滕 琳,王 斌,馮前進(jìn)
1南方醫(yī)科大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)院,2廣東省醫(yī)學(xué)圖像處理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,廣東 廣州 510515;3上海科技大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)院,上海 201220
頭頸癌是一類癌癥的統(tǒng)稱,包括口腔癌、咽癌和鼻癌等眾多類型[1],其發(fā)病率在國(guó)內(nèi)位居第九,對(duì)人類健康產(chǎn)生極大的威脅[2]。由于頭頸部危機(jī)器官眾多,解剖關(guān)系復(fù)雜,為了殺死腫瘤細(xì)胞,同時(shí)保護(hù)周圍正常組織,調(diào)強(qiáng)放射治療(IMRT)成為首選治療方式[3]。為了使計(jì)劃靶區(qū)(PTV)達(dá)到高劑量輻射,危機(jī)器官(OARs)接收低劑量輻射甚至零劑量輻射,放療物理師需要根據(jù)自身經(jīng)驗(yàn)反復(fù)調(diào)整治療參數(shù),從而獲得最優(yōu)的放療計(jì)劃。此過(guò)程需要一周左右的時(shí)間,從而延誤了病情的最佳治療時(shí)間[4-7]。
近幾年,隨著機(jī)器學(xué)習(xí)的迅速發(fā)展[8],特別是深度學(xué)習(xí),涌現(xiàn)出很多基于深度學(xué)習(xí)的方法,實(shí)現(xiàn)放療計(jì)劃自動(dòng)設(shè)計(jì)的目標(biāo)[9-12]。即利用CT等圖像作為輸入信息,通過(guò)卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)CNN,根據(jù)目標(biāo)任務(wù)自動(dòng)提取有用特征,通過(guò)損失函數(shù)監(jiān)督網(wǎng)絡(luò)學(xué)習(xí),網(wǎng)絡(luò)輸出信息為劑量分布圖。舉例來(lái)說(shuō),Liu等[13]設(shè)計(jì)了一個(gè)級(jí)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)架構(gòu),將第一網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)的不同尺度特征圖作為第二網(wǎng)絡(luò)的輸入,可以充分提取并整合全局和局部特征。然而網(wǎng)絡(luò)關(guān)注的是全局空間學(xué)習(xí),導(dǎo)致ROIs等局部區(qū)域的劑量預(yù)測(cè)不準(zhǔn)確。為了解決此問(wèn)題,Ngyuen等[14]提出可微分的DVH損失函數(shù),將DVH劑量學(xué)參數(shù)作為網(wǎng)絡(luò)優(yōu)化目標(biāo),監(jiān)督網(wǎng)絡(luò)在ROIs等局部區(qū)域的特征提取。然而DVH劑量學(xué)參數(shù)的計(jì)算要求重復(fù)遍歷整幅圖像,導(dǎo)致劑量預(yù)測(cè)的效率低下。為了進(jìn)一步提升劑量預(yù)測(cè)精確性,Zhang 等[15]提出距離場(chǎng)的概念,即計(jì)算所有體素到PTV邊界的距離,將PTV的相對(duì)距離與劑量分布的關(guān)系等先驗(yàn)信息作為網(wǎng)絡(luò)輸入。然而,上述方法的網(wǎng)絡(luò)輸入信息(CT圖像和ROIs分割掩膜)缺失高能輻射是通過(guò)射線束形式傳送等先驗(yàn)信息,導(dǎo)致射線束等局部區(qū)域預(yù)測(cè)不準(zhǔn)確。
為了解決上述方法存在的問(wèn)題,本研究提出新穎的射線束劑量肢解學(xué)習(xí)方法,引入射線束分割掩膜和ROIs內(nèi)劑量分布特征作為先驗(yàn)信息訓(xùn)練CNN,進(jìn)一步提升局部區(qū)域的劑量預(yù)測(cè)精確性。具體來(lái)說(shuō),本文方法分為兩個(gè)階段,第一階段,利用全局劑量網(wǎng)絡(luò)(GDN)得到全局空間的粗糙劑量分布圖。同時(shí),利用預(yù)定義的射線束角度和PTV分割掩膜,擬合射線束分割掩膜;第二階段,進(jìn)一步精細(xì)化第一階段預(yù)測(cè)的粗糙劑量分布圖,通過(guò)以下四種新穎方法:(1)通過(guò)射線束分割掩膜,將粗糙劑量分布圖肢解為多個(gè)子劑量分布圖,每個(gè)子劑量分布圖代表某個(gè)射線束方向的劑量分布;(2)通過(guò)射線束投票機(jī)制,將多個(gè)子劑量分布圖聚合為一個(gè)劑量分布圖;(3)通過(guò)DVH校正,即基于值的和基于評(píng)價(jià)指標(biāo)的DVH損失函數(shù),將ROIs內(nèi)劑量分布特征作為損失函數(shù),約束網(wǎng)絡(luò)在ROIs內(nèi)的特征提??;(4)引入邊界增強(qiáng)約束,計(jì)算預(yù)測(cè)和真實(shí)的三維梯度圖之間的MAE,監(jiān)督網(wǎng)絡(luò)在劑量邊界區(qū)域的特征提取。
利用來(lái)自O(shè)penKBP-2020 挑戰(zhàn)公開(kāi)的頭頸癌放療計(jì)劃數(shù)據(jù)集[17],包括340例患者。其中,200例患者作為訓(xùn)練集,40例作為驗(yàn)證集,100例作為測(cè)試集。每個(gè)患者包括CT圖像,PTV分割掩膜,OAR分割掩膜,有效劑量值區(qū)域分割掩膜和真實(shí)劑量分布圖。劑量分布圖是通過(guò)9例等間距共面射線束(0°,40°,…,320°)傳送高能輻射形成的,每個(gè)射線束的能量是6 MV,使用步進(jìn)式靜態(tài)調(diào)強(qiáng)放療技術(shù)IMRT。所有數(shù)據(jù)大小為128×128×128 mm3,體素近似為3.906 mm×3.906 mm×2.5 mm。
本研究提出的方法分為兩個(gè)階段(圖1),第一個(gè)階段為全局空間劑量學(xué)習(xí),預(yù)測(cè)粗糙劑量分布圖;第二階段為劑量精細(xì)化階段,精細(xì)化局部區(qū)域的劑量分布,即射線束方向,ROIs以及劑量邊界區(qū)域。方法的實(shí)施細(xì)節(jié)見(jiàn)1.3節(jié)。
圖1 方法流程Fig.1 Framework of the proposed method.A: Global-wise dose learning.B: Beam-wise dose refinement.C: Global-wise dose refinement.
1.2.1 全局劑量學(xué)習(xí) 為了得到全局空間粗糙劑量分布圖,將CT圖像,OAR分割掩膜,PTV分割掩膜拼接為多個(gè)通道信息,輸入到GDN(網(wǎng)絡(luò)細(xì)節(jié)見(jiàn)1.3節(jié)),預(yù)測(cè)全局空間粗糙劑量分布圖,訓(xùn)練過(guò)程使用平均絕對(duì)誤差(MAE)損失函數(shù)進(jìn)行監(jiān)督。然而,由于未考慮射線束與ROIs之間的空間幾何關(guān)系,導(dǎo)致劑量分布圖在局部區(qū)域預(yù)測(cè)不準(zhǔn)確,例如射線束區(qū)域和ROIs。為了解決此問(wèn)題,本文提出劑量精細(xì)化方法,包括基于射線束的劑量精細(xì)化和全局劑量精細(xì)化。
1.2.2 基于射線束的劑量精細(xì)化 利用擬合的射線束分割掩膜,精細(xì)化射線束方向上的劑量分布。具體步驟如下:
1.2.2.1 射線束分割掩膜的形成 IMRT是體外放射治療的常用技術(shù)之一,頭頸癌放療一般要求7~9個(gè)不同角度共面射線束對(duì)PTV進(jìn)行照射。因此,根據(jù)預(yù)定義的射線束角度和PTV的邊界信息,擬合放療中的多個(gè)角度共面射線束,稱為“射線束分割掩膜”。由于數(shù)據(jù)集是三維的,不同切片上的腫瘤位置和大小不同。為了提升擬合射線束的準(zhǔn)確性,首先我們擬合二維射線束分割掩膜,然后將其堆疊為三維射線束分割掩膜。具體來(lái)說(shuō),以二維切片的形式從PTV中提取腫瘤邊界,得到二維邊界切片(Ei),根據(jù)多個(gè)預(yù)定義角度(θi),在二維邊界切片Ei上按照各預(yù)設(shè)角度θi勾勒兩條邊界切線,兩條切線之間的區(qū)域?yàn)樵擃A(yù)設(shè)角度的射線束分割掩膜;將擬合的全部二維射線束分割掩膜進(jìn)行堆疊,得到三維射線束分割掩膜(圖2)。
圖2 不同方法預(yù)測(cè)的劑量分布圖的可視化結(jié)果Fig.2 Visualization of the dose distribution map predicted using different state-of-the-art methods.The red boxes indicate the obviously improved regions.The color closer to blue indicates a lower dose value;a color closer to red indicates a higher dose value.
1.2.2.2 基于射線束的劑量學(xué)習(xí) 在實(shí)際放療中,為了使PTV內(nèi)劑量分布均勻,不同角度的射線束傳送不同的劑量分布,導(dǎo)致CNN同時(shí)學(xué)習(xí)不同角度射線束內(nèi)的劑量分布是困難的。為了解決此問(wèn)題,本文利用擬合的射線束分割掩膜,將粗糙劑量分布圖肢解為多個(gè)沿著射線束方向的子劑量分布圖。因此,全局劑量預(yù)測(cè)任務(wù)轉(zhuǎn)變?yōu)橐幌盗械木植孔觿┝款A(yù)測(cè)任務(wù),使網(wǎng)絡(luò)更容易提取每個(gè)不同射線束路徑下的劑量分布特征。將上述GDN預(yù)測(cè)的粗糙劑量分布圖,CT圖像,OARs分割掩膜,PTV分割掩膜和擬合的射線束分割掩膜拼接成多通道信息,輸入射線束劑量網(wǎng)絡(luò)(BDN),預(yù)測(cè)多個(gè)和輸入數(shù)據(jù)相同大小的子劑量分布圖,每個(gè)子劑量分布圖代表某射線束方向的劑量分布,訓(xùn)練過(guò)程使用MAE進(jìn)行監(jiān)督,其定義為公式(1):
其中,N代表子劑量分布圖的個(gè)數(shù),即N=9,P代表預(yù)測(cè)劑量分布圖,G為真實(shí)劑量分布圖。
1.2.2.3 聚合多個(gè)子劑量分布 為了將多個(gè)局部空間的子劑量分布圖聚合為一個(gè)全局空間的劑量分布圖,本文提出多射線束投票機(jī)制,即聚合后的劑量分布圖中的劑量值由多個(gè)子劑量分布進(jìn)行投票決定。具體來(lái)說(shuō),若某一體素由多個(gè)子劑量分布經(jīng)過(guò),則此體素的劑量值由經(jīng)過(guò)此體素的多個(gè)子劑量分布通過(guò)平均投票決定。若某一體素由單個(gè)子劑量分布經(jīng)過(guò),則此體素的劑量值由該單個(gè)子劑量分布中相應(yīng)體素位置的劑量值決定。最后,通過(guò)MAE損失函數(shù),監(jiān)督聚合后的全局劑量分布圖學(xué)習(xí),其定義為公式(2):
其中,N為體素的個(gè)數(shù),為預(yù)測(cè)劑量分布圖,Y為真實(shí)劑量分布圖。
1.2.3 全局劑量精細(xì)化 為了進(jìn)一步精細(xì)化ROIs內(nèi)劑量分布,本文提出新穎的DVH校正和邊界增強(qiáng)約束方法。
1.2.3.1 DVH 校正 在臨床放療中,放療物理師通過(guò)DVH評(píng)價(jià)放療計(jì)劃質(zhì)量,其橫坐標(biāo)代表劑量值,縱坐標(biāo)代表接收相應(yīng)劑量值照射的相對(duì)體積[18]。為了利用該信息,Nguyen 等[14]提出了可微分的DVH損失函數(shù),計(jì)算預(yù)測(cè)和真實(shí)DVH劑量學(xué)參數(shù)的體積之差(即DVH縱坐標(biāo))。然而,通過(guò)選取劑量閾值,遍歷整幅圖像計(jì)算DVH劑量學(xué)參數(shù),導(dǎo)致計(jì)算精度和效率受所取的劑量閾值的影響。舉例來(lái)說(shuō),選取的劑量閾值間隔小,計(jì)算精度提升,計(jì)算效率下降;選取的劑量閾值間隔大,計(jì)算效率提升,計(jì)算精度下降。為了解決此問(wèn)題,本研究提出了基于值的DVH損失函數(shù),其定義為公式(3):
其中,N為ROIs的個(gè)數(shù),R為排序操作,G為真實(shí)劑量分布圖,P為預(yù)測(cè)劑量分布圖,Ws為第s 個(gè)ROI分割掩膜。具體來(lái)說(shuō),首先利用ROIs分割掩膜提取ROIs內(nèi)的劑量值,然后通過(guò)排序操作對(duì)其劑量值進(jìn)行排序,最后計(jì)算排序后預(yù)測(cè)和真實(shí)結(jié)果的劑量值之差。值得注意的是,DVH體積信息(縱坐標(biāo))的計(jì)算原理與劑量值排序的操作原理十分相似。本研究提出的方法在利用DVH先驗(yàn)信息時(shí),只需遍歷一次圖像的計(jì)算,沒(méi)有涉及超參數(shù)的選擇,因此更有效和更精確。
除此之外,放療物理師更關(guān)注DVH上的關(guān)鍵點(diǎn)評(píng)價(jià)放療計(jì)劃的可行性,例如分別指1%體積的PTV所接受的劑量,95%體積的PTV所接受的劑量,99%體積的PTV所接受的劑量,0.1cc體積的OAR所接受的最大劑量,OAR區(qū)域內(nèi)的平均劑量。為了有效利用這些關(guān)鍵點(diǎn),本研究提出基于評(píng)價(jià)指標(biāo)的DVH損失函數(shù),進(jìn)一步提升ROIs內(nèi)的預(yù)測(cè)精確性,其定義為公式(4):
1.2.3.2 邊界增強(qiáng)約束 劑量分布圖存在銳利的邊界,主要原因包括:(1)高能輻射通過(guò)射線束形式進(jìn)行傳送,射線束內(nèi)劑量值高,射線束外劑量值低,劑量值變化大區(qū)域形成銳利邊界;(2)為了殺死腫瘤細(xì)胞,同時(shí)保護(hù)周圍正常組織,PTV區(qū)域內(nèi)劑量值高,其周圍區(qū)域劑量值低,劑量值呈現(xiàn)PTV到周圍區(qū)域迅速下降的趨勢(shì)。然而,由于提取特征的感受野較大,使卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)提取銳利的邊界特征是困難的,導(dǎo)致預(yù)測(cè)結(jié)果在邊界區(qū)域過(guò)于平滑。受啟發(fā)于Tan等[19]提出的利用多任務(wù)學(xué)習(xí)加強(qiáng)銳利邊界的學(xué)習(xí),預(yù)測(cè)劑量分布作為主要任務(wù),預(yù)測(cè)邊界圖作為輔助任務(wù)。由于提取特征的感受野較大,銳利的邊界特征較難提取,導(dǎo)致CNN不能精確預(yù)測(cè)邊界圖。另外,引入一個(gè)單獨(dú)的解碼器進(jìn)行邊界圖的預(yù)測(cè),增加計(jì)算參數(shù)量。因此,本研究引入三維梯度損失函數(shù),約束CNN 更加關(guān)注劑量分布圖中邊界區(qū)域的學(xué)習(xí)。具體來(lái)說(shuō),應(yīng)用Sobel算子,提取預(yù)測(cè)劑量分布圖和真實(shí)劑量分布圖的梯度圖,其代表著臨近體素的劑量值之差。計(jì)算預(yù)測(cè)和真實(shí)的梯度圖之間的MAE,其定義為公式(5):
其中,Y為真實(shí)劑量分布圖,為預(yù)測(cè)劑量分布圖,Sx,Sy,Sz分別代表x,y,z維度上的Sobel操作。
總之,在BDN的訓(xùn)練期間,總損失函數(shù)為:
其中,α1,α2,α3為超參數(shù),用于平衡不同損失函數(shù)的貢獻(xiàn)。
所有實(shí)驗(yàn)以Pytorch框架搭建,NVIDIA TITANV GPU 12GB條件下運(yùn)行。批量大小為2,使用Adam優(yōu)化器[20],初始學(xué)習(xí)率為10-4。為了避免過(guò)擬合現(xiàn)象發(fā)生,我們使用在線數(shù)據(jù)增廣策略,包括隨機(jī)旋轉(zhuǎn)(-20°~20°)和沿著Z 軸隨機(jī)翻轉(zhuǎn)。CT 圖像強(qiáng)度值歸一化到0~1。GDN和BDN都是基于3D U-Net[21]網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)。
為了公平比較,利用OpenKBP-2020挑戰(zhàn)[17]提供的量化指標(biāo)Dose score和DVH score。Dose score 計(jì)算預(yù)測(cè)劑量分布圖和真實(shí)劑量分布圖之間的體素級(jí)MAE,DVH score計(jì)算預(yù)測(cè)結(jié)果和真實(shí)結(jié)果之間的DVH評(píng)價(jià)指標(biāo)MAE。Doses score和DVH score 越低,說(shuō)明模型的預(yù)測(cè)性能越好。另外,我們也應(yīng)用DVH 曲線驗(yàn)證ROIs內(nèi)劑量預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性。
為了驗(yàn)證本文方法優(yōu)越性,與目前該領(lǐng)域4 種SOTA方法(V-Net[22],DCNN[15],HD U-net[23],C3D[13])進(jìn)行對(duì)比。C3D在OpenKBP-2020挑戰(zhàn)中排名第一。利用公開(kāi)代碼復(fù)現(xiàn)后3種方法,復(fù)現(xiàn)V-Net方法使用與本文方法相同的訓(xùn)練參數(shù)。
為了驗(yàn)證本文方法有效性,對(duì)各組成部分進(jìn)行消融實(shí)驗(yàn)分析。在級(jí)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)的基礎(chǔ)上,引入本文提出的新穎方法,包括3部分:(1)基于射線束的劑量預(yù)測(cè)(BDP)(2)DVH 校正:基于值的DVH 損失函數(shù)(LvDVH)和基于評(píng)價(jià)指標(biāo)的DVH損失函數(shù)(LcDVH),(3)邊界增強(qiáng)約束(Le)。
針對(duì)本文方法的對(duì)比實(shí)驗(yàn)分析,量化結(jié)果顯示,本文方法在Dose score和DVH score上取得最小值,顯著優(yōu)于其他SOTA方法(表1)??梢暬Y(jié)果顯示,本文方法預(yù)測(cè)劑量分布圖更精確,尤其在射線束區(qū)域和ROIs(圖2),另外,本文方法預(yù)測(cè)DVH曲線更逼近真實(shí)DVH曲線(圖3)。
表1 目前該領(lǐng)域SOTA方法在Dose score 和DVH score上的量化結(jié)果分析Tab.1 Comparison of Dose scores and DVH scores of the SOTA methods with the proposed
圖3 不同方法預(yù)測(cè)的DVH曲線圖的可視化結(jié)果Fig.3 Visualization of dose volume histogram predicted using different state-of-the-art methods.Dashed line represents the prediction,and solid line is the ground truth.
針對(duì)本文方法的消融實(shí)驗(yàn)分析,量化結(jié)果顯示(表2),在級(jí)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)的基礎(chǔ)上,引入BDP后可大幅提升劑量預(yù)測(cè)的精確性(Dose score提升了46.1%)。在此基礎(chǔ)上,增加LvDVH后DVH score提升了10.8%,使ROIs內(nèi)的劑量預(yù)測(cè)更精確,并顯著提升劑量預(yù)測(cè)的計(jì)算效率。增加LcDVH后Dose score提升了12.2%,并且DVH score提升了20.2%。另外,引入Le后,劑量預(yù)測(cè)精確性得到進(jìn)一步的提升。
表2 對(duì)于本研究方法在Dose score和DVH score上的消融實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析Tab.2 Dose score and DVH score of the proposed method in ablation experiments
與4種SOTA方法(V-Net[22],DCNN[15],HD U-net[23],C3D[13])的對(duì)比結(jié)果顯示,本文方法在量化指標(biāo)Dose score和DVH score上取得最優(yōu)結(jié)果,通過(guò)配對(duì)t檢驗(yàn),驗(yàn)證本文方法帶來(lái)的提升具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義??梢暬Y(jié)果顯示本文方法預(yù)測(cè)的劑量分布圖和DVH曲線圖,與真實(shí)結(jié)果更加逼近,更加滿足臨床放療要求,從而引導(dǎo)放療物理師設(shè)計(jì)治療計(jì)劃等作用,提升放療計(jì)劃質(zhì)量和治療效率。
本研究針對(duì)基于射線束的劑量預(yù)測(cè)(BDP)的消融實(shí)驗(yàn)結(jié)果可知,相比于簡(jiǎn)單的級(jí)聯(lián)網(wǎng)絡(luò),BDP可以顯著提升劑量預(yù)測(cè)的精確性,說(shuō)明射線束分割掩膜的引入,便于網(wǎng)絡(luò)提取到更多局部區(qū)域的劑量分布特征。針對(duì)DVH校正的消融實(shí)驗(yàn)結(jié)果可知,引入ROIs內(nèi)劑量分布等先驗(yàn)特征,使模型在ROIs 內(nèi)的預(yù)測(cè)精確性得到提升。另外,相比于Nguyen等[14]提出的可微分DVH損失函數(shù),計(jì)算時(shí)間從“6 min/輪次”降為“2 min/輪次”,說(shuō)明可以有效提升劑量預(yù)測(cè)效率。針對(duì)邊界增強(qiáng)約束的消融實(shí)驗(yàn)結(jié)果可知,引入三維梯度損失函數(shù),可以進(jìn)一步提升模型的預(yù)測(cè)性能。綜上消融實(shí)驗(yàn)證明,本文方法中的各個(gè)組成部分是有效的,可以實(shí)現(xiàn)放療計(jì)劃自動(dòng)預(yù)測(cè)的目標(biāo)。
為了進(jìn)一步提升劑量預(yù)測(cè)模型性能,實(shí)現(xiàn)“All in One”的一站式全自動(dòng)放療,本文方法存在一定的局限性,主要包括以下幾個(gè)方面:(1)數(shù)據(jù)集單一:僅使用了頭頸癌放療計(jì)劃數(shù)據(jù)集,模型的泛化性有限;(2)擬合的射線束分割掩膜具有一定的誤差:實(shí)際臨床放療中,射線束是通過(guò)點(diǎn)源形式形成,然而我們以線源的形式擬合射線束分割掩膜,導(dǎo)致擬合出的射線束分割掩膜形狀和位置與真實(shí)射線束存在一定的差異。因此,在未來(lái)的工作中,首先,我們會(huì)擴(kuò)大數(shù)據(jù)集改進(jìn)所提出方法的泛化性。然后,如何更加精確地?cái)M合射線束分割掩膜,將成為我們未來(lái)工作的重點(diǎn)。
南方醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào)2023年6期