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        桑白皮基原物種的DNA條形碼鑒定研究

        2023-10-09 14:40:58沈烈行李群岳峰梅張蕊高洪錄
        中醫(yī)藥信息 2023年9期
        關鍵詞:基原桑白皮條形碼

        沈烈行,李群,岳峰梅,張蕊,高洪錄

        (1. 山東第一醫(yī)科大學附屬省立醫(yī)院,山東 濟南 250021; 2. 山東省中醫(yī)藥研究院,山東 濟南 250014; 3. 東營同安胸外科醫(yī)院,山東 東營 257000)

        DNA 條形碼技術(DNA barcoding)是近些年發(fā)展起來的分子鑒定的新型技術[1],它是一段能代表生物遺傳特性的,相對較小的,容易擴增的DNA 片段。近年間,我國應用DNA 條形碼技術對蘚類、芍藥屬、烏頭屬等不同種屬展開科研并效果顯著。目前,對植物科屬的鑒定研究多采用ITS2 序列,并利用GenBank 中的樣本進行了大量的試驗驗證,結(jié)果表明ITS2 序列不僅可以用在植物的鑒定研究上,在動物上也是可行的。DNA 條形碼技術應用于多個領域、多個行業(yè),針對不同的研究對象和內(nèi)容,尤其在保護生物學、監(jiān)管動植物產(chǎn)品的非法交易、保護食品安全方面表現(xiàn)突出,提供了有效的鑒定方法。

        桑白皮為臨床常用中藥,歷代本草多有記載,最早收載于《神農(nóng)本草經(jīng)》,列中品,原名“桑根白皮”,其余主流本草基本沿用“桑白皮”名稱。2020 年版《中華人民共和國藥典》規(guī)定,桑白皮來源于??浦参锷#∕orus alba L.)的干燥根皮。味甘寒,歸肺、脾經(jīng),具有瀉肺平喘、行水消腫之功效,主治肺熱喘咳、水腫脹滿尿少、面目肌膚水腫等癥,是中醫(yī)臨床常用的止咳平喘藥,用藥歷史悠久。

        山東是我國重要的桑蠶養(yǎng)殖的基地,尤其是在膠東一帶更是如此,據(jù)統(tǒng)計,在煙臺桑園里保存的種質(zhì)資源有300 余份。中藥桑白皮是桑蠶養(yǎng)殖業(yè)的副產(chǎn)品,其獲得途徑主要是廢棄的、生長年限比較長的老桑樹的根皮。在桑蠶養(yǎng)殖業(yè)中,桑樹的新品種是以地上部分,即葉、果等進行區(qū)分,而且往往是在桑樹老樁上通過嫁接手段實現(xiàn)的。因此,作為養(yǎng)殖業(yè)的桑樹新品種,其作為藥用的樹根的根皮(桑白皮)究竟來源于什么品種,是否符合《中華人民共和國藥典》的藥用標準,有待于結(jié)合現(xiàn)代研究手段進行深入研究。

        DNA條形碼技術在鑒定植物種屬方面效果顯著[2-12]在其未出現(xiàn)之前對桑白皮的鑒別研究主要是基原、性狀、顯微、理化這四大傳統(tǒng)鑒定方法[13-16]。熊永興等[17]用DNA 條形碼技術對桑白皮及其混偽品進行了鑒定研究,有效區(qū)分了桑白皮及其混偽品。

        本研究采用ITS2 片段對采集自山東煙臺桑園的、有代表性的桑樹栽培品種的根皮即桑白皮樣品進行基原鑒定,以確定樣本的基原物種,為進一步的深入研究和桑樹的綜合應用打下基礎。

        1 實驗材料及方法

        1.1 實驗藥品

        本研究所用桑白皮樣品分別采集自山東牟平栽培場(簡稱牟平)及省桑蠶研究所桑園內(nèi)(簡稱桑園),為桑園培育或栽培的桑樹優(yōu)良及推廣品種,詳見表1。所有樣品采集后立刻放入冰箱冷藏備用。

        表1 桑白皮樣品采集信息表

        1.2 試劑和儀器

        離心機(5810R/5415D,德國Eppendorf公司);冰箱(BCD-178CN,中國新飛);上部卸料離心機(SSC 型,中國捷達);PCR 儀(96 普通型,中國領宇科技);測序儀(3730,美國ABI 公司);電子天平(BSM120.4,上海卓精電子科技有限公司);球磨儀(MM400,德國萊馳);電泳儀(JY1000C,北京君意);水浴鍋(HH-4Y,中國啟前)。

        Plant Genomic DNA Kit 植物基因組DNA 提取試劑盒(離心柱型,天根生化科技北京有限公司,批號:DP305);Platinum?Taq DNA Polymerase[Thermo Fisher、10 × PCR Buffer,Mg2+(50 mmol/L)];10 μM dNTP Solution(Thermo Fisher);CTAB提取液(2% CTAB,100 mmol/L pH8.0 Tris-HCl,1.4 mol/L NaCl,20 mmol/L EDTA);液氮;TE緩沖液(10 mmol/L Tris-Hcl,1 mmol/L EDTA pH值8)。

        β-巰基乙醇(今品化學技術上海有限公司),氯仿、異戊醇、異丙醇、乙醇(天津市富宇精細化工有限公司),均為分析純。

        1.3 提取DNA

        取各樣品新鮮根皮組織約30 mg,加入液氮充分研磨。使用植物基因組DNA 試劑盒按照說明書提取DNA。

        1.4 聚合酶鏈式反應(PCR)擴增和測序

        采用瓊脂糖凝膠電泳方法檢測PCR 產(chǎn)物,PCR 產(chǎn)物經(jīng)純化后再進行雙向測序。

        聚合酶鏈式反應(PCR)擴增物由上海生工生物有限公司(合成)。ITS2F:5'-ATGC GATA CTTG GTGT GAAT-3' ;ITS3R:5' -GACG CTTC TCCA GACT ACAAT-3'。PCR 反應體系中各組分、 PCR 反應條件分別見表2和表3。

        表2 PCR體系中各組分的體積

        表3 PCR反應條件

        1.5 數(shù)據(jù)分析

        序列拼接時應用CodonCode Aligner 2.06(CondonCode Co,USA)軟件進行序列拼接及校對。首先進行測序質(zhì)量評估及預處理,即去除測序結(jié)果兩端的低質(zhì)量部分,并對剩余部分進行質(zhì)量評估,如果滿足質(zhì)量要求,方可用于序列拼接,對于ITS2 序列,根據(jù)Hidden Markov Model(HMM)模型,去除序列兩端5.8 s和28 s 基因區(qū),獲得完整的ITS2 基因間隔區(qū)序列[18]。然后根據(jù)GenBank 數(shù)據(jù)庫進行BLAST 鑒定以及進行DNA條形碼鑒定系統(tǒng)鑒定。

        2 結(jié)果

        2.1 DNA定量結(jié)果

        檢測結(jié)果顯示10個樣本DNA含量合格,符合測序要求,結(jié)果見表4和圖1。

        圖1 DNA條帶結(jié)果

        表4 DNA定量檢測結(jié)果

        2.2 對PCR產(chǎn)物進行電泳檢測結(jié)果

        電泳檢測DNA完整性及DNA殘留情況結(jié)果顯示,10個樣本的DNA完整性較好,可以進行PCR擴增和測序。見圖2。

        圖2 PCR產(chǎn)物電泳結(jié)果

        2.3 測序結(jié)果

        樣品PCR 擴增測序后,去除序列兩端5.8 s 和28 s基因區(qū),獲得基因間隔區(qū)序列,幾個基因的間隔區(qū)序列完全一致。

        2.4 BLAST鑒定結(jié)果

        2.4.1 DNA條形碼鑒定系統(tǒng)鑒定

        經(jīng)DNA條形碼鑒定系統(tǒng)鑒定,結(jié)果顯示10個樣本與表內(nèi)物種序列相似度100%,可鑒定為桑屬。結(jié)果見表5。

        表5 序列對比信息表

        2.4.2 GenBank數(shù)據(jù)庫BLAST鑒定

        結(jié)合 GenBank 數(shù)據(jù)庫BLAST 鑒定結(jié)果,所采集的桑白皮樣品皆為桑屬(Morus)。見圖3。

        圖3 BLAST鑒定圖

        3 討論

        桑白皮原植物桑樹資源十分豐富,目前市場藥材來源桑種包含《中華人民共和國藥典》規(guī)定的桑(Morus albaL.)等在內(nèi)的多種來源,既有野生,也有家種。由于采收時須毀樹挖根,因此古代桑白皮主要來源于野生桑樹的可能性較大。歷史上桑類中藥的原植物確為多種桑樹,桑類中藥的不少藥材來源于養(yǎng)蠶業(yè)的剩余物,因而桑類中藥的原植物來源于某一種桑樹的可能性很小。當今中國桑樹資源源于不同桑種的桑樹栽培品種上千余個,僅山東煙臺保存的種質(zhì)資源就超過300 份,而各地推廣的品種多是為桑蠶業(yè)改良,亦因追求產(chǎn)葉量而經(jīng)常改變。同時,由于桑樹易于自然雜交,人工雜交的品種亦層出不窮,雖然歷版《中華人民共和國藥典》中,桑類中藥的原植物Morus albaL.,但是一方面尋找純粹的Morus albaL. 已非易事,另一方面,如果將非Morus albaL. 的桑樹排除在桑類中藥原植物之外的話,也無助于改變長期以來養(yǎng)蠶后桑樹資源嚴重浪費的現(xiàn)狀,不利于資源的有效利用。

        中藥桑白皮具有明確的藥用療效和使用價值,在臨床上應用也十分廣泛。本次實驗對山東產(chǎn)或栽培的不同批次的792、湖桑、農(nóng)桑、雞冠魯桑等進行基原鑒別研究,通過DNA 條形碼技術對ITS2基因間隔區(qū)序列進行一一比對,結(jié)果發(fā)現(xiàn)所有目標樣品都為桑屬,為進一步研究和不同品種桑樹的綜合應用打下基礎。

        本文再次證明ITS2 序列鑒定相比傳統(tǒng)鑒別方法更優(yōu),效果更明顯,是一種有效、精確的鑒定方法。但是此技術并不是十全十美,依舊存在著諸多缺陷和挑戰(zhàn),更不能完全代替?zhèn)鹘y(tǒng)鑒定方法。不同的藥材具有不同的入藥部位,若由于環(huán)境、操作、貯存等諸多因素導致DNA 降解過多,必然會影響鑒定的準確性。倘若在實際操作中需要鑒定某一中藥材,除用此技術外,還需輔以其他方法進行藥材的綜合鑒定,以確保鑒定結(jié)果的科學性和準確性。

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