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        SON 基因異常致ZTTK 綜合征3 例臨床及遺傳學分析

        2023-02-27 04:28:10趙培偉黃玉鳳何學蓮朱紅敏
        臨床兒科雜志 2023年2期
        關鍵詞:數(shù)據(jù)庫

        趙培偉 畢 博 張 蕾 黃玉鳳 譚 黎 何學蓮 朱紅敏

        華中科技大學同濟醫(yī)學院附屬武漢兒童醫(yī)院(湖北武漢 430016)

        ZTTK 綜合征(Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim syndrome,ZTTK,MIM#617140)是一種罕見的常染色體顯性遺傳的累及多系統(tǒng)異常的遺傳病,Kim 等于2015 年首次報道,其發(fā)病率不詳[1-2]。該疾病的主要臨床表現(xiàn)為發(fā)育落后、智力低下、面容異常、肌張力異常、骨骼畸形以及頭顱MRI 表現(xiàn)異常等[3]。研究表明SON基因功能喪失變異(LOF)是導致該疾病發(fā)生的主要原因[4]。截止到目前,國外期刊及Decipher等數(shù)據(jù)庫共收錄了61例ZTTK綜合征患者,國內(nèi)罕見報道。本研究分析利用全外顯子測序技術(WES)診斷的3 例ZTTK 綜合征患兒,探討該類疾病的臨床表現(xiàn)以及遺傳學特點,以加深臨床醫(yī)師對該病的認識。

        1 對象與方法

        1.1 研究對象

        本研究納入2019 年6 月至2021 年12 月來武漢兒童醫(yī)院就診的3例生長發(fā)育遲緩及智力落后的患兒,男2 例,女1 例,年齡10 個月~3 歲8 個月(中位年齡13 個月)。本研究得到患者家屬知情同意以及醫(yī)院倫理委員會的批準。

        1.2 全外顯子測序分析

        采集患兒及其家屬外周血2 mL,采用天根生物公司外周血基因組DNA 提取試劑盒提取患者DNA 并測定濃度,由第三方檢測公司(北京全普基因)進行全外顯子測序,測序的原始數(shù)據(jù)與參考基因組比對,然后采用GATK 以及VarScan 軟件進行變異注釋分析,利用Annovar 軟件及數(shù)據(jù)庫評定變異位點的生物學影響;采用Sanger測序技術驗證患者及家屬的變異位點,并用ACMG 指南評估其臨床意義。

        2 結(jié)果

        2.1 患者臨床資料

        3 例患兒,男2 例,女1 例,年齡10 個月~3 歲8個月(中位年齡13 個月),臨床表型為面容異常、發(fā)育遲緩、智力低下、小頭畸形、肌張力異常;手關節(jié)異?;蜃阃夥?,腎盂腎炎、隱睪以及顱縫早閉等癥狀。其中2例患兒頭顱MRI可見腦溝增寬、腦發(fā)育不良等異常,患兒1存在聽力異常等癥狀,見表1。

        表1 3例ZTTK綜合征患兒的臨床表現(xiàn)

        2.2 遺傳學分析結(jié)果

        測序原始數(shù)據(jù)經(jīng)過生物信息學分析注釋以后結(jié)合患兒的家族史、臨床表型發(fā)現(xiàn)3 例患兒均存在SON基因(NM_138927)變異,患兒1 存在c.3020G>A(p.R 1007 H)雜合變異,該氨基酸位點在不同的物種之間保守,見圖1,且文獻及數(shù)據(jù)庫中未見收錄,患兒父母未見異常;根據(jù)ACMG 指南該位點為可能致?。≒S2+PM2+PM)。患兒2存在c.1195delG(p.V 399 fsTer 1)移碼變異,其父母未見異常,文獻及數(shù)據(jù)庫未見報道,根據(jù)ACMG 指南,該位點為致病性變異(PVS 1+PS 2+PM 2)?;純? 存在c.5753_5756delTTAG(p.V1918EfsTer87)移碼變異,其父母未見異常,見圖1;根據(jù)ACMG指南,該位點為致病性變異(PVS1+PS2+PM2)。3例患兒均診斷為SON基因異常導致的ZTTK綜合征。

        圖1 患兒及父母SON 者遺傳學檢測結(jié)果

        3 討論

        SON基因(NM_138927.2)定位于21號染色體21q22.11區(qū)域,含有12個外顯子,編碼含有2 426個氨基酸的蛋白,該蛋白含有一個富含精氨酸/絲氨酸功能區(qū)(R/S rich domain),一個G-patch功能區(qū)以及一個雙鏈RNA集合功能域[5]。SON蛋白是一個DNA或RNA結(jié)合蛋白,作為mRNA剪接加工復合物成員之一,SON異??捎绊慠NA的異常剪接以及基因的表達等[6]。文獻及數(shù)據(jù)庫中收錄SON基因異??蓪е耑TTK綜合征(OMIM 617140),其主要的臨床表現(xiàn)為發(fā)育落后智力低下、肌張力異常、面容異常、骨骼畸形等。在人類細胞中敲除SON后發(fā)現(xiàn)細胞遷移相關基因、代謝相關基因以及線粒體功能相關基因等均發(fā)生了顯著的改變[7-8]。模式動物研究發(fā)現(xiàn),在斑馬魚中敲除SON基因后,斑馬魚表現(xiàn)出發(fā)育遲緩、骨骼畸形等癥狀與ZTTK 綜合征表型相似[1];在小鼠模型中敲除SON亦有ZTTK相似的表現(xiàn)[9]。

        本研究中的3 例患兒臨床表現(xiàn)為面容異常、發(fā)育落后、智力低下、小頭畸形、肌張力異常;手關節(jié)異?;蜃阃夥?,腎盂腎炎、隱睪以及顱縫早閉等癥狀。其中兩例(P 1 和P 3)患兒頭顱MRI 可見腦溝增寬、腦發(fā)育不良等異常;此外例1 存在聽力異常。遺傳學檢測發(fā)現(xiàn)3 例患兒均存在SON基因變異,例1 存在錯義變異,例2 和3 存在移碼變異,結(jié)合ACMG 指南結(jié)合患者的臨床表現(xiàn),3 例患兒診斷為SON基因異常導致的ZTTK 綜合征。目前ZTTK綜合征患者尚無有效的治療方法,臨床均采取對癥治療,比如語言康復訓練、骨骼校正以及抗癲癇治療等。

        以“SON基因”以及“SONgene”為關鍵詞檢索中國知網(wǎng)、萬方醫(yī)學數(shù)據(jù)庫、PubMed、Decipher、HGMD 等數(shù)據(jù)庫,其中國內(nèi)數(shù)據(jù)庫未見ZTTK 綜合征患者報道,PubMed 數(shù)據(jù)庫共檢索到到51 例ZTTK 綜合征患者,中文期刊數(shù)據(jù)庫檢索到1 例患者[1-4,10-15],Decipher 數(shù)據(jù)庫收錄9 例患者。其主要的臨床表現(xiàn)依次為發(fā)育遲緩及智力低下(100%)、面容異常(93.3%)、頭顱MRI 異常(84.3%)以及66.7%的患者存在眼睛或視力的異常;約50%的患者存在身材矮小或者癲癇發(fā)作(圖2)。目前共發(fā)現(xiàn)51 種SON變異,主要為移碼變異(70.6%)其次為錯義變異(13.7%)和無義變異(11.8%),變異均勻的分布于SON基因的外顯子上,其中12例患者攜帶c.5753_5756delTTAG 變異(12/64,18.75%),該位點位于富含精氨酸/絲氨酸功能域,可能為熱點變異(圖3)?;蛐秃捅硇拖嚓P性分析未見明顯異常,但該結(jié)論需要進一步收集患者驗證。

        圖2 ZTTK 綜合征患者的臨床表型文獻復習

        圖3 SON 基因與氨基酸變異

        SON是RNA加工復合物亞基之一,在mRNA剪接成熟中發(fā)揮重要作用[1,7]。Kim等[1]研究發(fā)現(xiàn)SON基因敲減的Hela細胞中以及SON基因變異的患者外周血中存在剪接異常的轉(zhuǎn)錄本的累積。提取Hela細胞或患者外周血RNA后,檢測發(fā)現(xiàn)TUBG1、FLNA、PNKP、WDR 62、PSMD 3、PCK 2、PFKL、IDH 2以及TUBA1A等基因均存在異常剪接(內(nèi)含子保留或外顯子跳躍)以及表達水平顯著降低。其中TUBG1和TUBA1A基因均與大腦皮質(zhì)發(fā)育不良相關[16-17];文獻報道WDR 62與小頭畸形相關[18],而約80%的ZTTK患者存在頭顱MRI異常。FLNA則關聯(lián)多種疾病,與腦室旁節(jié)結(jié)異位、額骨骺發(fā)育異常以及FG綜合征等[19-20],臨床表型異質(zhì)性很大。推測SON基因異常影響mRNA異常剪接是ZTTK綜合征臨床累及多系統(tǒng)的原因。

        綜上所述,ZTTK綜合征患者存在發(fā)育遲緩、智力低下、面容異常、頭顱MRI異常、骨骼畸形及眼睛或視力異常、癲癇發(fā)作等多系統(tǒng)異常的臨床表現(xiàn),基因檢測有助于早期明確診斷。本研究發(fā)現(xiàn)SON基因2個未見報道的新變異,豐富了該基因變異數(shù)據(jù)庫,此外本研究加深臨床醫(yī)師對該疾病的認識。

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