并拍照。

        2.9統(tǒng)計學方法 采用SPSS 26.0 統(tǒng)計軟件對數(shù)據進行分析。計量資料服從正態(tài)分布以(±s)表示,多組間體質量變化和免疫組化陽性率比較采用單因素方差分析;不符合正態(tài)分布的數(shù)據用[M(P25,P75)]表示,多組間DAI 評分比較采用秩和檢驗進行分析。P<0.05 為差異具有統(tǒng)計學意義。

        3 結 果

        3.1新橙皮苷治療UC 的潛在作用靶點 由Gene-Cards 數(shù)據庫和DisGenet 數(shù)據庫檢索獲得2 374 個UC 疾病作用靶點,TCMSP、Swiss Target Prediction、TCMIP、SymMap、BATMAN-TCM 數(shù)據庫檢索合計獲取101 個新橙皮苷作用靶點。將新橙皮苷潛在蛋白靶點與UC 相關疾病靶點相映射,二者交集獲得51 個新橙皮苷治療UC 的潛在靶點,見圖1。

        圖1 新橙皮苷治療UC 的潛在靶點

        3.2GO 功能富集分析 采用DAVID 數(shù)據庫對新橙皮苷治療UC 的潛在靶點進行GO 功能富集分析,獲得50 個涉及生物過程(biological process,BP),包括對外源性刺激的反應、膠原分解代謝過程、細胞外基質分解、蛋白水解、基因表達的負調控、環(huán)氧合酶途徑等,見圖2;20 個細胞組分(cellular component,CC),包括細胞外基質、細胞外間隙、大分子復合物、外泌體、細胞質膜等,見圖3;42 個分子功能(molecular function,MF),包括內肽酶活性、金屬內肽酶活性、絲氨酸內肽酶活性、酶結合、相同蛋白質結合、轉錄共激活因子結合等。見圖4。

        圖2 新橙皮苷生物過程分析圖

        圖3 新橙皮苷細胞組分分析圖

        圖4 新橙皮苷分子功能分析圖

        3.3KEGG 通路分析 使用DAVID 數(shù)據庫對潛在靶點進行KEGG 通路分析,得到66 條通路,根據富集的基因數(shù)的多少進行排序,整理出排名前20 名,繪制氣泡圖。這些交潛在靶點主要富集的通路包括MAPK 信號通路、癌癥的發(fā)病途徑、化學致癌-活性氧、內分泌耐藥、雌激素信號通路、糖尿病并發(fā)癥的AGE-RAGE 通路、IL-17 信號通路等。見圖5。

        圖5 潛在靶點KEGG 信號通路富集分析結果

        3.4潛在靶點PPI 網絡的構建與分析 STRING 數(shù)據庫分析新橙皮苷治療UC 的潛在靶點,構建獲取50 個節(jié)點,172 條節(jié)點連接線的蛋白互作PPI 網絡。Cytoscape 3.7.2 軟件繪制PPI 網絡圖,節(jié)點平均度值為10.244 897 96,接近中心性平均值為0.515 360 558,介數(shù)中心度平均值為0.021 421 335。其中,有19 個節(jié)點度值>平均數(shù),包括:絲裂原激活蛋白激酶14(MAPK14;p38)、白蛋白(ALB)、環(huán)狀素受體1(ESR1)、纖維連接蛋白1(FN1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、環(huán)氧合酶2(PTGS2)、成纖維細胞生長因子2(FGF2)、干擾素(IFNG)、前列腺素-內過氧化物合酶2(PTGS2)、胱天蛋白酶1(CASP1)等,以上節(jié)點為新橙皮苷治療UC 的核心靶點。見圖6。

        圖6 新橙皮苷治療UC 潛在靶點蛋白PPI 互作圖

        3.5不同劑量新橙皮苷對UC 小鼠體質量的影響 為進一步驗證網絡藥理學的分析結果,本實驗采用不同劑量新橙皮苷干預UC 模型小鼠,初步分析新橙皮苷的藥效和作用機制。結果表明,與對照組相比,模型組在服用DSS 后體質量出現(xiàn)顯著下降(P<0.05);然而與模型組相比,低、中、高劑量干預后,體質量都出現(xiàn)顯著升高(P<0.05)。見圖7。

        圖7 新橙皮苷干預對UC 小鼠體質量的影響

        3.6不同劑量新橙皮苷對UC 小鼠DAI 評分的影響 5 組小鼠的DAI 評分顯示,在第11 天時,對照組的小鼠DAI 評分為0;與對照組相比,模型組在服用DSS 后DAI 評分顯著上升(P<0.05);與模型組相比,低、中、高劑量新橙皮苷干預都能顯著降低DAI 評分(P<0.05)。見圖8。

        圖8 新橙皮苷干預對UC 小鼠DAI 評分的影響

        3.7不同劑量新橙皮苷對UC 小鼠結腸組織中pp38、p38 蛋白的影響 KEGG 富集到的關鍵通路MAPK 通路中重要組成部分p38(MAPK14)同樣在的PPI 蛋白互作網絡中富集到,結合圖5 和圖6 的分析結果,對排分靠前的MAPK 通路關鍵蛋白pp38 和p38 進行驗證分析。結果顯示:與對照組比較,模型組小鼠的結腸組織蛋白中p-p38 蛋白的表達水平顯著升高(P<0.05),p38 蛋白表達水平差異無統(tǒng)計學意義(P>0.05)。與模型組比較,低、中、高劑量組小鼠結腸組織蛋白p-p38蛋白的表達水平均顯著降低(P<0.05),p38 蛋白表達水平差異無統(tǒng)計學意義(P>0.05)。見圖9—12。

        圖9 5 組結腸組織p-p38 蛋白陽性面積率比較

        圖10 5 組結腸組織p-p38 蛋白表達(×400)

        圖11 5 組結腸組織p38 蛋白表達(×400)

        圖12 5 組結腸組織p38 蛋白陽性面積率比較

        4 討 論

        先前的研究發(fā)現(xiàn),新橙皮苷可通過降低結腸組織中促炎因子TNF-α、IL-6、IL-1β 的表達水平來發(fā)揮其對UC 的保護作用[5]。本研究通過TCMSP、Swiss Target Prediction、TCMIP、SymMap、BATMANTCM 數(shù)據庫進行新橙皮苷靶點的挖掘,并通過Dis-Genet 和GeneCards 數(shù)據庫進行UC 靶點的挖掘,篩選并確定新橙皮苷可能作用于UC的潛在靶點51個。通過KEGG 通路分析,富集到MAPK 信號通路、IL-17 信號通路、化學致癌-活性氧通路等信號通路。MAPK 信號通路的激活主要涉及JNK、ERK 和p38的磷酸化,進一步激活細胞核中的轉錄信號從而在細胞增殖與分化、凋亡、調節(jié)炎癥等生理和病理過程中發(fā)揮重要作用[12]。林雄[13]發(fā)現(xiàn)MAPK通路的激活可以促進NF-κB p65 的磷酸化,上調炎癥細胞因子如TNF-α、IL-6 和IL-1β 的表達水平,通過蒼術醇提物抑制MAPK 通路的激活可改善UC 癥狀。IL-17 是一種促炎因子,在多種細胞中都有表達,通過促進TNF-α、IL-6 等炎性因子的釋放,發(fā)揮擴大炎癥等功能[14]。馬杰等[15]研究結果表明,黃芩多糖可通過抑制IL-17 的表達發(fā)揮對UC 的治療作用?;钚匝酰╮eactive oxygen species,ROS)的過量累積導致細胞膜通透性增加,促進炎癥反應[16]。研究發(fā)現(xiàn)在UC 腸道黏膜中會過量生成ROS,促進組織損傷[17]。這些研究進一步佐證了新橙皮苷可能通過調控MAPK 信號通路、IL-17 信號通路、活性氧相關通路來發(fā)揮其對潰瘍性結腸炎的保護作用。

        本研究通過構建新橙皮苷治療UC 的潛在作用靶點PPI 網絡圖,發(fā)現(xiàn)MAPK14(p38)、CASP1、PTGS2 等靶點可能參與新橙皮苷治療UC 的作用機制。陳賽等[18]研究證實白芍七物顆粒干預UC 小鼠,能降低p38 的磷酸化水平,通過阻斷NOXs-ROS-p38 信號通路的傳導,緩解UC 小鼠結腸組織的炎癥反應;EPSTEIN 等[19]研究證實,姜黃素可通過阻斷p38 MAPK 信號通路,減輕結腸黏膜組織的白細胞浸潤,有效治療DSS 誘導的UC 小鼠的結腸炎性病變。Caspase-1 是介導細胞焦亡所依賴的核心蛋白,它的激活是細胞焦亡經典途徑的核心,屬于免疫系統(tǒng)的重要組成部分[20]。研究表明,人炎性腸組織中Caspase-1 活化水平比正常腸組織中活化水平更高[21]。PTGS2 在調控免疫應答發(fā)揮重要作用,主要表達在單核細胞和腸上皮細胞中,在UC發(fā)展過程中對結腸黏膜愈合有促進作用[22]。這些研究提示新橙皮苷可能通過MAPK14(p38)、CASP1、PTGS2 等關鍵靶點的表達水平,調控相關免疫應答,治療DSS 誘導的UC 小鼠的結腸炎性病變。

        UC 的主要臨床表現(xiàn)是腹痛、腹瀉、黏液膿血便等,DSS 為經典的UC 造模方法,利用DAI 評分能反映該模型中UC 體質量下降、腹瀉、黏液膿血便情況。本研究體內實驗中DSS 造模后的UC 小鼠出現(xiàn)了明顯的DAI 評分升高和體質量下降,而新橙皮苷可顯著降低DSS 誘導的UC 小鼠體質量下降和DAI評分升高,結果表明新橙皮苷可緩解DSS 誘導的UC 小鼠的UC 體質量下降、腹瀉、黏液膿血便癥狀。再以該模型驗證網絡藥理學分析富集出的MAPK14(p38)關鍵靶點,通過體內實驗的驗證,可得出以下結果:在DSS 誘導的UC 小鼠模型中,新橙皮苷干預能夠顯著逆轉模型組小鼠結腸組織中p38 蛋白磷酸化水平的升高,提示新橙皮苷對UC 的治療作用可能是通過發(fā)揮對p38 MPAK 通路的抑制而實現(xiàn)。

        綜上,本研究通過網絡藥理學對新橙皮苷治療UC 的相關分子機制進行探討。采用體內實驗對新橙皮苷調控p38 MPAK 信號通路,進而起到抑制UC 的發(fā)生、發(fā)展進行驗證,為臨床中研發(fā)防治UC的藥物提供了有效的依據。不足之處在于,研究中僅對p38 MPAK 信號通路進行了探索驗證,并未對該通路上下游相關通路蛋白進一步分析,計劃在下一步的實驗中進行探究。

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