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        家雞MDH2基因克隆、生物信息學分析及原核表達載體構(gòu)建△

        2023-09-30 07:58:26袁銘君李軍德邢建永高巍閆士猛張?zhí)?/span>
        中國現(xiàn)代中藥 2023年8期
        關鍵詞:家雞批號克隆

        袁銘君,李軍德,邢建永,高巍,閆士猛,張?zhí)?

        1.中國中醫(yī)科學院 中藥資源中心/道地藥材品質(zhì)保障與資源持續(xù)利用全國重點實驗室,北京 100700;

        2.華潤三九醫(yī)藥股份有限公司,廣東 深圳 518110;

        3.華潤三九(六安)中藥材產(chǎn)業(yè)發(fā)展有限公司,安徽 六安 237300

        蘋果酸脫氫酶(malate dehydrogenase,MDH)是一類廣泛存在于動物、植物、微生物中的氧化還原酶[1],主要參與三羧酸循環(huán)(TCA)、乙醛酸循環(huán)、蘋果酸-天冬氨酸循環(huán)等代謝途徑,是TCA的關鍵酶之一[2],可催化蘋果酸與草酰乙酸之間的可逆轉(zhuǎn)換;此外,MDH 還參與了糖異生、氮同化、氨基酸合成、C4 循環(huán)[3]。目前MDH 已在多個領域有所應用,如亞種鑒定[4]、寄生蟲疾病診斷[5]、抑制癌細胞[6]等。依據(jù)細胞內(nèi)定位不同,MDH 產(chǎn)生了多種同工酶,常見的有胞質(zhì)蘋果酸脫氫酶1(MDH1)和線粒體蘋果酸脫氫酶2(MDH2)[7]。李思光等[8]對泰和烏骨雞肝、腎、眼、肌、腦和心6種組織中的MDH同工酶做了研究,發(fā)現(xiàn)不同組織中酶的分布各不相同,表現(xiàn)出明顯的組織特異性;劉大林等[9]發(fā)現(xiàn)MDH基因可能是影響雞屠宰性狀和繁殖性狀的主效基因;雞肝臟MDH活性與其腹脂沉積、脂肪代謝有關[10]。本課題組前期對家雞砂囊內(nèi)壁蛋白質(zhì)組分進行鑒定,發(fā)現(xiàn)砂囊內(nèi)壁中含有MDH,豐度較高,且為MDH2,關于家雞及其他禽類中MDH2的研究較少,其具有何種功能有待進一步探索。因此,本研究以家雞砂囊內(nèi)壁互補脫氧核糖核酸(cDNA)為模板,通過聚合酶鏈式反應(PCR)克隆家雞MDH2基因序列,并對其進行生物信息學分析;同時,利用實時熒光定量PCR 實驗研究家雞各組織/器官內(nèi)MDH2基因相對表達量的差異;最后構(gòu)建原核表達載體,以期為后續(xù)研究提供參考。

        1 材料

        1.1 樣品

        選取8 只健康家雞,屠宰后迅速采集新鮮心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、砂囊內(nèi)壁組織,分裝于5 mL凍存管中放入液氮中速凍,隨后轉(zhuǎn)移至-80 ℃超低溫冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.2 試藥

        RNAprep pure 動物組織總核糖核酸(RNA)提取試劑盒[天根生化科技(北京)有限公司,批號:w0206];Takara Primescript Ⅱ 1ststrand cDNA synthesis kit(批號:AL61653A)、PrimeSTAR?HS DNA Polymerase(批號:P10430)均購于寶日醫(yī)生物技術(北京)有限公司;膠回收試劑盒(賽默飛世爾科技公司,批號:00965432);pEASY-Blunt Cloning kit 型載體(批號:P41202)、2×M5 SuperFastTaq聚合酶(批號:22CB0801)、2×TranTaqHiFi PCR SuperMix(批號:Q10211)均購于北京全式金生物技術有限公司;DNA 限制性內(nèi)切酶BamHI-HF(批號:10133331)、HindⅢ-HF(批號:10119609)均購于NEB公司;無縫克隆試劑盒[生工生物工程(上海)股份有限公司,批號:H907KB1513];pET 32a(+)(武漢淼靈生物科技有限公司);考馬斯亮藍(批號:415E031)、氨芐青霉素(Amp,批號:20220429)、磷酸鹽緩沖液(PBS,批號:20220315)均購于北京索萊寶科技有限公司;Plasmid Mini kit Ⅰ質(zhì)粒DNA 小量提取試劑盒Ⅰ(Omega 公司,批號:D6943020000E19U095);DH5α感受態(tài)細胞(批號:CP0050)、BL21(DE3)感受態(tài)細胞(批號:WR150)均購于華越洋生物科技有限公司。

        1.3 儀器

        SHA-C 型恒溫水浴振蕩器(常州潤華電器有限公司);Veriti?型PCR 儀、NanoDrop 2000 型微量核酸定量分析儀(美國Thermo 公司);QL-901 Vortex型漩渦震蕩儀(海門市其林貝爾儀器制造有限公司);G:BOX F3 SYNGENE 型凝膠成像系統(tǒng)(Syngene 公司);Centrifuge 5810R 型臺式高速冷凍離心機(Eppendorf公司);HWS-28型電熱鼓風干燥箱(上海一恒科學儀器有限公司);SCIENTZ08-Ⅱ型超聲破碎儀(寧波新芝生物科技有限公司);CEBO-24 型高通量組織研磨儀(上海測博生物科技發(fā)展中心);Microfuge 20R 型臺式冷凍離心機(德國貝克曼庫爾特公司);BSC-IIA2 型生物安全柜(北京東聯(lián)哈爾儀器有限公司);JP-300 型電熱恒溫培養(yǎng)箱(武漢市武昌實驗儀器廠);DYY-6C 型電泳儀(北京六一生物科技有限公司);Bio-Rad 型電泳儀(美國安諾倫生物公司);PowerLook 2100XLUSB 型蛋白凝膠成像系統(tǒng)[世群國際貿(mào)易(上海)有限公司]。

        2 方法

        2.1 引物設計與合成

        參照GenBank(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)中的家雞MDH2的mRNA 序列(登錄號:XM_040687148),使用Primer Premier 6.0 軟件設計引物,引物詳細信息見表1,引物均由北京睿博興科生物技術有限公司合成。

        表1 MDH2引物及內(nèi)參引物序列信息

        2.2 基因克隆

        2.2.1 總RNA 提取與cDNA 合成 取新鮮組織50~100 mg,加入液氮中充分研磨。按照RNA 提取試劑盒說明書提取RNA。使用NanoDrop 2000 型微量核酸定量分析儀和1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA 質(zhì)量。按 照Takara Primescript Ⅱ 1ststrand cDNA synthesis kit 說明書,以RNA 為模板,反轉(zhuǎn)錄成cDNA,產(chǎn)物于-20 ℃冰箱中保存。

        2.2.2 PCR 擴增 以cDNA 為模板,使用引物MDH2-F1 和MDH2-R1 進行PCR 擴增,PCR 反應體系(50 μL):cDNA模板1 μL,上下游引物各2 μL,5×PrimeSTAR Buffer 10 μL,dNTP Mixture 4 μL,PrimeSTAR HS DNA Polymerase 0.5 μL,水30.5 μL。PCR 反應程序:98 ℃預變性3 min;98 ℃變性30 s,50 ℃退火15 s,72 ℃延伸90 s,共35個循環(huán);72 ℃延伸7 min。PCR 產(chǎn)物進行2.0%瓊脂糖凝膠電泳檢測,按照膠回收試劑盒純化獲取目的片段,測序。

        2.2.3 pEasy-MDH2 重組質(zhì)粒的克隆與鑒定 將2.2.2項下所得回收目的片段與pEASY-Blunt克隆載體在25 ℃金屬浴下連接15 min。連接體系(5 μL):膠回收產(chǎn)物4 μL,pEASY-Blunt 克隆載體1 μL。取連接產(chǎn)物5 μL 轉(zhuǎn)化至Trans-T1 感受態(tài)細胞中,冰浴30 min,42 ℃熱激30 s,加入450 μL 的LB 液體培養(yǎng)基(不含抗生素)37 ℃,200 r·min-1活化1 h。1500×g離心1 min,棄部分上清液,留200 μL 吹打混勻,涂布于LB 固體培養(yǎng)基(含Amp)上,37 ℃培養(yǎng)12 h 后挑取菌落,放入具有Amp 抗性的LB 液體培養(yǎng)基中震蕩培養(yǎng)過夜。利用菌液PCR 方法鑒定分析pEasy-MDH2 陽性克隆,并測序鑒定,提取質(zhì)粒DNA,-20 ℃冰箱保存。

        2.3 生物信息學分析

        2.3.1 同源性分析 從美國國家生物技術信息中心(NCBI,https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)數(shù)據(jù)庫下載其他物種的MDH2 蛋白序列,使用MEGA-X 軟件以Neighbor-Joining 法構(gòu)建MDH2 蛋白的系統(tǒng)進化樹。

        2.3.2 理化性質(zhì)分析 使用ExPASy ProtParam tool在線軟件(https://web.expasy.org/protparam/)對家雞MDH2 蛋白的多項理化性質(zhì)進行分析,包括原子數(shù)、相對分子質(zhì)量、等電點、不穩(wěn)定指數(shù)、脂肪指數(shù)和親水性平均值等。

        2.3.3 親/疏水性、磷酸化位點分析 使用ProtScale(https://web.expasy.org/protscale/)在線軟件對家雞MDH2 蛋白的親/疏水性進行計算和分析,采用NetPhos 3.1 Server 在線軟件(https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?NetPhos-3.1)預測家雞MDH2 蛋白的絲氨酸、蘇氨酸、酪氨酸殘基上的磷酸化位點。

        2.3.4 信號肽、跨膜區(qū)結(jié)構(gòu)預測和分析 使用SignalP 4.1 在線軟件(https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-4.1)預測信號肽,用TMHMM 在線軟件(https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TMHMM-2.0)預測蛋白跨膜區(qū)。

        2.3.5 二級結(jié)構(gòu)、結(jié)構(gòu)域和三級結(jié)構(gòu)預測和分析 用SOPMA 在線軟件(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html)分析家雞MDH2蛋白的二級結(jié)構(gòu),InterProScan(https://www.ebi.ac.uk/interpro/search/sequence/)分 析MDH2 的結(jié)構(gòu)域,在SWISS-MODEL 在線軟件(https://swissmodel.expasy.org/interactive)中對家雞MDH2蛋白進行建模。

        2.4 家雞MDH2基因在各組織中的表達分析

        以家雞6個組織cDNA為模板,采用實時熒光定量PCR 檢測MDH2基因的相對表達量。實時熒光定量PCR 擴增體系(總體積為10 μL):TB Green Premix ExTaqⅡ 5 μL,上下游引物各0.5 μL,模板1 μL,ddH2O 3 μL。實時熒光定量PCR 擴增程序:94 ℃預變性1 min;94 ℃變性10 s,60 ℃退火34 s,共40 個循環(huán);熔解曲線為94 ℃ 10 s,60 ℃45 s。重復3 次,以2-ΔΔCt法計算各組織中MDH2基因的相對表達量。最后利用GraphPad Prism 9.0軟件進行單因素方差分析(ANOVA),以P<0.05 表示差異有統(tǒng)計學意義。

        2.5 構(gòu)建原核表達載體

        2.5.1 PCR 擴增及膠回收 以2.2.3 項下所提質(zhì)粒DNA 稀釋4 倍后作為模板,使用含酶切位點的引物30-MDH2-F1/R1進行PCR擴增,PCR反應體系(50 μL):質(zhì)粒DNA模板1 μL,上下游引物各1 μL,2×TranTaqHiFi PCR SuperMix 25 μL,Nuclease-free water 22 μL。PCR 反應程序:94 ℃預變性5 min;94 ℃變性30 s,65 ℃退火30 s,72 ℃延伸70 s,共35個循環(huán);72 ℃延伸7 min。PCR 產(chǎn)物進行2.0%瓊脂糖凝膠電泳檢測,膠回收純化獲取目的片段。

        2.5.2 PET 32a(+)載體雙酶切及回收純化 取PET 32a(+)載體8.4 μL,依次加入10×NEBuffer 5 μL,Nuclease-free water 34.6 μL,BamHI-HF 和Hind Ⅲ-HF 各1 μL,37 ℃酶切3 h。按照OMEGA Cycle Pure kit 試劑盒說明書對酶切產(chǎn)物進行純化,使用2.0%瓊脂糖凝膠和NanoDrop 2000 型微量核酸定量分析儀進行檢測,純化產(chǎn)物-20 ℃冰箱保存。

        2.5.3 同源重組及轉(zhuǎn)化 取2×Seamless cloning Master Mix 10 μL,2.4.2 項下所得線性化載體100.4 μL,2.4.1 項下所得膠回收產(chǎn)物0.56 μL,Sterilized ddH2O 補足至20 μL。50 ℃反應20 min,反應結(jié)束后立即置于冰上冷卻2 min。取反應液4 μL至50 μL 的DH5a感受態(tài)細胞中,冰浴30 min,42 ℃熱激45 s 后冰上靜置3 min。加入LB 液體培養(yǎng)基(不含抗生素)450 μL,于37 ℃,200 r·min-1活化1 h。1500×g離心1 min,棄部分上清,留200 μL吹打混勻,涂布于LB 固體培養(yǎng)基(含Amp)上,37 ℃培養(yǎng)12 h 后挑取菌落,放入具有Amp 抗性的LB液體培養(yǎng)基中震蕩培養(yǎng)過夜。利用菌液PCR方法鑒定分析pET32a(+)-MDH2 陽性克隆,并測序鑒定,提取質(zhì)粒DNA,-20 ℃冰箱保存。

        2.5.4 MDH2 蛋白誘導表達 將測序正確的pET32a(+)-MDH2 陽性克隆轉(zhuǎn)化至BL21(DE3),涂布于具有Amp 抗性的LB 固體培養(yǎng)基中培養(yǎng)過夜。挑取含有pET32a(+)-MDH2 重組質(zhì)粒的BL21(DE3)陽性菌,在含有氨芐青霉素的LB 液體培養(yǎng)基中震蕩培養(yǎng)至600 nm處吸光度(A600nm)為0.6時,取部分菌液作為對照組,余下菌液加入1 mmol·L-1IPTG,在16 ℃、200 r·min-1搖床中誘導12 h。取出少量菌液,離心后去上清,沉淀用PBS 重懸后加人等體積的上樣緩沖液,沸水中煮5 min,進行十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠電泳(SDS-PAGE),之后用考馬斯亮藍染色初步鑒定MDH2蛋白是否表達。

        3 結(jié)果與分析

        3.1 家雞MDH2基因克隆與測序

        用1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA 質(zhì)量,可見28S 和18S 兩條明顯條帶,且A260nm/A280nm為1.9~2.0,表明RNA 質(zhì)量較好,可用于后續(xù)實驗。以反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA 為模板,進行PCR 擴增,獲得1 條約1000 bp的特異性條帶(圖1)。切膠回收該片段,進行平端克隆與轉(zhuǎn)化,最后進行菌落PCR 驗證,選取陽性克隆測序,拼接測序結(jié)果,發(fā)現(xiàn)MDH2基因cDNA 序列長度為1120 bp,符合預期長度。通過NCBI ORF-Finder 工具,發(fā)現(xiàn)家雞MDH2基因序列含1 個完整開放閱讀框(ORF),其長度為1014 bp,編碼337個氨基酸。

        圖1 MDH2基因電泳圖

        3.2 家雞MDH2蛋白生物信息學分析結(jié)果

        3.2.1 家雞MDH2 蛋白同源性分析 提交12 個物種的MDH2 蛋白序列至MEGA-X 軟件進行多序列比對,并根據(jù)比對結(jié)果構(gòu)建相應的系統(tǒng)進化樹,結(jié)果見圖2。由圖2 可知,家雞與環(huán)頸雉進化距離最短,親緣關系最近;與黑天鵝、綠頭鴨、日本鵪鶉進化距離較小,親緣關系較近,與大蟾蜍、斑馬魚、文昌魚親緣關系較遠,而與豬、大家鼠、小家鼠、人的親緣關系最遠。

        圖2 MDH2蛋白的氨基酸序列同源性分析

        3.2.2 家雞MDH2 蛋白理化性質(zhì)分析 通過Prot Param tool分析MDH2蛋白理化性質(zhì),結(jié)果顯示蛋白分子式為C1592H2630N445O464S17,原子總數(shù)為5121,相對分子質(zhì)量為35.95 kDa,等電點(pI)為9.17,偏堿性,為堿性蛋白。該基因編碼的337 個氨基酸中涵蓋了氨基酸的20 個種類,分別為丙氨酸(Ala,37 個,11.0%)、亮氨酸(Leu,30 個,8.9%)、甘氨酸(Gly,28 個,8.3%)、纈氨酸(Val,28 個,8.3%)、賴氨酸(Lys,24 個,7.1%)、異亮氨酸(Ile,22 個,6.5%)、蘇氨酸(Thr,21 個,6.2%)、絲氨酸(Ser,20 個,5.9%)、脯氨酸(Pro,19 個,5.6%)、谷氨酸(GLU,19 個,5.6%)、精氨酸(Arg,16 個,4.7%)、天冬酰胺(Asn,14 個,4.2%)、苯丙氨酸(Phe,12 個,3.6%)、天冬氨酸(Asp,11 個,3.3%)、半胱氨酸(Cys,9 個,2.7%)、蛋氨酸(Met,8 個,2.4%)、組氨酸(His,7 個,2.1%)、谷氨酰胺(Gln,7 個,2.1%)、酪氨酸(Tyr,4個,1.2%)、色氨酸(Trp,1 個,0.3%),不穩(wěn)定指數(shù)=34.19<40,屬于穩(wěn)定蛋白;脂肪指數(shù)為95.25,親水性平均值=0.07>0,為疏水性蛋白。

        3.2.3 家雞MDH2 蛋白親/疏水性、磷酸化位點分析結(jié)果 應用ProtScale 在線軟件進一步分析MDH2蛋白的親/疏水性,結(jié)果見圖3。家雞MDH2 親水性最強的位點位于第282 位的Arg,得分為-2.711;疏水性最強的位點是位于第98 位的Ala,得分為2.167。家雞MDH2蛋白的疏水性氨基酸多于親水性氨基酸,總體屬于疏水蛋白。應用NetPhos 3.1 在線軟件預測家雞MDH2 蛋白的磷酸化位點,見圖4,共有25個潛在磷酸化位點(閾值>0.5),其中Ser位點13 個、Thr位點12 個、Tyr位點0 個。但在該蛋白序列中,Thr-60、Ser-118、Ser-145、Ser-249、Ser-287 位點的得分接近閾值(0.5),表明這些位點被磷酸化修飾的置信度非常低,因此,家雞MDH2 蛋白可能的磷酸化位點有25個。

        圖3 家雞MDH2蛋白親/疏水性分析預測結(jié)果

        圖4 家雞MDH2磷酸化位點

        3.2.4 家雞MDH2 蛋白信號肽、跨膜區(qū)結(jié)構(gòu)預測和分析結(jié)果 經(jīng)SingnalP 5.0 預測發(fā)現(xiàn),家雞MDH2 蛋白無信號肽。通過TMHMM Server 2.0 在線軟件分析發(fā)現(xiàn)MDH2 蛋白不含跨結(jié)構(gòu)域,結(jié)果見圖5。

        圖5 家雞MDH2蛋白跨膜結(jié)構(gòu)與預測

        3.2.5 家雞MDH2蛋白結(jié)構(gòu)域、二級結(jié)構(gòu)、三級結(jié)構(gòu)預測和分析 使用InterProScan 軟件分析,發(fā)現(xiàn)MDH2 蛋白屬于MDH 家族,MDH2 蛋白序列的25~167 位氨基酸可形成輔酶Ⅰ(NAD)結(jié)合域,169~332 位可形 成α/βC 端結(jié)合域。通 過SOPMA 預測MDH2 蛋白二級結(jié)構(gòu),見圖6,發(fā)現(xiàn)MDH2 蛋白由4種二級結(jié)構(gòu)組成,分別為無規(guī)則卷曲(35.01%)、α-螺旋(40.95%)、β-轉(zhuǎn)角(5.34%)、延伸鏈(18.69%),表明該蛋白質(zhì)的氨基酸處在部分有序的二級結(jié)構(gòu)中,利于其功能的正常發(fā)揮,最后利用SWISS-MODEL 對該蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)進行建模預測,其GMQE 得分為0.90,QMEAN 得分為0.90,結(jié)構(gòu)中存在2 x MLT配體,見圖7。

        圖6 SOPMA預測MDH2蛋白二級結(jié)構(gòu)

        圖7 SWISS-MODE預測LMDH2蛋白三級結(jié)構(gòu)

        3.3 MDH2基因的組織表達分析

        利用實時熒光定量PCR 檢測家雞6 個組織中MDH2的表達水平,結(jié)果表明MDH2在6 個組織中都有表達,但表達量存在顯著性差異,脾臟、肺臟組織中幾乎不表達,在心臟中顯著高于其他組織(圖8)。

        圖8 MDH2基因組織表達分析差異性(,n=8)

        3.4 MDH2原核表達

        SDS-PAGE 結(jié)果顯示,誘導的pET-32a(+)-MDH2 重組質(zhì)粒在53 kDa 處有一條特異蛋白條帶(圖9),與預期大小基本一致。上清和沉淀中均有MDH2 原核表達,但沉淀中表達較多,說明該重組蛋白主要是以包涵體的形式存在。

        圖9 重組MDH2蛋白SDS-PAGE電泳圖

        4 小結(jié)與討論

        本研究成功克隆了家雞MDH2基因序列,全長1120 bp,ORF 1014 bp,共編碼337個氨基酸。同源性分析發(fā)現(xiàn),家雞MDH2 與環(huán)頸雉親緣關系最近,與黑天鵝、綠頭鴨、日本鵪鶉親緣關系較近,與大蟾蜍、斑馬魚、文昌魚親緣關系較遠,而與豬、大家鼠、小家鼠、人的親緣關系最遠,說明不同物種間該基因相對不保守。家雞MDH2 蛋白理化性質(zhì)分析表明,家雞MDH2 相對分子質(zhì)量為35.95 kDa,pI 9.17,偏堿性,據(jù)報道蘋果酸脫氫酶MDHs 相對分子質(zhì)量為30~35 kDa[11],最適pH 偏堿性(8.0 左右)[1],家雞MDH2 相對分子質(zhì)量與理論等電點與文獻報道范圍接近。ProtParam tool 在線軟件分析結(jié)果還顯示,家雞MDH2 蛋白為穩(wěn)定蛋白,MDH2 蛋白結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性在一定程度上取決于分子內(nèi)部的疏水作用,家雞MDH2 蛋白疏水性氨基酸數(shù)量多于親水性氨基酸,該蛋白整體表現(xiàn)為疏水性,所以該蛋白穩(wěn)定性較好。同時,蛋白磷酸化會降低該蛋白的穩(wěn)定性,MDH2 的蛋白磷酸化位點僅有25 個,故再次驗證了該蛋白的穩(wěn)定性。Signal1P-4.1在線工具分析結(jié)果表明該蛋白質(zhì)無信號肽,說明其不是分泌蛋白,該蛋白質(zhì)形成后會在細胞內(nèi)發(fā)揮作用并降解。

        MDH2 是三羧酸循環(huán)的關鍵酶之一,MDH2基因在家雞心、肝、脾、肺、腎及雞內(nèi)金中均有表達,其中,其在心臟內(nèi)的相對表達量最高。雞心在雞的生長代謝中起重要作用,由此推測MDH2與家雞生長發(fā)育有關。MDH2基因在砂囊內(nèi)壁及腎臟組織中的相對表達量次于心臟,MDH 廣泛分布于植物、動物、微生物,因編碼基因不同而產(chǎn)生了多種同工酶。許多同工酶在一個物種內(nèi)表現(xiàn)出獨特的空間和時間個體發(fā)生趨勢,這種趨勢在許多類群的各種同工酶中得到了證實,蜜蜂各發(fā)育階段MDH2 酶活性存在差異[12];不同發(fā)育階段日本沼蝦MDH 同工酶條帶數(shù)目不一致,MDH2只在第2期出現(xiàn)[13],目前市售雞內(nèi)金主要來源于家雞,全國各地均有飼養(yǎng)。家雞根據(jù)用途不同可分為肉用雞、蛋用雞、肉蛋兼用雞,不同用途雞種生長年限不同,不同生長年限的MDH2是否會發(fā)生變化有待進一步研究。

        MDH還在一些動物的品種/亞系鑒定中有所應用。據(jù)報道,西方蜜蜂亞種MDH2基因座3 個等位基因頻率不同[14],Nunamaker 等[15]分析了10 個國家蜜蜂的血統(tǒng),進一步驗證MDH作為區(qū)分蜜蜂品種的可靠性,李舉杯等[16]的研究證實了意大利蜂、卡尼鄂拉蜂、喀爾巴阡蜂的MDH2基因頻率、基因型頻率、雜合純合度存在差異。關洪英等[17]發(fā)現(xiàn)雞MD基因5′側(cè)翼區(qū)具有多態(tài)性,俞亞波等[18]根據(jù)雞MDH基因5′側(cè)翼區(qū)單核苷酸多態(tài)性建立了檢測方法,能夠從分子遺傳學上快速的對種質(zhì)資源進行分型。家雞品種豐富,包括地方品種(北京油雞、清遠麻雞、仙居雞等),培育品種(鄭州紅雞、北京白雞、海江黃雞等),引入品種(白萊航雞、白洛克雞等)在內(nèi)的上百個雞種,造成了雞內(nèi)金來源復雜的現(xiàn)狀。由此推測,使用MDH2 鑒別不同雞種來源雞內(nèi)金具有一定可行性。另外,研究報道,硬骨魚類MDH同工酶系統(tǒng)具有明顯的組織特異性和物種特異性[19];同時同源性分析顯示,家雞與綠頭鴨MDH2 蛋白氨基酸序列親緣關系較遠,提示MDH同工酶系統(tǒng)鑒定雞內(nèi)金真?zhèn)我簿哂幸欢尚行浴?/p>

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