龍遠雄,韓蜜,2,朱鎮(zhèn)華,陳鎮(zhèn),鄧桂明(.湖南中醫(yī)藥大學第一附屬醫(yī)院,湖南 長沙 40007;2.湖南省腫瘤醫(yī)院,湖南 長沙 4003)
鼻咽癌是一種鱗狀上皮細胞癌,與其他腫瘤相比,具有明顯的地理分布特征,據(jù)統(tǒng)計全球約一半病例來自中國,其中以嶺南地區(qū)居多[1-2]。目前鼻咽癌的病因尚未完全明確,現(xiàn)代醫(yī)學認為其發(fā)生是多因素、多基因以及多步驟綜合作用的結(jié)果,與EB病毒感染、遺傳、環(huán)境因素密切相關(guān)。放療是治療鼻咽癌行之有效的方法,但放療存在敏感性低、毒副作用大(如口腔黏膜損傷、腹脹腹痛)等弊端,被患者排斥[3]。中醫(yī)藥與放療等西醫(yī)相結(jié)合治療鼻咽癌具有減毒增效作用。因此,本研究對中國知網(wǎng)(CNKI)、萬方數(shù)據(jù)庫(Wanfang)、維普中文科技期刊(VIP)等數(shù)據(jù)庫中有關(guān)中醫(yī)藥治療鼻咽癌的臨床研究文獻進行挖掘,總結(jié)用藥規(guī)律,聚類形成新方,基于網(wǎng)絡藥理學探討新方可能的作用機制,以期為鼻咽癌的治療與新藥研發(fā)等提供新思路。
1.1 數(shù)據(jù)來源與檢索策略以中國知網(wǎng)、萬方數(shù)據(jù)源、維普中文科技期刊為數(shù)據(jù)來源。中國知網(wǎng):選擇高級檢索,檢索格式:(主題=經(jīng)驗)OR(主題=驗方)OR(主題=醫(yī)案)AND(主題=鼻咽癌);萬方數(shù)據(jù)庫:選擇專業(yè)檢索,檢索格式:主題:(“經(jīng)驗”O(jiān)R“驗方”O(jiān)R“醫(yī)案”)AND 主題:(鼻咽癌);維普數(shù)據(jù)庫:選擇高級檢索,選擇題名或關(guān)鍵詞,檢索式:“醫(yī)案”O(jiān)R“驗方”O(jiān)R“經(jīng)驗”AND“鼻咽癌”。文獻發(fā)表時間從建庫至2023年2月15日。
1.2 納入標準①中醫(yī)藥治療鼻咽癌的臨床隨機對照試驗或者臨床觀察,觀察對象符合《腫瘤中醫(yī)診療指南(ZYYXH/T 136-156-2008)》[4]中鼻咽癌的診斷標準等(癥見鼻塞、鼻衄、流涕或涕中帶血、耳鳴及耳聾,頭痛等,CT、MRI、間接鼻咽鏡檢查、鼻咽纖維鏡檢查等觀察具體部位的異常及結(jié)構(gòu)改變;病理學診斷:結(jié)節(jié)型、菜花型、黏膜下浸潤型和潰瘍型腫塊等)。②結(jié)果報告臨床療效確切;③干預措施為中藥內(nèi)服方劑,涉及的中藥處方組方完整。
1.3 排除標準①診斷標準不明確的文獻;②單味中藥處方;③非臨床治療類文獻,如動物實驗等;④重復發(fā)表的文獻僅納入其中1篇。
1.4 數(shù)據(jù)預處理將藥物名稱按照《中國藥典》[5]或《中藥學》[6]進行標準化,保證一藥一名。如“麥門冬”標準化為“麥冬”。
1.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析應用中醫(yī)傳承輔助平臺(V2.5)進行數(shù)據(jù)挖掘,統(tǒng)計高頻藥物、藥對,通過關(guān)聯(lián)規(guī)則與熵聚類方法分析形成新方,根據(jù)新方功效,結(jié)合中華中醫(yī)藥學會《腫瘤中醫(yī)診療指南》[7]中鼻咽癌4個主要證型(熱邪犯肺證、肝郁痰凝證、血瘀阻絡證和氣陰兩虛證),選擇最具研究意義的新方開展網(wǎng)絡藥理學研究[7]。
1.6 新方1 有效化合物及作用靶點查詢通過TCMSP平臺(http://lsp,nwu.edu.cn/tcmsp.php)檢索中藥成分,根據(jù)口服生物利用度≥30%,類藥性≥0.18 篩選有效化合物,通過其MOL ID 號檢索各成分作用靶點,利用Uniprot 數(shù)據(jù)庫(http://www.uniprot.org/)檢索靶點基因名。對TCMSP數(shù)據(jù)庫未載入的中藥通過Herb數(shù)據(jù)庫(http://www.herb.org/)檢索有效成分,通過SwissTargetPrediction(http://www.swisstargetprediction.ch)數(shù)據(jù)庫預測其有效靶點。
1.7 鼻咽癌靶點的預測在GeneCards(https://www.genecards.org/)數(shù)據(jù)庫中輸入“Nasopharyngeal carcinoma”獲取鼻咽癌靶點。并與新方1 靶點取交集,得到治療鼻咽癌的相關(guān)靶點。
1.8 “化合物-靶點”網(wǎng)絡構(gòu)建將交集靶點導入Cytoscape 3.7.1 軟件,形成化合物-靶點網(wǎng)絡圖,并利用“NetworkAnalyzer”進行分析,篩選出作用于鼻咽癌的關(guān)鍵化合物。
1.9 蛋白互作網(wǎng)絡構(gòu)建及核心靶點篩選將交集靶點導入STRING 數(shù)據(jù)庫構(gòu)建交集靶點蛋白互作(proteinprotein interaction,PPI)網(wǎng)絡。借助Cytoscape 3.7.1對網(wǎng)絡進行拓撲分析,選取連接度(Degree)、介數(shù)(Betweenness)、中心度(Closeness)均大于均值的靶點為核心靶點。
1.10 GO 功能及KEGG 通路富集分析將交集靶點導入DAVID 6.8 數(shù)據(jù)庫(https://david.ncifcrf.gov/tools.jsp),進行GO 功能富集和KEGG 通路分析,并用微生信平臺進行可視化處理。
1.11 分子對接將篩選的關(guān)鍵化合物(小分子)與核心靶蛋白進行對接。靶蛋白X射線晶體結(jié)構(gòu)來自PDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫?;衔镄》肿咏Y(jié)構(gòu)來源于TCMSP 數(shù)據(jù)庫。使用Autodock Vina 1.2.0 進行分子對接。選取最優(yōu)結(jié)合構(gòu)象分析相互作用,利用PyMOL 2.2.0生成對接可視化圖。若結(jié)合能小于-5 kcal·mol-1表示具有較好的結(jié)合活性,小于-7 kcal·mol-1表示具有強烈的結(jié)合活性[8]。
共檢索到749篇文獻,按納入和排除標準進行篩選,最終得到102 篇文獻,從中提取有效治療處方115首,涉及中藥271味。
2.1 藥物頻次統(tǒng)計在271味藥物中,累計使用頻次1 457 次,使用頻次排前5 位的中藥依次為甘草、麥冬、玄參、生地黃、白花蛇舌草。治療鼻咽癌高頻中藥(頻次≥10次)共45味。見表1。
表1 治療鼻咽癌的高頻藥物統(tǒng)計(頻次≥10 次)Table 1 High frequency drug statistics for the treatment of nasopharyngeal carcinoma(frequency≥10)
2.2 中藥功效分類統(tǒng)計對271味按中藥功效進行分類[6],可分為18 類。見表2。使用頻次排前5 位的依次為補虛藥、清熱藥、解表藥、化痰止咳平喘、活血化瘀藥,其使用頻率合計占比為79.34%。
表2 治療鼻咽癌的中藥功效類別頻數(shù)統(tǒng)計Table 2 Frequency statistics of traditional Chinese medicine categories for treating nasopharyngeal carcinoma
2.3 關(guān)聯(lián)規(guī)則分析將支持度個數(shù)設為12,置信度設為0.6,得到常用核心藥對25 組(見表3),強關(guān)聯(lián)藥物組合14個(見表4),核心藥物關(guān)聯(lián)圖譜見圖1。
圖1 治療鼻咽癌的核心藥物關(guān)聯(lián)圖譜Figure 1 The association map of core drugs for the treatment of nasopharyngeal carcinoma
表3 治療鼻咽癌的核心藥對統(tǒng)計Table 3 Statistics of core drug pairs for the treatment of nasopharyngeal cancer
表4 治療鼻咽癌的關(guān)聯(lián)規(guī)則分析結(jié)果表(置信度≥0.6)Table 4 Analysis results of association rules for the treatment of nasopharyngeal cancer(Confidence level ≥0.6)
2.4 基于熵聚類的核心組合及新方組合分析根據(jù)篩選出的治療鼻咽癌方劑數(shù)量、綜合臨床用藥經(jīng)驗進行判斷及不同參數(shù)提取數(shù)據(jù)的預讀[9],選擇相關(guān)度為4,懲罰度為2,進行層次聚類分析,得到治療鼻咽癌方劑中271味中藥兩兩之間的關(guān)聯(lián)度,其中基于復雜系統(tǒng)熵聚類,演化出3 味藥的核心組合共計14 個。在以上核心組合的基礎上,進行無監(jiān)督熵層次聚類,有8 個核心組合參與聚類(見表5),得到4 個新處方(見表6),并利用中醫(yī)傳承輔助平臺(V2.5)的網(wǎng)絡展示功能進行展示,見圖2。
圖2 治療鼻咽癌新處方藥物網(wǎng)絡展示Figure 2 Network display of new prescriaption drugs for treating nasopharyngeal carcinoma
表5 治療鼻咽癌新方聚類的核心組合Table 5 Core combinations of new prescription clustering for the treatment of nasopharyngeal carcinoma
表6 基于無監(jiān)督熵層次聚類治療鼻咽癌的新處方Table 6 New prescription for nasopharyngeal carcinoma based on unsupervised entropy hierarchical clustering
2.5 新方1 的網(wǎng)絡藥理學研究
2.5.1新方1 有效化合物及靶點 新方1 中藥組成為麥冬、生地黃、玄參、黃芪、女貞子、枸杞子。獲得麥冬有效化合物4個,對應靶點156個;生地黃有效化合物23 個,對應靶點304 個;玄參有效化合物9 個,對應靶點36 個;黃芪有效化合物21 個,對應靶點214 個;女貞子有效化合物13 個,對應靶點182 個;枸杞有效化合物15 個,對應靶點64 個。去重后,新方1有效化合物79個,靶點數(shù)430個。
2.5.2新方1 治療鼻咽癌的疾病靶點預測 檢索獲得鼻咽癌相關(guān)靶點數(shù)2 161 個。將新方1 獲得的430 個靶點,與鼻咽癌2 161個靶點基因比對,獲取交集靶點165個,其可能是治療鼻咽癌的相關(guān)靶點,對應的活性化合物60個,可能為新方1治療鼻咽癌的有效成分。
2.5.3化合物-靶點網(wǎng)絡構(gòu)建與分析結(jié)果 利用Cytoscape 3.7.1 軟件對60 個活性化合物和165 個靶點構(gòu)建化合物-鼻咽癌靶點網(wǎng)絡(見圖3),并利用Network Analyzer 功能對網(wǎng)絡進行分析,將連接度(Degree)>10的化合物視為新方1治療鼻咽癌的關(guān)鍵化合物,共獲得10個化合物。見表7。
圖3 新方1 有效化合物-鼻咽癌靶點的網(wǎng)絡圖Figure 3 Network diagram of effective compounds of New Prescription 1-targets of nasopharyngeal cancer
表7 新方1 治療鼻咽癌的關(guān)鍵化合物(Degree>10)Table 7 Key compounds of New Prescription 1 for the treatment of nasopharyngeal cancer(Degree>10)
2.5.4蛋白互作網(wǎng)絡構(gòu)建與關(guān)鍵靶點篩選 在165 個交集靶點的PPI 網(wǎng)絡中,有161 個靶點間存在互作關(guān)系(見圖4),拓撲分析顯示網(wǎng)絡中Degree、Betweenness、Closeness 值均大于平均值(分別為44.23、0.566、0.005)的靶點共39 個(見表8),這些靶點可能是新方1的主要作用靶點。
圖4 治療鼻咽癌的交集靶點蛋白互作(PPI)網(wǎng)絡圖Figure 4 PPI network diagram of intersection target protein for the treatment of nasopharyngeal cancer
表8 新方1 治療鼻咽癌的關(guān)鍵靶點Table 8 Key targets of New Prescription 1 for the treatment of nasopharyngeal cancer
2.5.5GO 功能與KEGG 通路富集分析結(jié)果 GO 功能分析富集得到518 個條目(P<0.01),包括生物過程(BP)417 個、細胞組成(CC)37 個和分子功能(MF)64 個。KEGG 通路富集得到信號通路141 條(P<0.01)。選擇富集顯著性(按P值升序)排前10 位的生物進程、分子功能、細胞組成,以及排前15 位的通路進行展示。結(jié)果見圖5和圖6。
圖5 中醫(yī)藥治療鼻咽癌的GO 功能富集分析Figure 5 GO enrichment analysis results of TCM for the treatment of nasopharyngeal cancer
圖6 中醫(yī)藥治療鼻咽癌的KEGG 富集分析Figure 6 KEGG enrichment analysis results of TCM for the treatment of nasopharyngeal cancer
2.5.6分子對接 將新方1 中Degree 值最高的3 個核心活性成分和前3 個靶點蛋白進行分子對接。見表9。結(jié)果顯示,活性成分與靶點蛋白的結(jié)合能均小于-5 kcal·mol-1,其中配體槲皮素與受體TP53(SER-269)形成氫鍵,齊墩果酸與TP53(ASP-268)、AKT1(LYS-154)、TNF(LYS-65)形成氫鍵,結(jié)合能均小于-7 kcal·mol-1,表明其結(jié)合力較強,對接模型見圖7。
圖7 核心活性成分與靶點蛋白的對接模型Figure 7 Visualization of the docking between key compounds and core targets
表9 中醫(yī)藥治療鼻咽癌的核心活性成分與靶點蛋白對接結(jié)果Table 9 Molecular docking results of core active ingredients of TCM for the treatment of nasopharyngeal cancer and target proteins
鼻咽癌歸屬于中醫(yī)學“矢榮”“巖”“上石疽”等范疇[10]。中醫(yī)認為其產(chǎn)生多因正氣內(nèi)虛、外感邪毒、內(nèi)傷七情等致臟腑功能失常,而產(chǎn)生氣郁、血瘀、痰濁等病理產(chǎn)物,日久漸積而成,其病機以本虛標實為特點。現(xiàn)代醫(yī)家對中醫(yī)藥治療鼻咽癌的理論和臨床進行了大量探索,積累了豐富的辨治經(jīng)驗,由于中醫(yī)治療各有特色,其用藥規(guī)律需進一步歸納整理,因此,本研究運用中醫(yī)輔助傳承平臺挖掘中醫(yī)藥治療鼻咽癌的用藥規(guī)律。
本研究共獲得中醫(yī)藥治療鼻咽癌的有效處方115 首,涉及中藥271 味,累計使用頻次1 457 次,使用頻次排前5 位的中藥依次為甘草、麥冬、玄參、生地黃、白花蛇舌草。甘草具有補脾益氣,緩急止痛的功效,在處方配伍中能調(diào)和諸藥,常作為使藥。同時,甘草具有抗腫瘤的作用,所含的異甘草素能誘導腫瘤細胞凋亡和自噬,調(diào)節(jié)相關(guān)信號通路以抑制腫瘤細胞生長[11]。麥冬為養(yǎng)陰生津之品。研究[12]發(fā)現(xiàn)麥冬可促進唾液分泌,改善放療后的陰虛癥狀。玄參滋陰降火,解毒散結(jié),所含玄參多糖能抑制腫瘤細胞活性、增強機體免疫功能[13]。生地黃與玄參同屬于清熱涼血養(yǎng)陰之品,可用于熱毒熾盛鼻咽癌患者的治療。白花蛇舌草清熱解毒,所含多糖對鼻咽癌細胞增殖有顯著的抑制作用,且其水提物能提高鼻咽癌患者放療的臨床療效,具有增敏作用[14]。根據(jù)藥物功效的不同,治療鼻咽癌的中藥可分為18 類,其中補虛藥比例最高,占32.33%,體現(xiàn)治療鼻咽癌的關(guān)鍵在于扶正補虛,大量運用健脾補中益氣中藥,包括甘草、黃芪、白術(shù)等。清熱藥次之,占比為26.97%。鼻咽癌初期患者,易出現(xiàn)火毒郁結(jié)、毒熱內(nèi)阻,病性為實,可以使用玄參、生地黃、白花蛇舌草等清熱藥治療。其后依次為解表藥、化痰藥、活血化瘀藥等。鼻咽癌的高危人群以正虛為主,因正氣虧虛,外因六淫之邪可乘虛而入,故以解表藥以祛之。當疾病進一步惡化時,會伴有明顯的夾熱夾瘀、火毒郁結(jié)、痰濁結(jié)聚、氣血瘀阻等癥狀,此時,應予以活血化瘀、化痰散結(jié)之治法,故在鼻咽癌的治療中補虛藥、清熱藥、解表藥、化痰藥、活血化瘀藥最為常用。
關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示,麥冬、玄參、生地黃兩兩組合使用頻率較高,且3味藥之間形成的關(guān)聯(lián)規(guī)則也具有較高的置信度,如生地黃,玄參→麥冬的置信度最高,說明這3味藥組合使用最常見。該組合即為增液湯,凸顯清熱涼血養(yǎng)陰之功效,常用于鼻咽癌化療后陰虛證的治療。藥對麥冬-甘草、玄參-甘草、麥冬-太子參,以及關(guān)聯(lián)規(guī)則:玄參、甘草→麥冬,太子參→麥冬,體現(xiàn)了益氣健脾、養(yǎng)陰生津的治法;石斛-麥冬疏清虛熱、補益脾胃;黃芪-甘草健脾補氣;麥冬-南沙參養(yǎng)陰清熱、益胃生津;黃芪-白術(shù)、黨參-白術(shù)等益氣健脾,燥濕利水;連翹→金銀花清熱解毒?;跓o監(jiān)督熵層次聚類生成了4個新方,其中新方1由麥冬、生地黃、玄參、黃芪、女貞子、枸杞子組成,具有清熱涼血、養(yǎng)陰生津、益氣健脾利濕、補益肝腎等功效。新方2清熱解毒、養(yǎng)陰潤燥、生津止渴;新方3健脾化濕、溫中和胃;新方4清熱解毒、健脾滲濕、補益脾胃、破血行氣。綜合高頻藥物、功效歸類及藥物關(guān)聯(lián)特點,總結(jié)推斷中醫(yī)藥治療鼻咽癌以益氣養(yǎng)陰、清熱解毒為主,兼顧活血化瘀,強調(diào)脾胃、肝腎同調(diào),重視健脾益胃、補益肝腎、滲濕利水等治法。
鼻咽癌治法以益氣養(yǎng)陰、清熱解毒為主,結(jié)合新方1所體現(xiàn)的清熱益氣養(yǎng)陰的功效,故以新方1為例開展網(wǎng)絡藥理學研究。通過網(wǎng)絡藥理學分析,獲得新方1 治療鼻咽癌的有效化合物60 個,關(guān)鍵化合物10 個,作用于鼻咽癌靶點165 個,核心靶點39 個,排前3位的關(guān)鍵化合物為槲皮素、齊墩果酸、木樨草素,排前3 位的核心靶點為TP53、AKT1、TNF。槲皮素為黃酮類化合物,具有抗腫瘤、抗氧化等作用,能通過調(diào)控抑癌基因的表達,影響腫瘤細胞生命周期[15];齊墩果酸能抑制腫瘤微循環(huán),預防腫瘤形成,能劑量依賴性抑制鼻咽癌細胞增殖[16]。同時能逆轉(zhuǎn)放化療耐藥性,調(diào)節(jié)免疫功能等。木樨草素能通過調(diào)節(jié)信號通路、阻滯細胞周期來抑制腫瘤細胞生長,還可以改變絲裂原活化蛋白激酶(MAPK)等活性抑制癌細胞浸潤[17]。TP53 抑瘤基因為各類腫瘤常見核心靶點之一,TP53 在應激條件下激活后,可以啟動腫瘤細胞凋亡程序,抑制細胞增殖與腫瘤血管生成,在癌癥的發(fā)生發(fā)展中起至關(guān)重要的作用[18];AKT1 是一種抗凋亡蛋白激酶,能促進腫瘤細胞侵襲、加速腫瘤轉(zhuǎn)移,在其變異情況下可提高鼻咽癌患病風險[19];TNF對鼻咽癌的作用表現(xiàn)為雙重調(diào)控機制,既有抗瘤活性,又能作為內(nèi)源性的腫瘤促進因子,可刺激腫瘤細胞生長、增殖、侵襲與轉(zhuǎn)移[20]。
GO 功能與KEGG 通路富集分析得到新方1 號治療鼻咽癌有顯著性影響的條目518 個、信號通路141 條,涉及到RNA聚合酶II啟動子的順向調(diào)控、細胞凋亡的負向調(diào)控等生物過程,還涉及到癌癥傳導、PI3K-AKt 信號傳導、AGE-RAGE 信號傳導、MAPK 信號傳導、EBV 感染等重要信號通路。其中PI3K-Akt 信號通路作為生長因子調(diào)控細胞增殖和存活的重要通路,可參與癌細胞增殖、分化、遷移、凋亡等過程,與鼻咽癌的發(fā)生及預后有密切聯(lián)系[8]。研究[21]發(fā)現(xiàn)癌細胞的增殖、遷移、侵襲和克隆形成能力與AGE-RAGE、PI3K-Akt 信號通路介導的上皮-間質(zhì)轉(zhuǎn)化有關(guān)。MAPK信號轉(zhuǎn)導通路可將細胞外化學信號傳遞至細胞內(nèi),引起細胞內(nèi)部一系列生物學反應,參與細胞分化、增殖、凋亡和血管生成等調(diào)節(jié)。MAPK 通路中的數(shù)個蛋白在人類癌癥中存在突變、擴增或缺失,促進癌細胞增殖、生存等[22]。EB病毒感染與鼻咽癌密切相關(guān),它可與多條通路相互作用導致腫瘤細胞增殖分化,共同參與抑制免疫、病毒潛伏、整合基因、侵襲轉(zhuǎn)移、抑制凋亡等生物過程[23]。
分子對接實驗結(jié)果顯示,新方1的關(guān)鍵成分與核心靶點形成了多組相互作用力,如齊墩果酸分別與核心靶點TP53、AKT1、TNF 的結(jié)合位點ASP-268、LYS-154、LYS-65形成了氫鍵,在這些相互作用力的作用下,蛋白小分子復合物的結(jié)合能小于-7 kcal·mol-1,其結(jié)合能較強,表明它們在治療鼻咽癌方面可能發(fā)揮重要作用。
綜上,本研究了總結(jié)中醫(yī)藥治療鼻咽癌的用藥規(guī)律,通過網(wǎng)絡藥理學研究與分子對接驗證探討了數(shù)據(jù)挖掘結(jié)果形成的新方在鼻咽癌治療中可能的作用機制。網(wǎng)絡藥理學研究結(jié)果表明新方1可能通過槲皮素、齊墩果酸、木樨草素等關(guān)鍵成分作用于鼻咽癌TP53等核心靶點,影響RNA 聚合酶Ⅱ啟動子轉(zhuǎn)錄的正調(diào)控等生物學過程及癌癥通路、PI3K-Akt 通路等,發(fā)揮治療鼻咽癌的作用。本研究可為鼻咽癌的中醫(yī)藥治療與新藥研發(fā)提供一定的參考。