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        基于COI 基因解析我國茶網(wǎng)蝽種群遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)

        2023-12-29 00:00:00陳世春江宏燕廖姝然陳亭旭王曉慶
        茶葉科學 2023年6期

        摘要:茶網(wǎng)蝽(Stephanitis chinensis)是我國西南茶區(qū)的重要害蟲,近年有入侵成災(zāi)事件發(fā)生。為解析茶網(wǎng)蝽的生態(tài)適應(yīng)機制和成災(zāi)規(guī)律,測定了茶網(wǎng)蝽12 個種群共240 頭成蟲COI 基因序列,利用DnaSP 6.12.03、Arlequin3.5.2.2、MEGA 7.0.26 等軟件進行了遺傳分化程度、基因流(Nm)以及分子變異情況的分析。結(jié)果顯示,茶網(wǎng)蝽12 個地理種群的240 條COI 基因序列共包含75 個變異位點和38 個單倍型,其中僅Hap13 是共享單倍型。茶網(wǎng)蝽總?cè)后w的單倍型多樣性指數(shù)(Hd)為0.827 79,地理種群的Hd 在0.00~0.85,總?cè)后w的遺傳分化固定系數(shù)(FST)為0.864 26,Nm 為0.039 87,表明我國茶網(wǎng)蝽群體遺傳分化程度較高,基因交流較小。重慶城口、重慶巫溪、湖北恩施、湖北十堰、陜西漢中等5 個種群相互之間遺傳分化程度較低,基因交流頻繁(FST<0.06,Nm>4.50),其他種群對之間分化程度較高,基因交流較少(FST>0.25,Nm<1.00)。分子變異分析(AMOVA)支持遺傳分化主要來自于不同地理種群之間(86.43%)。Tajima’s D 和Fu’s Fs 中性檢驗支持重慶巴南、湖北恩施種群以及大巴山脈周邊群體發(fā)生過種群擴張事件。本研究分析推測我國茶網(wǎng)蝽兼具入侵種群擴張成災(zāi)和原始種群擴張成災(zāi)的風險,建議有茶網(wǎng)蝽發(fā)生的茶區(qū)和大巴山脈周邊茶園加強對該害蟲的監(jiān)測工作。

        關(guān)鍵詞:茶網(wǎng)蝽;地理種群;COI 基因;遺傳多樣性;遺傳結(jié)構(gòu)

        中圖分類號:S571.1;S435.711 文獻標識碼:A 文章編號:1000-369X(2023)06-795-11

        茶網(wǎng)蝽(Stephanitis chinensis Drake),又名茶脊冠網(wǎng)蝽、茶軍配蟲、白紗娘等,隸屬于半翅目(Hemiptera)網(wǎng)蝽科(Tingidae)。茶網(wǎng)蝽成蟲和若蟲以刺吸式口器刺吸葉片汁液[1],雌成蟲產(chǎn)卵于葉片組織,均會對茶樹葉片造成直接損傷[2]。此外,茶網(wǎng)蝽在葉片背面留下大量的黑色膠質(zhì)排泄物和蛻殼易滋生霉菌,嚴重影響茶樹的光合作用[3-4]。茶網(wǎng)蝽為害嚴重時,會造成茶樹葉片脫落、樹體衰弱、茶芽萌發(fā)緩慢細小甚至發(fā)芽停滯[5-7],進而影響茶葉的質(zhì)量和產(chǎn)量,導(dǎo)致茶企、茶農(nóng)的收入下降。茶網(wǎng)蝽具有繁殖力強、易擴散和多重危害等特點,但目前對該害蟲最有效的防控措施依然是藥劑防治[5,8-14]。由于氣候影響,重慶茶網(wǎng)蝽田間若蟲孵化期由早期文獻中的4 月上中旬[4,15]提前到3 月中下旬[16],與春茶生產(chǎn)季的重合期增長,加大了對春茶生產(chǎn)的影響以及田間防治的難度。

        茶網(wǎng)蝽一直是我國西南茶區(qū)的重要害蟲[15],但早年少有其大量發(fā)生為害的報道,在中國知網(wǎng)檢索茶網(wǎng)蝽和茶脊冠網(wǎng)蝽可以發(fā)現(xiàn)2012 年以前僅有3 篇文獻[7,17-18],2012—2017 年共13篇文獻,其中11 篇有關(guān)于陜西南部地區(qū)茶網(wǎng)蝽的發(fā)生與防治[5-6,9-11],2018 年之后開始出現(xiàn)恩施及其他地區(qū)發(fā)生與防治技術(shù)的報道[3,8,13-14,16]。茶網(wǎng)蝽近年有明顯的蔓延擴散和暴發(fā)為害的跡象。本研究測定了5 省份下轄共12 個市(區(qū)、縣、州)的茶園的茶網(wǎng)蝽樣本COI 基因序列,并進行種群遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)分析,有助于從分子水平上解析該害蟲的生態(tài)適應(yīng)機制和成災(zāi)規(guī)律,為各茶區(qū)制定有效的防控策略提供基礎(chǔ)的遺傳學信息。

        1 材料與方法

        1.1 試驗材料

        本研究測試茶網(wǎng)蝽成蟲和若蟲樣本于2022 年5 月—2023 年10 月采集于重慶、四川、貴州、湖北和陜西5 省份下轄12 個市(區(qū)、縣、州)的茶園(表1)。所采集若蟲均留于原附著枝葉和枝條下端保濕,置于智能人工氣候箱(CX-300h,上海將任實驗設(shè)備有限公司)飼養(yǎng)至羽化。氣候箱溫度為(26±1) ℃,光周期L∶D=14∶10,相對濕度(75±5)%。所有樣本均以成蟲在體視鏡下鑒定種類,浸泡于無水乙醇,置于–20 ℃冰箱中保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.2 基因組DNA 提取

        取茶網(wǎng)蝽成蟲單頭置于1.5 mL 離心管中,使用滅菌研磨棒研磨至粉末,采用DNeasyBlood amp; Tissue Kit 試劑盒(德國Qiagen 公司)進行基因組DNA 提取。提取產(chǎn)物用NanoVue超微量分光光度計(英國GE Healthcare 公司)檢測質(zhì)量和濃度后置于–20 ℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.3 PCR 擴增、測序及拼接

        茶網(wǎng)蝽線粒體COI 基因序列的擴增引物參照懸鈴木方翅網(wǎng)蝽(Corythucha ciliata),上下游引物分別為5'-ATTTGGATTATGAGC AGGAATAGT-3'和5'-ATGTAAAATAAGCTCGTGTATCTAC-3'[19]。取2 μL PCR 產(chǎn)物用1%的瓊脂糖凝膠電泳檢測,選取陽性克隆送至生工生物工程(上海)股份有限公司進行測序。測序得到的序列使用DNAMAN 軟件進行拼接,拼接完成后的序列在NCBI 數(shù)據(jù)庫中進行BLASTn 比對,驗證序列的準確性。

        1.4 數(shù)據(jù)整理與分析

        利用DnaSP 6.12.03 軟件[20-21]計算茶網(wǎng)蝽不同地理種群的單倍型多樣性指數(shù)(Haplotypediversity,Hd)、核苷酸多樣性(Nucleotidediversity,π)、核苷酸平均差異數(shù)(Averagenumber of nucleotide difference,k)、種群間的遺傳分化固定系數(shù)(FST)等遺傳多樣性指標?;蛄鳎∟m)依據(jù)公式Nm=(1-FST)/4FST計算[22]。在Arlequin 3.5.2.2 軟件[23]中使用Tajima’s D[24]和Fu’s Fs[25]統(tǒng)計進行中性檢驗,并進行種群的分子方差分析( Analysis ofmolecular variance,AMOVA)?;贙imura2-Parameter 模型使用MEGA 7.0.26 軟件計算種群間的遺傳距離[26]。采用Network 10.2 軟件繪制單倍型之間的進化網(wǎng)絡(luò)圖,單倍型的最大似然法系統(tǒng)發(fā)育樹使用PhyML 3.0(www.atgc-montpellier.fr/phyml)構(gòu)建[27]。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 茶網(wǎng)蝽COI 基因序列特征及變異情況

        本研究對茶網(wǎng)蝽12 個地理種群共240 頭成蟲進行了DNA 提取,均完成擴增、測試和比對。240 條序列均為808 bp,A+T 含量約為67%,具有明顯的A、T 偏向性,符合昆蟲線粒體核苷酸組成特征。統(tǒng)計分析發(fā)現(xiàn),COI序列在供試的240 個樣本中保守位點(C)733個,變異位點(V)75 個,約占全長的9.28%,無堿基缺失或插入現(xiàn)象。75 個變異位點中自裔位點(Si)21 個,簡約信息位點(Pi)54個,兩堿基變異(Two variants)位點72 個,三堿基變異(Three variants)位點3 個,共含有38 個單倍型:Hap1~Hap38(圖1)。

        2.2 茶網(wǎng)蝽COI 基因序列單倍型及網(wǎng)絡(luò)進化關(guān)系

        分析茶網(wǎng)蝽COI 基因序列的38 個單倍型,僅有1 個共享單倍型(Hap13),其出現(xiàn)頻率最高(92 次),占所有個體的38.3%,被城口、巫溪、恩施、十堰和漢中5 個種群共享(表2)。37 個單倍型為獨享單倍型,表明茶網(wǎng)蝽出現(xiàn)了較大程度的遺傳分化。從種群來看,巫溪、廣元、貴陽、六盤水、漢中種群內(nèi)部無突變位點,各自僅有1 種單倍型,其他地理種群的單倍型在2~9 個范圍。利用中介鄰接網(wǎng)絡(luò)算法(Median joining network)構(gòu)建38 個單倍型的進化網(wǎng)絡(luò)圖,結(jié)果顯示(圖2),茶網(wǎng)蝽單倍型的進化網(wǎng)絡(luò)呈散射狀,以中介點mv10 為中心,主要分為4 枝向外發(fā)展。由上而下,第1 枝包含11 個單倍型,涵蓋巴南和貴陽的所有單倍型及永川的2 個單倍型;第2 枝僅有3 個單倍型,涵蓋六盤水所有個體及永川剩余的2 個單倍型;第3 枝包含8 個單倍型,以共享單倍型Hap13為中心向外發(fā)展,涵蓋了城口、巫溪、廣元、恩施、十堰和漢中等位于大巴山脈周邊的6 個地理種群的所有單倍型,也是樣本量最大的一枝(共120 頭);第4 枝包含有最多的單倍型(16個),但地理種群僅包含四川省的宜賓和樂山(圖2A)。單倍型進化網(wǎng)絡(luò)圖沒有顯示出較為明顯的祖先單倍型,也支持了我國茶網(wǎng)蝽遺傳分化程度較大的觀點。38 個單倍型的最大似然法系統(tǒng)發(fā)育樹顯示,進化網(wǎng)絡(luò)圖中的第2、3、4 枝上的單倍型均以較高的支持率各自聚為同一發(fā)育枝,并互為姊妹群,進化關(guān)系與進化網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)圖對應(yīng)(圖2B)。

        2.3 茶網(wǎng)蝽地理種群遺傳多樣性

        茶網(wǎng)蝽總?cè)后w的COI 序列單倍型多樣性指數(shù)為0.827 79,核苷酸多樣性指數(shù)為0.017 69,核苷酸平均差異數(shù)為14.290 66(表3)。12個地理種群中,巫溪、廣元、貴陽、六盤水、漢中等5 個地理種群因不具有多態(tài)性位點,各項指數(shù)均為0,表明其內(nèi)部序列保守,遺傳多樣性較低;其余7 個種群的單倍型多樣性指數(shù)在0.100 00~0.847 37,核苷酸多樣性指數(shù)在0.000 12~0.017 83,核苷酸平均差異數(shù)在0.100 00~14.405 26,茶網(wǎng)蝽在這7 個地理種群的遺傳多樣性差異較為明顯,其中永川、巴南、宜賓、樂山4 個種群內(nèi)部多態(tài)性位點較多,遺傳多樣性較高。對有多態(tài)性位點的7 個種群進行Tajima’s D 和Fu’s Fs 中性檢驗,其中巴南和恩施種群的Tajima’s D 值顯著小于0,F(xiàn)u’sFs 值極顯著小于0,說明這兩個種群偏離了遺傳平衡狀態(tài),可能是種群擴張的結(jié)果。永川、城口、宜賓、樂山、十堰以及所有種群作為整體時的值均為不顯著,說明茶網(wǎng)蝽在這5 個地理種群和總?cè)后w進化都遵循中性進化模型,群體處于較穩(wěn)定狀態(tài)。將圖2A 中以Hap13 為中心進化的6 個種群(城口、巫溪、廣元、恩施、十堰和漢中)作為群體進行檢驗,Tajima’s D和Fu’s Fs 值分別為–1.681 66(P<0.05)和–5.664 72(P<0.01),支持該群體發(fā)生過種群擴張事件。茶網(wǎng)蝽總?cè)后w的錯配分布圖有非常明顯的多峰(圖3),支持我國茶網(wǎng)蝽在整體上沒有發(fā)生擴張事件;其SSD 值(期望與觀測錯配分布之間的平方和)為0.038 50,rg 值(Harpending’s raggedness index)為0.046 91,兩個值均較小,且未達到顯著水平,推測我國茶網(wǎng)蝽總?cè)后w可能經(jīng)歷了較弱的突然增長過程。

        2.4 茶網(wǎng)蝽地理種群間的遺傳關(guān)系

        茶網(wǎng)蝽COI 序列地理種群間的差異程度的遺傳學參數(shù)通過DnaSP 6.12.03 軟件計算。茶網(wǎng)蝽總?cè)后w的FST 為0.864 26(Plt;0.05),表明我國茶網(wǎng)蝽總體遺傳分化程度較高。各地理種群間的FST 在0.000 00~1.000 00(表4),其中有56 個種群對間FST 有顯著差異,且在0.259 44~1.000 00,表明這些種群對之間遺傳分化程度較高;城口與巫溪、恩施、十堰、漢中種群之間的FST 較小,在0.026 32~0.052 63,說明城口種群與這4 個種群之間的遺傳分化程度很低;巫溪、恩施、十堰、漢中4 個種群相互之間FST 值為0,表明4 個種群相互之間幾乎未發(fā)生遺傳分化???cè)后w的Nm 為0.039 87,種群對間的Nm 為0 到無限大,其中除巫溪、恩施、十堰、漢中4 個種群相互間Nm 為無限大;城口與巫溪、恩施、十堰、漢中種群之間的Nm 均大于4.5,推測城口種群與這4 個種群之間基因交流頻繁;其余種群對間的Nm 均小于1,表明這些種群相互間幾乎不發(fā)生基因交流。茶網(wǎng)蝽各地理種群之間的遺傳距離與地理距離相關(guān)性結(jié)果顯示,二者相關(guān)性系數(shù)為0.282(Plt;0.05),說明茶網(wǎng)蝽在不同地理種群間的遺傳分化與地理距離正相關(guān)(圖4)。

        綜上所述,我國茶網(wǎng)蝽總?cè)后w遺傳分化程度較高,基因交流較少;而城口、巫溪、恩施、十堰、漢中5 個種群間分化程度較低,基因交流頻繁,其余種群對之間分化程度較高,基因交流較少。

        2.5 茶網(wǎng)蝽的分子變異分析

        利用Arlequin 3.5.2.2 軟件對茶網(wǎng)蝽的進行分子變異(AMOVA)分析,結(jié)果顯示,COI基因序列在茶網(wǎng)蝽12 個地理種群之間變異方差組分為6.631 03,占總方差比率的86.43%,種群內(nèi)的變異方差組分僅為1.041 45,方差比率為13.57%,P 值均小于0.001,差異極顯著(表5),上述結(jié)果表明,COI 序列在我國茶網(wǎng)蝽這12 個地理種群的遺傳分化主要來自于種群之間,種群內(nèi)部的遺傳分化相對較低,但對遺傳分化的作用不可忽視。

        3 討論

        本研究對12 個地理種群240 頭茶網(wǎng)蝽成蟲進行了COI 基因序列的擴增測序,共獲得了240 條808 bp 的核苷酸序列,A+T含量約為67%,明顯的A、T 偏向性符合昆蟲線粒體核苷酸組成特征[28-29],序列中未發(fā)現(xiàn)終止密碼子,經(jīng)比對確認為茶網(wǎng)蝽的COI 基因序列[30-31]。

        從地理種群的單倍型數(shù)據(jù)來看,永川、巴南、宜賓、樂山4 個種群的單倍型均大于5個,城口、恩施、十堰種群分別為4 個、3 個和2 個,巫溪、廣元、漢中、貴陽和六盤水均僅有1 個單倍型。前人研究認為,瓶頸和自然選擇作用通常能影響生物的遺傳多樣性,因此初始種群往往有更高的遺傳多態(tài)性,相反新傳入種群的多態(tài)性較低[32-33],據(jù)此推斷,處于四川盆地內(nèi)部的永川、巴南、宜賓、樂山4 個種群可能為原始種群,其余種群可能是新入侵種群。早期文獻記載,茶網(wǎng)蝽是西南茶區(qū)的固有害蟲,在四川、云南、貴州均有發(fā)生[15],2010年傳入陜西南部漢中市和安康市并逐步向北部擴散[5,34],2012 年在湖北恩施轄區(qū)內(nèi)被初次發(fā)現(xiàn)[3],并于2017 年暴發(fā)為害,受害茶園面積達0.48 萬hm2[14]。本研究顯示,恩施地區(qū)種群的Tajima’s D 和Fu’s Fs 中性檢驗值均顯著小于0,支持恩施種群發(fā)生過種群擴張事件。單倍型、進化網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)、系統(tǒng)發(fā)育樹、遺傳分化系數(shù)分析等均支持城口、巫溪、漢中、恩施、十堰5 個種群間有大量的基因交流,遺傳分化系數(shù)極小。這5 個種群與廣元種群的所有單倍型在進化網(wǎng)絡(luò)圖和系統(tǒng)發(fā)育樹上均聚在一起(圖2),6 個城市均坐落于我國大巴山脈,也位于茶網(wǎng)蝽早期蔓延點四川省萬源市和宣漢縣周邊,推測這6 個種群均為同一種群擴張而來。以這6 個種群作為群體進行中性檢驗,Tajima’s D 和Fu’s Fs 值分別為–1.681 66(Plt;0.05)和–5.664 72(Plt;0.01),支持該群體發(fā)生過種群擴張事件,因此筆者認為茶網(wǎng)蝽有入侵種群擴張暴發(fā)為害的風險。此外,巴南地區(qū)種群的兩個中性檢驗值也顯著小于0,同樣支持種群發(fā)生過種群擴張。前文分析巴南種群可能為原始種群,因此推測茶網(wǎng)蝽除了有入侵暴發(fā)的風險,也有本地原始種群在適宜的生態(tài)環(huán)境下種群擴張暴發(fā)的風險。茶網(wǎng)蝽COI序列的38 個單倍型中僅有Hap13 為城口、巫溪、漢中、恩施、十堰種群共享的單倍型,其余37 個單倍型均為獨享單倍型,種群間的FST也多處于較高水平,Nm 較低,均支持我國茶網(wǎng)蝽遺傳分化程度較大。AMOVA 分析表明,遺傳分化主要來自于種群之間。以上數(shù)據(jù)分析支持除大巴山脈周邊5 個種群外,茶網(wǎng)蝽種群之間基因交流較少,推斷該害蟲在茶區(qū)之間相互擴散遷移較少,擴散速度、距離較為有限。茶網(wǎng)蝽若蟲無翅,成蟲有翅但不善飛行[4,15],其傳播更依賴于風力和人類活動。

        綜上所述,我國茶網(wǎng)蝽具有入侵暴發(fā)成災(zāi)的風險,但其擴散速度和距離較為有限,同時要防范本地原始種群在適宜生態(tài)環(huán)境下快速擴張暴發(fā)成災(zāi)的風險。因此,建議大巴山脈周圍無茶網(wǎng)蝽發(fā)生的茶園應(yīng)加強觀測,原發(fā)生區(qū)域在每年3 月下旬到4 月應(yīng)定期開展茶園田間觀測工作,如發(fā)現(xiàn)有茶網(wǎng)蝽傳入或暴發(fā)的跡象,應(yīng)及時采取有效防治措施。

        致謝:感謝恩施土家族苗族自治州農(nóng)業(yè)科學院羅鴻、陜西省漢中市鎮(zhèn)巴縣茶葉技術(shù)指導(dǎo)站唐志剛、湖北省農(nóng)業(yè)科學院果樹茶葉研究所焦龍、四川省農(nóng)業(yè)科學院茶葉研究所劉飛、四川省宜賓市茶產(chǎn)業(yè)研究院劉躍云、貴州省農(nóng)業(yè)科學院茶葉研究所李帥對本研究樣品收集工作的支持。

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