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        基于網絡藥理學推測當歸肉蓯蓉配伍治療功能性便秘的作用機制

        2023-07-21 02:53:30宋蕊蕊
        四川生理科學雜志 2023年4期

        宋蕊蕊

        (河南科技大學第一附屬醫(yī)院消化內科,河南 洛陽 471003)

        功能性便秘(Functional constipation,F(xiàn)C)是全球高發(fā)疾病,指腸道功能紊亂導致機體出現(xiàn)大便干結、排便難、次數(shù)減少或排便不盡等癥狀,屬中醫(yī)學“便秘”、“陽結”或“陰結”范疇。西醫(yī)治療存在易復發(fā),副作用大,長期療效一般等缺點。中醫(yī)治療功能性便秘歷史悠久,方法多樣,主張辨證施治,整體調節(jié)臟腑氣血陰陽,祛邪不傷正,標本兼治[1]。當歸與肉蓯蓉是治療功能性便秘常用方濟川煎的主要組成藥物,二者也是數(shù)據(jù)挖掘治療便秘常用方的經典藥物組合前三名[2]。當歸-肉蓯蓉藥對溫腎益精,潤腸通便,可用于老年人、久病體虛、婦人產后、溫病后期等功能性便秘患者,但其作用機制尚不明確。此外,F(xiàn)C發(fā)病原因復雜,與飲食、生活習慣、自主神經功能異常、藥物或年齡等相關,給其作用機制探討帶來更大困難。

        網絡藥理學結合藥物、成分、作用靶點和疾病靶點信息,多角度、多方面探索藥物和疾病之間的分子關聯(lián),從而更好的揭示藥物治療疾病的分子機制[3]。尤其是在中醫(yī)藥研究中,網絡藥理學與中醫(yī)整體觀不謀而合,從而探討中藥多成分、多靶點、多途徑治療疾病的方式。本文借助網絡藥理學方法,探討當歸肉蓯蓉對FC的治療作用及機制,為其臨床應用提供理論依據(jù),并為后期試驗奠定基礎。

        1 材料與方法

        1.1 當歸-肉蓯蓉化學成分、對應靶點和功能性便秘疾病靶點的篩選

        基于TCMSP數(shù)據(jù)庫(https://tcmspw.com/tcmsp.php)檢索當歸和肉蓯蓉的化學成分,以口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%和類藥性(Drug-like properties,DL)≥0.05作為條件,篩選當歸和肉蓯蓉的活性成分?;赥CMSP、STITCH(http://stitch.embl.de/)等數(shù)據(jù)庫收集當歸-肉蓯蓉活性成分對應靶點,并于Uniport(https://www.uniprot.org /)數(shù)據(jù)庫轉換基因名,去重。

        GeneCards數(shù)據(jù)庫(http://www.genecards.org)檢索“functional constipation”,獲得FC疾病靶點。

        1.2 藥物-活性成分-靶點網絡構建和生物信息學分析

        采用Cytoscape 3.7.0軟件進行“當歸-肉蓯蓉-活性成分-靶點網絡”的構建,以度(degree)≥6為閾值篩選,得到“當歸-肉蓯蓉-活性成分-靶點網絡”。DAVID數(shù)據(jù)庫(https://david.ncifcrf.gov/)進行當歸-肉蓯蓉成分靶點的基因本體(Gene Ontology,GO)和京都基因組百科全書(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。

        1.3 藥物-活性成分-共有靶點網絡構建

        收集當歸、肉蓯蓉活性成分和FC疾病靶點的交集靶點,稱共有靶點,Cytoscape 3.7.0軟件構建“當歸-肉蓯蓉-活性成分-FC共有靶點網絡”。

        1.4 關鍵基因篩選和蛋白互作網絡構建

        于STRING數(shù)據(jù)庫(https://string- db.org/)檢索共有靶點,收集蛋白互作信息,CytoNCA插件基于點度中心性(Degree Centrality,DC)、接近中心性(Closeness Centrality,CC)、中介中心性(Betweenness Centrality,BC)篩選關鍵基因,進行關鍵基因的蛋白質互作網絡(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)構建[4]。

        1.5 當歸-肉蓯蓉治療FC的關鍵基因生物信息學分析

        DAVID數(shù)據(jù)庫進行當歸-肉蓯蓉治療FC的關鍵基因的GO功能和KEGG通路富集分析,GO功能富集分析以P<0.01,count≥5為閾值,KEGG通路富集分析以P<0.01且count≥10為閾值。

        2 結果

        2.1 當歸-肉蓯蓉的活性成分收集

        共檢索到當歸化學成分125個,肉蓯蓉化學成分75個。其中,OB≥30%和DL≥0.05的當歸活性成分25個,肉蓯蓉13個。最終得到無重復且有相應靶標的活性成分39個,見表1。

        表1 當歸和肉蓯蓉的主要活性成分

        2.2 藥物活性成分靶點和FC疾病靶點的收集

        數(shù)據(jù)庫收集到當歸活性成分相關靶點56個,肉蓯蓉活性成分相關靶點143個,交集靶點16個。FC疾病靶點5199個,其中,Relevance score≥3的靶點為2428個。當歸、肉蓯蓉與FC三者交集靶點13個,當歸-肉蓯蓉藥物靶點與FC疾病靶點交集靶點132個,見圖1。

        圖1 藥物與疾病靶點韋恩圖

        2.3 當歸-肉蓯蓉的藥物成分-靶點網絡和生物信息學分析

        “當歸-肉蓯蓉-活性成分-靶點網絡”包含276個節(jié)點和330條邊。網絡中,當歸-肉蓯蓉共有活性成分β-谷甾醇,肉蓯蓉活性成分槲皮素,當歸活性成分豆甾醇、阿魏酸、菖蒲二烯等degree值高,提示這些成分可能為當歸-肉蓯蓉配伍中的主要有效成分。

        前列腺素內過氧化物合成酶(Prostaglandin G/H synthase and cyclooxygenase,PTGS2、PTGS1)、γ氨基丁酸A受體(Gamma-Aminobutyric Acid Type A Receptor Subunit Alpha1,GABRA1)、毒蕈堿型膽堿受體(Muscarinic Acetylcholine receptor,CHRM2、CHRM1、CHRM3)、去甲腎上腺素轉運體基因(Sodium-dependent noradrenaline transporter,SLC6A2)、細胞腫瘤抗原p53(Cellular tumor antigen p53,TP53)、半胱氨酸蛋白酶(Caspase,CASP)和分裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated protein kinase,MAPK)等靶點的degree值較高,提示這些靶點可能在當歸-肉蓯蓉配伍中起主要作用,網絡中degree值排名前20的當歸-肉蓯蓉相關成分和靶點見表2。對當歸-肉蓯蓉的靶點富集分析結果顯示,藥對靶點的GO功能主要富集在細胞外空間、質膜組成、核質等細胞成分,酶結合、RNA聚合酶II轉錄因子活性、類固醇激素受體活性等分子功能,炎癥反應、凋亡過程的負調控、血管收縮的正向調節(jié)等生物學過程,均與FC疾病機制相關,提示當歸-肉蓯蓉藥對可用于FC等胃腸道疾病的治療,見圖2。

        圖2 當歸-肉蓯蓉藥物靶點GO功能富集結果

        表2 當歸-肉蓯蓉-活性成分-靶點網絡重要節(jié)點

        2.4 當歸-肉蓯蓉治療FC的藥物-活性成分-共有靶點網絡和關鍵基因篩選

        “當歸-肉蓯蓉-活性成分-FC共有靶點網絡”共有146個節(jié)點和226條邊。β-谷甾醇、槲皮素、豆甾醇、阿魏酸等成分的degree值高。PTGS2、PTGS1、GABRA1、CHRM2、CHRM1、CHRM3和SLC6A2等靶點的degree值較高,提示這些靶點可能在當歸-肉蓯蓉治療FC中起主要作用,見圖3。CytoNCA插件按DC≥44、CC≥48.415613、BC≥0.517432975為閾值篩選,最終得到關鍵基因74個,PPI網絡有節(jié)點74個,邊1334條。AKT蛋白激酶(Threonine-protein kinase,AKT1)、血管內皮生長因子A(Vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、表皮生長因子受體(Epidermal growth factor receptor,EGFR)、轉錄因子(Transcription factor Jun,JUN)、TP53、CASP和MAPK等節(jié)點degree值大,結合分數(shù)高,在網絡最中心,預測為當歸-肉蓯蓉治療FC的潛在關鍵靶點,見圖4。

        圖3 當歸-肉蓯蓉-活性成分-FC共有靶點網絡(節(jié)點大小與degree值成正比)

        圖4 當歸-肉蓯蓉治療FC的關鍵基因PPI網絡

        2.5 當歸-肉蓯蓉治療FC的關鍵基因的生物信息學分析

        關鍵基因GO分析的結果可知,當歸、肉蓯蓉配伍治療功能性便秘的機制多與缺氧的反應、RNA聚合酶II啟動子轉錄的正調控、凋亡過程的負調控、類固醇激素受體活性等多個生物過程和分子功能有關,見圖5。KEGG 通路主要有TNF信號通路、HIF-1信號通路、p53信號通路、PI3KAkt 信號通路、MAPK信號通路等,見圖6。

        圖5 GO功能富集分析

        圖6 KEGG通路分析

        3 討論

        FC多與患者生活習慣、精神因素、腸道菌群失調、胃腸激素和神經遞質異常等有關,病程長且治療難度大[5]。西醫(yī)藥物治療存在療效欠佳,易引起復發(fā),易形成依賴性等缺點[6]。中醫(yī)用以活血養(yǎng)血、滋陰補陽、疏肝健脾、潤腸通便的中藥,改善患者陰虛血虛、肝氣郁結、脾胃不和等狀態(tài)[7]。當歸-肉蓯蓉為治療FC常見藥對,當歸滋陰生血,補血活血,潤腸通便;肉蓯蓉補腎壯陽,滋陰養(yǎng)血,軟堅通便。二者配伍,行中有補,補而不峻,起到調肝養(yǎng)血,潤腸通便的功效。因此,本研究基于網絡藥理學技術進行了當歸-肉蓯蓉藥對配伍治療FC作用機制。的

        最終收集到當歸-肉蓯蓉藥對活性成分39個,成分相關靶點237個,F(xiàn)C疾病靶點2428個。其中,當歸-肉蓯蓉藥對靶點與疾病靶點的交集靶點132個,篩選到關鍵基因74個。β-谷甾醇、槲皮素、豆甾醇、阿魏酸等成分可能是藥對治療FC的活性成分,β-谷甾醇為當歸-肉蓯蓉的共有活性成分,具有抗炎、抗氧化、抑菌等作用[8]。研究表明,β-谷甾醇和豆甾醇可改善小鼠實驗性結腸炎,保護大鼠胃和十二指腸,預防消化性潰瘍[9]。改善功能性便秘可通過減少炎癥反應實現(xiàn)[10]。PTGS與胃腸道功能關系密切,是炎癥反應的主要介質[11]。PTGS2在慢性和急性炎癥反應中明顯上調,可加重胃腸道毒性。在機械性腸梗阻模型中,表達上調甚至誘發(fā)結直腸癌發(fā)病[12]。AKT1依賴PI3K途徑激活,對PI3K-AKT 通路的激活,可影響腸道傳輸功能從而參與功能性便秘、慢性傳輸性便秘等多種便秘[13]。

        TP53信號通路、MAPK信號通路和NF-κB信號通路已被報道與功能性便秘發(fā)病機制密切相關[14-15]。MAPK信號通路通過調節(jié)水通道蛋白的表達,促進水分運輸,調節(jié)慢性傳輸型便秘大鼠結腸水代謝平衡[16]。

        綜上所述,本研究基于網絡藥理學技術分析,發(fā)現(xiàn)當歸-肉蓯蓉可能通過β-谷甾醇、豆甾醇、阿魏酸等關鍵活性成分,作用于PTGS2、AKT1、TP53、CASP和MAPK等核心靶點,參與TNF信號通路、PI3K-Akt信號通路、MAPK信號通路等,發(fā)揮其多成分、多靶點、多通路治療FC的作用,為深入研究其作用機制提供了理論依據(jù)和思路。

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