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        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接法初步探索小兒清熱止咳口服液抗病毒性肺炎的研究

        2023-08-22 01:24:46胡旭華謝德隆
        上海醫(yī)藥 2023年15期
        關(guān)鍵詞:小兒數(shù)據(jù)庫

        胡旭華 謝德隆

        (上海天慈生物谷生物工程有限公司 上海 201315)

        小兒清熱止咳口服液收錄于2020 版《中華人民共和國藥典》(簡稱《中國藥典》),由麻黃、苦杏仁、石膏、黃芩、板藍根、甘草、北豆根七味藥配制蜂蜜蔗糖等輔料制成,用于小兒外感風(fēng)寒所致的感冒。方中麻黃辛甘溫,溫肺解表而平喘;石膏辛甘大寒,清泄肺胃之熱以生津,兩藥相輔相成,既能宣肺,又能清熱,共為君藥。杏仁味苦,降利肺氣而平喘咳,與麻黃相配則宣降相因,與石膏相伍則清肅協(xié)同,是為臣藥。再以苦寒之黃芩清肺瀉火解毒,板藍根、北豆根清熱解毒利咽。全方配伍則寒熱除,腫痛消,共奏清熱,宣肺,平喘,利咽之功。該方是在出自《傷寒論》的麻杏石甘湯基礎(chǔ)上增加了黃芩、板藍根、北豆根三味藥[1]。麻杏石甘湯是抗病毒性感冒的常用制劑[2],小兒清熱止咳口服液在該方基礎(chǔ)上加以改進,增強了抗病毒、止咳、抗炎和平喘的療效[3]。

        兒童病毒性肺炎容易對呼吸系統(tǒng)、循環(huán)系統(tǒng)和中樞神經(jīng)系統(tǒng)引起損傷,是多病毒引起的兒科常見病,臨床治療以對癥和支持治療為主。兒童是傳染病的易感和高發(fā)人群,身體各項機能尚不完善,若不能及時診斷和治療,易出現(xiàn)各種并發(fā)癥,危害身體健康[4]。此外兒童用藥與成年人不同,不宜使用有明顯毒副作用的藥物,而小兒清熱止咳口服液已有多年臨床使用經(jīng)驗,毒副作用較小。本文在已知其抗病毒作用基礎(chǔ)上,采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)等工具進行理論推導(dǎo)以期通過理論活性成分為基礎(chǔ)探索其抗病毒性肺炎的作用及機制,為研制出適用于兒童的藥物提供理論依據(jù)。

        1 工具與方法

        1.1 數(shù)據(jù)庫和工具

        數(shù)據(jù)庫:中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫和分析平臺(TCMSP,http://tcmspw.com/index.php);中藥分子機制生物信息學(xué)分析工具(BATMAN-TCM,http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/);中國知網(wǎng)數(shù)據(jù)庫;DisGeNET 數(shù)據(jù)庫(https://www.disgenet.org/);STRING 數(shù)據(jù)庫(https://string-db.org/cgi/input.pl);蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(Protein Data Bank,PDB)。

        工具:Cytoscape 3.6.0;SwissDock 分子對接在線平臺;PyMol 軟件。

        1.2 小兒清熱止咳口服液有效成分篩選

        在TCMSP 數(shù)據(jù)庫及BATMAN-TCM 數(shù)據(jù)庫中搜索小兒清熱止咳口服液6 味藥(不含石膏)的所有化學(xué)成分,以吸收、分布、代謝、排泄(absorption,distribution,metabolism and excretion,ADME)參數(shù)中的口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%和類藥性(drug-like,DL)≥0.18 為篩選條件,得到每味藥的活性成分。為避免個別認可度較高的活性成分被篩選掉,故同時查閱《中國藥典》(2020 年版)與中國知網(wǎng)數(shù)據(jù)庫中相關(guān)文獻,得到此類成分并合并至上述篩選結(jié)果中,并從TCMSP數(shù)據(jù)庫下載這些活性成分的靶點信息。

        1.3 靶點網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和分析

        應(yīng)用DisGeNET 數(shù)據(jù)庫檢索得到肺炎相關(guān)靶點,將成分和疾病靶點取交集后得到小兒清熱止咳口服液抗病毒的關(guān)鍵靶點。再將“方劑-藥材-化合物-靶點-疾病”的藥理網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)入Cytoscape 3.6.0 軟件,構(gòu)建小兒清熱止咳口服液的藥理網(wǎng)絡(luò)和蛋白相互作用(proteinprotein interaction,PPI)網(wǎng)絡(luò),并應(yīng)用該軟件中“Network Analyzer”功能進行網(wǎng)絡(luò)分析,根據(jù)度值(degree)篩選小兒清熱止咳口服液抗病毒的重要成分和關(guān)鍵靶點。

        1.4 關(guān)鍵靶點功能富集分析

        對篩選所得重要靶點應(yīng)用STRING 平臺KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析,獲知小兒清熱止咳口服液產(chǎn)生抗病毒感染、肺部損傷作用的相關(guān)信號通路,分析其作用機制。

        1.5 分子對接驗證

        應(yīng)用SwissDock 在線分子對接軟件預(yù)測目標蛋白和小分子之間可能發(fā)生的分子相互作用。根據(jù)“成分-靶點”網(wǎng)絡(luò)中重要的成分和PPI 網(wǎng)絡(luò)中的靶蛋白,以評價成分與靶點之間的對接效果。

        2 結(jié)果

        2.1 活性化合物及疾病靶點篩選結(jié)果

        通過TCMSP 數(shù)據(jù)庫檢索,符合條件的化合物共有220 個,從這些活性成分獲得262 個作用靶點。在DisGeNET 數(shù)據(jù)庫中篩選疾病對應(yīng)的靶點,獲得疾病相關(guān)靶點621 個,與成分的靶點取交集得到62 個關(guān)鍵靶點。

        2.2 構(gòu)建化合物-靶點網(wǎng)絡(luò)、靶點-疾病網(wǎng)絡(luò)和PPI

        靶點網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和分析:將220 個成分與62 個靶點在Cytoscape 3.6.0 軟件中構(gòu)建小兒清熱止咳口服液成分-靶點網(wǎng)絡(luò)(圖1,其中活性成分以橙色方形標示,關(guān)鍵靶點以藍色方形標示),共涉及146 個節(jié)點和440 條邊。采用度值評價,篩選10 個抗病毒的關(guān)鍵成分:山柰酚、漢黃芩素、柚皮素、黃芩苷、芒柄花黃素、刺槐素、麻黃堿、甘草黃酮、異鼠李素和青藤堿。

        圖1 “成分-靶點”網(wǎng)絡(luò)

        采用Cytoscape 3.6.0 軟件構(gòu)建PPI 網(wǎng)絡(luò)(圖2),并利用MCODE 插件分解關(guān)鍵靶點網(wǎng)絡(luò)(圖3),3 個連接緊密的子模塊被識別,其中1 個6-核子模塊為與炎癥相關(guān)蛋白間相互作用;2 個4-核子模塊為與抗病毒作用相關(guān)蛋白間相互作用、與細胞分裂作用相關(guān)蛋白之間的相互作用。

        圖2 蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)

        圖3 關(guān)鍵靶點網(wǎng)絡(luò)中的3個連接緊密的子模塊

        2.3 關(guān)鍵靶點干預(yù)疾病過程富集分析

        將62 個靶點輸入STRING 功能富集分析,設(shè)定統(tǒng)計指標為錯誤發(fā)現(xiàn)率(false discovery rate,FDR)<1×10-6,在KEGG 通路富集的結(jié)果中限定人類疾?。╤uman diseases)部分的通路,得到55 個靶標富集的疾病通路,其中12 個通路與病毒感染、肺部損傷相關(guān)(表1)。

        表1 關(guān)鍵靶點KEGG通路富集分析

        2.4 分子對接驗證

        選擇小兒清熱止咳口服液中的麻黃堿和黃芩素,與PPI 網(wǎng)絡(luò)中抗病毒重要靶點RelA、MAPK14、IL-1B 進行分子對接驗證。在PDB 數(shù)據(jù)庫下載靶點晶體結(jié)構(gòu)文件,用PyMol 軟件移去水分子和配體分子,在Swiss Dock 在線軟件分別上傳靶蛋白和麻黃堿以及黃芩素的結(jié)構(gòu)文件。分子對接結(jié)果如表2 所示,蛋白質(zhì)與小分子結(jié)合越緊密,full f itness 值越低,表明2 個成分與RelA、MAPK14、IL-1B 都可對接且對接效果較好。

        表2 分子對接結(jié)果

        3 討論

        本文利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接技術(shù)工具,分析“小兒清熱止咳口服液”組方成分抗病毒性肺炎的作用機制?;谘芯繉ο?、研究思路和工具,本研究屬于中西醫(yī)結(jié)合研究。為了更好地說明問題,本研究假設(shè)文中所列成分均在血液中發(fā)現(xiàn)[5-6]。

        近年來,越來越多的研究關(guān)注于血清藥物化學(xué)/藥理學(xué)。其基本思想是,中藥一般經(jīng)口服用后在體內(nèi)會經(jīng)過吸收、分布、代謝等過程,可能形成含有中藥的原型成分、代謝產(chǎn)物及機體藥物作用下產(chǎn)生的新的內(nèi)源性生理活性物質(zhì)的成分群,通過血液運輸?shù)礁鱾€器官組織或靶點,并在達到一定的血藥濃度時才能發(fā)揮藥效。因此研究血清藥物化學(xué)/藥理學(xué)才能真正揭示中藥的物質(zhì)基礎(chǔ)和作用機制。但當(dāng)前,針對單味藥或復(fù)方的血清藥物化學(xué)/藥理學(xué)還比較少,且很多研究未更深入闡釋。比如董宇等[7]的益胃飲中藥血清藥物化學(xué)研究及鄧哲等[8]研究下瘀血湯的血清物質(zhì)基礎(chǔ)和藥理學(xué),均揭示了復(fù)方中的化學(xué)成分,但是缺乏與藥效或藥代動力學(xué)的結(jié)合,特別是能發(fā)現(xiàn)與藥效至關(guān)重要的成分及其相互關(guān)系。未來的研究應(yīng)著重研究復(fù)方的化學(xué)成分本質(zhì),去偽存真,為創(chuàng)造更好的藥物提供思路或原型。

        針對本復(fù)方的君藥和臣藥——麻黃和苦杏仁(石膏成分簡單),當(dāng)前采用血清藥物化學(xué)/藥理學(xué)方法研究上述藥物及相關(guān)復(fù)方的文獻較少。具有代表性的僅有唐鋒等[6]研究麻黃附子細辛湯的血清物質(zhì)基礎(chǔ)和藥理學(xué)。因此可參考的實驗資料較少,同時這也是該領(lǐng)域今后的重要工作之一。

        此外,我們并不假定所有成分均達到發(fā)揮生物效應(yīng)的濃度,因為中藥復(fù)方是一個整體。劉德麟等[9]提出了藥效分子群和藥效分子組合的概念,這可能比以化學(xué)單體來理解中藥更符合實際。

        病毒性肺炎是病毒下蔓延,侵入肺后產(chǎn)生炎癥,屬于肺功能障礙的疾病[10]。臨床以利巴韋林等抗病毒藥物治療本病,但療效不佳、不良反應(yīng)較多。清熱解毒類中醫(yī)方劑對本病有顯著療效。本研究運用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接技術(shù)研究發(fā)現(xiàn),小兒清熱止咳口服液抗病毒的關(guān)鍵成分:山柰酚、漢黃芩素、柚皮素、黃芩苷、芒柄花黃素等;KEGG 通路分析結(jié)果中以IL-17 信號通路、腫瘤壞死因子信號通路和卡波西氏肉瘤相關(guān)皰疹病毒感染等通路較為靠前,這些作用靶點與病毒感染、肺部損傷等密切相關(guān)。IL 是參與體內(nèi)炎癥反應(yīng)的物質(zhì),史東林等[11]用ELISA 檢測肺部感染患者感染前后IL 水平,發(fā)現(xiàn)感染后IL-17 等水平明顯上升。MAPK[12]是細胞質(zhì)中高度保守的絲氨酸蛋白激酶,在許多細胞因子的信號傳遞中起著重要的中介作用,其中p38 是調(diào)節(jié)細胞因子如IL-1β、IL-6 和腫瘤壞死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)表達的重要細胞內(nèi)信號通路,參與體內(nèi)的炎癥反應(yīng),作為小兒清熱止咳口服液的重要通路,說明該處方通過抗炎和阻止病毒侵犯上皮細胞,起到抗病毒性肺炎的作用。

        RelA 是一種抗病毒轉(zhuǎn)錄因子。核轉(zhuǎn)錄因子-κB(nuclear transcription factor,NF-κB)參與多種疾病的發(fā)病過程由5 個成員組成:p50、p52、p65(RelA)、c-Rel 和RelB,它們分別表達為相應(yīng)的蛋白質(zhì)NF-κB1、NF-κB2、RelA、Rel 和RelB,活化后與基因啟動子區(qū)域的固定核苷酸序列結(jié)合而啟動基因轉(zhuǎn)錄。有數(shù)量驚人的信號能夠激活NF-κB,它們包括細菌、病毒和真菌的產(chǎn)物以及炎癥細胞因子、氧化壓力和治療用的藥物。Bais 等[13]人闡明了依賴RelA 的生存因子,抑制了感染引起的細胞死亡,阻止了RELA 缺陷細胞中Chandipura 病毒的增殖。

        《中國藥典》(2020 年版)中收載的小兒清熱止咳口服液以出膏率、麻黃堿含量、黃芩苷含量為指標,黃芩苷是該制劑發(fā)揮抗病毒作用的重要成分,以其含量為指標,保證其發(fā)揮抗病毒的療效。本文運用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法,通過整合數(shù)據(jù)庫內(nèi)信息,挖掘出小兒清熱止咳口服液對病毒性肺炎潛在的治療作用,為拓寬其臨床使用范圍提供理論依據(jù)。

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