王 瑋
中冶長天國際工程有限責任公司
NGS(Next-generation sequencing)下一代測序技術(shù)又稱高通量測序技術(shù),以高輸出量和高解析度為主要特色,一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA 分子進行序列測定,在提供豐富的遺傳學信息同時,還大大降低了測序費用,縮短了測序時間。PCR(Polymerase Chain Reaction)聚合酶鏈式反應(yīng)又稱多聚酶鏈式反應(yīng),是利用模板DNA 在93 ℃高溫時變性為單鏈DNA,55 ℃低溫時引物與單鏈DNA 按堿基互補序列配對結(jié)合,72 ℃最適反應(yīng)溫度下DNA 聚合酶合成復(fù)制鏈的過程。PCR 是一種用于放大擴增特定DNA片段的分子生物學技術(shù),是生物體外特殊DNA的復(fù)制,其最大特點是將微量的DNA 大幅增加。NGS、PCR 用于疾病篩查、診斷、基因突變檢測等,在臨床應(yīng)用中越來越廣泛。本文以某實驗室空調(diào)系統(tǒng)設(shè)計為例,對NGS、PCR 實驗室的空氣凈化作了簡要闡述。
NGS高通量測序功能分區(qū)包括[1]:
1)試劑準備區(qū)
實驗過程中所需的試劑、試劑的分類和保存、一些主要反應(yīng)混合液的分裝和儲存。
2)標本與文庫制備區(qū)
血液處理、血漿制備、DNA 提取、片段化、純化及構(gòu)建樣本。
如果標本量少,標本制備區(qū)每天僅使用一次的話,可將標本制備區(qū)和文庫制備區(qū)合并,否則分開,以避免前次建庫可能存在的、已帶標簽的核酸樣本氣溶膠交叉污染。
3)文庫檢測區(qū)
濃度檢測、混合后的質(zhì)檢分析,檢查濃度、片段大小是否符合要求。
4)文庫擴增區(qū)
DNA 片段末端修復(fù)與純化、文庫混合、缺口平移。
文庫擴增會涉及PCR 過程,產(chǎn)生高濃度的擴增產(chǎn)物和氣溶膠,故需自成一區(qū)。
5)測序區(qū)
測序模板制備、上級測序、數(shù)據(jù)分析,檢查測序后下機的數(shù)據(jù)是否符合要求。
擴增和定量后的文庫在此區(qū)進行芯片加載、測序過程和數(shù)據(jù)產(chǎn)生。由于測序儀對室內(nèi)溫濕度要求較高,且受周圍環(huán)境振動影響較大,故測序區(qū)需單獨設(shè)置。
6)電泳區(qū)
DNA 制備及濃度測定、目的DNA 片段分離,是一代測序擴增產(chǎn)物電泳純化和二代測序判斷DNA提取質(zhì)量、片段分析的公共區(qū)域。
PCR功能分區(qū)包括[2]:
1)試劑儲存和準備區(qū)
試劑的制備和分裝、主反應(yīng)混合液的制備。
2)標本、文庫制備區(qū)
RNA、DNA 的提取和貯存。
3)擴增區(qū)
cDNA的合成、DNA擴增及檢測。
4)擴增產(chǎn)物分析區(qū)
擴增片段的進一步分析測定。
NGS、PCR 實驗室按上述分區(qū)分成了獨立的實驗區(qū),每個實驗區(qū)之間設(shè)置緩沖間,實驗室與其他科室之間設(shè)置緩沖走廊,以控制空氣流向,防止實驗室內(nèi)外空氣互通。緩沖間本身是靜態(tài)的安全屏障,如在緩沖間內(nèi)部增設(shè)機械通風,便形成了靜態(tài)+動態(tài)的安全屏障[3]。試劑、標本通過傳遞窗傳遞,傳遞窗采用雙開門形式,以避免封閉不嚴或物品傳遞過程中造成交叉污染,同時,壓力梯度也使整個檢測過程中試劑、標本不受到污染。
實驗室空氣流向為試劑儲存和準備區(qū)→標本制備區(qū)→擴增區(qū)→擴增產(chǎn)物分析區(qū),禁止反向流動[4]。實驗室各區(qū)域,物理上都應(yīng)永久分隔,各區(qū)域間不能有空氣直接流通。試劑儲存和準備區(qū)為最潔凈的區(qū)域,從標本制備到測序反應(yīng)需要的試劑都在此配置和儲存,若該區(qū)域被污染,整個流程乃至最終測序結(jié)果都將受到影響,因此,維持各區(qū)間的壓力梯度非常重要。實驗室壓力梯度是通過控制該區(qū)域內(nèi)的送風量和排風量來實現(xiàn)的,送、排風機均為變頻風機,送風系統(tǒng)與排風系統(tǒng)互為聯(lián)鎖,根據(jù)各區(qū)域壓力梯度要求進行控制。通過調(diào)節(jié)風機頻率及送風、排風管道上的文丘里變風量閥實時匹配送風及排風量,排風風機先于送風機啟動,后于送風機停止。該項目實驗室平面布置及壓力梯度設(shè)置見圖1。
圖1 實驗室平面布置及壓力梯度示意圖
實驗室設(shè)備均有溫濕度要求,溫濕度過高會影響設(shè)備的使用壽命。此外,溫濕度還應(yīng)滿足工作人員舒適性要求,如樣本制備區(qū)工作人員需穿實驗服、戴口罩、戴護目鏡等不利散熱設(shè)備,室內(nèi)溫度應(yīng)控制在22~24 ℃,而放置測序儀的房間濕度應(yīng)在20%~60%之間,以便儀器獲得最佳性能。
NGS、PCR 實驗室沒有嚴格的凈化要求,但為避免交叉污染,該項目采用了全新風系統(tǒng),潔凈級別按十萬級考慮,氣流組織采用上送側(cè)下回形式。NGS、PCR 分別設(shè)置一套無級變量新風機組對實驗室各區(qū)域進行送風,承擔室內(nèi)熱濕負荷。新風機組功能段包括初中效段、加熱段、表冷段、加濕段、風機段等,其冷熱水由大樓四管制風冷熱泵提供,各區(qū)域末端送風口均設(shè)置高效過濾器。各實驗區(qū)域及緩沖間送風支管上均設(shè)置文丘里變風量閥,調(diào)節(jié)室內(nèi)壓力。各房間設(shè)有送風和排風進行通風換氣,稀釋有害物濃度。送風具體布置見圖2。
實驗室各區(qū)域內(nèi)的通風換氣對減少實驗室前一次檢測過程中遺留或擴增產(chǎn)物的污染非常重要,各區(qū)域通風換氣大于10 次/h。樣本制備間、擴增區(qū)內(nèi)設(shè)生物安全柜,該項目由于空間受限,生物安全柜與房間排風共用一套系統(tǒng)。排風支管上設(shè)文丘里變風量閥,廢氣高空排放至屋頂,經(jīng)初效、活性炭吸附、高效過濾后排至大氣。排風量根據(jù)各區(qū)域壓力要求、設(shè)備要求、送風量等匹配設(shè)置。排風機組變頻運行,調(diào)節(jié)室內(nèi)風量及壓力。排風具體布置見圖3。
NGS、PCR 實驗室是目前臨床檢測的重要手段,其空調(diào)系統(tǒng)設(shè)計重點是根據(jù)建筑功能的分區(qū)設(shè)置壓力梯度。標本制備區(qū)由于靈敏性高,極其微量的氣溶膠污染也會造成假陽性的檢測結(jié)果,因此相對于鄰室區(qū)域,房間需維持正壓;分析區(qū)可能會用到一些有毒物質(zhì),因此廢氣排風系統(tǒng)必須經(jīng)過吸附、過濾處理后方可高空排至室外。結(jié)合建筑平面、工藝流程,通過設(shè)置緩沖走廊、緩沖間、傳遞窗,及配置合理的空調(diào)、通風系統(tǒng),才能保證實驗室可靠、安全地運行。