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        微滴式數(shù)字PCR技術(shù)定量檢測(cè)發(fā)酵乳中醋化醋桿菌

        2023-06-07 08:03:16張雅倫陳勃旭
        關(guān)鍵詞:檢測(cè)

        張雅倫,王 贊,張 瑞,陳勃旭,周 巍*,張 巖*

        (河北省食品檢驗(yàn)研究院,河北省食品安全重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,國(guó)家市場(chǎng)監(jiān)管重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室(特殊食品監(jiān)管技術(shù)),特殊食品安全與健康河北省工程研究中心,河北 石家莊 050227)

        發(fā)酵乳因含有豐富的蛋白質(zhì)、糖類(lèi)等多種營(yíng)養(yǎng)物質(zhì),備受人們喜愛(ài)[1-4],但發(fā)酵乳因其產(chǎn)品獨(dú)特條件限制,極易在制備流程、流通過(guò)程、貯藏環(huán)境等中受到其他因素影響而導(dǎo)致產(chǎn)品質(zhì)量下降,其中微生物污染對(duì)其帶來(lái)的影響最為嚴(yán)重且難以控制[5-7]。醋化醋桿菌常被發(fā)現(xiàn)于腐爛的水果和產(chǎn)酸的食品中,其導(dǎo)致食品變質(zhì)酸敗的作用也逐漸為人熟知[8]。醋化醋桿菌同時(shí)也會(huì)造成發(fā)酵乳的污染,使其益生菌群結(jié)構(gòu)改變,在酸乳表面形成菌膜,產(chǎn)生脹包和酸澀味等不良現(xiàn)象[9]。當(dāng)今發(fā)酵乳等乳制品的質(zhì)量和安全問(wèn)題受到人們廣泛關(guān)注,一旦受微生物污染的發(fā)酵乳流入市場(chǎng),不但會(huì)對(duì)生產(chǎn)企業(yè)聲譽(yù)造成損害,帶來(lái)經(jīng)濟(jì)效益的巨大損失,還會(huì)對(duì)消費(fèi)者的身體健康造成影響,危及生命安全。因此,不同環(huán)節(jié)的精準(zhǔn)、定量掌控發(fā)酵乳中的污染情況,對(duì)發(fā)酵乳的質(zhì)量至關(guān)重要[10-11]。

        2.2 家系Ⅱ 檢出致病基因?yàn)镃DH23基因的c.7240-1G>A和c.7252G>A兩個(gè)位點(diǎn)復(fù)合雜合突變;2名耳聾患者(Ⅱ2、Ⅱ3)視力、視野、眼底檢查未見(jiàn)異常。CDH23基因c.7252G>A位點(diǎn)突變?yōu)閲?guó)內(nèi)首報(bào)新突變位點(diǎn),結(jié)果、家系圖及測(cè)序突變。見(jiàn)表1、表2、圖1、圖2。

        聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase chain reaction,PCR)技術(shù)自發(fā)明以來(lái),已被廣泛應(yīng)用于微生物檢驗(yàn),推動(dòng)了檢驗(yàn)領(lǐng)域快速發(fā)展。第1代普通PCR技術(shù)通過(guò)凝膠電泳方式進(jìn)行分析,但只能用于樣品定性檢驗(yàn)和半定量研究[12-17]。第2代熒光PCR技術(shù)通過(guò)反應(yīng)體系熒光信號(hào)進(jìn)行分析,雖然與第1代技術(shù)相比提升了檢驗(yàn)速度,減少了非特異性擴(kuò)增,增加了精準(zhǔn)性,但其定量計(jì)算是相對(duì)的,受到很大應(yīng)用限制,不能達(dá)到定量分析要求[18-21]。隨著定量分析需求日益增加,第3代數(shù)字PCR技術(shù)應(yīng)運(yùn)而生。微滴式數(shù)字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技術(shù)和熒光PCR技術(shù)相比具有高靈敏度、高精確度、高耐受性、絕對(duì)定量等特性,可以將一個(gè)傳統(tǒng)PCR反應(yīng)激發(fā)成數(shù)萬(wàn)個(gè)獨(dú)立PCR反應(yīng),極大降低了其他因素影響,并且ddPCR方法無(wú)需依靠標(biāo)準(zhǔn)曲線和循環(huán)閾(cycle threshold,Ct)值,直接計(jì)算出樣品的拷貝數(shù),從而達(dá)到精準(zhǔn)定量[22]。基于以上特點(diǎn),ddPCR方法能夠滿(mǎn)足精準(zhǔn)定量檢測(cè)發(fā)酵乳中醋化醋桿菌的需求,該方法具有廣泛應(yīng)用前景[23-25]。

        本研究基于ddPCR技術(shù)建立發(fā)酵乳中醋化醋桿菌的檢測(cè)方法,并對(duì)其反應(yīng)條件進(jìn)行優(yōu)化,對(duì)其特異性和靈敏度進(jìn)行驗(yàn)證,采用定量方法進(jìn)行計(jì)算,為發(fā)酵乳中污染菌的定量檢測(cè)提供一定的理論依據(jù),為發(fā)酵乳生產(chǎn)企業(yè)的過(guò)程把控提供技術(shù)手段。

        1 材料與方法

        1.1 材料與試劑

        發(fā)酵乳購(gòu)于當(dāng)?shù)爻?,?shí)驗(yàn)用菌株來(lái)自于有編號(hào)保存菌株,見(jiàn)表1。

        表1 實(shí)驗(yàn)用菌株Table 1 Strains used in the study

        2×ddPCR技術(shù)探針檢測(cè)法混勻體系、微滴專(zhuān)用激發(fā)油和專(zhuān)用分析油 美國(guó)Bio-Rad公司;正向(反向)引物 生工生物工程(上海)股份有限公司;細(xì)菌基因組DNA提取試劑盒(磁珠式)、Reagent D 德國(guó)Biotecon Diagnostics公司;營(yíng)養(yǎng)肉湯培養(yǎng)基、醋酸菌培養(yǎng)基、乳桿菌培養(yǎng)基、彎曲菌培養(yǎng)基、MRS培養(yǎng)基、雙歧桿菌培養(yǎng)基、腦心浸液培養(yǎng)基、3.5%氯化鈉肉湯培養(yǎng)基、牛肉膏微量元素培養(yǎng)基 北京陸橋技術(shù)有限責(zé)任公司。

        3.綜上所述,提高濕地保護(hù)科學(xué)性,還要加大濕地保護(hù)投入,創(chuàng)新濕地保護(hù)載體,注重法制化的開(kāi)展?jié)竦乇Wo(hù)相關(guān)工作,在標(biāo)準(zhǔn)化與規(guī)范化的原則下建立完善的濕地保護(hù)框架,從而系統(tǒng)化的解決濕地保護(hù)中的現(xiàn)實(shí)問(wèn)題。

        1.2 儀器與設(shè)備

        QX200 ddPCR檢測(cè)分析系統(tǒng)(包括微滴激發(fā)生成儀、微滴檢測(cè)分析儀、DG8 cartridge微滴生成卡)、C1000 Touch Thermal Cycler PCR基因擴(kuò)增設(shè)備 美國(guó)Bio-Rad公司;NanoDrop Lite核酸測(cè)定儀、711基因組全自動(dòng)提取儀 美國(guó)Thermo公司;DK-98-1恒溫水浴鍋東方電工儀器廠;BHC-300IIA/B3生物安全檢驗(yàn)柜 蘇州凈化儀器設(shè)備有限公司;3K15臺(tái)式高速離心機(jī) 美國(guó)Sigma公司。

        1.3 方法

        將市售發(fā)酵乳進(jìn)行121 ℃、30 min高壓滅菌,無(wú)菌操作進(jìn)行醋化醋桿菌人工污染,分別將其按照不同濃度梯度添加到發(fā)酵乳中,使其含量維持在101~107CFU/g,并通過(guò)上述方法進(jìn)行基因組DNA提取和ddPCR法檢測(cè),得出該方法的檢出限。

        1.3.1.1 Reagent D處理細(xì)菌培養(yǎng)液

        對(duì)試題的知識(shí)點(diǎn)分布明細(xì)統(tǒng)計(jì)可反映命題決策者對(duì)考試大綱標(biāo)準(zhǔn)的理解和判斷.實(shí)際對(duì)7套真題中知識(shí)點(diǎn)分布明細(xì)統(tǒng)計(jì),發(fā)現(xiàn):

        在小區(qū)門(mén)前,杜一朵碰見(jiàn)了一個(gè)熟人。熟人問(wèn)她一大早忙什么去?杜一朵隨口說(shuō),打牌去。都曉得杜一朵愛(ài)打牌,且打得一手好牌。熟人也沒(méi)多想,點(diǎn)點(diǎn)頭就過(guò)去了。后來(lái)熟人又遇見(jiàn)一個(gè)熟人,熟人慣性地問(wèn),你也打牌去?那人兩眼通紅大著嗓門(mén)說(shuō),清晨八早打個(gè)屁!打炮!

        1.3.1.2 FoodProof磁珠提取法

        ddPCR反應(yīng)體系:2×ddPCR探針混勻體系10 μL、1.2 μL正向和反向引物及0.4 μL探針(濃度均為10 μmol/L),加入4.4 μL樣品DNA,使用ddH2O將體系補(bǔ)至20 μL。將反應(yīng)體系充分混勻轉(zhuǎn)移到微滴發(fā)生板中,并加入70 μL微滴專(zhuān)用激發(fā)油后放到微滴發(fā)生器中進(jìn)行激發(fā)。將生成的微滴通過(guò)PCR反應(yīng),初始條件:95 ℃、10 min,94 ℃、1 min,58 ℃、45 s,共計(jì)40 次循環(huán);98 ℃、10 min。PCR反應(yīng)結(jié)束后放入QX200 Droplet Reader采集熒光信號(hào),最終通過(guò)微滴QuantaSoft分析軟件計(jì)算得出結(jié)果。

        將傳代培養(yǎng)3 次的菌株培養(yǎng)液充分混勻,吸取100 μL增菌液和400 μL Reagent D到2 mL無(wú)菌離心管中,在室溫條件下避光靜置5 min;在500 W鹵素?zé)粝路?5~20 cm處放置離心管,曝光5 min后,8 000 r/min離心5 min,去除上清液;加入100 μL無(wú)菌水充分混勻,用于后續(xù)DNA提取。

        1.3.2 醋化醋桿菌特異性引物設(shè)計(jì)

        通過(guò)分析醋化醋桿菌的基因序列,從GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中選取保守性強(qiáng)且特異性強(qiáng)的基因序列,最終選定醋化醋桿菌ITS基因?yàn)榘袠?biāo)序列,通過(guò)Primer Premier 6.0軟件設(shè)計(jì)相關(guān)引物序列,并通過(guò)Oligo 7.37進(jìn)行驗(yàn)證,經(jīng)實(shí)驗(yàn)后獲得醋化醋桿菌特異性檢測(cè)引物,如表2所示。

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