屠金晶,張亮,陳益女,董肖琦,徐曙光,湯耀東
支氣管擴(kuò)張癥典型的癥狀有慢性咳嗽、咳大量膿痰和反復(fù)咯血,可導(dǎo)致呼吸功能障礙及慢性肺源性心臟病[1]。在我國是一種非常普遍的慢性呼吸道疾病,但卻遠(yuǎn)不及支氣管哮喘和慢阻肺一樣受到重視。廣泛性支氣管擴(kuò)張可嚴(yán)重?fù)p害患者肺組織和功能、影響患者的生活質(zhì)量,造成巨大的社會經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān),是當(dāng)前我國基層醫(yī)院面臨的嚴(yán)重挑戰(zhàn)。
銅綠假單胞菌(PA)是導(dǎo)致支氣管擴(kuò)張癥患者急性或慢性感染的主要病原體之一[2]?,F(xiàn)有研究表明PA 感染與支氣管擴(kuò)張癥的嚴(yán)重程度及病情進(jìn)展密切相關(guān)。然而,針對支氣管擴(kuò)張癥患者合并PA 感染的治療研究非常有限。目前,多重耐藥和廣泛耐藥PA的檢出率呈逐年上升趨勢,給臨床治療帶來了嚴(yán)重威脅[3]。近年研究發(fā)現(xiàn)難治性PA 感染患者的校正死亡率高于碳青霉烯類耐藥PA[4]。本研究分析2022年寧波市醫(yī)療中心李惠利醫(yī)院分離的支氣管擴(kuò)張癥患者PA 感染的分子流行病學(xué)特征,以期為PA 感染患者提供合理的抗菌藥物使用依據(jù)。
1.1 菌株來源 納入本院2022 年1—12 月臨床分離的38 株P(guān)A,排除同一患者重復(fù)菌株。質(zhì)控菌株為銅綠假單胞菌ATCC27853。
1.2 PA 的菌種鑒定 將上述臨床分離菌株接種于MHA 培養(yǎng)基,37 ℃過夜培養(yǎng)。挑取單菌落涂布于MSP 96 target polished steel BC 板的靶點上,涂布應(yīng)輕薄均勻。吸取1l 基質(zhì)溶液分別加至各個靶點,應(yīng)注意各個靶點溶液不要相連,室溫下自然晾干。將BC 板放入基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時間質(zhì)譜儀(MALDI-TOF MS)中,運行程序并記錄結(jié)果。
1.3 藥敏實驗 使用瓊脂稀釋法測定11 種抗菌藥物的最低抑菌濃度(MIC),包括哌拉西林/他唑巴坦、頭孢他啶、頭胞吡肟、氨曲南、亞胺培南、美羅培南、慶大霉素、阿米卡星、妥布霉素、環(huán)丙沙星和磷霉素。多黏菌素B 使用肉湯稀釋法測定MIC。折點解讀參考美國CLSI 標(biāo)準(zhǔn)[5]。當(dāng)頭孢他啶≥32 mg/L、氨曲南≥32 g/L、哌拉西林/他唑巴坦≥128/4 mg/L、碳青霉烯類(亞胺培南或美羅培南)≥8 mg/L 和環(huán)丙沙星≥2 mg/L 時定義為難治性PA[4]。
1.4 全基因組測序及生信分析 采用第二代測序技術(shù)的建庫測序,經(jīng)電泳檢測合格的DNA 樣品用Covaris 超聲波破碎儀隨機打斷成長度約為350 bp 的片段。處理完成后的DNA 片段,使用NEBNext?Ultra?DNA Library Prep Kit for Illumina(NEB,USA)試劑盒,經(jīng)末端修復(fù)、加A 尾、加測序接頭、純化、PCR 擴(kuò)增等步驟完成整個文庫制備。文庫構(gòu)建完成后,先使用Qubit 2.0 進(jìn)行初步定量,稀釋文庫至2 ng/l,隨后使用Agilent 2100 對文庫的插入片段進(jìn)行檢測,insert size 符合預(yù)期后,使用Q-PCR 方法對文庫的有效濃度進(jìn)行準(zhǔn)確定量,最后進(jìn)行PE150的上機測序,數(shù)據(jù)量1G,實現(xiàn)平均測序深度100×以上。38 株菌使用Illumina Nova-seq 6000 平臺(諾禾致源生物信息科技有限公司,中國北京)進(jìn)行全基因組測序。耐藥基因和多位點序列分型(MLST)使用ResFinder v3.0 在線比對(http://www.genomicepidemiology.org)。
2.1 納入患者基本信息 38 例中,男27 例,女11例;年齡為(69.0±14.0)歲。分別來源于ICU(13 株)、呼吸內(nèi)科(10 株)、神經(jīng)外科(10 株)、感染病科(2例)、肝膽胰外科(2 例)和胃腸外科(1 例)。
2.2 藥敏結(jié)果 38 株P(guān)A中對阿米卡星和妥布霉素敏感率為97.4%,所有菌株對多黏菌素B敏感,亞胺培南和美羅培南的耐藥率分別為84.2%和57.9%。38 株P(guān)A 中有17 株為難治性PA,見表1。
表1 12 種抗菌藥物的藥敏結(jié)果
2.3 MLST分型及耐藥基因分析 38 株P(guān)A中主要的ST 型為ST277(7/38,18.4%)、ST 1076(5/38,13.2%)和ST 3012(5/38、13.2%)(圖1)。所有ST1076、ST1623 和ST3012 菌株均為難治性PA。此外,所有分離菌株中均檢測到耐藥基因blaPAO、aph(3’)-IIb 和catB7。12 株(31.8%)攜帶aph(3’)-IIb基因的菌株仍對慶大霉素敏感。值得注意的是5 株ST 1076 均攜帶blaOXA-395和blaKPC-3,從而介導(dǎo)泛耐藥。
圖1 38 株銅綠假單胞菌的MLST 分型分析
目前我國沒有支氣管擴(kuò)張患病率的流行病學(xué)詳細(xì)資料,但隨著胸部高分辨率CT等檢查手段大范圍開展,支氣管擴(kuò)張癥其實并非少見病。研究顯示,臨床診斷為慢性支氣管炎或慢性阻塞性肺病的患者中,15%~30%的患者可發(fā)現(xiàn)支氣管擴(kuò)張,重度慢性阻塞性肺病患者合并支氣管擴(kuò)張的甚至可達(dá)50%[5-6]。PA是支氣管擴(kuò)張癥中檢出率最高的致病菌檢出率為18.5%~73.5%,也是我國支氣管擴(kuò)張癥急性加重期檢出率最高的病原菌[7-8]?,F(xiàn)有研究認(rèn)為細(xì)菌定植、炎癥刺激和肺組織破壞是支氣管擴(kuò)張的重要發(fā)病機制[9-11]。多項研究顯示,慢性呼吸道感染可導(dǎo)致支氣管擴(kuò)張患者頻繁急性加重及生活質(zhì)量下降[12-14],PA定植也是引起成人支氣管擴(kuò)張癥的重要危險因素。研究顯示,PA感染是支氣管擴(kuò)張患者急性加重的重要危險因素,根除PA 可以改善患者的預(yù)后[15-17]。
Shortridge 等[3]研究指出血流感染中難治性PA的感染率為2.3%。本研究中,有44.7%(17/38)的分離菌株為難治性PA,比文獻(xiàn)報道的高,可能和本研究所有分離菌株來自痰液有關(guān)。Shortridge 等[3]證實肺部感染患者(27.7%)中多重耐藥PA的分離率高于血流感染(23.7%),但慶幸的是97.4%的PA 對阿米卡星和妥布霉素敏感,且所有菌株對多黏菌素B 敏感,從而避免了無藥可選的困境。
支氣管擴(kuò)張患者的預(yù)后還跟其感染的PA 耐藥性和毒力機制有重要關(guān)聯(lián)。為了使初始抗菌藥物能覆蓋可能的病原菌,尤其是耐藥PA,臨床可能會增加應(yīng)用廣譜抗菌藥物或者聯(lián)合應(yīng)用抗菌藥物的頻率,導(dǎo)致多重耐藥菌(MDRO)的出現(xiàn)[18-19]。碳青霉烯類抗生素是治療PA感染的關(guān)鍵藥物,但由于此類藥物的不合理使用,導(dǎo)致近年臨床上出現(xiàn)越來越多的耐碳青霉烯銅綠假單胞菌(CRPA),對支氣管擴(kuò)張患者的治療提出重大挑戰(zhàn)。從全球來看,PA 對碳青霉烯類抗生素的耐藥情況差異較大。美國耐藥監(jiān)測表明,2005—2014 年P(guān)A 對碳青霉烯類抗生素的耐藥率平均為8.71%[20];2004—2014 年拉丁美洲耐藥率也高達(dá)66%;歐洲地區(qū)的平均耐藥率則在14.5%以上;2010 年亞太地區(qū)PA 對美羅培南和亞胺培南的耐藥率分別是21.6%和27.7%[21];我國耐藥監(jiān)測系統(tǒng)顯示,2015 年P(guān)A 對碳青霉烯類抗生素的平均耐藥率為22.4%,其中最低地區(qū)的耐藥率廣西壯族自治區(qū)為12.6%,而最高地區(qū)北京市的耐藥率32.7%。2013 年CHINET 細(xì)菌耐藥監(jiān)測表明PA 對美羅培南和亞胺培南的耐藥率分別為25.1%和27.1%。本文在相關(guān)支氣管擴(kuò)張患者中均檢測到了CRPA,突顯了本院支氣管擴(kuò)張患者已面臨CRPA 的威脅。
現(xiàn)有PA 的耐藥機制包括外排泵、生物膜形成、抗菌藥物滅活酶、靶突變和通過水平基因轉(zhuǎn)移獲得耐藥基因[8-9]。本研究中,所有分離株均攜帶blaPAO、aph(3’)-IIb 和catB7,這3 個耐藥基因也常見于碳青霉烯類耐藥銅綠假單胞菌[10]。aph(3’)-IIb 基因表達(dá)產(chǎn)物是一種與氨基糖苷類抗菌藥物有交叉反應(yīng)性的代謝酶[11],然而12 株攜帶aph(3’)-IIb基因的菌株對慶大霉素敏感,提示可能存在其他調(diào)控機制介導(dǎo)氨基糖胺類耐藥的發(fā)生。前期有研究指出銅綠假單胞菌存在克隆傳播,特別是ST175、ST235 和ST111可介導(dǎo)多重耐藥流行,且患者預(yù)后更差[12]。本研究中有5 株ST1076 均攜帶blaOXA-395和blaKPC-3,且分布在ICU 和神經(jīng)外科。通常blaKPC-3基因常位于質(zhì)粒上,推測ST1076 型菌株可能更容易捕獲攜帶blaKPC-3基因的質(zhì)粒。
本研究仍有一定的局限性。首先樣本的數(shù)量有限,未進(jìn)一步針對難治性PA 進(jìn)行分層研究。其次未進(jìn)行菌株毒力相關(guān)研究。未來需要進(jìn)一步針對不同感染部位和耐藥機制的難治性PA 進(jìn)行深入研究。
綜上所述,本院支氣管擴(kuò)張癥患者合并PA感染呈散發(fā)流行,但難治性PA 的分離率較高,其中ST1076 需要引起臨床重視,加強監(jiān)測,并采取有效措施防止該類菌的感染及傳播。
利益沖突所有作者聲明無利益沖突